texlive[46890] Master: chemfig (8mar18)
commits+karl at tug.org
commits+karl at tug.org
Thu Mar 8 23:54:10 CET 2018
Revision: 46890
http://tug.org/svn/texlive?view=revision&revision=46890
Author: karl
Date: 2018-03-08 23:54:10 +0100 (Thu, 08 Mar 2018)
Log Message:
-----------
chemfig (8mar18)
Modified Paths:
--------------
trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README
trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf
trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex
trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf
trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex
trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.sty
trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex
trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/t-chemfig.tex
trunk/Master/tlpkg/tlpsrc/a2ping.tlpsrc
Modified: trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,14 +1,14 @@
___________________________________
The
- ChemFig package
- v1.2e
+ Chemfig package
+ v1.3
- 2017/05/20
+ 2018/03/08
___________________________________
Maintainer: Christian Tellechea
-E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
+E-mail : unbonpetit at netc.fr
Comments, bug reports and suggestions are welcome.
Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c or
later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
@@ -30,5 +30,3 @@
Le dessin est fait avec l'extension tikz. ChemFig fonctionne donc en
mode dvi ou pdf.
-
- Christian Tellechea
Modified: trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,98 +1,24 @@
-% __________________________________________________________________
-% | |
-% | chemfig v1.2e |
-% |__________________________________________________________________|
-%
-% This is chemfig_doc_en.tex, the LaTeX code of the chemfig English
-% documentation. Translation by Theo Hopman & Nikola Castillo
-%
-% Maintainer : Christian Tellechea
-% E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
-% Comments, bug reports and suggestions are welcome.
-% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c
-% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
-% Package URL: http://ctan.org/pkg/chemfig
-% Copyright : Christian Tellechea 2010-2015
-%
-% The "chemfig" package consists of the 8 following files:
-% - chemfig.tex (this file)
-% - chemfig.sty (the package file for LaTeX)
-% - t-chemfig.tex (the package file for conTeXt)
-% - README
-% - chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
-% - chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french)
-%
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work may be distributed and/or modified under the
-% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
-% of this license or (at your option) any later version.
-% The latest version of this license is in
-%
-% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
-%
-% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
-% version 2005/12/01 or later.
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
-%
-% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
-% --------------------------------------------------------------------
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=17pt,headsep=3mm,footskip=10mm]{geometry}
\usepackage[bottom]{footmisc}
-\usepackage{libertine}
-\renewcommand*\oldstylenums[1]{{\fontfamily{fxlj}\selectfont #1}}
+\usepackage{libertine,amsmath,array,longtable,xspace,fancybox,boites,textcomp,enumitem,chemfig,fancyhdr}
\usepackage[scaled=0.8]{luximono}
-\usepackage{amsmath}
-\usepackage{array}
-\usepackage{longtable}
-\usepackage{xspace}
-\usepackage{fancybox}
-\usepackage{boites}
-\usepackage{textcomp}
-\usepackage{enumitem}
-\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
\usetikzlibrary{decorations.markings}
\usetikzlibrary{matrix}
-\usepackage{siunitx}
-\usepackage{emerald}
-\usepackage{xstring}
\usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype}
-\usepackage{fancyhdr}
\fancypagestyle{plain}{%
- \fancyhead[L]{\colorbox{gray!40}{\rlap{\small\bfseries\CF}\kern\dimexpr\linewidth-2\fboxsep}}
+ \fancyhead[L]{}
\fancyhead[C]{}
- \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape\leftmark\kern0.5em}
- \fancyfoot[l]{\tiny\LaTeX ed by Christian \textsc{Tellechea}, the \today.}
+ \fancyhead[R]{}
+ \fancyfoot[l]{\tiny Compiled the \today.}
\fancyfoot[c]{}
\fancyfoot[r]{\thepage}}
\renewcommand\headrulewidth{0pt}
\makeatletter
-\let\gobble\@gobble
-\newcommand\idx{\@ifstar{\let\print at or@not\@gobble\idx@}{\let\print at or@not\@firstofone\idx@}}
-\newcommand\idx@[1]{%
- \ifcat\expandafter\noexpand\@car#1\@nil\relax% si sc
- \expandafter\ifx\@car#1\@nil\protect
- \index{#1}%
- \print at or@not{#1}%
- \else
- \saveexpandmode\expandarg
- \StrSubstitute{\string#1}{\string @}{\@empty\protect\symbol{'100}}[\temp@]%
- \StrGobbleLeft\temp at 1[\temp@]%
- \restoreexpandmode
- \expandafter\index\expandafter{\temp@ @\protect\texttt{\protect\textbackslash\temp@}}%
- \print at or@not{\texttt{\string#1}}%
- \fi
- \else
- \index{#1}%
- \print at or@not{#1}%
- \fi
-}
-
\newcommand\make at car@active[1]{%
\catcode`#1\active
\begingroup
@@ -142,7 +68,7 @@
\def\bkvz at top{\hbox to \hsize{%
\vrule\@width\fboxrule\@height\fboxrule
\leaders\bkvz at bottom\hfill
- \ECFAugie
+ \sffamily
\fboxsep\z@
\colorbox{black}{\kern0.25em\color{white}\footnotesize\lower0.5ex\hbox{\strut#2}\kern0.25em}%
\leaders\bkvz at bottom\hfill
@@ -163,7 +89,7 @@
\vskip0.5ex
\boxput*(0,1)
{\fboxsep\z@
- \hbox{\ECFAugie\colorbox{black}{\leavevmode\kern0.25em{\color{white}\footnotesize\strut#2}\kern0.25em}}%
+ \hbox{\sffamily\colorbox{black}{\leavevmode\kern0.25em{\color{white}\footnotesize\strut#2}\kern0.25em}}%
}%
{\fboxsep5pt
\fbox{%
@@ -179,7 +105,7 @@
\endgroup
}
-\newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize{#1}}}
+\newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize\expandafter{\string#1}}}
\long\def\centerverb#1{%
\def\centerverb at i##1#1{##1\hfill\null\par\egroup}
@@ -190,41 +116,40 @@
\@vobeyspaces
\centerverb at i}
+\def\CFengdate at i#1/#2/#3\@nil{\number#3\relax\ifnum#3=1 \ier{}\fi\space \ifcase#2 \or january\or february\or march\or april\or may\or june\or july\or august\or september\or october\or november\or december\fi\space#1}
+\edef\CFengdate{\expandafter\CFengdate at i\CFdate\@nil}
+
+\DeclareRobustCommand\CF{%
+ \textsf{%
+ chem%
+ \if\string b\detokenize\expandafter{\f at series}%
+ \lower0.01em\hbox{\itshape f}\kern-0.06em
+ \else
+ \lower0.045em\hbox{\kern-0.05em \itshape f}\kern0.026em
+ \fi ig%
+ }%
+ \xspace
+}
\makeatother
\usepackage[english]{babel}
\def\degres{\ensuremath{{}^\circ}}
-
-\newcommand\CF{{\ECFAugie ChemFig}\xspace}
\newcommand\TIKZ{ti\textit kz\xspace}
\newcommand\molht[1]{\begingroup\parskip3.5pt\par\hfill\chemfig{#1}\hfill\null\par\endgroup}
\newcommand\boxednode[2]{\fbox{$\mathrm{#1}\vphantom{M_1}$}_{#2}}
\newcommand\boxedfalseverb[1]{{\fboxsep0pt\fbox{\vphantom|\falseverb{#1}}}}
+\newcommand*\chevrons[1]{\textlangle\textit{#1}\textrangle}
+\newcommand*\CFkey[1]{{\color{teal}\texttt{\detokenize{#1}}}}
+\newcommand*\CFval[1]{{\color{teal}\textlangle\textit{#1}\textrangle}}
+\newcommand*\CFkv[2]{\CFkey{#1}{\color{teal}${}={}$}\CFval{#2}}
+\newcommand*\CFparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}\relax \textlangle\textit{empty}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}}\fi\\}
\usepackage[plainpages=false,pdfpagelabels,bookmarks=true,bookmarksopen=true,colorlinks=true,hyperfootnotes=false,filecolor=black,linkcolor=blue,urlcolor=magenta,pdfauthor={Christian TELLECHEA},pdftitle={ChemFig},pdfsubject={Draw 2D molecule with LaTeX},pdfkeywords={ChemFig},pdfcreator={LaTeX}]{hyperref}
\csname @addtoreset\endcsname{section}{part}
\usepackage{titlesec}
-\titleformat{\part}[display]
- {\normalfont\Large\filcenter\sffamily\bfseries}%
- {\LARGE\MakeUppercase{\partname~\thepart}}%
- {1pc}%
- {\titlerule\vspace{1pc}\Huge}
+\titleformat{\part}[display]{\normalfont\filcenter\sffamily\bfseries}{}{0pt}{\Huge}
-\begin{filecontents*}{chemfig_doc_en.ist}
-% Fichier de style makeindex
-heading_prefix "{\\bfseries\\hfill "
-heading_suffix "\\hfill\\null}\\nopagebreak\n"
-headings_flag 1
-symhead_positive "Symbols"
-symhead_negative "Symbols"
-delim_0 "\\dotfill"
-delim_1 "\\dotfill"
-delim_2 "\\dotfill"
-\end{filecontents*}
-
-\usepackage{makeidx}
-\makeindex
\begin{document}
\begin{titlepage}
\catcode`!12
@@ -236,9 +161,9 @@
\filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west);
\end{tikzpicture}
\begin{center}
- \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
- \Large v\csname CF at ver\endcsname\par\bigskip
- \footnotesize\csname CF at en@date\endcsname\par
+ \color{white}\sffamily\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
+ \Large v\CFver\par\bigskip
+ \footnotesize\CFengdate\par
\normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm
\huge A \TeX{} package for drawing molecules%
\end{center}
@@ -245,18 +170,15 @@
\vskip4cm
\begin{center}
\scriptsize
- \setatomsep{3em}%
+ \setchemfig{atom sep=3em}%
\chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
\par
- {\ECFAugie\small Taxotere}%
+ {\sffamily\small Taxotere}%
\end{center}
\vskip1.5cm
\hfill
\hbox to 0pt{\hss\scriptsize
- \setbondoffset{1pt}
- \setatomsep{2.5em}
- \setcompoundsep{5em}
- \setarrowoffset{6pt}
+ \setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2.5em,compound sep=5em,arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
\arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -279,7 +201,7 @@
\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
\schemestop\hss}\hfill\null
\begin{center}
- \ECFAugie\small The Beckmann rearrangement%
+ \sffamily\small The Beckmann rearrangement%
\end{center}
\end{titlepage}
\parindent0pt\pagestyle{plain}
@@ -289,59 +211,112 @@
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt}
\part{Introduction}
-\section{New in v1.2}
-\paragraph{Arrow tips} The default arrow tip in \CF, called ``CF'', is now defined with the macro \verb|\pgfdeclarearrow| and is based on the «Stealth» tip. For this, th ``arrows.meta''e library is loaded. Therefore, ``CF'' and ``Stealth'' tips have the same custumization options. The arrow tip can now be defined with \verb|\setarrowdefault|.
+\section{New in v1.3}
+\subsection{Key and values system}
+Given the large number of parameters and the number of macros used to specify them, standardization has become necessary, both to simplify the use of \CF and to facilitate the creation of new parameters.
-\exemple{Tip customization}/1) Default arrow:\par
-\schemestart A\arrow B\schemestop
+Most of the settings are now specified \emph{via} the macro \verb|\setchemfig| whose argument is a comma separated list of \chevrons{keys}${}={}$\chevrons{value}. Although still usable for the moment, all macros that specified one or more parameters are now obsolete.
+\begin{center}
+ \color{red}
+ \textbf{Warning}: all the following obsolete macros will be deleted in a future version.
+\end{center}
+\begingroup
+\spaceskip=0.75em plus7pt minus 7pt
+\verb-\setcrambond-, \verb-\setatomsep-, \verb-\enablefixedbondlength-, \verb-\disablefixedbondlength-, \verb-\setbondoffset-, \verb-\setdoublesep-, \verb-\setangleincrement-, \verb-\setnodestyle-, \verb-\setbondstyle-, \verb-\setlewis-, \verb-\setlewisdist-, \verb-\setstacksep-, \verb-\setcompoundstyle-, \verb-\setarrowdefault-, \verb-\setandsign-, \verb-\setarrowoffset-, \verb-\setcompoundsep-, \verb-\setarrowlabelsep-, \verb-\enablebondjoin-, \verb-\disablebondjoin-, \verb-\schemedebug-.%
+\endgroup
-2) Custom arrow:\par
-\schemestart
- A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}]
- C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D
-\schemestop\par
+Running them sends a warning message about their obsolescence in the log file.
-3) Default style modified:\par
-\setarrowdefault{,,-{CF[red,open,length=15pt,line width=1pt]}}
-\schemestart A\arrow B\schemestop/
+\subsection{The syntax of the \texttt{\textbackslash chemfig} macro}
+\begin{center}
+ \color{red}
+ The starred version of the macro \verb-\chemfig- is now obsolete and will no longer be supported in a future version.
+\end{center}
+To set a fixed bond length, use the key \CFkey{fixed length} and set it to \CFval{true}.
-\paragraph{Angle increment} When the angle of a bond is specified with \verb|[<n>]| where \verb|<n>| is an integer, the final angle is $45\times\text{n}$. From now on, the 45 default increment can be set with \verb|\setangleincrement{<increment>}| :
+On the other hand, the two optional arguments that the macro \verb-\chemfig- accepted, in order to specify parameters for tikz, are also obsolete. From now on, the two keys \CFkey{chemfig style} and \CFkey{atom style} must be preferred, see page~\pageref{arguments.optionnels}.
-\exemple{Angle increment}/Default increment: \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
+The aim is that in the long run, the macro \verb-\chemfig- accepts only \emph{a single} optional argument containing a list of parameters set via \chevrons{key}${}={}$\chevrons{value}.
+\begin{center}
+ \color{red}
+ The two optional arguments that the macro \verb-\chemfig- accepts will be removed in a future version.
+\end{center}
-30 increment:
-\setangleincrement{30}\chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
+\subsection{Keys and their default value}
+The chemfig settings, identified by their \chevrons{keys} and default \chevrons{value} are:
+\begin{center}
+\begin{longtable}{rl}\hline
+ \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead
+ \CFparam{chemfig style}
+ \CFparam{atom style}
+ \CFparam{bond join}
+ \CFparam{fixed length}
+ \CFparam{cram rectangle}
+ \CFparam{cram width}
+ \CFparam{cram dash width}
+ \CFparam{cram dash sep}
+ \CFparam{atom sep}
+ \CFparam{bond offset}
+ \CFparam{double bond sep}
+ \CFparam{angle increment}
+ \CFparam{node style}
+ \CFparam{bond style}
+ \CFparam{lewis | width}
+ \CFparam{lewis sep}
+ \CFparam{lewis length}
+ \CFparam{lewis style}
+ \CFparam{lewis dist}
+ \CFparam{lewis radius}
+ \CFparam{cycle radius coeff}
+ \CFparam{stack sep}
+ \CFparam{scheme debug}
+ \CFparam{compound style}
+ \CFparam{compound sep}
+ \CFparam{arrow offset}
+ \CFparam{arrow angle}
+ \CFparam{arrow coeff}
+ \CFparam{arrow style}
+ \CFparam{arrow double sep}
+ \CFparam{arrow double coeff}
+ \CFparam{arrow double harpoon}
+ \CFparam{arrow label sep}
+ \CFparam{arrow head}
+ \CFparam{+ sep left}
+ \CFparam{+ sep right}
+ \CFparam{+ vshift}\hline
+\end{longtable}
+\end{center}
-\paragraph{Macros \texttt{\string\chemrel} et \texttt{\string\chemsign}} These macros are now obsolete and are removed from the \CF package. To write chemical reactions, inside a \verb|\schemestart|...\verb|\schemestop| environement, use \verb|\arrow| and \verb|\+|.
+The macro \verb|\resetchemfig| can be run at any time to reset all parameters to their default value.
-\paragraph{Librairy «external»}
-Taking into account the limitations pointed in the documentation of the "external" librairy, the \verb|\chemfig| macro is now compatible with this librairy.
+The following \chevrons{parameters} are new and are therefore accessible only \emph{via} the macro \verb|setchemfig|:
+\begin{enumerate}
+ \item \CFkey{lewis radius} is the radius of a Lewis decoration disc;
+ \item \CFkey{arrow double sep} is the vertical spacing between the double arrows in the reaction schemes;
+ \item \CFkey{arrow double coeff} is the shrinkage coefficient of the small compared to the large one for the \verb|<->>| and \verb|<<->| arrows;
+ \item \CFkey{arrow double harpoon} is a boolean that specifies whether double arrows should be "harpoon" or not;
+ \item \CFkey{cycle radius coeff} represents the shrinkage coefficient of the circle or arc of a circle in the cycles;
+ \item \CFkey{arrow head} is the default arrowhead style.
+\end{enumerate}
-\paragraph{Starred macro \texttt{\string\setcrambond*}}
-When the \verb|\setcrambond| is starred, the dashed Cram bonds are drawn with a rectangle instead of a triangle.
-
-\exemple{Dashed Cram bonds}/No starred: \setcrambond{1ex}{.5pt}{.5pt}\chemfig{A>:B<:C}
-
-Starred: \setcrambond*{1ex}{.5pt}{.5pt}\chemfig{A>:B<:C}/
-
\section{Presenting \protect\CF}
To use this package, start by adding the following code to the preamble:
\begin{itemize}
- \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} with $\varepsilon$\TeX\idx*\input;
- \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} with \LaTeX\idx*{Latex@\protect\LaTeX}\idx*\usepackage;
- \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} with Con\TeX t\idx*{ConTeXt at Con\protect\TeX{}t}\idx*\usemodule.
+ \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} with $\varepsilon$\TeX;
+ \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} with \LaTeX;
+ \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} with Con\TeX t\falseverb*{ConTeXt at Con\protect\TeX{}t}.
\end{itemize}
-In all cases, the \TIKZ\idx*{tikz} package, if not loaded before, is loaded by \CF.
+In all cases, the \TIKZ package, if not loaded before, is loaded by \CF.
-The most important command for drawing molecules is \verb|\chemfig{<code>}|\idx*\chemfig. The argument \verb|code| is a set of characters describing the structure of the molecule according to the rules which are described in this manual.
+The most important command for drawing molecules is \verb|\chemfig{<code>}|. The argument \verb|code| is a set of characters describing the structure of the molecule according to the rules which are described in this manual.
Care has been taken to make it possible to draw the greatest possible number of molecular configurations, while maintaining a simple, flexible, and intuitive syntax. Despite this, the \verb-<code>- which describes the 2D structure of the molecule increases in complexity in proportion to that of the molecule being drawn.
-The command \verb|\chemfig| draws a molecule using the commands provided by the \TIKZ\idx*{tikz} package, placed inside a \verb|tikzpicture|\idx*{tikzpicture} environment. The choice of \TIKZ implies that:
+The command \verb|\chemfig| draws a molecule using the commands provided by the \TIKZ package, placed inside a \verb|tikzpicture| environment. The choice of \TIKZ implies that:
\begin{itemize}
-\item the user has a choice of compilation method\idx*{compilation method}: pdf\LaTeX{} can be used equally well in \idx{dvi mode} (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) or in \idx{pdf mode} (tex $\longrightarrow$ pdf). In effect \TIKZ, via the underlying \idx{pgf}, gives identical graphical results in the two modes;
-\item the \idx{bounding box} is automatically calculated by \TIKZ and the user need not worry about any overlap with the text. However, care must be taken with alignment when the molecule is drawn in a paragraph. In the following example, we have drawn the \idx{bounding box} for the molecule: {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF always places the first atom of the molecule on the \idx{baseline} of the preceding code.
+\item the user has a choice of compilation method: pdf\LaTeX{} can be used equally well in \falseverb{dvi mode} (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) or in \falseverb{pdf mode} (tex $\longrightarrow$ pdf). In effect \TIKZ, via the underlying \falseverb{pgf}, gives identical graphical results in the two modes;
+\item the \falseverb{bounding box} is automatically calculated by \TIKZ and the user need not worry about any overlap with the text. However, care must be taken with alignment when the molecule is drawn in a paragraph. In the following example, we have drawn the \falseverb{bounding box} for the molecule: {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF always places the first atom of the molecule on the \falseverb{baseline} of the preceding code.
\end{itemize}
\section{Acknowledgment}
@@ -359,7 +334,7 @@
{\fboxsep1pt
However, in this molecule
\molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}
-there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms\idx*{separating atom mechanism}.
+there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms.
Therefore the first group of atoms ``$\mathrm{H_3C}$'' is split into two atoms: $\boxednode{H_3}{}$ and $\boxednode C{}$. In terms of chemistry, of course, these are not real atoms; $\mathrm{H_3}$, for example, consists of three hydrogen atoms. In what follows the word atom refers to \CF's definition. Thus \CF sees the preceding molecule as follows:
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
@@ -368,7 +343,7 @@
A space is ignored when at the begining of a group of atoms.
\section{Different types of bonds}
-\idx*{bond!types}For \CF, bonds between two atoms are one of nine types, represented by the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons}
+For \CF, bonds between two atoms are one of nine types, represented by the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons}
\begin{center}
\begin{tabular}{>{\centering\arraybackslash}m{1.7cm}>{\centering\arraybackslash}m{3cm}>{\centering\arraybackslash}m{2cm}m{4cm}}
\hline
@@ -384,9 +359,9 @@
9 &\verb+\chemfig{A<|B}+&\chemfig{A<|B}&left Cram, hollow\\\hline
\end{tabular}
\end{center}
-\label{setdoublesep}The command \verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*{\setdoublesep} adjusts the spacing between the lines in double or triple bonds. This spacing is 2pt by default.
+\label{double bond sep}The \chevrons{key} \verb-\double bond sep=<dim>- adjusts the spacing between the lines in double or triple bonds. This spacing is 2pt by default.
-\label{longueur.liaison}\idx*{bond!length}We must understand that when a bond is made between two atoms, these atoms are contained within invisible rectangular boxes. The centres of these two rectangles are separated by an adjustable distance $\Delta$ called the ``interatomic distance''. Furthermore, bonds do not connect to the exact edges of the rectangles: a length $\delta$, also adjustable, separates the edges of the rectangles and the beginning and end of the bond line. The rectangular boxes are made visible in the diagram below to help understanding.
+\label{longueur.liaison}We must understand that when a bond is made between two atoms, these atoms are contained within invisible rectangular boxes. The centres of these two rectangles are separated by an adjustable distance $\Delta$ called the ``interatomic distance''. Furthermore, bonds do not connect to the exact edges of the rectangles: a length $\delta$, also adjustable, separates the edges of the rectangles and the beginning and end of the bond line. The rectangular boxes are made visible in the diagram below to help understanding.
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
@@ -410,26 +385,26 @@
\end{tikzpicture}
\end{center}
-\label{setatomsep}The macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} adjusts the interatomic distance $\Delta$. If the \verb-<dimension>- is empty, it takes the default value of 3em. This command, like all other settings commands, affects all the following molecules.
+\label{atom sep}The \chevrons{key} \CFkv{atom sep}{dim} adjusts the interatomic distance $\Delta$. This setting, like all other settings, affects all the following molecules.
-\exemple{Interatomic distance}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par
-\setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}|
+\exemple{Interatomic distance}|\setchemfig{atom sep=2em}\chemfig{A-B}\par
+\setchemfig{atom sep=50pt}\chemfig{A-B}|
-\label{setbondoffset}\idx*{\setbondoffset}The command \verb-\setbondoffset{<dimension>}- sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom. If the \verb-<dimension>- is empty, $\delta$ takes the default value of 2pt.
-\exemple{Trimming bonds}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par
- \setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}|
+\label{bond offset}The \chevrons{key} \CFkv{bond offset}{dim} sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom. Its default value is 2pt.
+\exemple{Trimming bonds}|\setchemfig{bond offset=0pt}\chemfig{A-B}\par
+ \setchemfig{bond offset=5pt}\chemfig{A-B}|
If one bond is followed immediately by another, then \CF inserts an empty group \verb-{}-. Around this empty group the separation $\delta$ is zero:
\exemple{Empty groups}/\chemfig{A-B=-=C}/
-\label{setbondstyle}\idx*{\setbondstyle}The \verb-\setbondstyle{<tikz code>}- command sets the style for all the bonds drawn thereafter. The \verb-<tikz code>- is empty by default. To custom a single bond, see page~\pageref{perso-liaisons}.
-\exemple{Style of bonds}/\setbondstyle{line width=1pt,red}
+\label{bond style}The \chevrons{key} \CFkv{bond style}{tikz code} sets the style for all the bonds drawn thereafter. The \CFval{tikz code} is empty by default. To custom a single bond, see page~\pageref{perso-liaisons}.
+\exemple{Style of bonds}/\setchemfig{bond style={line width=1pt,red}}
\chemfig{A-B=C>|D<E>:F}/
-\label{modif.retrait} The spacing $\delta$ for just one bond can be specified with the character \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. This character must be placed \emph{immediately} after the bond symbol and has one required argument between parentheses of the form ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', where \verb-<dim1>- is the spacing $\delta$ at the beginning of the bond and \verb-<dim2>- is the that at the end. If \verb-<dim2>- is omitted, the spacing at the end of the bond takes the value of $\delta$ in effect at that time. One can see in the example how the shortening, set to 4pt to be more visible, is nullified for the bond arriving at ``B'', then for the one leaving ``B'', and finally for both:
+\label{modif.retrait} The spacing $\delta$ for just one bond can be specified with the character \verb-#-. This character must be placed \emph{immediately} after the bond symbol and has one required argument between parentheses of the form ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', where \verb-<dim1>- is the spacing $\delta$ at the beginning of the bond and \verb-<dim2>- is the that at the end. If \verb-<dim2>- is omitted, the spacing at the end of the bond takes the value of $\delta$ in effect at that time. One can see in the example how the shortening, set to 4pt to be more visible, is nullified for the bond arriving at ``B'', then for the one leaving ``B'', and finally for both:
\begingroup
\catcode`\#12
-\exemple{Fine adjustment of bond shortening}/\setbondoffset{4pt}
+\exemple{Fine adjustment of bond shortening}/\setchemfig{bond offset=4pt}
\chemfig{A-B-C}\par
\chemfig{A-#(,0pt)B-C}\par
\chemfig{A-B-#(0pt)C}\par
@@ -436,31 +411,29 @@
\chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/
\endgroup
-By default, all atoms within groups of atoms are typeset in \idx{math mode} (spaces are ignored). They may therefore contain math mode specific commands such as subscripts or superscripts\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.}:
+By default, all atoms within groups of atoms are typeset in \falseverb{math mode} (spaces are ignored). They may therefore contain math mode specific commands such as subscripts or superscripts\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.}:
\exemple{Math mode}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}|
-There are settings specifically for Cram bonds\idx*{Cram representation}\idx*\setcrambond. This syntax is used: \label{setcrambond}
-\centerverb/\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}/
-\smallskip
-
-Any empty argument takes its default value. The three arguments are:
+There are settings specifically for Cram bonds:
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- is the size of the base of the triangle, and is 1.5pt by default;
- \item \verb-<dim2>- is the thickness of the dots, and is 1pt by default;
- \item \verb-<dim3>- is the spacing between the dots, and is 2pt by default.
+ \item \CFkv{cram width}{dim} is the size of the base of the triangle, and is 1.5pt by default;
+ \item \CFkv{cram dash width}{dim} is the thickness of the dots, and is 1pt by default;
+ \item \CFkv{cram dash sep}{dim} is the spacing between the dots, and is 2pt by default.
\end{itemize}
Here is an example where the three dimensions are changed:
-\exemple{Modified Cram bonds}-\setcrambond{10pt}{0.4pt}{1pt}
- \chemfig{A>B>:C>|D}-
+\exemple{Modified Cram bonds}-\setchemfig{cram width=10pt,
+ cram dash width=0.4pt,
+ cram dash sep=1pt}
+\chemfig{A>B>:C>|D}-
\section{Bond angle}
-\idx*{bond!angle}\idx*{bond!optional argument|(}Each bond takes an optional argument in brackets. This optional argument can adjust every aspect of a bond, and consists of five optional fields separated by commas. The first of these fields defines the bond angle. Angles increase counterclockwise, and are relative to the horizontal. If the angle field is empty, the angle takes its default value of 0\degres. We will see later how to change this default.
+Each bond takes an optional argument in brackets. This optional argument can adjust every aspect of a bond, and consists of five optional fields separated by commas. The first of these fields defines the bond angle. Angles increase counterclockwise, and are relative to the horizontal. If the angle field is empty, the angle takes its default value of 0\degres. We will see later how to change this default.
There are several ways of specifying the bond angle.
\subsection{Predefined angles}
-\idx*{bond!angle!predefined}When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on.
+When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on.
\exemple{Predefined angles}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}|
@@ -467,25 +440,25 @@
These angles remain valid if the atoms are empty, and this is the case for all the features we will see below:
\exemple{Predefined angles with empty groups}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}|
-For those who find this "ugly\footnote{See \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig detokenize}}}", it is now possible connect the single bonds with a slightly increased compilation time. The macro \idx\enablebondjoin{} enables this feature and \idx\disablebondjoin{} disables (better behavior, set by default).
+For those who find this "ugly\footnote{See \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig detokenize}}}", it is now possible connect the single bonds with a slightly increased compilation time. The boolean \chevrons{key} \CFkv{bond join}{boolean} macro enables this feature when \CFval{true} and disables it when \CFval{false}, which is the better behavior, set by default.
-\exemple{Connecting bonds}/\setbondstyle{line width=3pt}
+\exemple{Connecting bonds}/\setchemfig{bond style={line width=3pt}}
\chemfig{-[1]-[7]} et
-\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+\setchemfig{bond join=true}\chemfig{-[1]-[7]}/
-\label{setangleincrement}The \idx\setangleincrement{} macro sets the default angle used to calculate the angle of a bond:
+\label{angle increment}The \chevrons{key} \CFkv{angle increment}{angle} sets the default angle used to calculate the angle of a bond:
\exemple{Set the predefined angle}/Default (45) : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
-\setangleincrement{30}
+\setchemfig{angle increment=30}
Angle of 30 : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
\subsection{Absolute angles}
-\idx*{bond!angle!absolute}If one wishes to specify an angle in degrees relative to the horizontal, then the optional angle field must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. If necessary, the \verb-<absolute angle>- is reduced to the interval $[0,360)$:
+If one wishes to specify an angle in degrees relative to the horizontal, then the optional angle field must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. If necessary, the \verb-<absolute angle>- is reduced to the interval $[0,360)$:
\exemple{Absolute angles}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/
\subsection{Relative angles}\label{angle.relatif}
-\idx*{bond!angle!relative}It is often useful to specify a bond angle relative to the preceding bond. This syntax must be then be used: \verb-[::<relative angle>]-. The sign of the \verb-<relative angle>- can be omitted if it is a \verb-+-.
+It is often useful to specify a bond angle relative to the preceding bond. This syntax must be then be used: \verb-[::<relative angle>]-. The sign of the \verb-<relative angle>- can be omitted if it is a \verb-+-.
Here is a molecule where the first bond has an absolute angle of $-5\degres$, and the rest of the bond angles are incremented by 20\degres:
\exemple{Result of relative angles}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}|
@@ -494,7 +467,7 @@
\exemple{Result of relative angles followed by absolute}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}|
\section{Length of a bond}
-\idx*{bond!length}Rather than speaking of length of a bond, we should use the term interatomic spacing. If effect, only the interatomic spacing is adjustable with \idx{\setatomsep} as we have seen on page~\pageref{longueur.liaison}. Once this parameter is set, the length of a bond depends on the content of atoms and, to a lesser extent, the angle the bond makes with the horizontal. It should be obvious that two ``slimmer'' atoms will have larger edge separations than two which are larger. This can be seen easily in the following example where an ``I'' atom is narrower than an ``M'' atom, which means that the bond between the ``I'' atoms is longer than that between the ``M'' atoms:
+Rather than speaking of length of a bond, we should use the term interatomic spacing. If effect, only the interatomic spacing is adjustable with \falseverb{atom sep} as we have seen on page~\pageref{longueur.liaison}. Once this parameter is set, the length of a bond depends on the content of atoms and, to a lesser extent, the angle the bond makes with the horizontal. It should be obvious that two ``slimmer'' atoms will have larger edge separations than two which are larger. This can be seen easily in the following example where an ``I'' atom is narrower than an ``M'' atom, which means that the bond between the ``I'' atoms is longer than that between the ``M'' atoms:
\exemple{Influence of the size of atoms}|\chemfig{I-I}\par
\chemfig{M-M}|
@@ -503,11 +476,11 @@
It is important to note that the exponent \verb+-+ is \emph{put inside braces}. If this were not done, \CF would stop the atom on this character, which is a bond character. The atom would then be ``\verb-B^-'', which would lead to unexpected results.
-It is possible to change the behavior of \CF about the interatomic spacing. Indeed, when the \verb+\chemfig+ macro is immediately followed by a star, the macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} no longer defines the distance between the centers of atoms, denoted $\Delta$, but \emph{length of the bonds}. Consequently, the bonds have fixed lengths while the distance between the centers of the atoms is variable and depends on their size. Here is the diagram on page~\pageref{longueur.liaison} and what becomes with the macro \verb|\ chemfig*|:
+It is possible to change the behavior of \CF about the interatomic spacing. Indeed, when the \verb+\chemfig+ macro is immediately followed by a star, the \chevrons{key} \CFkey{atom sep}no longer defines the distance between the centers of atoms, denoted $\Delta$, but \emph{length of the bonds}. Consequently, the bonds have fixed lengths while the distance between the centers of the atoms is variable and depends on their size. Here is the diagram on page~\pageref{longueur.liaison} and what becomes with the two boolean values of key \CFkey{fixed length}:
\begin{center}
\begin{tabular}{c@{\kern2cm}c}
- macro \verb|\chemfig|¯o \verb|\chemfig*|\\[2ex]
+ \CFkv{fixed length}{false}&\CFkv{fixed length}{true}\\[2ex]
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
\node[draw]at(4,0)(bb){\huge B};
@@ -550,21 +523,20 @@
\end{tabular}
\end{center}
-In rings, even with starred \verb|\chemfig*|, the default behaviour is restored in order to draw regular polygons.
+In rings, even when \CFkv{fixed length}{true}, the default behaviour is restored for the bonds of the cylce, in order to draw regular polygons.
\exemple{Fixed length bonds}/\chemfig{Cl-Cl}\par
-\chemfig*{Cl-Cl}/
+\setchemfig{fixed length=true}\chemfig{Cl-Cl}/
-The macro \idx\enablefixedbondlength{} enables the ``fixed bond length behaviour'', even for non starred \verb|\chemfig| while \idx\disablefixedbondlength{} goes back to the default behaviour (fixed interatomic distance).
-
-Especially with the default behavior, to avoid too short bonds, it is sometimes necessary to increase (or perhaps reduce) the interatomic distance. For this, the optional argument to bonds is actually made up of several comma-separated fields. As we have seen, the first field specifies the angle. The second field, if it is not empty, is a coefficient which multiplies the default interatomic distance $\Delta$. Thus, writing \verb+-[,2]+ asks that this bond have the default angle (first field is empty) and that the atoms it connects be separated by twice the default distance\idx*{bond!length}.
+Especially with the default behavior, to avoid too short bonds, it is sometimes necessary to increase (or perhaps reduce) the interatomic distance. For this, the optional argument to bonds is actually made up of several comma-separated fields. As we have seen, the first field specifies the angle. The second field, if it is not empty, is a coefficient which multiplies the default interatomic distance $\Delta$. Thus, writing \verb+-[,2]+ asks that this bond have the default angle (first field is empty) and that the atoms it connects be separated by twice the default distance.
\exemple{Modified bond length}/\chemfig{A^{++}_{2}-[,2]B^{-}_3}\par
\chemfig{A-B-[,2]C=[,0.5]D}\par
\chemfig{-=[,1.5]-[,0.75]=[:-20,2]}/
-We can change the \idx{size of molecules} by altering the font size or the argument of \idx{\setatomsep}, possibly on both \footnote{You can also use the second optional argument of \texttt{\string\chemfig}, see page~\pageref{arguments.optionnels}.}, being careful to confine these changes within a group if we want to limit the scope:
+We can change the \falseverb{size of molecules} by altering the font size or the \chevrons{key} \CFkey{atom sep}, possibly on both, being careful to confine these changes within a group if we want to limit the scope:
\exemple{How to modify the size of molecule}/\normalsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
-\setatomsep{2.5em}\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
+\setchemfig{atom sep=2.5em}
+\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\small \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\footnotesize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\scriptsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
@@ -571,7 +543,7 @@
\tiny \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}/
\section{Departure and arrival atoms}
-\idx*{bond!departure and arrival atoms}A group of atoms can contain several atoms. Suppose we want to connect the group ``ABCD'' to the group ``EFG'' with a bond. \CF calculates which atom of the first group and which of the second group are to be connected by looking at the angle of bond relative to the horizontal. If the angle is between (but not including) $-90\degres$ and 90\degres{} (modulo 360\degres) then the bond is made between the last atom of the first group and the first atom of the second group. In all other cases, the bond is made between the first atom of the first group and the last atom of the second group.
+A group of atoms can contain several atoms. Suppose we want to connect the group ``ABCD'' to the group ``EFG'' with a bond. \CF calculates which atom of the first group and which of the second group are to be connected by looking at the angle of bond relative to the horizontal. If the angle is between (but not including) $-90\degres$ and 90\degres{} (modulo 360\degres) then the bond is made between the last atom of the first group and the first atom of the second group. In all other cases, the bond is made between the first atom of the first group and the last atom of the second group.
Here are some examples where the bond is in the interval $(-90,90)$, and where the bond is made between D and E:
\exemple{Default atom connections}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad
@@ -593,15 +565,15 @@
\chemfig{ABCD-[:75,,3,2]EFG}|
\section{Customization of bonds}\label{perso-liaisons}
-\idx*{bond!customization}There is a fifth and last optional argument for bonds which is found after the fourth comma:
+There is a fifth and last optional argument for bonds which is found after the fourth comma:
\centerverb/[,,,,<tikz code>]/
\smallskip
-\idx*{tikz}This \verb-<tikz code>- is passed directly to \TIKZ when the bond is drawn. There one can put characteristics such as colour (\verb-red-), dash type (\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-), thickness (\verb-line width=2pt-), or even decoration if the \TIKZ decoration library has been loaded. A bond can be made invisible by writing ``\verb-draw=none-''\idx*{bond!invisible}. To set several attributes, the syntax of \TIKZ is used, separating them by a comma:
+This \verb-<tikz code>- is passed directly to \TIKZ when the bond is drawn. There one can put characteristics such as colour (\verb-red-), dash type (\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-), thickness (\verb-line width=2pt-), or even decoration if the \TIKZ decoration library has been loaded. A bond can be made invisible by writing ``\verb-draw=none-''. To set several attributes, the syntax of \TIKZ is used, separating them by a comma:
\exemple{Passing tikz code}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par
- \chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par
- \chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par
- \chemfig{A-[,,,,red,line width=2pt]B}|
+\chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par
+\chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par
+\chemfig{A-[,,,,red,line width=2pt]B}|
Numerous \TIKZ decoration libraries are available. For example, one can use the ``\verb-pathmorphing-'' library by putting \verb-\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}- in the preamble in order to draw wavy bonds:
\exemple{Wavy bonds}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}|
@@ -609,7 +581,7 @@
Cram bonds ignore thickness and dash settings.
\section{Default values}
-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}}At the beginning of each molecule, the default values for the optional arguments are initialized. They are:
+At the beginning of each molecule, the default values for the optional arguments are initialized. They are:
\begin{itemize}
\item 0\degres{} for the bond angle;
\item 1 for the length multiplication coefficient;
@@ -625,9 +597,9 @@
\exemple{Overriding default values}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}|
If something odd like \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]- is written, then unless otherwise indicated all the bonds will have an angle of 45\degres{}, the interatomic distances will be 1.5 times the default distance, the bonds will begin and end on the second atom of each group, and the bonds will be red and thick:
-\exemple{Default values}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|\idx*{bond!optional argument|)}
+\exemple{Default values}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|
-\section{Branches}\idx*{branched molecule}
+\section{Branches}
\subsection{Principle}
Up to now, all the molecules have been linear, which is rare. A sub-molecule can be attached to an atom by following the atom with \verb-<code>- in parentheses. This \verb-<code>- is the code of the submolecule which will be attached to the atom.
@@ -663,7 +635,7 @@
\exemple[70]{Rotation of a molecule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
\section{Connecting distant atoms}
-\idx*{bond!distant atoms}We have seen how to connect atoms \emph{which are adjacent in the code}. It is often necessary to connect atoms which are not next to each other in the code. Let's call these particular bonds ``distant bonds''.
+We have seen how to connect atoms \emph{which are adjacent in the code}. It is often necessary to connect atoms which are not next to each other in the code. Let's call these particular bonds ``distant bonds''.
Let's take this molecule:
\exemple{Branched structure}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}|
@@ -698,7 +670,7 @@
Then we must do this:
\exemple{Multiple distant bonds}|\chemfig{A?[a]-[:-72]B-C?[a]?[b]-[:72]D-[:144]E?[a]?[b]}|
-\section{Rings}\idx*{ring|(}
+\section{Rings}
The preceding example shows how to draw a regular polygon, but the method used is tedious because the angles depend on the number of sides of the polygon.
\subsection{Syntax}
@@ -714,12 +686,12 @@
A ring can also be drawn with one, several, or all the groups of atoms empty, as is the case for diagrams outside rings:
\exemple{5-ring with empty groups}|\chemfig{*5(-=--=)}|
-A ring can be incomplete\idx*{ring!unfinished}:
+A ring can be incomplete:
\exemple{Incomplete 5-ring}|\chemfig{*5(-B=C-D)}|
If a ring has a code which contains too many bonds and atom groups for the given number of vertices, all the bonds and groups over the maximum allowed are ignored:
\exemple{Truncated 5-ring}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=F-G=H-I)}|
-It is possible to draw a circle or an arc in the inside of a ring\idx*{ring!inside arc}. To do so, the following syntax is used:
+It is possible to draw a circle or an arc in the inside of a ring. To do so, the following syntax is used:
\centerverb/<atom>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/
\smallskip
@@ -735,7 +707,7 @@
\subsection{Angular position}
\subsubsection{At the start}
-\idx*{ring!angular position}As can be seen in the examples above, the rule is that the attachment atom ``\verb/A/'' is always at the south-west of the ring. Furthermore, the ring is always constructed counterclockwise, and the last bond descends vertically onto the attachment atom:
+As can be seen in the examples above, the rule is that the attachment atom ``\verb/A/'' is always at the south-west of the ring. Furthermore, the ring is always constructed counterclockwise, and the last bond descends vertically onto the attachment atom:
\exemple{Angular position of rings}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}|
If this angular position is not convenient, it is possible to specify another angle using the optional argument at the beginning of the molecule. Here is a 6-cycle which has been rotated by $+30\degres$, by $-30\degres$, and lastly by $+60\degres$:
@@ -754,7 +726,7 @@
\chemfig{A=[:-30]*6(=-=-=-)}|
\subsection{Branches on a ring}
-\idx*{ring!branch}To have branches attached to the vertices of a ring, we use the syntax we have already seen:
+To have branches attached to the vertices of a ring, we use the syntax we have already seen:
\centerverb/<atom>(<code>)/
\smallskip
@@ -775,7 +747,7 @@
\exemple{Connected rings}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}|
\subsection{Nested rings}
-\idx*{ring!nested}To ``glue'' two rings together, the syntax is only slightly different: the vertex is specified where the other ring is going to start. Simply follow this vertex by the usual syntax for a ring. Here for example is a 5-ring which is attached to the second vertex of a 6-ring:
+To ``glue'' two rings together, the syntax is only slightly different: the vertex is specified where the other ring is going to start. Simply follow this vertex by the usual syntax for a ring. Here for example is a 5-ring which is attached to the second vertex of a 6-ring:
\exemple{Nested rings}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}|
Note that the ring which is going to be attached to the main ring has an angular position such that two of the rings' sides coincide. In addition, the 5-ring has only four bonds ``\verb/----/''. In effect, the fifth will be useless because it is the second side of the 6-ring, which has already been drawn.
@@ -796,11 +768,11 @@
Some care must be taken with rings when one or more vertices are made up of groups of atoms:
\exemple{Ring and groups of atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-F-GH-I-)}|
-In order for the ring to have a regular shape, it is necessary to override the \CF mechanism which automatically calculates the departure and arrival atoms of bonds\idx*{bond!departure and arrival atoms}. Here, \verb/C-F/ and \verb/F-G/ must be connected by using the optional argument\idx*{bond!optional argument} of these bonds:
-\exemple{Forced departure and arrival atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|\idx*{ring|)}
+In order for the ring to have a regular shape, it is necessary to override the \CF mechanism which automatically calculates the departure and arrival atoms of bonds. Here, \verb/C-F/ and \verb/F-G/ must be connected by using the optional argument of these bonds:
+\exemple{Forced departure and arrival atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|
-\section{Representing electron movements}\label{mecanismes-reactionnels}\idx*{electron movements|(}
-Starting with \CF version 0.3, we can represent the movement of electrons in mesomeric effects or reaction mechanisms. This is done by marking the departure and arrival points of the electron movement arrow using the syntax ``\verb-@{<argument>}-''\idx*{"@}. This syntax allows a \TIKZ node to be placed and makes this node accessible outside the argument of the \verb-\chemfig- command thanks to the ``\texttt{remember picture}'' option which is passed to all the ``\idx{tikzpicture}'' environments. It is assumed that the viewer supports ``\idx{picture remembering}'' and that the compilation is done twice.
+\section{Representing electron movements}\label{mecanismes-reactionnels}
+Starting with \CF version 0.3, we can represent the movement of electrons in mesomeric effects or reaction mechanisms. This is done by marking the departure and arrival points of the electron movement arrow using the syntax ``\verb-@{<argument>}-''. This syntax allows a \TIKZ node to be placed and makes this node accessible outside the argument of the \verb-\chemfig- command thanks to the ``\texttt{remember picture}'' option which is passed to all the ``\falseverb{tikzpicture}'' environments. It is assumed that the viewer supports ``\falseverb{picture remembering}'' and that the compilation is done twice.
Two types of diagrams can arise, so we can ask for:
\begin{itemize}
@@ -807,11 +779,11 @@
\item a zero size node on a bond using the syntax ``\verb-@{<name>,<coeff>}-'' placed at the beginning of the optional argument of the relevant bond, without being followed by a comma if there is a first optional argument. In this case, the node takes the name ``\verb-<name>-'' and the \verb-<coeff>-, which must be between 0 and 1, determines where the node is located on the bond. If ``\verb-@{<name>}-'' is used, the \verb-<coeff>- is set to 0.5 by default, which means that the node is placed halfway along the bond;
\item a node on an atom using the syntax ``\verb-@{<name>}-'' immediately before the relevant atom. In this case, the node has exactly the same footprint as the atom, but may be empty and therefore have zero dimensions.
\end{itemize}
-Once the \idx{\chemfig} command has drawn the molecule(s) and has placed the nodes with the syntax described above, we can connect these nodes to each other with \TIKZ instructions. These instructions are placed in the argument of the command \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{Actually, the \texttt{\string\chemmove} command puts its argument in a ``\idx{tikzpicture}'' environment with the options ``\texttt{remember picture, overlay}''.} and has the following syntax if (for example) we need to connect a node named ``\verb-<name1>-'' to the node named ``\verb-<name2>-'':
+Once the \falseverb{\chemfig} command has drawn the molecule(s) and has placed the nodes with the syntax described above, we can connect these nodes to each other with \TIKZ instructions. These instructions are placed in the argument of the command \verb-\chemmove-\footnote{Actually, the \texttt{\string\chemmove} command puts its argument in a ``\falseverb{tikzpicture}'' environment with the options ``\texttt{remember picture, overlay}''.} and has the following syntax if (for example) we need to connect a node named ``\verb-<name1>-'' to the node named ``\verb-<name2>-'':
\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<tikz opt>](<name1>)<tikz link>(<name2>);}|
\smallskip
-The optional argument \verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added to the argument of the \idx{tikzpicture} environment in which the links between the nodes will be drawn. The \verb-<tikz opt>- and \verb-<tikz link>- instructions are describe in detail in the documentation of the \TIKZ package.
+The optional argument \verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added to the argument of the \falseverb{tikzpicture} environment in which the links between the nodes will be drawn. The \verb-<tikz opt>- and \verb-<tikz link>- instructions are describe in detail in the documentation of the \TIKZ package.
\subsection{Mesomeric effects}
To make these concepts concrete, let's take the example of a mesomeric effect involving a double bond and non-bonding lone pair conjugate. Let's begin with the possible delocalization of electrons from the double bond. We will place a node named ``db'' (double bond) in the middle of the double bond and a node named ``a1'' on the end of the double bond.
@@ -832,7 +804,7 @@
\centerverb|\chemmove{\draw(db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}|
\medskip
-For arrows in \verb|\chemmove|, the default tip is ``CF''.In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \idx{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb'').
+For arrows in \verb|\chemmove|, the default tip is ``CF''.In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \falseverb{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb'').
\exemple{Mesomeric effect 2}/\schemestart
\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
\arrow{<->}
@@ -843,7 +815,7 @@
\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
\draw(dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
-For our new arrow we have set the \idx{control points} as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow.
+For our new arrow we have set the \falseverb{control points} as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow.
\exemple{Mesomeric effect 3}/\schemestart
\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
\arrow{<->}
@@ -885,7 +857,7 @@
\chemmove{\draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]
(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
-In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the \idx{control points}. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'':
+In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the \falseverb{control points}. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'':
\exemple{A single control point}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
@@ -895,8 +867,8 @@
All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed and will not be included in the bounding boxes. We can see this in the preceding example.
\subsection{Reaction mechanisms}
-Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}.
-\exemple{Esterification: step 1}/\setatomsep{7mm}
+Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction.
+\exemple{Esterification: step 1}/\setchemfig{atom sep=7mm}
\schemestart
\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
\+
@@ -907,8 +879,8 @@
\draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
\draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/
-The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} command does not change the dimensions of the \idx{bounding box} of \verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point\idx*{control points} with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code.
-\exemple{Esterification: step 2}/\setatomsep{7mm}
+The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| command does not change the dimensions of the \falseverb{bounding box} of \verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code.
+\exemple{Esterification: step 2}/\setchemfig{atom sep=7mm}
\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
\chemmove{
@@ -915,16 +887,16 @@
\draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt]
(dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
-The rest is left as an exercise to the reader\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\idx*{electron movements|)}\dots.
+The rest is left as an exercise to the reader\dots.
\section{Writing a name under a molecule}\label{chemname}
-For convenience, \CF can write the name of a molecule underneath it with the command\idx*\chemname
+For convenience, \CF can write the name of a molecule underneath it with the command
\centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code of the molecule>}}{<name>}/
\smallskip
-The \verb-<dim>-, which is 1.5ex by default, will be inserted between the \idx{baseline} of the molecule and the top of the letters of the \verb-<name>-. The \verb-<name>- will be centred relative to the molecule, but the \verb-<name>- may not contain multiple paragraphs. As we see in this example: \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries The water molecule: $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, the \verb-<name>- which is displayed under the molecule is taken into account only for the vertical size of the bounding box. The horizontal size of \verb-<name>- is always zero.
+The \verb-<dim>-, which is 1.5ex by default, will be inserted between the \falseverb{baseline} of the molecule and the top of the letters of the \verb-<name>-. The \verb-<name>- will be centred relative to the molecule, but the \verb-<name>- may not contain multiple paragraphs. As we see in this example: \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries The water molecule: $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, the \verb-<name>- which is displayed under the molecule is taken into account only for the vertical size of the bounding box. The horizontal size of \verb-<name>- is always zero.
-Here is a reaction with the names under the molecules\idx*{chemical reaction}:
+Here is a reaction with the names under the molecules:
\exemple*{Displaying names of molecules}/\schemestart
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
\+
@@ -948,13 +920,13 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-In fact, to draw the \verb-<name>- the command \idx{\chemname} inserts 1.5ex${}+{}$\emph{the largest of the depths\footnote{In \TeX{} terms, the depth is the dimension which extends vertically below the baseline.} of the molecules thus far} below the baseline of each molecule (light grey for the examples in this manual). The command \idx{\chenameinit}\verb-{<stuff>}- initializes this largest depth with the \verb-<stuff>-. Therefore one should:
+In fact, to draw the \verb-<name>- the command \falseverb{\chemname} inserts 1.5ex${}+{}$\emph{the largest of the depths\footnote{In \TeX{} terms, the depth is the dimension which extends vertically below the baseline.} of the molecules thus far} below the baseline of each molecule (light grey for the examples in this manual). The command \falseverb{\chenameinit}\verb-{<stuff>}- initializes this largest depth with the \verb-<stuff>-. Therefore one should:
\begin{itemize}
\item write \verb-\chemnameinit{<deepest molecule>}- before using the \verb-\chemname- command in a reaction, unless the reaction begins with the deepest molecule;
\item write \verb-\chemnameinit{}- after having written all the names in a chemical reaction lest the greatest depth in this reaction interfere with a future reaction.
\end{itemize}
-Thus the correct code uses \idx{\chemnameinit} before and after the reaction:
+Thus the correct code uses \falseverb{\chemnameinit} before and after the reaction:
\exemple*{Name alignment 2}/\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
\schemestart
\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
@@ -967,7 +939,7 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\-\idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} encountered in a \verb-<name>- causes a line break\footnote{Conversely, the command \texttt{\textbackslash par} is forbidden and causes a compilation error.}:
+Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\- encountered in a \verb-<name>- causes a line break\footnote{Conversely, the command \texttt{\textbackslash par} is forbidden and causes a compilation error.}:
\exemple*{Name on 2 lines}/\schemestart
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxilic\\Acid}
\+
@@ -984,13 +956,13 @@
\part{Advanced usage}\label{utilisation.avancee}
\section{Separating atoms}\label{decoupage.atomes}
-The \idx{separating atom mechanism} described previously extends each atom until the next capital letter or one of the characters {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
+The \falseverb{separating atom mechanism} described previously extends each atom until the next capital letter or one of the characters {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
In certain cases this automatic separation produces incorrect atoms which can translate into an imperfect diagram. Consider this example molecule, noting that the ``\texttt('' character is placed between braces so that \CF doesn't incorrectly create a branch:
\exemple*{Alkene}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/
-We find that the bond which arrives at the carbon atom in the upper right is too short. This happens because, if we apply the \CF rules for separating atoms\idx*{separating atom mechanism} to the upper right group, the atoms are split in this way: ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. We now realize that the first atom contains a parenthesis and thus has too great a depth in math mode; we can see this by making the bounding boxes visible:
+We find that the bond which arrives at the carbon atom in the upper right is too short. This happens because, if we apply the \CF rules for separating atoms to the upper right group, the atoms are split in this way: ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. We now realize that the first atom contains a parenthesis and thus has too great a depth in math mode; we can see this by making the bounding boxes visible:
\begin{center}
\fboxsep=0pt
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}%
@@ -1001,13 +973,13 @@
\exemple*{Alkene}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/
\section{Displaying atoms}\label{perso.affichage}
-Once a molecule has been split into atoms, the macro \idx{\printatom} is called internally by \CF in order to display each atom. Its sole argument is the code of the atom to be displayed (e.g. ``\verb-H_3-''). By default, this macro enters \idx{math mode} and displays its argument with the math font family ``rm''. It is defined by the following code:
+Once a molecule has been split into atoms, the macro \falseverb{\printatom} is called internally by \CF in order to display each atom. Its sole argument is the code of the atom to be displayed (e.g. ``\verb-H_3-''). By default, this macro enters \falseverb{math mode} and displays its argument with the math font family ``rm''. It is defined by the following code:
\begin{itemize}
- \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad when compiling with \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX}
- \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad when compiling with $\varepsilon$\TeX{}\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX} ou Con\TeX tX\idx*{ConTeXt at Con\protect\TeX{}t}.
+ \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad when compiling with \LaTeX{}
+ \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad when compiling with $\varepsilon$\TeX{} ou Con\TeX tX.
\end{itemize}
-One can modify the code of this macro to customize how atoms are displayed. In the following example, we redefine \idx{\printatom} so that each atom will be enclosed in a rectangular box:
+One can modify the code of this macro to customize how atoms are displayed. In the following example, we redefine \falseverb{\printatom} so that each atom will be enclosed in a rectangular box:
\exemple{Redefinition of \string\printatom}/\fboxsep=1pt
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
@@ -1016,52 +988,47 @@
\exemple{Atoms displayed with ``sf'' font family}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
-\section{Optional arguments}\label{arguments.optionnels}
-The \idx{\chemfig} command takes two optional arguments\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}; their syntax is as follows:
-\centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<molecule code>}|
-\smallskip
+\section{Arguments given to tikz}\label{arguments.optionnels}
+The \chevrons{key} \CFkey{chemfig style} contains \TIKZ instructions which will be passed to the \falseverb{tikzpicture} environment in which the molecule is drawn. On the other hand, the The \chevrons{key} \CFkey{atom style} contains \TIKZ instructions which will be executed when each node; these instructions are added to the end of \texttt{every node/.style\{<argument>\}}, i.e. after the fhe following instructions: ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.
-The first optional argument \verb-<opt1>- contains \TIKZ instructions which will be passed to the \idx{tikzpicture} environment in which the molecule is drawn. The second optional argument \verb-<opt2>- contains \TIKZ instructions which will be executed when each node\footnote{These instructions are added to the end of the argument of \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. This argument contains by default the following instructions: ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.} is drawn.
-
With the use of the first optional argument one can, for example, choose the global colour or thickness of lines:
\exemple{Style choice}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[red]{A-B-[2]C}/
+\setchemfig{chemfig style={line width=1.5pt}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{chemfig style=red}\chemfig{A-B-[2]C}/
-With the second optional argument, one can choose the colour of nodes drawn by \TIKZ, change the angle of the drawing or its scale\idx*{size of molecules}:
+With \CFkey{node style}, one can choose the colour of nodes drawn by \TIKZ, change the angle of the drawing or its scale:
\exemple{Style choices}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][rotate=20]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][scale=0.5]{A-B-[2]C}/
+\setchemfig{atom style=red}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{atom style={rotate=20}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{atom style={scale=0.5}}\chemfig{A-B-[2]C}/
\section{Vertical alignment}\label{alignement.vertical}
-\idx*{vertical alignment}In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect.
+In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect.
-Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the \idx{baseline}:
-\exemple*{Vertical placement}/\Huge\setatomsep{2em}
+Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the \falseverb{baseline}:
+\exemple*{Vertical placement}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-G-H}/
Surprisingly, the second atom is correctly aligned while the last two undergo a vertical shift which seems to be the results of the different height of the bounding box of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1''-.
-In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \idx{\vphantom} of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \idx{\vphantom} is not intended to affect the following atoms. The atoms remaining in each group are aligned so that their baseline coincides with the baseline of the preceding atom.
+In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \falseverb{\vphantom} of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \falseverb{\vphantom} is not intended to affect the following atoms. The atoms remaining in each group are aligned so that their baseline coincides with the baseline of the preceding atom.
-The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \idx{\vphantom}. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds.
+The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \falseverb{\vphantom}. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds.
We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees clearly that the atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' have bounding boxes that reflect the heights of the immediately preceding atoms:
-\exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setatomsep{2em}
+\exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}}
\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-G-H}/
-Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \idx{\vphantom} having the same height as the first, so that the height affects the following atoms:
-\exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setatomsep{2em}
+Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \falseverb{\vphantom} having the same height as the first, so that the height affects the following atoms:
+\exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
-\label{chemskipalign}For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \idx{\vphantom}. Simply place the \idx{\chemskipalign} command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \idx{\chemskipalign} had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line.
+\label{chemskipalign}For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \falseverb{\vphantom}. Simply place the \falseverb{\chemskipalign} command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \falseverb{\chemskipalign} had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line.
\exemple[60]{Deactivation of the alignment mechanism}/\large
\chemfig{A-.-B}\quad
@@ -1071,7 +1038,7 @@
\chemfig{A-.-B}\quad
\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/
-This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \idx{\chemskipalign} contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'':
+This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \falseverb{\chemskipalign} contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'':
\exemple{Consequence of the \string\chemskipalign command}/\large
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
@@ -1084,18 +1051,18 @@
\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}%
\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}%
\end{center}
-We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \idx{\chemskipalign}. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-''\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}} character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}.
+We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \falseverb{\chemskipalign}. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-'' character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}.
\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12
-\exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/
-\begingroup
-\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}
+\exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}
\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}
\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par
\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}
-\endgroup/\endgroup
+/\endgroup
+
+
\section{Shifted double bonds}
-\idx*{bond!shifted}All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing.
+All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing.
To shift the bond to the left, write ``\verb-=^-'' and to shift it to the right, write ``\verb-=_-'':
\exemple{Shifted double bonds}/\chemfig{A-=-B}\par
@@ -1112,7 +1079,7 @@
\chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/
\section{Delocalized double bonds}
-\idx*{bond!delocalized}It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line would be full and the other dashed. This feature is not hard-coded in \CF since \TIKZ, with its ``decorations.markings'' librairy makes it possible.
+It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line would be full and the other dashed. This feature is not hard-coded in \CF since \TIKZ, with its ``decorations.markings'' librairy makes it possible.
\exemple*{Delocalized bonds}|\catcode`\@=11
\tikzset{
@@ -1138,9 +1105,9 @@
\chemfig{A-[,,,,ddbond={+}]B-[,,,,ddbond={-}]C}|
\section{Saving a sub-molecule}\label{definesubmol}
-\idx*{save a molecule}\CF is capable of saving a \verb-<code>- as an alias for reuse in a more compact form in the code of a molecule. This is particularly useful when the \verb-<code>- appears several times.
+\CF is capable of saving a \verb-<code>- as an alias for reuse in a more compact form in the code of a molecule. This is particularly useful when the \verb-<code>- appears several times.
-To do this, one gives the command\idx*{\definesubmol}
+To do this, one gives the command
\centerverb|\definesubmol{<name>}{<code>}|
\smallskip
@@ -1150,8 +1117,8 @@
\item a control sequence.
\end{itemize}
-In all cases, if the alias is already defined you should not overwrite it with a new definition using \idx{\definesubmol}. A warning will be issued to the user that the old alias will be overwritten by the new one. To override the definition of an alias made previously, use:\label{redefinesubmol}
-\centerverb|\redefinesubmol{<name>}{<code>}|\idx*{\redefinesubmol}
+In all cases, if the alias is already defined you should not overwrite it with a new definition using \falseverb{\definesubmol}. A warning will be issued to the user that the old alias will be overwritten by the new one. To override the definition of an alias made previously, use:\label{redefinesubmol}
+\centerverb|\redefinesubmol{<name>}{<code>}|
\smallskip
Here is a code which draws the pentane molecule. An alias ``\verb/xy/'' was defined beforehand for the code \verb/CH_2/:
@@ -1160,66 +1127,73 @@
In this case the technique is not very interesting because ``\verb/!{xy}/'' is just as long to type as the code it replaces.
-But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias with the control sequence ``\verb/\xx/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles\idx*{bond!angle!relative}, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here:
+But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias with the control sequence ``\verb/\xx/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here:
\exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
\chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}|
-The \idx{\definesubmol} command takes an optional argument; its syntax is as follows:
+The \falseverb{\definesubmol} command takes an optional argument; its syntax is as follows:
\centerverb/\definesubmol{<name>}[<code1>]{code2}/
\medskip
When the optional argument is present, the alias ``\verb-!<name>-'' will be replaced by \verb'<code1>' if the bond which arrives at the alias comes from the right, i.e., if the angle which the arriving bond makes is between but is not equal to 90\degres{} and 270\degres{}. For all the other cases where the bond arrives from the left of vertically, the alias will be replaced by \verb-<code2>-.
-We will define a control sequence \verb-\Me- pour ``methyl'' so that the alias ``\verb-!\Me-'' will be replaced by ``\verb-H_3C-'' when the bond arrives from the right and by ``\verb-CH_3-'' when it arrives from the left. We can observe in the example that with this alias we need no longer worry about the angle\idx*{\definesubmol}:
+We will define a control sequence \verb-\Me- pour ``methyl'' so that the alias ``\verb-!\Me-'' will be replaced by ``\verb-H_3C-'' when the bond arrives from the right and by ``\verb-CH_3-'' when it arrives from the left. We can observe in the example that with this alias we need no longer worry about the angle:
\exemple{Dual alias}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3}
-\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/\idx*{save a molecule}
+\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/
\section{Decorations}
\subsection{Lewis diagrams}\label{lewis}
-\idx*{Lewis diagram}The macro \idx{\lewis} allows placement of pairs of electrons, of single electrons, or of empty slots. This syntax is used:
+The macro \falseverb{\lewis} allows placement of pairs of electrons, of single electrons, or of empty slots. This syntax is used:
\centerverb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atom>}|
\smallskip
where the \verb-<n1>-\dots\verb-<ni>- represent the desired positions (in multiples of 45\degres) around the \verb-<atom>-. These whole numbers must be between 0 and 7.
-This command can also be used inside the argument of \verb-\chemfig-\idx*{\lewis}:
+This command can also be used inside the argument of \verb-\chemfig-:
\exemple{The \string\lewis\ macro}|\lewis{0246,A}\par\medskip
- \lewis{1357,B}\par\medskip
- \chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O})
- (=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}|
+\lewis{1357,B}\par\medskip
+\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O})
+ (=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}|
-If one wishes to draw two electrons instead of a line, follow the integer with a ``\verb-:-''. If one wishes to draw a single electron, follow it with a ``\verb-.-''. To draw a lacuna, follow it with a ``\verb-|-''\idx*{\lewis}:
+If one wishes to draw two electrons instead of a line, follow the integer with a ``\verb-:-''. If one wishes to draw a single electron, follow it with a ``\verb-.-''. To draw a lacuna, follow it with a ``\verb-|-'':
\exemple{Lewis diagrams}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip
- \lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip
- \lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip
- Hydronium ion: \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}*
+\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip
+\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip
+Hydronium ion: \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}*
-All the decorations drawn by \idx{\lewis} are not included in the \idx{bounding box} of the atom; they are drawn afterwards. A consequence of this is seen in the two examples above, where the frame does not appear to be properly fitted to the drawing of the molecule, which extends downward slightly. This will be seen more often in this the ``Decorations'' chapter, which presents commands which do not change the bounding box.
+All the decorations drawn by \falseverb{\lewis} are not included in the \falseverb{bounding box} of the atom; they are drawn afterwards. A consequence of this is seen in the two examples above, where the frame does not appear to be properly fitted to the drawing of the molecule, which extends downward slightly. This will be seen more often in this the ``Decorations'' chapter, which presents commands which do not change the bounding box.
-\label{Lewis}The \idx{\Lewis} macro works the same way as \verb-\lewis- but decorations are taken into account in the bounding box.
+\label{Lewis}The \falseverb{\Lewis} macro works the same way as \verb-\lewis- but decorations are taken into account in the bounding box.
-This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms\idx*{\lewis}:
+This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms:
\exemple{Bounding box and the \string\lewis\ macro}*\fboxsep0pt
\fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\quad\fbox{\Lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip
\fbox{\lewis{13,B}}\quad\fbox{\Lewis{13,B}}*
-\label{setlewis}Several parameters can be set with the help of the macro\idx*{\setlewis}
-\centerverb|\setlewis[dim1]{<dim2>}{<dim3>}{<tikz code>}|
-\smallskip
-
-If an argument is empty, it takes its default value.
+\label{setlewis}Several parameters can be set with the help of these \chevrons{keys}
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- is the width of the rectangle which represents the empty slot obtained whith the character ``|'';
- \item \verb-<dim2>- is the distance between the bounding box and the decoration. It is 0.2ex by default;
- \item \verb-<dim3>- is the length of the line segment representing a pair of electrons. It is 1.5ex by default;
- \item \verb-<code tikz>- is code which is passed directly to \TIKZ. This code is empty by default.
+ \item \CFkv{lewis | width}{dim}is the width of the rectangle which represents the empty slot obtained whith the character ``|'';
+ \item \CFkv{lewis sep}{dim} is the distance between the bounding box and the decoration. It is 0.2ex by default;
+ \item \CFkv{lewis length}{dim} is the length of the line segment representing a pair of electrons. It is 1.5ex by default;
+ \item \CFkv{lewis style}{code tikz} is code which is passed directly to \TIKZ. This code is empty by default.
+ \item \CFkv{lewis dist}{dim}: is the distance between 2 discs drawn with "\string:. This distance is set to \CFval{0.3em} by default.
+ \item \CFkv{lewis radius}{dim}: is the radius of the disc drawn with "." or "\string:". Its default value is \CFval{0.15ex}.
\end{itemize}
-\idx*{\lewis}\exemple{Parameters for the \string\lewis\ macro}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red}
- \chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\par\bigskip
- \setlewis{}{}{line width=0.4pt}
- \chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}*
+\exemple{Parameters for the \string\lewis\ macro}*\setchemfig{lewis sep=4pt,lewis length=1.5em,lewis style=red}
+\chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\bigbreak
+\setchemfig{lewis style={line width=0.4pt}}
+\chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak
+
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak
+
+\setchemfig{lewis dist=0.2em}
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak
+
+\setchemfig{lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt}
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}*
+
A problem sometimes occurs with the decorations of Lewis in the odd directions. In the example below with the atom ``O'', the decoration in position 1 seems farther from the atom than the decoration in position 4:
\exemple{Odd directions}/\huge
\Lewis{1|4|,O}/
@@ -1230,41 +1204,33 @@
\Lewis{1|4|,O}/
\label{opt.lewis}The impression of greater distance is due to the shape of the letter ``O'' which is farther from the one of the bounding box in the corners, that is to say, in odd directions.
-To move nearer (or farther) the Lewis drawings in odd directions, the \verb-\lewis- and \verb-\Lewis- accept an optional argument that contains a factor which multiplies the gap between the bounding box and decoration Lewis set with the \idx{\setlewis} command. For the letter ``O'', it semms that 0.5 is the appropriated value:
+To move nearer (or farther) the Lewis drawings in odd directions, the \verb-\lewis- and \verb-\Lewis- accept an optional argument that contains a factor which multiplies the gap between the bounding box and decoration Lewis set with the \falseverb{\setlewis} command. For the letter ``O'', it semms that 0.5 is the appropriated value:
\exemple*{Optional argument of \string\lewis}/\huge
\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[0.5]{1|4|,O}
\Lewis{0:3:,O}\quad \Lewis[2]{0:5:,O}\quad \Lewis[0]{0:5:,O}\quad \Lewis[0.5]{0:5:,O}/
-\label{setlewisdist}Finally, the \idx{\setlewisdist} macro sets the distance between the two disks representing a pair of electrons. The argument of this macro must be valid distance for \TeX{} or, if it is empty sets the default value is 0.3em:
-\exemple{Distance between electrons}/\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigskip
-\setlewisdist{0.2em}\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigskip
-
-\setlewisdist{4pt}\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}/
-
\subsection{Stacking characters}
-The macros\label{chemabove}\idx*{\chemabove}
+The macros\label{chemabove}
\centerverb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<stuff>}|
-and\idx*{\chembelow}
+and
\centerverb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<stuff>}|
\smallskip
-place the \verb-<stuff>- above and below the \verb-<code>- respectively at a vertical distance \verb-<dim>-, without changing the \idx{bounding box} of \verb-<code>-. The optional argument allows, if written, to specify this dimension at each call. If the optional argument is not used, a default size will be taken: its value is 1.5pt but it can be modified with the macro \idx*{\setstacksep}
+place the \verb-<stuff>- above and below the \verb-<code>- respectively at a vertical distance \verb-<dim>-, without changing the \falseverb{bounding box} of \verb-<code>-. The optional argument allows, if written, to specify this dimension at each call. If the optional argument is not used, a default size will be taken: its value is \CFval{1.5pt} but it can be modified with the \chevrons{key} \CFkv{stack sep}{dim}.
-\centerverb|\setstacksep{<dimension>}|
-
These commands are independent of the macro \verb-\chemfig- and can be used either inside or outside its argument.
They are especially useful in rings, if care is taken to put braces around the letters A, B, C and D in order to prevent \CF from starting a new atom on these letters:
\exemple{Staking in rings}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}|
-They are sometimes useful for placing pseudo-exponents\idx*{ring!charge} which do not change the bounding box of the atoms, so that the bonds do not end up being too short:
+They are sometimes useful for placing pseudo-exponents which do not change the bounding box of the atoms, so that the bonds do not end up being too short:
\exemple{Hydronium ion}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}*
-\label{Chemabove}Les commandes \idx{\Chemabove} et \idx{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous.% NOUVEAU
+\label{Chemabove}The \falseverb{\Chemabove} and \falseverb{\Chembelow} commands work in the same way, except that the bounding box takes into account the \verb-<stuff>- placed above or below.
\section{Using {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} in the {\protect\ttfamily tikzpicture} environment}
-It is possible to call the \idx{\chemfig} inside a {\ttfamily\idx{tikzpicture}} environment:
+It is possible to call the \falseverb{\chemfig} inside a {\ttfamily\falseverb{tikzpicture}} environment:
\exemple{\textbackslash chemfig inside tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
\draw[help lines] (0,0) grid (4,4);
\draw(0,0) -- (2,1);
@@ -1276,19 +1242,15 @@
\section{Beyond chemistry}\label{style.noeuds}
At heart \CF is a tool for drawing graphs, and this tool has been programmed to adapt it for chemistry. In some ways it is possible to return \CF to its roots to draw organization charts or other diagrams represented by graphs.
-Each atom is contained in a \TIKZ node. By default these nodes have an ``inner sep'' and an ``outer sep'' equal to 0pt. They are rectangular as seen on page~\pageref{longueur.liaison}. These defaults can be overwritten with the macro \idx{\setnodestyle}, the argument of which is passed to \TIKZ and specifies the style of the nodes containing the atoms.
+Each atom is contained in a \TIKZ node. By default these nodes have an ``inner sep'' and an ``outer sep'' equal to 0pt. They are rectangular as seen on page~\pageref{longueur.liaison}. These defaults can be overwritten with the \chevrons{key} \CFkey{node style}, the argument of which is passed to \TIKZ and specifies the style of the nodes containing the atoms.
-In this example we specify only ``draw,inner sep=2pt'', which has the effect of drawing the outline of the nodes and separating the outline and node contents by 2pt. We also specify \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} so that the bonds touch the edges of the nodes. The interatomic spacing is increased to 75pt. Finally, the command \idx{\printatom} is made as simple as possible so that math mode is no longer used and spaces are thus preserved.
-\exemple*{An organization chart}/\setnodestyle{draw,inner sep=2pt}
-\setbondoffset{0pt}
-\setatomsep{75pt}
+In this example we specify only ``draw,inner sep=2pt'', which has the effect of drawing the outline of the nodes and separating the outline and node contents by 2pt. We also specify \CFkv{bond offset}{0pt} so that the bonds touch the edges of the nodes. The interatomic spacing is increased to 75pt. Finally, the command \falseverb{\printatom} is made as simple as possible so that math mode is no longer used and spaces are thus preserved.
+\exemple*{An organization chart}/\setchemfig{node style={draw,inner sep=2pt},bond offset=0pt,atom sep=75pt}
\renewcommand\printatom[1]{#1}
\chemfig{The boss-[6]Me(-[4]Them(-[6]The others)(-[7,2]Group 1))-You(-[:-120,0.5]Him)(-[:-60,0.5]Her)}/
-Here is another organization chart where the nodes are circular and coloured cyan\idx*{\printatom}:
-\exemple*{Family diagram}/\setnodestyle{draw,circle,fill=cyan,minimum size=30pt}
-\setbondoffset{0pt}
-\setatomsep{80pt}
+Here is another organization chart where the nodes are circular and coloured cyan:
+\exemple*{Family diagram}/\setchemfig{bond offset=0pt,atom sep=80pt,node style={draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt}}
\renewcommand\printatom[1]{\textsf{#1}}
\chemfig{Me(-[:-50,1.2]Brother)(-[:-10]Brother(-[:15]Niece)(-[:-35]Niece))
(-[:-155,0.8]Sister-[:-80]Nephew)(-[:95,1.25]Father(-[:-25,0.8]Uncle)(-[:-65,0.8]Aunt))
@@ -1302,10 +1264,10 @@
\subsection{Ethanal}
Here we will draw the ethanal (or acetaldehyde) molecule: \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}
-The best method for non-cyclic molecules is to select the longest chain. Here one could take ``\verb|H-C-C=0|'' for example. The bond \verb|C=O| is tilted to 45\degres{} by using the predefined angle ``\verb-[1]-''. This give a ``backbone'' of the molecule to which the branches merely have to be added\idx*{bond!angle!predefined}:
+The best method for non-cyclic molecules is to select the longest chain. Here one could take ``\verb|H-C-C=0|'' for example. The bond \verb|C=O| is tilted to 45\degres{} by using the predefined angle ``\verb-[1]-''. This give a ``backbone'' of the molecule to which the branches merely have to be added:
\exemple{Backbone of ethanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}|
-The three hydrogen atoms still have to placed at the correct orientation with the help of predefined angles. The first is at 90\degres{} with the branch\idx*{bond!branch} ``\verb/(-[2]H)/'', the second at 270\degres{} with ``\verb/(-[6H])/'', and the one on the right at 315\degres{} with ``\verb/(-[7]H)/'':
+The three hydrogen atoms still have to placed at the correct orientation with the help of predefined angles. The first is at 90\degres{} with the branch ``\verb/(-[2]H)/'', the second at 270\degres{} with ``\verb/(-[6H])/'', and the one on the right at 315\degres{} with ``\verb/(-[7]H)/'':
\exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}|
\subsection{2-amino-4-oxohexanoic acid}
@@ -1314,14 +1276,14 @@
As is often the case for most molecules, there are several methods and for each several different ways of getting the result. Here we will look at four different methods.
\subsubsection{Absolute angles}
-\idx*{bond!angle!absolute}We will first of all draw the central chain with absolute angles. We set the default angle to $+30\degres$ with the optional argument\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}, and so only the descending bonds need to have their absolute angle set to $-30\degres$:
+We will first of all draw the central chain with absolute angles. We set the default angle to $+30\degres$ with the optional argument, and so only the descending bonds need to have their absolute angle set to $-30\degres$:
\exemple{Backbone (absolute angles)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}|
-The branches\idx*{bond!branch} ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' and ``\verb/(=[2]O)/'' still have to be added to the correct vertices:
+The branches ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' and ``\verb/(=[2]O)/'' still have to be added to the correct vertices:
\exemple{Molecule (absolute angles)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}|
\subsubsection{Relative angles}
-\idx*{bond!angle!relative}A more general approach uses only relative angles, in this way:
+A more general approach uses only relative angles, in this way:
\exemple{Structure (relative angles)}|\chemfig{[:30]--[::-60]--[::-60]--[::-60]OH}|
then
@@ -1329,14 +1291,14 @@
-(=[::60]O)-[::-60]OH}|
\subsubsection{Ring}
-Since the angles between the bonds are 120\degres{}, it is possible to use a 6-ring, although this method is less natural. Here we take advantage of the fact that a ring can be left unfinished\idx*{ring!unfinished}. The ring must be rotated 120\degres{} so that the first vertex is to the south-east of the ring:
+Since the angles between the bonds are 120\degres{}, it is possible to use a 6-ring, although this method is less natural. Here we take advantage of the fact that a ring can be left unfinished. The ring must be rotated 120\degres{} so that the first vertex is to the south-east of the ring:
\exemple{Backbone (ring)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(---=O)}|
-\idx*{ring!branch}Now the branches must be added to the right vertices:
+Now the branches must be added to the right vertices:
\exemple{Molecule (ring)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(-(-(=[::60]O)-[::-60]OH)--(--[::60])=O)}|
\subsubsection{Nested rings}
-\idx*{ring!nested}Delving deeper into the ring method, we can also consider nesting incomplete 6-rings. We could start with this backbone:
+Delving deeper into the ring method, we can also consider nesting incomplete 6-rings. We could start with this backbone:
\exemple{Backbone (nested rings)}|\chemfig{*6(--*6(--=O))}|
And then add the bonds which leave the vertices of these rings. There are no angles to worry about because the bonds leaving the rings are the bisectors of the sides of the ring, exactly what we want here:
@@ -1349,7 +1311,7 @@
The goal here is to represent the glucose molecule according to several different conventions.
\subsubsection{Skeleton diagram}
-\idx*{skeleton diagram}The code here looks like that of 2-amino-4-oxohexanoic acid. This gives almost the same structure with absolute angles, except here the default angle is $-30\degres$:
+The code here looks like that of 2-amino-4-oxohexanoic acid. This gives almost the same structure with absolute angles, except here the default angle is $-30\degres$:
\exemple[60]{Backbone}|\chemfig{[:-30]HO--[:30]--[:30]--[:30]-H}|
Adding the branches is no problem. We use predefined absolute angles:
@@ -1357,7 +1319,7 @@
-[:30](<:[2]OH)-(<:[6]OH)-[:30](=[2]O)-H}|
\subsubsection{Fisher projection}
-\idx*{Fisher projection}The goal is to get the molecule below:
+The goal is to get the molecule below:
\begin{center}
\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
@@ -1366,13 +1328,13 @@
The idea is to begin to draw the longest chain vertically by giving a default angle of ``\verb-[2]-''. Here is the skeleton, where we have added lower case letters at the end of each vertical bond:
\exemple{Skeleton}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}|
-Next we define two aliases for the horizontal bonds and the atoms at their ends. Lets choose ``\verb-x-'' which we will put in place of the lower case a, c and d, and ``\verb-y-'' which will replace the letter c. Since these alias are just one character, we do not need braces and can write ``\verb-!x-'' instead of ``\verb-!{x}-''\idx*{\definesubmol}:
+Next we define two aliases for the horizontal bonds and the atoms at their ends. Lets choose ``\verb-x-'' which we will put in place of the lower case a, c and d, and ``\verb-y-'' which will replace the letter c. Since these alias are just one character, we do not need braces and can write ``\verb-!x-'' instead of ``\verb-!{x}-'':
\exemple{Glucose (Fisher projection)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}|
\subsubsection{``Chair'' representation}
-\idx*{chair representation}We will depict the $\alpha$-D-glucose molecule:
+We will depict the $\alpha$-D-glucose molecule:
\chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}
To do this, we will first of all draw five sides of the chair and link the first vertex to the last with a hook ``\verb-?-''. We will use the following absolute angles, running counterclockwise: $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
@@ -1384,19 +1346,19 @@
-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}|
\subsubsection{Haworth projection}
-\idx*{Haworth projection}The goal is to depict this D-glucopyranose molecule:
-{\setcrambond{2pt}{}{}
+The goal is to depict this D-glucopyranose molecule:
+{\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}}
-First of all we will choose the longest chain, which starts at the ``HO'' group on the left and continues through fives sides of the ring. The ring will be closed with a hook. For the vertical bond which leaves from the first ``HO'' group, we need to specify that it will leave from the second atom using the optional argument. Furthermore, it will be shortened with a coefficient of 0.5. Its optional argument\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments} will thus be ``\verb/[2,0.5,2]/''.
+First of all we will choose the longest chain, which starts at the ``HO'' group on the left and continues through fives sides of the ring. The ring will be closed with a hook. For the vertical bond which leaves from the first ``HO'' group, we need to specify that it will leave from the second atom using the optional argument. Furthermore, it will be shortened with a coefficient of 0.5. Its optional argument will thus be ``\verb/[2,0.5,2]/''.
-Next, to give the impression of perspective to the ring, the diagonal bonds will be shortened by a coefficient of 0.7. For the bold diagonal lines we will use Cram bonds, having redefined the base of the triangles to be 2pt. The bold horizontal bond needs to be drawn with a thickness of 2pt, and so its optional argument will be ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Here is the skeleton of the molecule\idx*{\setcrambond}:
-\exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{}
+Next, to give the impression of perspective to the ring, the diagonal bonds will be shortened by a coefficient of 0.7. For the bold diagonal lines we will use Cram bonds, having redefined the base of the triangles to be 2pt. The bold horizontal bond needs to be drawn with a thickness of 2pt, and so its optional argument will be ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Here is the skeleton of the molecule:
+\exemple{Structure}|\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,,
line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}|
-All that needs to be done now is to add the branches at the correct places, giving the right absolute angles and sometimes reducing the length to better give the illusion of perspective\idx*{\setcrambond}:
-\exemple{Haworth projection}|\setcrambond{2pt}{}{}
+All that needs to be done now is to add the branches at the correct places, giving the right absolute angles and sometimes reducing the length to better give the illusion of perspective:
+\exemple{Haworth projection}|\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,
line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]
O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}|
@@ -1408,7 +1370,7 @@
We are going to use two different methods.
\subsubsection{Using one ring}
-First of all, we start with a 6-ring and we draw the start of the branches\idx*{ring!branch} which leave it:
+First of all, we start with a 6-ring and we draw the start of the branches which leave it:
\exemple[60]{Skeleton of adrenaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-)=-(-HO)=)}|
The branch on the right still needs to be completed using, for example, relative angles:
@@ -1415,25 +1377,25 @@
\exemple[60]{Adrenaline, step two}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
-Then we need to add a Cram-bonded \verb-OH- and indicate that the bond which arrives at ``\verb-HN-'' does so on the second atom, i.e., ``N''. We use the fourth optional argument of the bond\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}:
+Then we need to add a Cram-bonded \verb-OH- and indicate that the bond which arrives at ``\verb-HN-'' does so on the second atom, i.e., ``N''. We use the fourth optional argument of the bond:
\exemple[60]{Adrenaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
\subsubsection{Using two rings}
-This method is less natural, but the goal is to show here how to make a bond invisible\idx*{bond!invisible}.
+This method is less natural, but the goal is to show here how to make a bond invisible.
-We could improve this code by considering that the drawing of the adrenaline molecule is made of two 6-rings adjacent\idx*{ring!nested} to each other:
+We could improve this code by considering that the drawing of the adrenaline molecule is made of two 6-rings adjacent to each other:
\exemple[60]{Adrenaline, two-ring skeleton}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}|
-Now the first two bonds of the ring on the right need to be made invisible. To do this we use the argument that is passed to \TIKZ, specifying ``\verb-draw=none-''. These bonds will thus have this code: ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. To keep the code readable, we define an alias named ``\verb-&-'' for these bonds\idx*{\definesubmol}:
+Now the first two bonds of the ring on the right need to be made invisible. To do this we use the argument that is passed to \TIKZ, specifying ``\verb-draw=none-''. These bonds will thus have this code: ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. To keep the code readable, we define an alias named ``\verb-&-'' for these bonds:
\exemple[60]{Adrenaline, step two}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}|
-The rest becomes easy; just add the branches to the right vertices\idx*{\definesubmol}:
+The rest becomes easy; just add the branches to the right vertices:
\exemple[60]{Adrenaline, step three}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
-To finish, we specify that the bonds that \emph{arrive at and leave from} ``\verb-HN-'' must do so at the second atom. We therefore define another alias for the invisible bond which arrives at ``\verb-HN-''\idx*{\definesubmol}:
+To finish, we specify that the bonds that \emph{arrive at and leave from} ``\verb-HN-'' must do so at the second atom. We therefore define another alias for the invisible bond which arrives at ``\verb-HN-'':
\exemple[60]{Adrenaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
@@ -1442,10 +1404,10 @@
We will draw the guanine molecule:
\chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}\medskip
-First of all, let's begin by drawing the nested rings\idx*{ring!nested}, putting just the nitrogen atoms at the vertices:
+First of all, let's begin by drawing the nested rings, putting just the nitrogen atoms at the vertices:
\exemple{Guanine, skeleton}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}|
-Then we can draw the horizontal bond in the right ring with a hook. We will also place a hydrogen atom under the nitrogen atom of the 5-ring with the command \verb-\chembelow{N}{H}-. We also need to write ``\verb-HN-'' instead of ``\verb-N-'' at the vertex at the upper left of the molecule\idx*{\chembelow}:
+Then we can draw the horizontal bond in the right ring with a hook. We will also place a hydrogen atom under the nitrogen atom of the 5-ring with the command \verb-\chembelow{N}{H}-. We also need to write ``\verb-HN-'' instead of ``\verb-N-'' at the vertex at the upper left of the molecule:
\exemple{Guanine, step two}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}|
We note that one bond leaves from the wrong atom\footnote{This seems illogical because the angle of the bond from the \texttt{HN} group toward the first vertex lies between $-90\degres$ and $90\degres$; \CF should therefore leave from the second atom. To explain this contradiction, one must know that in rings, the last bond always links the last vertex to the first, ignoring the \emph{calculated theoretical} angle of this bond (which here is $-90\degres$). \CF uses this theoretical angle to determine the departure and arrival atoms, but does not use it to draw the bond because the two ends are already defined. The departure atom for the last bond is thus the first atom.}! The automatic calculation mechanism must be corrected so that the bond leaves from the second atom ``\verb-N-'' instead of the first. To do this we give an optional argument for the last bond of the first 6-ring ``\verb-[,,2]-'':
@@ -1459,11 +1421,11 @@
\section{How to \protect\ldots}
\subsection{Write a colored atom}
-\idx*{color (atom)}Since the package \verb-xcolor- is loaded by \TIKZ, itself loaded by \CF, we can write color commands in the code of a molecule, mainly \idx{\color} and \idx\textcolor. The atoms are displayed in \TIKZ nodes which behaves like boxes of \TeX{} and it is as if these atoms were put in a group. Therefore, the color change remains local to the atom.
+Since the package \verb-xcolor- is loaded by \TIKZ, itself loaded by \CF, we can write color commands in the code of a molecule, mainly \falseverb{\color} and \falseverb\textcolor. The atoms are displayed in \TIKZ nodes which behaves like boxes of \TeX{} and it is as if these atoms were put in a group. Therefore, the color change remains local to the atom.
\exemple{Colors}/\chemfig{C\color{blue}H_3-C(=[1]O)-[7]O\color{red}H}/
-This code does not work, because of the rule used to separate atoms\idx*{separating atom mechanism}: here, the first atom sarts at ``\verb-C-'' and spreads to the next uppercase letter. Therefore, this atom is ``\verb-C\color{blue}-'' and the color change occurs at the end of atom and has no effect. We need to force \CF to cut the first atom just after ``\verb-C-'' with the character ``\verb-|-'' and then include \verb-\color{blue}H_3- between braces so that \CF does not stop the atom 2 before the uppercase ``\verb-H-'' which would leave the color change alone and therefore ineffective in an atom:
+This code does not work, because of the rule used to separate atoms: here, the first atom sarts at ``\verb-C-'' and spreads to the next uppercase letter. Therefore, this atom is ``\verb-C\color{blue}-'' and the color change occurs at the end of atom and has no effect. We need to force \CF to cut the first atom just after ``\verb-C-'' with the character ``\verb-|-'' and then include \verb-\color{blue}H_3- between braces so that \CF does not stop the atom 2 before the uppercase ``\verb-H-'' which would leave the color change alone and therefore ineffective in an atom:
\exemple{Colors}/\chemfig{C|{\color{blue}H_3}-C(=[1]O)-[7]O|{\color{red}H}}/
@@ -1474,22 +1436,22 @@
The main disadvantage is that we have to do the same for every atom that need to be colored, even if they are contiguous.
\subsection{Add a superscript without modifying a bond}
-Adding a \idx{charge} to an atom with a mathematical exponent implies that the box (and therefore the \TIKZ node) containing the atom has its dimensions modified. It has no importance when the atom is trailing but the alignment may be compromised if a bond is attached to the atom. The first reaction is to put the charge in a box with no width and therefore use the command \idx\rlap\footnote{If you have to put the charge at the left of the atom, you must use the command \texttt{\string\llap.}}, which often gives good results. We see here that with \idx\rlap, the \idx{horizontal alignment} of atoms is preserved:
+Adding a \falseverb{charge} to an atom with a mathematical exponent implies that the box (and therefore the \TIKZ node) containing the atom has its dimensions modified. It has no importance when the atom is trailing but the alignment may be compromised if a bond is attached to the atom. The first reaction is to put the charge in a box with no width and therefore use the command \falseverb\rlap\footnote{If you have to put the charge at the left of the atom, you must use the command \texttt{\string\llap.}}, which often gives good results. We see here that with \falseverb\rlap, the \falseverb{horizontal alignment} of atoms is preserved:
\exemple{Charge and bond}/\chemfig{A^+-[2]B}
\qquad
\chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/
-If you want to use the command \verb-\oplus- which displays ``$\oplus$''\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, some could find that the charge is too low: $\mathrm{A^\oplus}$. In that case, why not use \idx{\chemabove} to put as precisely as you will, both vertically and horizontally the charge:
+If you want to use the command \verb-\oplus- which displays ``$\oplus$'', some could find that the charge is too low: $\mathrm{A^\oplus}$. In that case, why not use \falseverb{\chemabove} to put as precisely as you will, both vertically and horizontally the charge:
\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B}
\qquad
\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/
-We notice an additional level of braces for the second molecule. Indeed, as we specify ``\verb/-0.5pt/'' for the optional argument of \idx{\chemabove} to lower the charge, it is necessary to prevent \CF to understand the sign ``\verb/-/'' as a single bond.
+We notice an additional level of braces for the second molecule. Indeed, as we specify ``\verb/-0.5pt/'' for the optional argument of \falseverb{\chemabove} to lower the charge, it is necessary to prevent \CF to understand the sign ``\verb/-/'' as a single bond.
-To add a load near the vertex of a cycle \idx*{charge}, the best method is to attach an invisible bond \idx*{bond!invisible} to this vertex, which is done here with \idx{\definesubmol} with a bond with a length coefficient equal to 0.2:
+To add a load near the vertex of a cycle , the best method is to attach an invisible bond to this vertex, which is done here with \falseverb{\definesubmol} with a bond with a length coefficient equal to 0.2:
\exemple{Charges and cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]}
\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/
\subsection{Draw a curve bond}
-We have already seen that with the \TIKZ library ``\verb-decorations.pathmorphing-'', we can draw a wavy bond\idx*{bond!wavy}:
+We have already seen that with the \TIKZ library ``\verb-decorations.pathmorphing-'', we can draw a wavy bond:
\exemple{Wavy bond}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}
@@ -1496,7 +1458,7 @@
\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration={snake,amplitude=1.5mm,
segment length=2.5mm}]B}|
-For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb- at -''\idx*{"@} and reuse these nodes after the molecule has been drawn to connect them with a curved line using \idx\chemmove:
+For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb- at -'' and reuse these nodes after the molecule has been drawn to connect them with a curved line using \falseverb\chemmove:
\exemple{Curved bonds}/\chemfig{@{a}A-[,,,,draw=none]@{b}B}
\chemmove{\draw[-](a)..controls +(45:7mm) and +(225:7mm)..(b);}
@@ -1509,31 +1471,8 @@
\chemmove{\draw[-](a)..controls +(60:3em) and +(30:1em)..
++(20:2em) ..controls +(210:3em) and +(-120:4em) ..(b);}/
-\subsection{Modify the size of a molecule}
-\idx*{size of molecules}Two parameters determine the default size of a molecule: the font size and the parameter of \idx{\setatomsep} which is 3em the default. We can modify independently these two parameters to change the size of a molecule:
-
-\exemple{Change the size}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H}
-\chemfig{!\hho}
-
-\setatomsep{2.5em}\chemfig{!\hho}
-
-\scriptsize\chemfig{!\hho}
-
-\tiny\chemfig{!\hho}\setatomsep{5em}\chemfig{!\hho}/
-
-You can use the optional second argument of \verb-\chemfig-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments} to \emph{globally} enlarge or reduce a molecule, i.e. the text and links will be reduced by the same ratio:
-
-\exemple{Global change of the size}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H}
-\chemfig{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.75]{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.5]{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.33]{!\hho}/
-
\subsection{Draw a ploymer element}
-\idx*{polymer}The difficulty lies in the display of delimiters (parentheses or brackets) on bond. For this, we will again use the character ``\verb- at -''\idx*{"@} to define global nodes that will be used later as anchors for delimiters.
+The difficulty lies in the display of delimiters (parentheses or brackets) on bond. For this, we will again use the character ``\verb- at -'' to define global nodes that will be used later as anchors for delimiters.
We will write a simple macro \verb-\setpolymerbracket-, followed by two characters which define the opening delimiter and closing delimiter.
@@ -1566,7 +1505,7 @@
\makebraces[30pt,5pt]{}{op}{cl}
\bigskip
-Polycaprolactame:\setatomsep{2em}
+Polycaprolactame:\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{[:-30]-[@{left,.75}]N(-[6]H)-[:30](=[2]O)--[:30]--[:30]--[@{right,0.25}:30]}
\makebraces[5pt,25pt]{\!\!\!n}{left}{right}
\bigskip
@@ -1584,7 +1523,7 @@
\makebraces[38pt,7pt]{n}{downleft}{downright}|
\subsection{Draw the symmetrical of a molecule}\label{retournement}
-\idx*{symmetrical of a molecule}The two commands \idx{\hflipnext} and \idx{\vflipnext} allow to draw the symmetrical of the next molecule about a horizontal or vertical axis. If we want to draw more symmetrical molecules, we need to write these commands before each molecule involved.
+The two commands \falseverb{\hflipnext} and \falseverb{\vflipnext} allow to draw the symmetrical of the next molecule about a horizontal or vertical axis. If we want to draw more symmetrical molecules, we need to write these commands before each molecule involved.
\exemple{Symmetry}/\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}% original
@@ -1596,13 +1535,13 @@
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}/
\subsection{Add text above bonds and arc to angles}
-\idx*{bond!with text}Once we have understood that the character ``\verb- at -''\idx*{"@} can put a ``global'' \TIKZ node, that is to say a node accessible after the molecule has been drawn, everything that \TIKZ can do with nodes (that is to say a lot of things) becomes possible.
+Once we have understood that the character ``\verb- at -'' can put a ``global'' \TIKZ node, that is to say a node accessible after the molecule has been drawn, everything that \TIKZ can do with nodes (that is to say a lot of things) becomes possible.
-To write something above or below a bond, we can put two ``global'' nodes on the atoms at the ends of this bond and write midway of them a text, raised or lowered so that it falls to just above or below the bond. This is done by the macro \verb-\bondname- in the code below \footnote{The \texttt{\string\si} command is provided by the \href{http://www.ctan.org / tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx }}} package.}.
+To write something above or below a bond, we can put two ``global'' nodes on the atoms at the ends of this bond and write midway of them a text, raised or lowered so that it falls to just above or below the bond. This is done by the macro \verb-\bondname- in the code below.
-\idx*{bond!angle!arc}To draw an arc between two bonds, three atoms are involved on which we have to put three ``global'' nodes. The macro \verb-\arcbetweennodes- calculates the angle between two lines drawn from a node. Then \verb-\arclabel- draws an arc between two bonds and writes a text next to the arc: the optional argument of this macro is the \TIKZ code used to custom the arc. The second argument is the radius of the arc and the following three arguments are the names of global nodes between which the arc must be drawn, the middle name needs to be the vertex of the angle. The last argument is the text to write.
+To draw an arc between two bonds, three atoms are involved on which we have to put three ``global'' nodes. The macro \verb-\arcbetweennodes- calculates the angle between two lines drawn from a node. Then \verb-\arclabel- draws an arc between two bonds and writes a text next to the arc: the optional argument of this macro is the \TIKZ code used to custom the arc. The second argument is the radius of the arc and the following three arguments are the names of global nodes between which the arc must be drawn, the middle name needs to be the vertex of the angle. The last argument is the text to write.
-\exemple*{Arcs and text on bonds}|
+\exemple*{Arcs and text on bonds}|\newcommand\angstrom{\mbox{\normalfont\AA}}
\newcommand\namebond[4][5pt]{\chemmove{\path(#2)--(#3)node[midway,sloped,yshift=#1]{#4};}}
\newcommand\arcbetweennodes[3]{%
@@ -1620,18 +1559,18 @@
\chemfig{@{a}A=[:30,1.5]@{b}B-[7,2]@{c}C-@{d}D}
\namebond{a}{b}{\scriptsize My text}
\namebond[-3.5pt]{b}{c}{\small\color{red}$\pi$}
-\namebond{c}{d}{\small1\si\angstrom}
+\namebond{c}{d}{\small1 \angstrom}
\medskip
Horizontal water molecule: \chemfig{@{1}H-[::37.775,2]@{2}O-[::-75.55,2]@{3}H}.
-\namebond{1}{2}{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\namebond{2}{3}{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}
+\namebond{1}{2}{\footnotesize0.9584 \angstrom}
+\namebond{2}{3}{\footnotesize0.9584 \angstrom}
+\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\textdegree}
\qquad
-Water molecule rorated 30\si\degree: \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H}
-\namebond12{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\namebond23{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}|
+Water molecule rotated 30\textdegree: \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H}
+\namebond12{\footnotesize0.9584 \angstrom}
+\namebond23{\footnotesize0.9584 \angstrom}
+\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\textdegree}|
\subsection{Schéma de Lewis à l'angle près}
Pour quelques cas très particuliers, il est parfois nécessaire de positionner des schémas de Lewis au degrés près et non plus à des multiples de 45 degrés.
@@ -1689,12 +1628,12 @@
\chemfig{A-[1,,,,nbond=4]B-[:-30,,,,nbond=5]C-[6,,,,nbond=6]D}|
\part{Reaction schemes}\label{schemas}
-\idx*{reaction scheme|(}Following several requests from users, it had become evident that \CF had a weakness regarding the drawing of reaction schemes. The gap is now filled. Therefore, \CF has now reached version 1.0 since I consider that the main features sought are now available.
+Following several requests from users, it had become evident that \CF had a weakness regarding the drawing of reaction schemes. The gap is now filled. Therefore, \CF has now reached version 1.0 since I consider that the main features sought are now available.
I thank Clemens \textsc {Niederberger} for his help and the tests he carried out on the new features presented in this part.
\section{Overview}\label{schemestart}
-A reaction scheme must be contained between the commands ``\idx\schemestart'' and ``\idx\schemestop''. As shown in this example, \idx{debug information} is either hidden or displayed with the command ``\idx\schemedebug'' and the argument ``false'' or ``true'':
-\exemple[50]{Example 1}/\schemedebug{false}
+A reaction scheme must be contained between the commands ``\falseverb\schemestart'' and ``\falseverb\schemestop''. As shown in this example, \falseverb{debug information} is either hidden or displayed with the \chevrons{key} \CFkey{scheme debug} and the value \CFval{true} ou \CFval{false}:
+\exemple[50]{Example 1}/\setchemfig{scheme debug=false}
\schemestart
\chemfig{*6(-=-=-=)}\arrow
\chemfig{X=[1]Y}\arrow
@@ -1702,7 +1641,7 @@
\schemestop
\bigskip
-\schemedebug{true}
+\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{*6(-=-=-=)}\arrow
\chemfig{X=[1]Y}\arrow
@@ -1711,22 +1650,22 @@
Some comments:
\begin{itemize}
- \item the \idx{\arrow} commands draw the arrows;
- \item everything lying between two \idx{\arrow} commands is considered a \idx{compound}. It was decided that all possible settings, whether for arrows or compounds, are controlled by the arguments of the \idx{\arrow} command, whose syntax may become quite complex;
+ \item the \falseverb{\arrow} commands draw the arrows;
+ \item everything lying between two \falseverb{\arrow} commands is considered a \falseverb{compound}. It was decided that all possible settings, whether for arrows or compounds, are controlled by the arguments of the \falseverb{\arrow} command, whose syntax may become quite complex;
\item arrows are plotted horizontally, this can obviously be modified;
\item arrows are plotted on the imaginary line connecting the center of the compounds' bounding boxes (the red and blue squares are the anchoring points of arrows). This behavior can also be modified;
- \item debug information is displayed with the \idx{\schemedebug} command. It consists of:
+ \item debug information is displayed with the \CFkey{scheme debug} \chevrons{key}. It consists of:
\begin{itemize}
\item the green label above the bounding boxes is the default name assigned to compounds by \CF. It follows the series "c1", "c2", etc. Numbering is reset to 1 for every reaction scheme.
\item display of the compounds bounding boxes;
\item the arrows start and end points represented by red points and anchors by blue points;
\end{itemize}
- \item the distance from edge to edge between two compounds is defined with the \idx*\setcompoundsep\verb-\setcompoundsep{<dim>}-\label{setcompoundsep} command, where the argument is a valid dimension in the sense of \TeX{}. By default, and if the argument is empty, this dimension is 5em;
- \item finally, the distance between the edges of the compounds and the beginning and end of the arrows is defined with the \idx*\setarrowoffset\verb-\setarrowoffset{<dim>} command- where the argument is valid under a dimension of \TeX{}. By default, and if the argument is empty, this dimension is 4pt.\label{setarrowoffset}
+ \item the distance from edge to edge between two compounds is defined with the \chevrons{key} \CFkv{compound sep}{dim}\label{compound sep}. By default this \CFval{dim} is 5em;
+ \item finally, the distance between the edges of the compounds and the beginning and end of the arrows is defined with the \chevrons{key} \CFkv{arrow offset}{dim}. By default, this \CFval{dim} is 4pt.\label{arrow offset}
\end{itemize}
\section{Arrow types}\label{arrow}
-When the \idx{\arrow} command is followed by an optional argument in braces (which is not mandatory), the argument defines the type of arrow\idx*{arrow!type}:
+When the \falseverb{\arrow} command is followed by an optional argument in braces (which is not mandatory), the argument defines the type of arrow:
\exemple[50]{Arrow types}|\schemestart A\arrow{->}B\schemestop\par % by default
\schemestart A\arrow{-/>}B \schemestop\par
\schemestart A\arrow{<-}B \schemestop\par
@@ -1738,30 +1677,37 @@
\schemestart A\arrow{-U>}B \schemestop|
The arrow ``\verb/-U>/'' is not fully drawn, an arc can be added tangent to the arrow center using optional arguments on the command, see page~\pageref{fleche.arg.optionnel}. Here is a ``\verb/-U>/'' arrow with the arc on top of it: \schemestart A\arrow{-U>[$\scriptstyle x$][$\scriptstyle y$]}B\schemestop
-For the sake of clarity, capital letters will be used throughout the documentation instead of chemical formulas made with the \idx\chemfig command except for specific examples. Reaction schemes obviously work identically with letters and drawn molecules. Several examples are shown in the Gallery with proper reaction schemes.
+For the sake of clarity, capital letters will be used throughout the documentation instead of chemical formulas made with the \falseverb\chemfig command except for specific examples. Reaction schemes obviously work identically with letters and drawn molecules. Several examples are shown in the Gallery with proper reaction schemes.
\section{Arrows features}
-Each \idx{arrow} is characterized by:
+Each \falseverb{arrow} is characterized by:
\begin{itemize}
- \item \idx*{arrow!angle}an angle expressed in degrees;
- \item \idx*{arrow!coefficient}a coefficient that specifies the arrow length through the multiplication of the compounds spacing value\idx*{compound!spacing} defined by \idx\setcompoundsep;
- \item \idx*{arrow!style} a style with \TIKZ instructions to customize the color, the thickness or other graphical attribute of the arrow.
+ \item an angle expressed in degrees;
+ \item a coefficient that specifies the arrow length through the multiplication of the compounds spacing value defined by \CFkey{compound sep};
+ \item a style with \TIKZ instructions to customize the color, the thickness or other graphical attribute of the arrow.
\end{itemize}
-These features are defined with the command \idx\setarrowdefault\verb-{angle,coeff,style}-\label{setarrowdefault}. And this is made \emph{outside} the reaction scheme. If the angle is empty, it takes the value 0, and if the coefficient is empty, it is equal to 1. The as-defined features will be kept throughout the document, from the point where the instruction is found. To reset the default settings, just enter an empty argument.
+These features are defined with the \chevrons{keys}
+\begin{itemize}
+ \item \CFkv{arrow angle}{angle}, which default value is 0;
+ \item \CFkv{arrow coeff}{decimal}, which default value is 1;
+ \item \CFkv{arrow style}{code tikz}, empty by default.
+\end{itemize}
+
\exemple[50]{Definition of default values}/\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{15,1.5,red,thick}
+\setchemfig{arrow angle=15,arrow coeff=1.5,
+arrow style={red, thick}}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{,2.5,dashed}
+\setchemfig{arrow coeff=2.5,arrow style=dashed}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{}
+\setchemfig{arrow angle={},arrow coeff={},arrow style={}}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop/
-In order to locally modify one or all of these default values, the \idx{\schemestart} command accepts an optional argument in the form \verb-[angle,coeff,style]- which changes the default arrow features within the sole reaction scheme:
-\exemple[50]{Optional argument}/\setarrowdefault{5,2.5,blue}
+In order to locally modify one or all of these default values, the \falseverb{\schemestart} command accepts an optional argument in the form \verb-[angle,coeff,style]- which changes the default arrow features within the sole reaction scheme:
+\exemple[50]{Optional argument}/\setchemfig{arrow angle=5,arrow coeff=2.5,arrow style=blue}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
\schemestart[0] A\arrow B\arrow C\schemestop
@@ -1771,9 +1717,10 @@
\schemestart[0,1,thick] A\arrow B\arrow C\schemestop
\schemestart[0,1,black] A\arrow B\arrow C\schemestop/
-Regarding style\idx*{arrow!style}, the rule is: the style specified in the argument in brackets applies \emph{after} the default style, without overwrting it! This is why only the ``black'' color attribute is able to overwrite the `` blue'' default style.
-Finally, the \idx{\arrow} command accepts an optional argument in brackets in the form \verb-[angle,coeff,style]- to change the feature of that given arrow. As above, style applies \emph{after} the default style and \emph{after} the style possibly-specified in the optional argument of the \verb-\schemestart- command, again without overwrting them.
+Regarding style, the rule is: the style specified in the argument in brackets applies \emph{after} the default style, without overwrting it! This is why only the ``black'' color attribute is able to overwrite the `` blue'' default style.
+
+Finally, the \falseverb{\arrow} command accepts an optional argument in brackets in the form \verb-[angle,coeff,style]- to change the feature of that given arrow. As above, style applies \emph{after} the default style and \emph{after} the style possibly-specified in the optional argument of the \verb-\schemestart- command, again without overwrting them.
\exemple[50]{Arrows features}/\schemestart
A\arrow[45]B\arrow[-20,2]C
\schemestop
@@ -1785,11 +1732,11 @@
\schemestop/
\section{Compounds names}
-\idx*{compound!name}Automatic naming of compounds (``c1'', ``c2'', etc.) can be overridden. For this, the \idx{\arrow} command must be immediately followed by an argument in parentheses. The argument is of the form: \verb/(n1--n2)/. The compounds located at the beginning and at the end of the arrow are named ``\verb-n1-'' and ``\verb-n2-'', respectively. Any alphanumeric string can be used. The numbering of the names "c<n>" continues internally, so if a \idx{compound} has a different name than the default one, it does not affect the default name of the subsequent compounds.
+Automatic naming of compounds (``c1'', ``c2'', etc.) can be overridden. For this, the \falseverb{\arrow} command must be immediately followed by an argument in parentheses. The argument is of the form: \verb/(n1--n2)/. The compounds located at the beginning and at the end of the arrow are named ``\verb-n1-'' and ``\verb-n2-'', respectively. Any alphanumeric string can be used. The numbering of the names "c<n>" continues internally, so if a \falseverb{compound} has a different name than the default one, it does not affect the default name of the subsequent compounds.
Names are optional, and the argument can be either \verb/(n1--)/ and \verb/(--n2)/.
-\exemple[50]{Compounds names}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Compounds names}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(aa--bb)B\arrow(--cc)C\arrow(--dd)D\arrow E
\schemestop
@@ -1798,17 +1745,17 @@
\schemestart
A\arrow(aa--)B\arrow(bb--)C\arrow(cc--dd)D\arrow E
\schemestop/
-Note that both methods are equivalent. Therefore, compounds can either be named by arrows preceding or following them. However, when a \idx{compound} is surrounded by two arrows specifying its name, the first name is ignored and a warning message is generated:
-\exemple[50]{Overful naming}/\schemedebug{true}
+Note that both methods are equivalent. Therefore, compounds can either be named by arrows preceding or following them. However, when a \falseverb{compound} is surrounded by two arrows specifying its name, the first name is ignored and a warning message is generated:
+\exemple[50]{Overful naming}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(--foo)B\arrow(bar--)C
\schemestop/
-Here \idx{compound} ``B'' is called ``foo'' by the arrow pointing at it, and ``bar'' by the arrowing leaving from it. Thus \CF generates a warning mentioning that the name "foo" will be ignored:
+Here \falseverb{compound} ``B'' is called ``foo'' by the arrow pointing at it, and ``bar'' by the arrowing leaving from it. Thus \CF generates a warning mentioning that the name "foo" will be ignored:
\hfill\verb-Package chemfig Warning: two names for the same node, first name "foo" ignored-\hfill\null
\section{Anchoring}
-\idx*{compound!anchoring}As noted above, arrows lie on the line connecting the center of the compounds' bounding boxes. Default anchors are called ``center'' in the sense of \idx*{tikz}\TIKZ. Non-default anchoring points can be user-specified as well with an argument between brackets:
+As noted above, arrows lie on the line connecting the center of the compounds' bounding boxes. Default anchors are called ``center'' in the sense of \TIKZ. Non-default anchoring points can be user-specified as well with an argument between brackets:
\hfill\verb/(n1.a1--n2.a2)/\hfill\null
@@ -1825,15 +1772,15 @@
\end{tikzpicture}|
Like for names, arrival and departure anchoring points are independent and optional.
-In this example, the default alignment \idx*{reaction scheme!alignment} is not good because the two ``A'' are not aligned vertically. Debug information\idx*{debug information} show that the default ``center'' anchors are not suitable:
-\exemple[50]{Alignment problems}/\schemedebug{true}
+In this example, the default alignment is not good because the two ``A'' are not aligned vertically. Debug information show that the default ``center'' anchors are not suitable:
+\exemple[50]{Alignment problems}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
\arrow
\chemfig{A*5(---(-)--)}
\schemestop/
-For the alignment\idx*{reaction scheme!alignment} to be correct, arrows will leave/arrive either from the anchor ``base east''/``base west'', or from anchor ``mid east''/``mid west'':
-\exemple[50]{Alignment problems}/\schemedebug{true}
+For the alignment to be correct, arrows will leave/arrive either from the anchor ``base east''/``base west'', or from anchor ``mid east''/``mid west'':
+\exemple[50]{Alignment problems}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
\arrow(.base east--.base west)
@@ -1847,15 +1794,15 @@
\chemfig{A*5(---(-)--)}
\schemestop/
-\idx*{compound!anchoring}One last anchor need be specified: the anchor of the first \idx{compound} with respect to the \idx{baseline} of the text just before it. This is illustrated by the green point on the left-hand side of the scheme below:
-\exemple[50]{Initial anchoring}/\schemedebug{true}
+One last anchor need be specified: the anchor of the first \falseverb{compound} with respect to the \falseverb{baseline} of the text just before it. This is illustrated by the green point on the left-hand side of the scheme below:
+\exemple[50]{Initial anchoring}/\setchemfig{scheme debug=true}
Preceding text:
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}\arrow A
\schemestop/
-The default position of this anchor on the first \idx{compound}'s bounding box is that given by ``text''. This position can be controlled with the second optional argument of the \idx{\schemestart} command:
-\exemple[50]{Adjusting the initial anchoring}/\schemedebug{true}
+The default position of this anchor on the first \falseverb{compound}'s bounding box is that given by ``text''. This position can be controlled with the second optional argument of the \falseverb{\schemestart} command:
+\exemple[50]{Adjusting the initial anchoring}/\setchemfig{scheme debug=true}
Preceding text:
\schemestart[][south]
\chemfig{A*5(-----)}\arrow A
@@ -1874,7 +1821,7 @@
\schemestop/
\section{Compounds style}
-The \idx{\arrow} command can also include \TIKZ instructions to define the bounding box style ``\verb-s-'' of the reactant and the product of the reaction. This is done with the argument between parentheses. Always style through the argument in brackets of the \idx{\arrow}, we can specify with \TIKZ instructions the style ``\verb-s-'' to bounding box of the \idx{compound} of departure or of arrival. Therefore the complete syntax of the \idx{\arrow} command, with each specification being optional, is as follows:
+The \falseverb{\arrow} command can also include \TIKZ instructions to define the bounding box style ``\verb-s-'' of the reactant and the product of the reaction. This is done with the argument between parentheses. Always style through the argument in brackets of the \falseverb{\arrow}, we can specify with \TIKZ instructions the style ``\verb-s-'' to bounding box of the \falseverb{compound} of departure or of arrival. Therefore the complete syntax of the \falseverb{\arrow} command, with each specification being optional, is as follows:
\hfill\verb/\arrow(n1.a1[s1]--n2.a2[s2]){arrow type}[angle,coeff,arrow style]/\hfill\null
@@ -1891,11 +1838,13 @@
\schemestart
A\arrow(--foo[yshift=5mm])B
\schemestop/
-\label{setcompoundstyle}The macro \idx\setcompoundstyle\verb-{<code tikz>}- allows to globally define the style of compounds \idx*{compound!style} displayed thereafter. Entering an empty argument results in the absence of style, which corresponds to the default case.
+\label{setcompoundstyle}The macro \falseverb\setcompoundstyle\verb-{<code tikz>}- allows to globally define the style of compounds displayed thereafter. Entering an empty argument results in the absence of style, which corresponds to the default case.
+
Here a style is defined with round corner-shaped boxes and semitransparent background:
-\exemple[50]{Global styles}/\setcompoundstyle{draw,line width=0.8pt,semitransparent,
-text opacity=1,inner sep=8pt,rounded corners=1mm}
+\exemple[50]{Global styles}/\setchemfig{compound style={draw,line width=0.8pt,
+semitransparent,text opacity=1,inner sep=8pt,
+rounded corners=1mm}}
\schemestart
A\arrow([fill=red]--[fill=blue])[90]
B\arrow(--[fill=gray])
@@ -1904,7 +1853,7 @@
\schemestop/
\section{Branching}
-\idx*{reaction scheme!branching}So far, only linear reaction schemes have been treated. Branched schemes are also possible and this is where compound names play a key role. When a name is preceded by ``\verb- at -'' in the argument between brackets of the \idx{\arrow} command, it means that the \idx{compound} already exists. Several scenarios are possible:
+So far, only linear reaction schemes have been treated. Branched schemes are also possible and this is where compound names play a key role. When a name is preceded by ``\verb- at -'' in the argument between brackets of the \falseverb{\arrow} command, it means that the \falseverb{compound} already exists. Several scenarios are possible:
\begin{itemize}
\item \verb/(@n1--n2)/: the arrow will leave from the existing compound ``\verb-n1-'' and the scheme will continue following the arrow, thus creating a branch;
\item \verb/(@n1-- at n2)/: the arrow is drawn between two existing compounds, no matter whether they are already defined or whether they will later in the reaction scheme: therefore this syntax can be placed \emph{anywhere} in the code of the reaction scheme;
@@ -1930,8 +1879,8 @@
\schemestop/
\section{Subscheme}\label{subscheme}
-\idx*{reaction scheme!subscheme}A fraction of the reaction scheme can be defined within a single bounding box, so that \CF treats it as a \idx{compound}. The reaction scheme fraction is defined inside the compulsory argument between braces of the \idx{\subscheme} command so it is subsequently reagarded as a single entity. When \idx{\subscheme} is located after an arrow, the command labels this subscheme as a \idx{compound} named ``c<n+1>'':
-\exemple[50]{Subscheme}/\schemedebug{true}
+A fraction of the reaction scheme can be defined within a single bounding box, so that \CF treats it as a \falseverb{compound}. The reaction scheme fraction is defined inside the compulsory argument between braces of the \falseverb{\subscheme} command so it is subsequently reagarded as a single entity. When \falseverb{\subscheme} is located after an arrow, the command labels this subscheme as a \falseverb{compound} named ``c<n+1>'':
+\exemple[50]{Subscheme}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
@@ -1938,8 +1887,8 @@
\arrow
D
\schemestop/
-Although this is not clearly seen because of labels overlap, the box around the subscheme is called ``c2'', and name numbering continues inside the subscheme with B called ``c3'' and C called ``c4''. Since the first \idx{compound} in the subscheme is ``B'', the subscheme's baseline is that of ``B''. This can be pointed out by specifying the anchors\idx*{reaction scheme!subscheme!anchoring}:
-\exemple[50]{Subscheme}/\schemedebug{true}
+Although this is not clearly seen because of labels overlap, the box around the subscheme is called ``c2'', and name numbering continues inside the subscheme with B called ``c3'' and C called ``c4''. Since the first \falseverb{compound} in the subscheme is ``B'', the subscheme's baseline is that of ``B''. This can be pointed out by specifying the anchors:
+\exemple[50]{Subscheme}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(--.mid west)
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
@@ -1946,13 +1895,13 @@
\arrow
D
\schemestop/
-Note that since ``\idx\subscheme\verb-{<scheme>}-'' is only a convenient shortcut for
+Note that since ``\falseverb\subscheme\verb-{<scheme>}-'' is only a convenient shortcut for
\begin{center}
-\idx\schemestart\verb-<scheme>-\idx\schemestop
+\falseverb\schemestart\verb-<scheme>-\falseverb\schemestop
\end{center}
-Consequently, it can be used with the same optional arguments as \idx\schemestart.
+Consequently, it can be used with the same optional arguments as \falseverb\schemestart.
-\idx*{reaction scheme!subscheme!delimiter|(}\label{chemleft}\CF provides the \idx{\chemleft} and \idx{\chemright} command pair. These allow to set expandable delimiters on either side of a material. The commands must be followed by delimiters, just like in the case of \TeX{} primitive commands \verb-\left- and \verb-\right-:
+\label{chemleft}\CF provides the \falseverb{\chemleft} and \falseverb{\chemright} command pair. These allow to set expandable delimiters on either side of a material. The commands must be followed by delimiters, just like in the case of \TeX{} primitive commands \verb-\left- and \verb-\right-:
\centerverb/\chemleft<car1><material>\chemright<car2>/
where \verb-<car1>- and \verb-<car2>- can be ``('' et ``)'' or ``['' and ``]'', or any other expandable delimiter consistent with the \verb-\left- et \verb-\right- commands.
\exemple{The \string\chemleft\ and \string\chemright macros}/\chemleft\lfloor\chemfig{A-[1]B}\chemright)
@@ -1960,7 +1909,7 @@
\chemleft\{\chemfig{A-[1,1.25]B-[6,1.25]C}\chemright|
\chemleft[\chemfig{H-[1]O-[7]H}\chemright]/
-The code of the reaction scheme discussed above including \idx{\chemleft} and \idx{\chemright} is written:
+The code of the reaction scheme discussed above including \falseverb{\chemleft} and \falseverb{\chemright} is written:
\exemple{Reaction scheme with \string\chemleft\ and \string\chemright}/\schemestart
A\arrow
\chemleft[\subscheme{B\arrow[-90,2]C}\chemright]
@@ -1967,7 +1916,7 @@
\arrow
D
\schemestop/
-\label{chemup}By analogy, the macros \idx{\chemup} and \idx{\chemdown} can be used to draw expandable delimiters above and below the material, respectively:
+\label{chemup}By analogy, the macros \falseverb{\chemup} and \falseverb{\chemdown} can be used to draw expandable delimiters above and below the material, respectively:
\centerverb/\chemup<car1><material>\chemdown<car2>/
For example:
\exemple{The \string\chemup\ and \string\chemdown macros}/\schemestart[-90]
@@ -1986,7 +1935,7 @@
\hfill\verb-\usetikzlibrary{matrix}-\hfill\null
-Since the \idx{\chemleft}, \idx{\chemright}, \idx{\chemup} and \idx{\chemdown} commands are available, the \CF package will \emph{not} automatically load the library. As long as the user want to access this special set of delimiters, the library must be explicitly loaded.
+Since the \falseverb{\chemleft}, \falseverb{\chemright}, \falseverb{\chemup} and \falseverb{\chemdown} commands are available, the \CF package will \emph{not} automatically load the library. As long as the user want to access this special set of delimiters, the library must be explicitly loaded.
The same brackets-delimited subscheme as above is presented again:
\exemple[50]{The ``matrix'' library delimiters}/\schemestart
@@ -2002,10 +1951,10 @@
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
\arrow[,,shorten <=6pt]
D
-\schemestop/\idx*{reaction scheme!subscheme!delimiter|)}
+\schemestop/
Subschemes should be used with care, undesired results are sometimes observed. In this example, a subscheme is used to horizontally align 3 different compounds:
-\exemple[50]{Subscheme}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Subscheme}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A
\arrow{0}[-90]
@@ -2018,10 +1967,10 @@
\arrow(@c1-- at c5){}
\arrow(@c1-- at c4){}
\schemestop/
-The center of the subscheme is exactly located on the same vertical lign as the center of compound "A". This is because the two entities are connected by an invisible arrow\idx*{arrow!invisible} with a $-90 $ angle. However, the arrow between the two pre-existing compounds ``A'' and ``tsoin'' is \emph{not} vertical because ``tsoin'' is not on the center of the subscheme since "tagada" is wider than "end". If this arrow is to be vertical within the use of the \idx{\subscheme} command, one must find a correct angle for the arrival anchor of the invisible arrow by try-and-error.
+The center of the subscheme is exactly located on the same vertical lign as the center of compound "A". This is because the two entities are connected by an invisible arrow with a $-90 $ angle. However, the arrow between the two pre-existing compounds ``A'' and ``tsoin'' is \emph{not} vertical because ``tsoin'' is not on the center of the subscheme since "tagada" is wider than "end". If this arrow is to be vertical within the use of the \falseverb{\subscheme} command, one must find a correct angle for the arrival anchor of the invisible arrow by try-and-error.
A much simpler method is to use a branch instead of a subscheme: draw a \emph{visible} arrow between ``A'' and ``tsoin'', and then draw horizontal arrows on both sides of ``tsoin'', with a branch for the right-hand side arrows.
-\exemple[50]{Subscheme}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Subscheme}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A
\arrow(--tsoin){->}[-90]
@@ -2037,13 +1986,13 @@
\schemestop/
\section{Arrows optional arguments}\label{fleche.arg.optionnel}
-\idx*{arrow!optional argument}Within the argument in braces of the \idx\arrow command, the arrow name can be followed by optional arguments written between brackets. Here are the possible values for these optional arguments and their meaning, as defined by \CF:
+Within the argument in braces of the \falseverb\arrow command, the arrow name can be followed by optional arguments written between brackets. Here are the possible values for these optional arguments and their meaning, as defined by \CF:
\begin{itemize}
\item the arrows ``\verb|->|'', ``\verb|<-|'', ``\verb|<->|'', ``\verb|<=>|'', ``\verb|<<->|'',``\verb|<->>|'', ``\verb|-/>|'' have three optional arguments:
\begin{itemize}
- \item the first one contains the ``label'' to be placed above the arrow\idx*{arrow!label};
- \item the second one contains the ``label'' to be placed below the arrow. The orientation of these two labels is given by the same angle as the arrow. The perpendicular shift\idx*{arrow!label!shift} between the arrow and the label anchor\idx*{arrow!label!anchoring} can be adjusted with the \idx*\setarrowlabelsep\verb-\setarrowlabelsep{<dim>}-\label{setarrowlabelsep} command, its argument is a valid dimension in the sense of \TeX{}. By default or if the argument is empty, this distance is 3pt. Labels contained in the two optional arguments are \emph{not} typed in math mode.
- \item the third one is a dimension corresponding to a shift perpendicular to the arrow\idx*{arrow!shift} that can be applied to it: the dimension is positive for an upward shift of the arrow (and of its labels, if any), and negative for a downward shift.
+ \item the first one contains the ``label'' to be placed above the arrow;
+ \item the second one contains the ``label'' to be placed below the arrow. The orientation of these two labels is given by the same angle as the arrow. The perpendicular shift between the arrow and the label anchor can be adjusted with the \chevrons{key} \CFkv{arrow label sep}{dim}\label{arrow label sep} which value is 3pt by default. Labels contained in the two optional arguments are \emph{not} typed in math mode.
+ \item the third one is a dimension corresponding to a shift perpendicular to the arrow that can be applied to it: the dimension is positive for an upward shift of the arrow (and of its labels, if any), and negative for a downward shift.
\end{itemize}
\item the ``\verb|-U>|'' arrow has 5 optional arguments:
\begin{itemize}
@@ -2051,9 +2000,9 @@
\item the fourth one is a coefficient (which is 0.333 by default) which multiplies the length of the arrow to get the radius of the arc;
\item the fifth one is the half-angle from the center of the arc path, it is 60 degrees by default.
\end{itemize}
- \item the invisible arrow\idx*{arrow!invisible} ``\verb-0-'' accepts two optional arguments of the same type as the first two listed above;
+ \item the invisible arrow ``\verb-0-'' accepts two optional arguments of the same type as the first two listed above;
\end{itemize}
-\exemple[50]{Arrows optional arguments}/\schemedebug{false}
+\exemple[50]{Arrows optional arguments}/\setchemfig{scheme debug=false}
\schemestart A\arrow{->[up][down]}B \schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{->[up][down][4pt]}B \schemestop
@@ -2071,8 +2020,8 @@
\exemple[50]{Vertical arrows}/\schemestart
A\arrow{->[up][down]}[-90]B
\schemestop/
-For the sake of clarity, one may prefer to have the ``above'' and ``below'' labels\idx*{arrow!label} written horizontally. Label angles\idx*{arrow!label!angle} can be specified, while default is the same angle as that of the arrow. To choose a specific angle, \verb-*{<angle>}- can be written at the beginning of the optional arguments:
-\exemple[55]{Choice of angles}/\schemedebug{true}
+For the sake of clarity, one may prefer to have the ``above'' and ``below'' labels written horizontally. Label angles can be specified, while default is the same angle as that of the arrow. To choose a specific angle, \verb-*{<angle>}- can be written at the beginning of the optional arguments:
+\exemple[55]{Choice of angles}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart A\arrow{->[*{0}up][*{0}down]}[90]B\schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{->[*{0}up][*{0}down]}[45]B\schemestop
@@ -2081,12 +2030,12 @@
\qquad
\schemestart A\arrow{->[*{0}up][*{0}down]}[-90]B\schemestop/
The default position of the label anchor can lead to undesired results:
-\exemple[50]{Anchors}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Anchors}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{->[*{0}on top of][*{0}underneath]}[45,2]B
\schemestop/
-To counter this, the anchoring position\idx*{arrow!label!anchoring} can be specified as well to override the one selected by \CF by default. The syntax for this is: \verb-*{<angle>.<ancre>}-.
-\exemple[50]{Anchors}/\schemedebug{true}
+To counter this, the anchoring position can be specified as well to override the one selected by \CF by default. The syntax for this is: \verb-*{<angle>.<ancre>}-.
+\exemple[50]{Anchors}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{->[*{0.0}on top of][*{0.180}underneath]}[45,2]B
\schemestop
@@ -2125,19 +2074,19 @@
\section{Arrows customization}\label{definearrow}
This section is quite technical and requires some knowledge of \TIKZ. It is targeted at advanced users only who need to define their own arrows.
-The \idx{\definearrow} command allows to build custom arrows. Its syntax is:
+The \falseverb{\definearrow} command allows to build custom arrows. Its syntax is:
\hfill\verb-\definearrow{<number>}{<arrow name>}{<code>}-\hfill\null
where \verb-<number>- is the number of optional arguments that will be used in the \verb-<code>-, with the usual syntax \verb-#1-, \verb-#2-, etc. These optional arguments cannot accept default values; if no value is specified upon using the macro \verb-\arrow-, the arguments will remain empty.
-Before going further, let's examine the available internal macros when drawing arrows. Since these macros include the \verb- at - character in their name, they can only be accessed through the \idx{\makeatletter} and \idx{\makeatother} commands.
+Before going further, let's examine the available internal macros when drawing arrows. Since these macros include the \verb- at - character in their name, they can only be accessed through the \falseverb{\makeatletter} and \falseverb{\makeatother} commands.
\begin{itemize}
- \item \idx{\CF at arrow@start at name} and \idx{\CF at arrow@end at name} include the names of the compounds (considered as nodes by \TIKZ) between which the arrow is drawn;
- \item \idx{\CF at arrow@start at node} and \idx{\CF at arrow@end at node} include the node names where arrow ends will be located. After these names, user-defined anchors can be specified in the argument between brackets of the \idx\arrow command, unless the field is left empty;
- \item \idx{\CF at arrow@current at style} and \idx{\CF at arrow@current at angle} contain the style and the angle of the arrow to be drawn\idx*{arrow!angle}\idx*{arrow!style};
- \item \idx{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{<dim>}- shifts the nodes ``\idx{\CF at arrow@start at node}'' and ``\idx{\CF at arrow@end at node}'' perpendicularly relative to the arrow by a dimension specified in the argument\idx*{arrow!shift};
- \item \idx{\CF at arrow@display at label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ is the most complex one. It gives the labels position\idx*{arrow!label} with the following arguments:
+ \item \falseverb{\CF at arrow@start at name} and \falseverb{\CF at arrow@end at name} include the names of the compounds (considered as nodes by \TIKZ) between which the arrow is drawn;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@start at node} and \falseverb{\CF at arrow@end at node} include the node names where arrow ends will be located. After these names, user-defined anchors can be specified in the argument between brackets of the \falseverb\arrow command, unless the field is left empty;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@current at style} and \falseverb{\CF at arrow@current at angle} contain the style and the angle of the arrow to be drawn;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{<dim>}- shifts the nodes ``\falseverb{\CF at arrow@start at node}'' and ``\falseverb{\CF at arrow@end at node}'' perpendicularly relative to the arrow by a dimension specified in the argument;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@display at label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ is the most complex one. It gives the labels position with the following arguments:
\begin{itemize}
\item \verb-#1- and \verb-#5- are the labels to be written;
\item \verb-#2- and \verb-#6- are real numbers between 0 and 1. They specify the location of the labels on the arrow. 0 is the beginning of the arrow and 1 is its end, assuming a \emph{straight} arrow;
@@ -2144,13 +2093,13 @@
\item \verb-#3- and \verb-#7- are the ``+'' or ``-'' characters. ``+'' displays the label above the arrow, while ``-'' does it below it;
\item \verb-#4- and \verb-#8- are the names of the nodes corresponding to the beginning and the end of the arrow.
\end{itemize}
- \item arrow tips\idx*{arrow!end} are absed on ``\verb-CF-'' for a full arrow and have the ``harpoon'' option for half arrows.
+ \item arrow heads are absed on ``\verb-CF-'' for a full arrow and have the ``harpoon'' option for half arrows.
\end{itemize}
\subsection{First arrow}
As an example, assume we want to make an arrow with a circle on its center. Let's call it ``\verb/-.>/''. This arrow will accept four optional arguments. Like for previously-defined arrows, the first and second arguments will be the labels to be located above and below the arrow. The third one will define the perpendicular shift relative to the arrow direction. Finally, the 4th argument will define the circle size. If this last argument is absent the default circle size will be equal to 2pt.
-Let's start with \idx*\definearrow\verb/\definearrow{4}{-.>}/ to declare that the arrow will have 4 optional arguments and that it will be called \verb/-.>/. First, the position of the nodes between which the arrow is to be drawn must be modified in order to take the third-argument shift into account. This is made with the macro \idx{\CF at arrow@shift at nodes}, so the code of the arrow will start with: \idx{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{#3}%-. Then, one must plot the arrow itself, while taking the opportunity to set a node on the center of the segment, which will be called "\verb-mid at point-". Finally, the circle is defined with its center on that node. The whole \idx*{tikz}\TIKZ code is:
+Let's start with \verb/\definearrow{4}{-.>}/ to declare that the arrow will have 4 optional arguments and that it will be called \verb/-.>/. First, the position of the nodes between which the arrow is to be drawn must be modified in order to take the third-argument shift into account. This is made with the macro \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}, so the code of the arrow will start with: \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{#3}%-. Then, one must plot the arrow itself, while taking the opportunity to set a node on the center of the segment, which will be called "\verb-mid at point-". Finally, the circle is defined with its center on that node. The whole \TIKZ code is:
{\hskip2em\verb-\edef\pt at radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% circle radius-\par\parskip0pt
\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style,-CF]/\par
@@ -2157,7 +2106,7 @@
\hskip4em\verb/(\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)coordinate[midway](mid at point);/\par
\hskip2em\verb-\filldraw(mid at point)circle(\pt at radius);%-}
-The last step is to enter the labels\idx*{arrow!label}, if any, with the folwing line:
+The last step is to enter the labels, if any, with the folwing line:
\hskip2em\verb/\CF at arrow@display at label{#1}{0.5}{+}{\CF at arrow@start at node}{#2}{0.5}{-}{\CF at arrow@end at node}/
@@ -2179,12 +2128,12 @@
\subsection{Curved arrow}
How about a curved arrow? To make things as simple as possible, assume it will have one single optional argument with the \TIKZ code that will specify the point(s) of control. If this argument is empty, a ``\verb/-CF/'' type arrow will be plotted.
-If \verb-#1- is not empty, attention should not be drawn to ``\idx{\CF at arrow@start at node}'' and ``\idx{\CF at arrow@end at node}'' which contain the node names of arrow ends positions, because the location of these nodes is already determined by the anchors\idx*{arrow!anchoring} calculated for \emph{straight} arrows! Instead we will use \idx{\CF at arrow@start at name} and \idx{\CF at arrow@end at name} which contain the names of the compound (which are nodes for \TIKZ), since the arrow must be plotted between them. Here's the \TIKZ code to draw the curved arrow between the two compounds:
+If \verb-#1- is not empty, attention should not be drawn to ``\falseverb{\CF at arrow@start at node}'' and ``\falseverb{\CF at arrow@end at node}'' which contain the node names of arrow ends positions, because the location of these nodes is already determined by the anchors calculated for \emph{straight} arrows! Instead we will use \falseverb{\CF at arrow@start at name} and \falseverb{\CF at arrow@end at name} which contain the names of the compound (which are nodes for \TIKZ), since the arrow must be plotted between them. Here's the \TIKZ code to draw the curved arrow between the two compounds:
{\verb/\draw[shorten <=\CF at arrow@offset,shorten >=\CF at arrow@offset,\CF at arrow@current at style,-CF,/\par\parskip0pt
\verb/(\CF at arrow@start at name).. controls #1 ..(\CF at arrow@end at name);%/}
-One must add a \TIKZ code to shorten the arrowby an amount \idx{\CF at arrow@offset} defined by \idx{\setarrowoffset}. Indeed, the nodes ar not the same as those for straight arrows (\idx{\CF at arrow@start at node} and \idx{\CF at arrow@end at node}). So before \idx{\CF at arrow@current at style}, the follwing code must be added\idx*{\CF at arrow@offset}\idx*{\CF at arrow@offset}:
+One must add a \TIKZ code to shorten the arrowby an amount \falseverb{\CF at arrow@offset} defined by \falseverb{\setarrowoffset}. Indeed, the nodes ar not the same as those for straight arrows (\falseverb{\CF at arrow@start at node} and \falseverb{\CF at arrow@end at node}). So before \falseverb{\CF at arrow@current at style}, the follwing code must be added:
\centerverb/shorten <=\CF at arrow@offset, shorten >=\CF at arrow@offset/
this is the role the two lines after \verb-\else-.
@@ -2219,15 +2168,15 @@
\schemestop/
\section{The \protect\texttt{\textbackslash merge} command}
-The \idx{\merge} command allows to draw arrows coming from several existing compounds that merge into one single arrow that arrive to one single compounds.
+The \falseverb{\merge} command allows to draw arrows coming from several existing compounds that merge into one single arrow that arrive to one single compounds.
-Just after the \idx{\merge} command, the direction that follows up must be specified. For this, 4 different direction characters can be used: ``\verb->-'' (the default direction if no character is entered), ``\verb-<-'', ``\verb-^-'' and ``\verb-v-''.
+Just after the \falseverb{\merge} command, the direction that follows up must be specified. For this, 4 different direction characters can be used: ``\verb->-'' (the default direction if no character is entered), ``\verb-<-'', ``\verb-^-'' and ``\verb-v-''.
The syntax follows with:
\hfill\verb/\merge{dir}(n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])/\hfill\null
-where the ``\verb-ni-'' names before the double dash are those already-defined compounds from which outcoming arrows will merge into a single one. One can also specify the ``\verb-ai-'' anchor, when the default one is not convenient. Like for the \idx\arrow command, the command ``\verb-n.a[s]-'' includes the name, the anchor and the style of the target compound.
+where the ``\verb-ni-'' names before the double dash are those already-defined compounds from which outcoming arrows will merge into a single one. One can also specify the ``\verb-ai-'' anchor, when the default one is not convenient. Like for the \falseverb\arrow command, the command ``\verb-n.a[s]-'' includes the name, the anchor and the style of the target compound.
\exemple[50]{The \string\merge command}/\schemestart
ABC\arrow[30]EFGHIJ\arrow[45]KLM\arrow[60]NO
@@ -2242,22 +2191,22 @@
\schemestop
\bigskip
-\schemedebug{true}
+\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{<->}[90]B
\merge<(c1.120)(c2)--(foobar.45[circle,blue])CCC
\schemestop/
-Regarding the geometry of the \idx{\merge} arrow, it consists of $n$ segments leaving from $n$ compounds up to the perpendicular line that connects them: the default length of the shortest of these segments is worth half of the compound-spacing distance defined by \idx\setcompoundsep. The arrow drawn from the connecting line to the target compound has the same default length, its origin is on the middle of the connecting line. These three geometric features can be customized with the optional argument immediately after the target compound:
+Regarding the geometry of the \falseverb{\merge} arrow, it consists of $n$ segments leaving from $n$ compounds up to the perpendicular line that connects them: the default length of the shortest of these segments is worth half of the compound-spacing distance defined by \falseverb\setcompoundsep. The arrow drawn from the connecting line to the target compound has the same default length, its origin is on the middle of the connecting line. These three geometric features can be customized with the optional argument immediately after the target compound:
\hfill\verb/\merge{dir}(n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])[c1,c2,c,style]/\hfill\null
where:
\begin{itemize}
- \item the shortest segment distance between reactants and the connecting line is controlled through the multiplication of the \idx{\setcompoundsep} distance by a coefficient \verb-c1-, whose default value is 0.5;
- \item the length of the arrow between the connecting line and the product compound is controlled through the multiplication of the \idx{\setcompoundsep} distance by a coefficient \verb-c2-, whose default value is 0.5;
+ \item the shortest segment distance between reactants and the connecting line is controlled through the multiplication of the \falseverb{\setcompoundsep} distance by a coefficient \verb-c1-, whose default value is 0.5;
+ \item the length of the arrow between the connecting line and the product compound is controlled through the multiplication of the \falseverb{\setcompoundsep} distance by a coefficient \verb-c2-, whose default value is 0.5;
\item the origin of the arrow between the connecting line and the product compound is determined by the coefficient \verb-c-, a value of 0 involves a departure from the the left of the connect line (or from its top if the direction is \verb-v- or \verb-^-);
- \item the style of the \idx{\merge} arrow is defined with the last argument: \verb-style-.
+ \item the style of the \falseverb{\merge} arrow is defined with the last argument: \verb-style-.
\end{itemize}
\exemple*{Geometrical parameters of \string\merge}/\schemestart A\arrow{<=>}[90]B\merge(c1)(c2)--()C\schemestop\qquad
@@ -2273,7 +2222,7 @@
\schemestart A\arrow{<=>}B\merge^(c1)(c2)--()[,,0.2]C\schemestop\qquad
\schemestart A\arrow{<=>}B\merge^(c1)(c2)--()[,,0.9,red,thick]C\schemestop/
-Finally, it is possible to write labels above or below the merged\idx*{\merge} arrow. For this, the direction character accepts two optional arguments in brackets, a first one for the label above the arrow and a second one for the label below it. Therefore, the full syntax of the \idx{merge} command is:
+Finally, it is possible to write labels above or below the merged arrow. For this, the direction character accepts two optional arguments in brackets, a first one for the label above the arrow and a second one for the label below it. Therefore, the full syntax of the \falseverb{merge} command is:
\hfill\verb/\merge{dir}[labelup][labeldow](n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])[c1,c2,c,style]/\hfill\null
@@ -2301,27 +2250,28 @@
\schemestop/
\section{The + sign}\label{signe+}
-The use of a ``\idx\+'' macro that displays a ${}+{}$ sign is available between the commands \idx{\schemestart} and \idx{\schemestop}. This macro accepts an optional argument in braces with 3 dimensions in the form \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-, where:
+The use of a ``\falseverb\+'' macro that displays a ${}+{}$ sign is available between the commands \falseverb{\schemestart} and \falseverb{\schemestop}. This macro accepts an optional argument in braces with 3 dimensions in the form \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-, where:
\begin{itemize}
\item \verb-<dim1>- and \verb-<dim2>- are the dimensions to be inserted before and after the ${}+{}$ sign;
\item \verb-<dim3>- is the vertical offset of the sign.
\end{itemize}
-If one argument is left empty or if the argument in braces is missing, the dimensions take their default values, which can be specified with the \idx\setandsign\verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-\label{setandsign} command. An empty field leads \verb-<dim1>- and \verb-<dim2>- to be worth 0.5em, while \verb-<dim3>- becomes 0pt empty. The default values \verb-{0.5em,0.5em,0pt}- are used when the user does not specify different ones.
+These dimensions can also be set, for all the following ${}+{}$ signs with the \chevrons{keys} \CFkv{+ sep left}{dim}, \CFkv{+ sep right}{dim} et \CFkv{+ vshift}{dim}. The default values are 0.5em for the two first and 0pt for the third.
+
\exemple[50]{The \string\+ command}/\schemestart
A\+B\+{2em,,5pt}C\+{0pt,0pt,-5pt}D\arrow E\+F
\schemestop
-\setandsign{1em,1em,0pt}
+\setchemfig{+ sep left=1em,+ sep right=1em,+ vshift=0pt}
\schemestart
A\+B\+{2em,,5pt}C\+{0pt,0pt,-5pt}D\arrow E\+F
\schemestop/
-As shown in the example below, it should be kept in mind that the ${}+{}$ sign inserted by the \idx{\+} command is part of the compound:
-\exemple[50]{Compounds and \string\+}/\schemedebug{true}
+As shown in the example below, it should be kept in mind that the ${}+{}$ sign inserted by the \falseverb{\+} command is part of the compound:
+\exemple[50]{Compounds and \string\+}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart A\+ B\+{,,5pt}C\arrow D\+ E\schemestop/
-This makes it difficult to draw a vertical arrow exactly below the letter ``A'' since this letter is not a single compound for \CF. This issue can be solved with the use of the \idx{\subscheme} command to uniquely define the letter ``A'' as a single compound (the same procedure can be applied to the ${}+{}$ sign itself) so that it can be referred to later on with its own name:
-\exemple[50]{Subcompound and \string\+}/\schemedebug{true}
+This makes it difficult to draw a vertical arrow exactly below the letter ``A'' since this letter is not a single compound for \CF. This issue can be solved with the use of the \falseverb{\subscheme} command to uniquely define the letter ``A'' as a single compound (the same procedure can be applied to the ${}+{}$ sign itself) so that it can be referred to later on with its own name:
+\exemple[50]{Subcompound and \string\+}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\subscheme{A}\+ B\arrow C
\arrow(@c2--)[-90]E
@@ -2332,9 +2282,9 @@
A\subscheme{\+}BCDEF \arrow G
\arrow(@c2--)[-90]H
\schemestop/%
-\idx*{reaction scheme|)}
+
A common problem can be the misalignment of the ``+'' sign with the molecules before or after it. For example:
-\exemple{+ sign alignment}/\schemedebug{true}
+\exemple{+ sign alignment}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\+
@@ -2341,7 +2291,7 @@
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
Here, the ``+'' sign sits on the same baseline as the compound before it, and this baseline is that of the top carbon atom. One may shift the ``+'' sign, but this would not change the vertical position of ``\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em''. In fact, the ``+'' sign does not prevent \CF from reading a compound, as shown in the example above where everything is included in the compound `` c1''. Therefore, one must stop the compound right after the first molecule with a \verb-\arrow{0}[,0]- that will draw an invisible, zero-length arrow. In order to vertically center the whole scheme, one must also set the the anchor of the first compound as ``west'' (or ``180'', which is a synonym) with the second optional argument of the \verb-\schemestart- command:
-\exemple{+ sign alignment}/\schemedebug{true}
+\exemple{+ sign alignment}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\arrow{0}[,0]\+
@@ -2348,7 +2298,7 @@
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
Thus, the first compound `` c1'' consists of the first molecule and the second compound consists of everything else, i.e. the ``+'' sign and the second molecule. Alternatively, one can play with anchors or styles via the \verb-\arrow- command to move the second compound to another location. Here, for example, the second compound is shifted downwards by 10pt in the first case. In the second case, the ``south east'' anchor of the first compound matches the ``south west'' anchor of the second one:
-\exemple{+ sign alignment}/\schemedebug{true}
+\exemple{+ sign alignment}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\arrow(--[yshift=-10pt]){0}[,0]\+
@@ -2368,53 +2318,73 @@
\begin{center}
\begin{longtable}{>\footnotesize l>\footnotesize p{9cm}}\\\hline
\hfill\normalsize Commands\hfill\null &\hfill\normalsize Description\hfill\null\\\hline
-\idx\chemfig\verb-<code>-& draws the molecule whose design is described by the \verb-<code>-\\
-\idx\chemfig\verb-*<code>-&same as above but bonds have fixed lengths\\
-\idx\enablefixedbondlength&enable fixed bonds lengths\\
-\idx\disablefixedbondlength&enable fixed interatomic distances\\
-\idx\enablebondjoin{} et \idx\disablebondjoin& enable ou disable simple bonds joining\\
-\idx\printatom& displays the atoms within the molecules. It can be redefined to customize the output. See page~\pageref{perso.affichage}\\
-\idx\setnodestyle\verb-{<style tikz>}-& using \TIKZ syntax, this macro defines the style of nodes containing the atoms. See page~\pageref{style.noeuds}\\
-\idx\setbondestyle\verb-{<style tikz>}-& with the \TIKZ syntax, this macro defines the style of the bonds. See page~\pageref{setbondstyle}\\
-\idx\hflipnext&the next molecule will be horizontally flipped\\
-\idx\vflipnext&the next molecule will be vertically flipped\\
-\idx\definesubmol\verb-{<nom>}[code1]{<code2>}- & creates an alias \verb-!<nom>- which can be put in the code of molecules to be drawn, and which will be replaced with \verb-<code1>- or \verb-<code2>- depending on the angle of the last bond. See page~\pageref{definesubmol}\\
-\idx\chemskipalign& tells the vertical alignment mechanism to ignore the current group of atoms. See page~\pageref{chemskipalign}.\\
-\idx\redefinesubmol\verb-{<nom>}{<code>}- & replaces a preexisting alias \verb-!<name>- with the new \verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
+\falseverb\chemfig\verb-<code>-& draws the molecule whose design is described by the \verb-<code>-\\
+\falseverb\chemfig\verb-*<code>-&same as above but bonds have fixed lengths\\
+\verb|\setchemfig|& sets the parameters with the syntax \chevrons{key}${}={}$\chevrons{value}. Here is the full list of keys with the default values:
+\begin{itemize}
+ \item \CFkv{chemfig style} {{}}: style given to \TIKZ
+ \item \CFkv{atom style} {{}}: style of \TIKZ nodes (atoms)
+ \item \CFkv{bond join} {false}: boolean for bond joins
+ \item \CFkv{fixed length} {false}: boolean for fixed bond widths
+ \item \CFkv{cram rectangle} {false}: boolean to draw rectangle Cram bond
+ \item \CFkv{cram width} {1.5ex}: length of the base of the triangles Cram bonds
+ \item \CFkv{cram dash width} {1pt}: width of dash Cram bonds
+ \item \CFkv{cram dash sep} {2pt}: space between dash Cram bonds
+ \item \CFkv{atom sep} {3em}: space between atoms
+ \item \CFkv{bond offset} {2pt}: space between atom and bond
+ \item \CFkv{double bond sep} {2pt}: space between multiple bonds lines
+ \item \CFkv{angle increment} {45}: increment of the angle of bonds
+ \item \CFkv{node style} {{}}: style of atoms
+ \item \CFkv{bond style} {{}}: style of bonds
+ \item \CFkv{lewis | width} {0.3ex}: width of the rectangle Lewis "|"
+ \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: space between atom and Lewis decorations
+ \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: length of Lewis decorations
+ \item \CFkv{lewis style} {{}}: style of Lewis decorations
+ \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: space between discs of the ":" Lewis decoration
+ \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: radius of discs for Lewis decorations
+ \item \CFkv{cycle radius coeff} {0.75}: shrinkage ratio of the circle or arc inside cycles
+ \item \CFkv{stack sep} {1.5pt}: vertical gap between arguments of \verb-\chemabove- and \verb-\chembelow- macros
+ \item \CFkv{compound style} {{}}: style of compounds
+ \item \CFkv{compound sep} {5em}: space between compounds
+ \item \CFkv{arrow offset} {4pt}: space between compound and arrow
+ \item \CFkv{arrow angle} {0}: angle of the reaction arrow
+ \item \CFkv{arrow coeff} {1}: length ratio of arrows
+ \item \CFkv{arrow style} {{}}: style of arrows
+ \item \CFkv{arrow double sep} {2pt}: space between double arroxs
+ \item \CFkv{arrow double coeff} {0.6}: shrinkage ratio for the little arrow in "<->>" and "<<->"
+ \item \CFkv{arrow double harpoon}{true}: booléen for double harpoon arrows
+ \item \CFkv{arrow label sep} {3pt}: space between arrow and its label
+ \item \CFkv{arrow head} {-CF}: style of arrow head
+ \item \CFkv{+ sep left} {0.5em}: space before the $+$ sign
+ \item \CFkv{+ sep right} {0.5em}: space after the $+$ sign
+ \item \CFkv{+ vshift} {0pt}: vertical shift of the $+$ sign
+\end{itemize}
+\\
+\falseverb\printatom& displays the atoms within the molecules. It can be redefined to customize the output. See page~\pageref{perso.affichage}\\
+\falseverb\hflipnext&the next molecule will be horizontally flipped\\
+\falseverb\vflipnext&the next molecule will be vertically flipped\\
+\falseverb\definesubmol\verb-{<nom>}[code1]{<code2>}- & creates an alias \verb-!<nom>- which can be put in the code of molecules to be drawn, and which will be replaced with \verb-<code1>- or \verb-<code2>- depending on the angle of the last bond. See page~\pageref{definesubmol}\\
+\falseverb\chemskipalign& tells the vertical alignment mechanism to ignore the current group of atoms. See page~\pageref{chemskipalign}.\\
+\falseverb\redefinesubmol\verb-{<nom>}{<code>}- & replaces a preexisting alias \verb-!<name>- with the new \verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\setcrambond\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-& sets the dimensions of the triangles representing Cram bonds: \verb-<dim1>- is the size of the base, \verb-<dim2>- is the spacing between the dashes and \verb-<dim3>- is the side of the dashes. See page~\pageref{setcrambond}\\
-\idx\setatomsep\verb-{<dim>}>- & sets the interatomic distance. See page~\pageref{setatomsep}\\
-\idx\setangleincrement\verb-<angle>- & set the angle to multiply for bonds angles. See page~\pageref{setangleincrement}\\
-\idx\setbondoffset\verb-{<dim>}- & sets the space between bonded atoms and the bond. See page~\pageref{setbondoffset}\\
-\idx\setdoublesep\verb-{<dim>}- & sets the spacing between the two lines of a double bond. See page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline
+\falseverb\lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\
+\falseverb\Lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. See page~\pageref{lewis}\\
+\falseverb\chemmove\verb-[<tikz options>]<tikz code>-& Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb- at -'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\
-\idx\Lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. See page~\pageref{lewis}\\
-\idx\setlewis\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & sets the Lewis dot parameters; \verb-<dim1>- is the distance between the atoms and the decoration, \verb-<dim2>- is the length of the line representing the pair of electrons and \verb-<tikz code>- is code which is passed directly to \TIKZ. See page~\pageref{setlewis}\\
-\idx\setlewisdist\verb-{dim}-& sets the distace between the 2 disks representing a pair of electrons. See page~\pageref{setlewisdist}\\[2ex]\hline
+\falseverb\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\Chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. See page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\Chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. See page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\chemname\verb-[<dim>]{<molecule>}{<name>}- & Places \verb-<name>- under the \verb-<molecule>-\\
+\falseverb\chemnameinit & Initializes the greatest molecule depth to ensure correct alignment of the names of the following molecules.\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\chemmove\verb-[<tikz options>]<tikz code>-& Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb- at -'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
-&\\
-\idx\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chemabove & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chembelow & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\Chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chemabove & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. See page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\Chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chembelow & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. See page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\chemname\verb-[<dim>]{<molecule>}{<name>}-\idx*\chemname & Places \verb-<name>- under the \verb-<molecule>-\\
-\idx\chemnameinit & Initializes the greatest molecule depth to ensure correct alignment of the names of the following molecules.\\[2ex]\hline
-&\\
-\idx\schemestart\dots\idx\schemestop& commands between which a reaction scheme is drawn. See page~\pageref{schemestart}.\\
-\idx\arrow& draws an arrow in a reaction scheme (this command is only defined inside a reaction scheme). See page~\pageref{arrow}.\\
-\idx\+ & prints a $+$ sign in a reaction scheme (this command is only defined inside a reaction scheme). See page~\pageref{signe+}.\\
-\idx\subscheme\verb-{<code>}- & draws a subscheme (this command is only defined inside a reaction scheme). Voir~\pageref{subscheme}.\\
-\idx\definearrow & defines an arrow. See page~\pageref{definearrow}.\\
-\idx\chemleft\verb-<car1><stuff>-\idx\chemright\verb-<car1>-& draws expandable delimiters defined with \verb-<car1>- and \verb-<car2>- on the left and on the right of the \verb-<stuffl>-, see page~\pageref{chemleft}.\\
-\idx\chemup\verb-<car1><matériel>-\idx\chemdown\verb-<car1>-& draws expandable delimiters defined with \verb-<car1>- and \verb-<car2>- above and below the \verb-<stuff>-, voir page~\pageref{chemup}.\\
-\idx\setcompoundsep\verb-{<dim>}-& sets the space between the edges of the compounds in a reaction scheme. See page~\pageref{setcompoundsep}.\\
-\idx\setarrowoffset\verb-{<dim>}-& sets the space between the edges of the compound and the arrow. See page~\pageref{setarrowoffset}.\\
-\idx\setarrowdefault\verb-{angle,coeff,style}-&sets the default settings of the arrow. See page~\pageref{setarrowdefault}.\\
-\idx\setcompoundstyle\verb-{<code tikz>}-&set the default style of the compounds. See page~\pageref{setcompoundstyle}.\\
-\idx\setarrowlabelsep\verb-{<dim>}-&sets the space between the arrow and the anchor of its lables. See page~\pageref{setarrowlabelsep}.\\
-\idx\setandsign\verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-&sets the defaiult setting of the $+$ sign where \verb-<dim1>- and \verb-<dim2>- are the dimensions before and after the sign while \verb-<dim3>- is the vertical shift. See page~\pageref{setandsign}.\\\hline
+\falseverb\schemestart\dots\falseverb\schemestop& commands between which a reaction scheme is drawn. See page~\pageref{schemestart}.\\
+\falseverb\arrow& draws an arrow in a reaction scheme (this command is only defined inside a reaction scheme). See page~\pageref{arrow}.\\
+\falseverb\+ & prints a $+$ sign in a reaction scheme (this command is only defined inside a reaction scheme). See page~\pageref{signe+}.\\
+\falseverb\subscheme\verb-{<code>}- & draws a subscheme (this command is only defined inside a reaction scheme). Voir~\pageref{subscheme}.\\
+\falseverb\definearrow & defines an arrow. See page~\pageref{definearrow}.\\
+\falseverb\chemleft\verb-<car1><stuff>-\falseverb\chemright\verb-<car1>-& draws expandable delimiters defined with \verb-<car1>- and \verb-<car2>- on the left and on the right of the \verb-<stuffl>-, see page~\pageref{chemleft}.\\
+\falseverb\chemup\verb-<car1><matériel>-\falseverb\chemdown\verb-<car1>-& draws expandable delimiters defined with \verb-<car1>- and \verb-<car2>- above and below the \verb-<stuff>-, voir page~\pageref{chemup}.\\\hline
\end{longtable}
\end{center}
\newpage
@@ -2440,12 +2410,9 @@
\exemple*{3-ethyl-2-methylhexane}/\chemfig{H_3C-[7]CH(-[6]CH_3)-[1]CH(-[7]C_3H_7)-[2]CH_2-[3]H_3C}/
-\idx*\definesubmol
-\idx*\phantom
\exemple*{Stearine, condensed structural diagram}/\definesubmol{@}{([0,2]-O-[0,1]C(=[2,1]O)-C_{17}H_{33})}
\chemfig{[2,2]CH_2!@-CH_{\phantom 2}!@-CH_2!@}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Stearine, skeleton diagram}/\definesubmol{x}{-[:+30,.6]-[:-30,.6]}
\definesubmol{y}{-O-(=[2,.6]O)-!x!x!x!x!x!x!x!x}
\chemfig{[2]([0]!y)-[,1.5]([0]!y)-[,1.5]([0]!y)}/
@@ -2461,22 +2428,18 @@
\exemple*{Phthalic anhydride}/\chemfig{*6(=*5(-(=O)-O-(=O)-)-=-=-)}/
-\idx*\setcrambond
\exemple*{Camphor}/\chemfig{*6(-(<:[::120](-[::-100,0.7])(-[::100,0.7]))--(=O)-(-)(<:[::120])--)}
\quad or \quad
-\setcrambond{3pt}{}{}
+\setchemfig{cram width=3pt}
\chemfig{<[:10](>[:85,1.8]?(-[:160,0.6])-[:20,0.6])
>[:-10]-[:60](=[:30,0.6]O)-[:170]?(-[:30,0.6])-[:190]-[:240]}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Triphenylmethane}/\chemfig{*6(-=-*6(-(-*6(=-=-=-))-*6(=-=-=-))=-=)}
\quad or \quad
\definesubmol{@}{*6(=-=-=-)}
\chemfig{(-[:-30]!@)(-[:90]!@)(-[:210]!@)}/
-\idx*\setcrambond
-\idx*\definesubmol
-\exemple*{Amygdalin}/\setcrambond{2pt}{}{}
+\exemple*{Amygdalin}/\setchemfig{cram width=2pt}
\definesubmol{c1}{-[:200]-[:120]O-[:190]}
\definesubmol{c2}{-[:170](-[:200,0.7]HO)<[:300](-[:170,0.6]HO)
-[:10,,,,line width=2pt](-[:-40,0.6]OH)>[:-10]}
@@ -2483,9 +2446,7 @@
\definesubmol{csub}{-[:155,0.65]-[:90,0.65]}
\chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/
-\idx*\setcrambond
-\idx*\definesubmol
-\exemple*{Adenosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{}
+\exemple*{Adenosine triphosphate}/\setchemfig{cram width=3pt}
\definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-}
\chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH)
-[,,,,line width=2pt](-OH)>(-N*5(-=N-*6(-(-NH_2)=N-=N-)=_-))-O-)}/
@@ -2499,7 +2460,6 @@
\exemple*{Porphyrin}/\chemfig{?=[::+72]*5(-N=(-=[::-72]*5(-[,,,2]HN-[,,2](=-[::-36]*5(=N-(=-[::-72]*5(-NH-[,,1]?=-=))
-=-))-=-))-=-)}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Manganese 5,10,15,20-tetra(N-ethyl-3-carbazolyl) porphyrin}/\definesubmol{A}{*6(=-*5(-*6(-=-=-)--N(--[::-60])-)=-=-)}
\chemfig{([::+180]-!A)=[::+72]*5(-N=(-(-[::+54]!A)=[::-72]*5(-N(-[::-33,1.5,,,draw=none]Mn)
-(=(-[::+72]!A)-[::-36]*5(=N-(=(-[::+54]!A)-[::-72]*5(-N-(-)=-=))-=-))-=-))-=-)}/
@@ -2507,7 +2467,6 @@
\exemple*{Penicillin}/\chemfig{[:-90]HN(-[::-45](-[::-45]R)=[::+45]O)>[::+45]*4(-(=O)-N*5(-(<:(=[::-60]O)
-[::+60]OH)-(<[::+0])(<:[::-108])-S>)--)}/
-\idx*\chembelow
\exemple*{LSD}/\chemfig{[:150]?*6(=*6(--*6(-N(-CH_3)--(<(=[::+60]O)-[::-60]N(-[::+60]-[::-60])
-[::-60]-[::+60])-=)([::-120]<H)---)-*6(-=-=-(-[::-30,1.155]\chembelow{N}{H}?)=))}/
@@ -2517,16 +2476,11 @@
\exemple*{Codeine}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?)
-(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/
-\idx*\lewis
\exemple*{A dye (red)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/
-\idx*\lewis
\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O})
-[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/
-\idx*\chembelow
-\idx*\+
-\idx*\schemestart
\exemple*{Fischer indole synthesis}/\schemestart
\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
\+
@@ -2535,12 +2489,6 @@
\chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
\schemestop/
-\idx*\chemabove
-\idx*\lewis
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Reaction mechanisms: carbonyl group}/
\schemestart
\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
@@ -2550,11 +2498,6 @@
\schemestop
\chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
-\idx*\chembelow
-\idx*\lewis
-\idx*\chemabove
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
\exemple*{Reaction mechanisms: nitro group}/\schemestart
\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
\chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
@@ -2566,15 +2509,7 @@
\draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
}/
-\idx*\lewis
-\idx*\chemabove
-\idx*\chemmove
-\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestart\idx*\schemestop
-\idx*{"@}
-\idx*\chembelow
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\exemple*{Nucleophilic addition. Primary amines}/\setatomsep{2.5em}
-\setcompoundsep{5em}
+\exemple*{Nucleophilic addition. Primary amines}/\setchemfig{atom sep=2.5em,compound sep=5em}
\schemestart
\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
\+
@@ -2603,9 +2538,7 @@
\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\merge\idx*\schemestop
-\exemple*{Reaction scheme}/\setatomsep{2em}
+\exemple*{Reaction scheme}/\setchemfig{atom sep=2em}
\schemestart[-90]
\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
\merge(c1)(c2)--()
@@ -2614,10 +2547,7 @@
\chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\subscheme\idx*\schemestop\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\exemple*{Addition}/\setatomsep{2.5em}
+\exemple*{Addition}/\setchemfig{atom sep=2.5em}
\schemestart
\chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
\arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -2629,11 +2559,7 @@
\arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\subscheme\idx*\schemestop\idx*\chemname\idx*\definesubmol\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
-\exemple*{Electrophilic aromatic substitution}Z\setatomsep{1.5em}%
+\exemple*{Electrophilic aromatic substitution}Z\setchemfig{atom sep=1.5em}%
\definesubmol{+}{-[,-0.4,,,draw=none]\oplus}%
\schemestart
\arrow{0}[,0]
@@ -2650,13 +2576,7 @@
\schemestop
\chemnameinit{}Z
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\setatomsep
-\idx*\lewis
-\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestart\idx*\schemestop\idx*\setcompoundsep
-\idx*\chemmove
-\idx*{"@}
-\exemple*{Reaction mechanism of chlorination}/\scriptsize\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}\setcompoundsep{4em}
+\exemple*{Reaction mechanism of chlorination}/\scriptsize\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2em,compound sep=4em}
\schemestart
\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
@@ -2677,11 +2597,6 @@
\draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
\draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
-\idx*\chemabove
-\idx*\chembelow
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Cannizzaro reaction}/\schemestart
\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
\arrow(start.mid east--.mid west){->[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]}
@@ -2708,18 +2623,7 @@
\begingroup
\catcode`;=12
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\setatomsep
-\idx*{"@}
-\idx*\chemabove
-\idx*\chemmove
-\idx*\lewis
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\setcompoundsep\idx*\setarrowoffset\idx*\subscheme\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\exemple*{Beckmann rearrangement}/\setbondoffset{1pt}
-\setatomsep{2.5em}
-\setcompoundsep{5em}
-\setarrowoffset{6pt}
+\exemple*{Beckmann rearrangement}/\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2.5em,compound sep=5em,arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
\arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -2744,11 +2648,7 @@
\schemestop/
\endgroup
-\idx*\setatomsep
-\idx*\setcompoundsep
-\idx*\schemestart\idx*\schemestop\idx*\arrow\idx*\+
-\exemple*{Reaction scheme}/\setatomsep{1.5em}
-\setcompoundsep{4em}
+\exemple*{Reaction scheme}/\setchemfig{atom sep=1.5em,compound sep=4em}
\schemestart
\chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
\arrow{->[\chemfig{HCl}]}
@@ -2757,12 +2657,10 @@
\chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
\schemestop/
-\idx*\tikzset\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\chemmove\idx*\schemestop
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Esterification of formic acid}Z\tikzset{obrace/.style={left delimiter={[},inner sep=3pt},
cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
-\setatomsep{2em}
+\setchemfig{atom sep=2em}
\schemestart
\chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
\arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
@@ -2786,10 +2684,6 @@
\draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
\schemestop Z
-\idx*\schemestart\idx*\subscheme\idx*\arrow\idx*\lewis\idx*\+\idx*\arrow
-\idx*\chemname\idx*\vflipnext\idx*\chemmove\idx*\chemabove\idx*\llap
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Electrophilic addition of halogen to olefin}/\schemestart
\subscheme{%
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
@@ -2818,15 +2712,9 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-\idx*\definesubmol
-\idx*\setatomsep
-\idx*\chemname
-\idx*\chemmove
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestop
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Sulfonation of naphthalene}/\definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus}
\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
-\setatomsep{2.5em}
+\setchemfig{atom sep=2.5em}
\schemestart[,1.5]
\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
\arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
@@ -2841,12 +2729,6 @@
\chemnameinit{}/
\begingroup\catcode`;12
-\idx*\chemname
-\idx*\color
-\idx*\lewis
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}}
\exemple*{Explanatory diagram}/\parbox{0.8\linewidth}{%
\hspace{10em}
\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attacks\\nucleophiles}};\par
@@ -2869,15 +2751,9 @@
\chemnameinit{}/
\endgroup
-\idx*\setatomsep
-\idx*\printatom
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\definesubmol
-\idx*\redefinesubmol
\exemple*{Crystallography}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);}
-\setatomsep{20pt}
+\setchemfig{atom sep=20pt,bond offset=2pt}
\renewcommand\printatom[1]{#1}
-\setbondoffset{2pt}
\definesubmol{hat}{-[:40,1.5]\disk-[::-30,2]\disk-[::-30,2]\disk-[::-120,2]\disk-[::-30,2]\disk}
\definesubmol{motif}{-[:40,1.5]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk
(-[2,3])-[::-30,2]\disk(-[2,3])-[::-120,2]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk}
@@ -2901,19 +2777,4 @@
-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])
-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)
-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}/
-
-\idx*{(\kern1cm)|see{branched molecule}}
-\idx*{?@\protect\texttt{?}|see{bond/distant atoms}}
-\idx*{interatom length|see{bond/length}}
-\idx*{*|see{ring}}
-\idx*{**|see{ring/inside arc}}
-\idx*{\protect\symbol{'0174}@\protect\texttt{\protect\symbol{'0174}}|see{separating atom mechanism}}
-\idx*{>, <, >\protect\symbol{'0174}, <\protect\symbol{'0174}, >:, <:@\protect\texttt>, \protect\texttt<, \protect\texttt{>\protect\symbol{'0174}}, \protect\texttt{<\protect\symbol{'0174}}, >\protect\string:, <\protect\string:|see{Cram diagram}}
-\idx*{-, =, \protect\string\protect~@\protect\texttt-, \protect\texttt=, \protect\texttt{\protect\string~}|see{bond/types}}
-\idx*{=\protect\string_, =\protect\string^@\protect\texttt{=\protect\string_}, \protect\texttt{=\protect\string^}|see{bond/shifted}}
-\idx*{"!|see{save a molecule}}
-\newpage
-\phantomsection
-\addcontentsline{toc}{part}{Index}
-\printindex
\end{document}
\ No newline at end of file
Modified: trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,98 +1,24 @@
-% __________________________________________________________________
-% | |
-% | chemfig v1.2e |
-% |__________________________________________________________________|
-%
-% Ceci est chemfig_doc_fr.tex, le code LaTeX de la documentation en
-% français de chemfig.
-%
-% Maintainer : Christian Tellechea
-% E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
-% Comments, bug reports and suggestions are welcome.
-% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c
-% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
-% Package URL: http://ctan.org/pkg/chemfig
-% Copyright : Christian Tellechea 2010-2015
-%
-% The "chemfig" package consists of the 8 following files:
-% - chemfig.tex (this file)
-% - chemfig.sty (the package file for LaTeX)
-% - t-chemfig.tex (the package file for conTeXt)
-% - README
-% - chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
-% - chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french)
-%
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work may be distributed and/or modified under the
-% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
-% of this license or (at your option) any later version.
-% The latest version of this license is in
-%
-% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
-%
-% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
-% version 2005/12/01 or later.
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
-%
-% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
-% --------------------------------------------------------------------
-\documentclass[10pt]{article}
+\documentclass[10pt,french]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
-\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=17pt,headsep=3mm,footskip=10mm]{geometry}
+\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,footskip=10mm]{geometry}
\usepackage[bottom]{footmisc}
-\usepackage{libertine}
-\renewcommand*\oldstylenums[1]{{\fontfamily{fxlj}\selectfont #1}}
+\usepackage{libertine,amsmath,array,longtable,xspace,fancybox,boites,textcomp,enumitem,chemfig,fancyhdr}
\usepackage[scaled=0.8]{luximono}
-\usepackage{amsmath}
-\usepackage{array}
-\usepackage{longtable}
-\usepackage{xspace}
-\usepackage{fancybox}
-\usepackage{boites}
-\usepackage{textcomp}
-\usepackage{enumitem}
-\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
\usetikzlibrary{decorations.markings}
\usetikzlibrary{matrix}
-\usepackage{siunitx}
-\usepackage{emerald}
-\usepackage{xstring}
\usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype}
-\usepackage{fancyhdr}
\fancypagestyle{plain}{%
- \fancyhead[L]{\colorbox{gray!40}{\rlap{\small\bfseries\CF}\kern\dimexpr\linewidth-2\fboxsep}}
+ \fancyhead[L]{}
\fancyhead[C]{}
- \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape\leftmark\kern0.5em}
- \fancyfoot[l]{\tiny Compilé par Christian \textsc{Tellechea}, le \today.}
+ \fancyhead[R]{}
+ \fancyfoot[l]{\tiny Compilé le \today.}
\fancyfoot[c]{}
\fancyfoot[r]{\thepage}}
\renewcommand\headrulewidth{0pt}
\makeatletter
-\let\gobble\@gobble
-\newcommand\idx{\@ifstar{\let\print at or@not\@gobble\idx@}{\let\print at or@not\@firstofone\idx@}}
-\newcommand\idx@[1]{%
- \ifcat\expandafter\noexpand\@car#1\@nil\relax% si sc
- \expandafter\ifx\@car#1\@nil\protect
- \index{#1}%
- \print at or@not{#1}%
- \else
- \saveexpandmode\expandarg
- \StrSubstitute{\string#1}{\string @}{\@empty\protect\symbol{'100}}[\temp@]%
- \StrGobbleLeft\temp at 1[\temp@]%
- \restoreexpandmode
- \expandafter\index\expandafter{\temp@ @\protect\texttt{\protect\textbackslash\temp@}}%
- \print at or@not{\texttt{\string#1}}%
- \fi
- \else
- \index{#1}%
- \print at or@not{#1}%
- \fi
-}
-
\newcommand\make at car@active[1]{%
\catcode`#1\active
\begingroup
@@ -142,7 +68,7 @@
\def\bkvz at top{\hbox to \hsize{%
\vrule\@width\fboxrule\@height\fboxrule
\leaders\bkvz at bottom\hfill
- \ECFAugie
+ \sffamily
\fboxsep\z@
\colorbox{black}{\kern0.25em\color{white}\footnotesize\lower0.5ex\hbox{\strut#2}\kern0.25em}%
\leaders\bkvz at bottom\hfill
@@ -163,7 +89,7 @@
\vskip0.5ex
\boxput*(0,1)
{\fboxsep\z@
- \hbox{\ECFAugie\colorbox{black}{\leavevmode\kern0.25em{\color{white}\footnotesize\strut#2}\kern0.25em}}%
+ \hbox{\sffamily\colorbox{black}{\leavevmode\kern0.25em{\color{white}\footnotesize\strut#2}\kern0.25em}}%
}%
{\fboxsep5pt
\fbox{%
@@ -179,7 +105,7 @@
\endgroup
}
-\newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize{#1}}}
+\newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize\expandafter{\string#1}}}
\long\def\centerverb#1{%
\def\centerverb at i##1#1{##1\hfill\null\par\egroup}%
@@ -190,41 +116,40 @@
\@vobeyspaces
\centerverb at i}
+\def\CFfrdate at i#1/#2/#3\@nil{\number#3\relax\ifnum#3=1 \ier{}\fi\space \ifcase#2 \or janvier\or février\or mars\or avril\or mai\or juin\or juillet\or aout\or septembre\or octobre\or novembre\or décembre\fi\space#1}
+\edef\CFfrdate{\expandafter\CFfrdate at i\CFdate\@nil}
+
+\DeclareRobustCommand\CF{%
+ \textsf{%
+ chem%
+ \if\string b\detokenize\expandafter{\f at series}%
+ \lower0.01em\hbox{\itshape f}\kern-0.06em
+ \else
+ \lower0.045em\hbox{\kern-0.05em \itshape f}\kern0.026em
+ \fi ig%
+ }%
+ \xspace
+}
\makeatother
-\usepackage[frenchb]{babel}
+\usepackage{babel}
\frenchbsetup{StandardLists=true,og=«,fg=»}
-
-\newcommand\CF{{\ECFAugie ChemFig}\xspace}
\newcommand\TIKZ{ti\textit kz\xspace}
\newcommand\molht[1]{\begingroup\parskip3.5pt\par\hfill\chemfig{#1}\hfill\null\par\endgroup}
\newcommand\boxednode[2]{\fbox{$\mathrm{#1}\vphantom{M_1}$}_{#2}}
\newcommand\boxedfalseverb[1]{{\fboxsep0pt\fbox{\vphantom|\falseverb{#1}}}}
+\newcommand*\chevrons[1]{\textlangle\textit{#1}\textrangle}
+\newcommand*\CFkey[1]{{\color{teal}\texttt{\detokenize{#1}}}}
+\newcommand*\CFval[1]{{\color{teal}\textlangle\textit{#1}\textrangle}}
+\newcommand*\CFkv[2]{\CFkey{#1}{\color{teal}${}={}$}\CFval{#2}}
+\newcommand*\CFparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}}\fi\\}
\usepackage[plainpages=false,pdfpagelabels,bookmarks=true,bookmarksopen=true,colorlinks=true,hyperfootnotes=false,filecolor=black,linkcolor=blue,urlcolor=magenta,pdfauthor={Christian TELLECHEA},pdftitle={ChemFig},pdfsubject={Dessiner des molécules 2D avec LaTeX},pdfkeywords={ChemFig},pdfcreator={LaTeX}]{hyperref}
\csname @addtoreset\endcsname{section}{part}
\usepackage{titlesec}
-\titleformat{\part}[display]
- {\normalfont\Large\filcenter\sffamily\bfseries}%
- {\LARGE\MakeUppercase{\partname}}%
- {1pc}%
- {\titlerule\vspace{1pc}\Huge}
+\titleformat{\part}[display]{\normalfont\filcenter\sffamily\bfseries}{}{0pt}{\Huge}
-\begin{filecontents*}{chemfig_doc_fr.ist}
-% Fichier de style makeindex
-heading_prefix "{\\bfseries\\hfill "
-heading_suffix "\\hfill\\null}\\nopagebreak\n"
-headings_flag 1
-symhead_positive "Symboles"
-symhead_negative "Symboles"
-delim_0 "\\dotfill"
-delim_1 "\\dotfill"
-delim_2 "\\dotfill"
-\end{filecontents*}
-
-\usepackage{makeidx}
-\makeindex
\begin{document}
\begin{titlepage}
\catcode`!12
@@ -236,9 +161,9 @@
\filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west);
\end{tikzpicture}
\begin{center}
- \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
- \Large v\csname CF at ver\endcsname\par\bigskip
- \footnotesize\csname CF at fr@date\endcsname\par
+ \color{white}\sffamily\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
+ \Large v\CFver\par\bigskip
+ \footnotesize\CFfrdate\par
\normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm
\huge Une extension \TeX{} pour dessiner des molécules%
\end{center}
@@ -245,18 +170,15 @@
\vskip4cm
\begin{center}
\scriptsize
- \setatomsep{3em}%
+ \setchemfig{atom sep=3em}%
\chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
\par
- {\ECFAugie\small Le taxotère}%
+ {\sffamily\small Le taxotère}%
\end{center}
\vskip1.5cm
\hfill
\hbox to 0pt{\hss\scriptsize
- \setbondoffset{1pt}
- \setatomsep{2.5em}
- \setcompoundsep{5em}
- \setarrowoffset{6pt}
+ \setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2.5em,compound sep=5em,arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
\arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -279,7 +201,7 @@
\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
\schemestop\hss}\hfill\null
\begin{center}
- \ECFAugie\small Réarrangement de Beckmann%
+ \sffamily\small Réarrangement de Beckmann%
\end{center}
\end{titlepage}
\parindent0pt\pagestyle{plain}
@@ -288,59 +210,113 @@
\newpage
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt,label=--}
-\part{Introduction}\section{Nouveau dans la v1.2}
-\paragraph{Pointes de flèches} Le modèle de pointe de flèche «CF» utilisé par défaut dans \CF est désormais défini avec la commande \verb|\pgfdeclarearrow| sur le modèle de «Stealth». Pour cela, la bibliothèque «arrows.meta» est chargée. La pointe «CF» admet donc les mêmes possibilités de personnalisation que la pointe «Stealth». Il est maintenant possible de définir le style de la pointe des flèches par défaut par l'intermédiaire de \verb|\setarrowdefault|.
+\part{Introduction}
+\section{Nouveau dans la v1.3}
+\subsection{Système de clés et valeurs}
+Compte tenu du grand nombre de paramètres et du nombre de macros qui servent à les spécifier, une uniformisation est devenue nécessaire, autant pour simplifier l'utilisation de \CF que pour faciliter la création de nouveaux paramètres.
-\exemple{Personnalisation des flèches}/1) Flèche par défaut :\par
-\schemestart A\arrow B\schemestop
+La plupart des \chevrons{paramètres} sont désormais spécifiés \emph{via} la macro \verb|\setchemfig| dont l'argument est une liste de \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur} séparées par des virgules. Bien qu'étant pour l'instant encore utilisables, toutes les macros qui spécifiaient un ou plusieurs paramètres sont désormais obsolètes.
+\begin{center}
+ \color{red}
+ \textbf{Attention} : toutes les macros obsolètes qui suivent seront supprimées dans une future version.
+\end{center}
+\begingroup
+\spaceskip=0.75em plus7pt minus 7pt
+\verb-\setcrambond-, \verb-\setatomsep-, \verb-\enablefixedbondlength-, \verb-\disablefixedbondlength-, \verb-\setbondoffset-, \verb-\setdoublesep-, \verb-\setangleincrement-, \verb-\setnodestyle-, \verb-\setbondstyle-, \verb-\setlewis-, \verb-\setlewisdist-, \verb-\setstacksep-, \verb-\setcompoundstyle-, \verb-\setarrowdefault-, \verb-\setandsign-, \verb-\setarrowoffset-, \verb-\setcompoundsep-, \verb-\setarrowlabelsep-, \verb-\enablebondjoin-, \verb-\disablebondjoin-, \verb-\schemedebug-.%
+\endgroup
-2) Personnalisation par flèche :\par
-\schemestart
- A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}]
- C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D
-\schemestop\par
+Les exécuter envoie un message d'avertissement sur leur obsolescence dans le fichier log.
-3) Style par défaut modifié :\par
-\setarrowdefault{,,-{CF[red,open,length=15pt,line width=1pt]}}
-\schemestart A\arrow B\schemestop/
+\subsection{La syntaxe de la macro \texttt{\textbackslash chemfig}}
+\begin{center}
+ \color{red}
+ La version étoilée de la macro \verb-\chemfig- est désormais obsolète et ne sera plus supportée dans une future version.
+\end{center}
+Pour spécifier une longueur constante de liaisons, il faut utiliser la clé \CFkey{fixed length} et la positionner à \CFval{true}, voir page~\pageref{longueur.liaison}.
-\paragraph{Incrément d'angle} Lorsque l'angle d'une liaison est spécifié par \verb|[<n>]| où \verb|<n>| est un entier, l'angle de la liaison vaut $45\times\text{<n>}$. On peut désormais choisir l'angle qui va multiplier \verb|<n>| par \verb|\setangleincrement{<increment>}| :
+Par ailleurs, les deux arguments optionnels que la macro \verb-\chemfig- acceptait, afin de spécifier des paramètres pour tikz sont également obsolètes. Désormais, les deux \chevrons{clés} \CFkey{chemfig style} et \CFkey{atom style} doivent être préférées, voir page~\pageref{arguments.optionnels}.
-\exemple{Modification de l'incrément de l'angle}/Par défaut : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
+Le but est qu'à terme, la macro \verb-\chemfig- n'accepte qu'\emph{un seul} argument optionnel contenant une liste de paramètres spécifiés via \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur}.
+\begin{center}
+ \color{red}
+ Les deux arguments optionnels que prend la macro \verb-\chemfig- seront supprimés dans une prochaine version
+\end{center}
-Incrément de 30 :
-\setangleincrement{30}\chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
+\subsection{Les clés et leur valeur par défaut}
+Les paramètres de chemfig, identifiés par leur \chevrons{clé} et leur \chevrons{valeur} par défaut sont :
+\begin{center}
+\begin{longtable}{rl}\hline
+ \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead
+ \CFparam{chemfig style}
+ \CFparam{atom style}
+ \CFparam{bond join}
+ \CFparam{fixed length}
+ \CFparam{cram rectangle}
+ \CFparam{cram width}
+ \CFparam{cram dash width}
+ \CFparam{cram dash sep}
+ \CFparam{atom sep}
+ \CFparam{bond offset}
+ \CFparam{double bond sep}
+ \CFparam{angle increment}
+ \CFparam{node style}
+ \CFparam{bond style}
+ \CFparam{lewis | width}
+ \CFparam{lewis sep}
+ \CFparam{lewis length}
+ \CFparam{lewis style}
+ \CFparam{lewis dist}
+ \CFparam{lewis radius}
+ \CFparam{cycle radius coeff}
+ \CFparam{stack sep}
+ \CFparam{scheme debug}
+ \CFparam{compound style}
+ \CFparam{compound sep}
+ \CFparam{arrow offset}
+ \CFparam{arrow angle}
+ \CFparam{arrow coeff}
+ \CFparam{arrow style}
+ \CFparam{arrow double sep}
+ \CFparam{arrow double coeff}
+ \CFparam{arrow double harpoon}
+ \CFparam{arrow label sep}
+ \CFparam{arrow head}
+ \CFparam{+ sep left}
+ \CFparam{+ sep right}
+ \CFparam{+ vshift}\hline
+\end{longtable}
+\end{center}
-\paragraph{Macros \texttt{\string\chemrel} et \texttt{\string\chemsign}} Ces macros obsolètes sont supprimées du package \CF. Pour écrire des réactions chimiques, il faut se placer dans l'environnement \verb|\schemestart|...\verb|\schemestop| et utiliser les macros \verb|\arrow| et \verb|\+|.
+On peut à tout moment exécuter la macro \verb|\resetchemfig| pour remettre tous les paramètres à leur valeur par défaut.
-\paragraph{Librairie «external»}
-En tenant compte des limitation exposées dans la documentation de la librairie «external», la macro \verb|\chemfig| est maintenant compatible avec cette librairie.
+Les \chevrons{paramètres} suivants sont nouveaux et ne sont donc accessibles que \emph{via} la macro \verb|setchemfig|:
+\begin{enumerate}
+ \item \CFkey{lewis radius} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis;
+ \item \CFkey{arrow double sep} : est l'espacement vertical entre les doubles flèches dans les schémas réactionnels;
+ \item \CFkey{arrow double coeff} : est le coefficient de rétrécissement de la petite flèche par rapport à la grande pour les flèches de type \verb|<->>| et \verb|<<->|;
+ \item \CFkey{arrow double harpoon} : booléen qui spécifie si les doubles flèches doivent être « harpon » ou pas;
+ \item \CFkey{cycle radius coeff} : représente le coefficient de rétrécissement du cercle ou de l'arc de cercle se trouvant dans les cycles;
+ \item \CFkey{arrow head} : est le style de bout de flèche par défaut.
+\end{enumerate}
-\paragraph{Macro étoilée \texttt{\string\setcrambond*}}
-Lorsque la macro \verb|\setcrambond| est étoilée, les liaisons de Cram arrière sont tracées sous forme de rectangle et non pas sous forme de triangle.
-
-\exemple{Liaisons de Cram arrière}/Non étoilée : \setcrambond{1ex}{.5pt}{.5pt}\chemfig{A>:B<:C}
-
-Étoilée : \setcrambond*{1ex}{.5pt}{.5pt}\chemfig{A>:B<:C}/
-
\section{Présentation}
Pour charger \CF, il faut écrire :
\begin{itemize}
- \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} avec $\varepsilon$\TeX\idx*\input;
- \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} avec \LaTeX\idx*{Latex@\protect\LaTeX}\idx*\usepackage;
- \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} avec Con\TeX t\idx*{ConTeXt at Con\protect\TeX{}t}\idx*\usemodule;
+ \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} avec $\varepsilon$\TeX;
+ \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} avec \LaTeX;
+ \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} avec Con\TeX t;
\end{itemize}
-Dans tous les cas, le package \TIKZ\idx*{tikz}, s'il n'a pas été chargé auparavant, est chargé par \CF.
+Dans tous les cas, le package \TIKZ, s'il n'a pas été chargé auparavant, est chargé par \CF.
-La commande principale permettant de dessiner les molécules est \verb|\chemfig{<code>}|\idx*\chemfig. L'argument \verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel.
+La commande principale permettant de dessiner les molécules est \verb|\chemfig{<code>}|. L'argument \verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel.
Tout a été fait pour qu'il soit possible de dessiner le plus grand nombre de configurations de molécules chimiques, tout en privilégiant une syntaxe simple, souple et intuitive. Malgré tout, le \verb-<code>- qui décrit le dessin en 2D de la molécule voit sa complexité augmenter proportionnellement à celle de la molécule à dessiner.
-La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de l'extension \TIKZ\idx*{tikz}, placées à l'intérieur de l'environnement \verb|tikzpicture|\idx*{tikzpicture}. Le choix de \TIKZ implique que:
+La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de l'extension \TIKZ, placées à l'intérieur de l'environnement \verb|tikzpicture|. Le choix de \TIKZ implique que:
\begin{itemize}
-\item l'utilisateur a le choix pour le moteur de compilation\idx*{mode de compilation} : pdf\LaTeX{} peut indifféremment être utilisé en mode dvi\idx*{dvi (mode)} (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) ou en mode pdf\idx*{pdf (mode)} (tex $\longrightarrow$ pdf). En effet, \TIKZ, via la sous-couche \idx{pgf}, donne des résultats graphiques identiques dans les deux modes;
-\item la boîte englobante\idx*{boite englobante at boîte englobante} est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante\idx*{boite englobante at boîte englobante} pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF placera toujours le premier atome de la molécule sur la \idx{ligne de base} du code qui précède.
+\item l'utilisateur a le choix pour le moteur de compilation : pdf\LaTeX{} peut indifféremment être utilisé en mode dvi (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) ou en mode pdf (tex $\longrightarrow$ pdf). En effet, \TIKZ, via la sous-couche \falseverb{pgf}, donne des résultats graphiques identiques dans les deux modes;
+\item la boîte englobante est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF placera toujours le premier atome de la molécule sur la \falseverb{ligne de base} du code qui précède.
\end{itemize}
\section{Remerciements}
@@ -358,7 +334,7 @@
{\fboxsep1pt
Mais dans cette molécule
\molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}
-on compte 4 groupes d'atomes : «$\mathrm{H_3C}$», «C», «O» et «OH». Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes at découpage en atomes}.
+on compte 4 groupes d'atomes : «$\mathrm{H_3C}$», «C», «O» et «OH». Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes.
Par conséquent, le premier groupe d'atomes «$\mathrm{H_3C}$» est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi :
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
@@ -367,7 +343,7 @@
Un espace est ignoré s'il est au début d'un groupe d'atomes.
\section{Différents types de liaisons}
-\idx*{liaison!types}Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons}
+Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons}
\begin{center}
\begin{tabular}{>{\centering\arraybackslash}m{1.7cm}>{\centering\arraybackslash}m{3cm}>{\centering\arraybackslash}m{2cm}m{4cm}}
\hline
@@ -383,9 +359,9 @@
9 &\verb+\chemfig{A<|B}+&\chemfig{A<|B}&Cram évidée gauche\\\hline
\end{tabular}
\end{center}
-\label{setdoublesep}La commande \verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*{\setdoublesep} permet de régler l'espacement entre les traits des liaisons doubles ou triples. Cet espacement vaut 2pt par défaut.
+\label{double bond sep}La \chevrons{clé} \CFkv{double bond sep}{dim} permet de régler l'espacement entre les traits des liaisons doubles ou triples. Cet espacement vaut 2pt par défaut.
-\label{longueur.liaison}\idx*{liaison!longueur}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée «distance interatome». De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
+\label{longueur.liaison}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée «distance interatome». De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
@@ -409,26 +385,26 @@
\end{tikzpicture}
\end{center}
-\label{setatomsep}La macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} règle cette distance interatome $\Delta$. Si la \verb-<dimension>- est vide, elle prend sa valeur par défaut : 3em. Cette commande, comme toutes les commandes de réglage, agit sur toutes les molécules qui vont suivre.
+\label{atom sep}La \chevrons{clé} \CFkv{atom sep}{dim} règle cette distance interatome $\Delta$. Ce paramètre, comme tous les paramètres, agit sur toutes les molécules qui vont suivre.
-\exemple{Distance interatome}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par
-\setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}|
+\exemple{Distance interatome}|\setchemfig{atom sep=2em}\chemfig{A-B}\par
+\setchemfig{atom sep=50pt}\chemfig{A-B}|
-\label{setbondoffset}\idx*{\setbondoffset}La commande \verb-\setbondoffset{<dimension>}- permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Si la \verb-<dimension>- est vide, alors $\delta=\text{2 pt}$.
-\exemple{Retrait des liaisons}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par
- \setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}|
+\label{bond offset}La \chevrons{clé} \CFkv{bond offset}{dim} permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Sa valeur par défaut est 2pt.
+\exemple{Retrait des liaisons}|\setchemfig{bond offset=0pt}\chemfig{A-B}\par
+ \setchemfig{bond offset=5pt}\chemfig{A-B}|
Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et autour de ce groupe vide, l'espacement $\delta$ est nul :
\exemple{Groupes vides}/\chemfig{A-B=-=C}/
-\label{setbondstyle}\idx*{\setbondstyle}La commande \verb-\setbondstyle{<code tikz>}- définit le style de toutes les liaisons qui seront dessinées par la suite. Le \verb-<code tikz>- est vide par défaut. Pour personnaliser les liaisons une par une, voir page~\pageref{perso-liaisons}.
-\exemple{Style des liaisons}/\setbondstyle{line width=1pt,red}
+\label{bond style}La \chevrons{clé} \CFkv{bond style}{code tikz} définit le style de toutes les liaisons qui seront dessinées par la suite. Le \CFval{code tikz} est vide par défaut. Pour personnaliser les liaisons une par une, voir page~\pageref{perso-liaisons}.
+\exemple{Style des liaisons}/\setchemfig{bond style={line width=1pt,red}}
\chemfig{A-B=C>|D<E>:F}/
-\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme «\verb-#(<dim1>,<dim2>)-», où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur «B», puis partant de «B» et enfin pour les deux à la fois :
+\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme «\verb-#(<dim1>,<dim2>)-», où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur «B», puis partant de «B» et enfin pour les deux à la fois :
\begingroup
\catcode`\#12
-\exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setbondoffset{4pt}
+\exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setchemfig{bond offset=4pt}
\chemfig{A-B-C}\par
\chemfig{A-#(,0pt)B-C}\par
\chemfig{A-B-#(0pt)C}\par
@@ -435,31 +411,29 @@
\chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/
\endgroup
-Par défaut, tous les atomes se trouvant dans les groupes d'atomes sont composés en mode mathématique\idx*{mode mathematique at mode mathématique} (les espaces sont ignorés). Ils peuvent donc contenir des caractères propres à ce mode comme la mise en indice ou en exposant\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.}:
+Par défaut, tous les atomes se trouvant dans les groupes d'atomes sont composés en mode mathématique (les espaces sont ignorés). Ils peuvent donc contenir des caractères propres à ce mode comme la mise en indice ou en exposant\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.}:
\exemple{Mode mathématique}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}|
-Il existe des réglages spécifiques aux liaisons de Cram\idx*{Cram (représentation)}\idx*\setcrambond. On utilise cette syntaxe :\label{setcrambond}
-\centerverb/\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}/
-\smallskip
-
-Si l'un des argument est vide, il prend sa valeur par défaut. Les 3 arguments sont :
+Il existe des réglages spécifiques aux liaisons de Cram:
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- est la largeur de la base des triangles et vaut 1.5ex par défaut;
- \item \verb-<dim2>- est l'épaisseur des pointillés et vaut 1pt par défaut;
- \item \verb-<dim3>- est l'espacement entre les pointillés et vaut 2pt par défaut.
+ \item \CFkv{cram width}{dim} est la largeur de la base des triangles et vaut 1.5ex par défaut;
+ \item \CFkv{cram dash width}{dim} est l'épaisseur des pointillés et vaut 1pt par défaut;
+ \item \CFkv{cram dash sep}{dim} est l'espacement entre les pointillés et vaut 2pt par défaut.
\end{itemize}
Voici un exemple où les 3 dimensions sont modifiées :
-\exemple{Liaison de Cram modifiée}-\setcrambond{10pt}{0.4pt}{1pt}
+\exemple{Liaison de Cram modifiée}-\setchemfig{cram width=10pt,
+ cram dash width=0.4pt,
+ cram dash sep=1pt}
\chemfig{A>B>:C>|D}-
\section{Angle d'une liaison}
-\idx*{liaison!angle}\idx*{liaison!argument optionnel|(}Chaque liaison admet un argument optionnel qui se met entre crochet. Le contenu de cet argument optionnel permet de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Cet argument optionnel est constitué de 5 champs séparés par des virgules qui sont autant d'arguments optionnels pour la liaison. Le premier de ces arguments définit l'angle optionnel de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique et sont définis par rapport à l'horizontale. Si l'argument optionnel est vide, alors l'angle par défaut vaut 0\degres. Nous verrons plus loin comment modifier cet angle par défaut.
+Chaque liaison admet un argument optionnel qui se met entre crochet. Le contenu de cet argument optionnel permet de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Cet argument optionnel est constitué de 5 champs séparés par des virgules qui sont autant d'arguments optionnels pour la liaison. Le premier de ces arguments définit l'angle optionnel de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique et sont définis par rapport à l'horizontale. Si l'argument optionnel est vide, alors l'angle par défaut vaut 0\degres. Nous verrons plus loin comment modifier cet angle par défaut.
Il y a plusieurs façons de spécifier l'angle d'une liaison.
\subsection{Angle prédéfini}
-\idx*{liaison!angle!prédéfini}Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, etc.
+Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, etc.
\exemple{Angles prédéfinis}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}|
@@ -466,25 +440,25 @@
Ces angles restent valable si les atomes sont vides et il en sera de même par la suite pour toutes les fonctionnalités que nous verrons :
\exemple{Angles prédéfinis, groupes vides}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}|
-Pour ceux qui trouvent cela « affreux\footnote{Voir \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig}}} », il est désormais possible de raccorder les liaisons simples entres-elles moyennant un temps de compilation légèrement augmenté. La macro \idx\enablebondjoin{} permet d'activer cette fonctionnalité et \idx\disablebondjoin{} la désactive (comportement préférable qui est celui par défaut).
+Pour ceux qui trouvent cela « affreux\footnote{Voir \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig}}} », il est désormais possible de raccorder les liaisons simples entres-elles moyennant un temps de compilation légèrement augmenté. La \chevrons{clé} booléenne \CFkv{bond join}{booléen} permet, lorsqu'elle est \CFval{true} d'activer cette fonctionnalité. La valeur par défaut est \CFval{false} qui est le comportement préférable.
-\exemple{Raccord entre liaisons}/\setbondstyle{line width=3pt}
+\exemple{Raccord entre liaisons}/\setchemfig{bond style={line width=3pt}}
\chemfig{-[1]-[7]} et
-\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+\setchemfig{bond join=true}\chemfig{-[1]-[7]}/
-\label{setangleincrement}Il est possible de modifier l'angle dont on prend les multiples. La macro \idx\setangleincrement{} permet de choisir un autre angle que celui de 45\degres{} sélectionné par défaut :
+\label{angle increment}La \chevrons{clé} \CFkv{angle increment}{angle} permet de choisir un autre angle que celui de 45\degres{} sélectionné par défaut :
\exemple{Modification de l'angle prédéfini}/Par défaut (45) : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
-\setangleincrement{30}
+\setchemfig{angle increment=30}
Angle de 30 : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
\subsection{Angle absolu}
-\idx*{liaison!angle!absolu}Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ :
+Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ :
\exemple{Angles absolus}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/
\subsection{Angle relatif}\label{angle.relatif}
-\idx*{liaison!angle!relatif}Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-.
+Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-.
Voici une molécule où les angles des liaisons augmentent de 20\degres{} à chacune après la première dont l'angle est absolu de $-5\degres$ :
\exemple{Suite d'angles relatifs}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}|
@@ -493,7 +467,7 @@
\exemple{Suite d'angles relatif puis angle absolu}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}|
\section{Longueur d'une liaison}
-\idx*{liaison!longueur}En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \idx{\setatomsep} comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu «encombrants» auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes «I» sont plus étroits que les atomes «M» ce qui entraîne que la liaison entre les «I» est plus longue que celle entre les «M» :
+En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \CFkey{atom sep} comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu «encombrants» auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes «I» sont plus étroits que les atomes «M» ce qui entraîne que la liaison entre les «I» est plus longue que celle entre les «M» :
\exemple{Influence de la largeur de l'atome}|\chemfig{I-I}\par
\chemfig{M-M}|
@@ -502,11 +476,11 @@
Il est important de remarquer que l'exposant «\verb+-+» est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc «\verb-B^-», ce qui conduirait à des résultats inattendus.
-Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. En effet, lorsque la commande \verb+\chemfig+ est immédiatement suivie d'une étoile, la macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} ne spécifie plus la distance entre les centres des atomes, notée $\Delta$, mais \emph{la longueur des liaisons}. Dès lors, les liaisons ont des longueurs fixes tandis que la distance entre les centres des atomes devient variable et dépend de leur encombrement. Voici le schéma de la page~\pageref{longueur.liaison} et ce qu'il devient avec la macro \verb|\chemfig*| :
+Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. En effet, lorsque la \chevrons{clé} \CFkey{fixed legnth} est mise à \CFval{true}, la \chevrons{clé} \CFkey{atom sep} ne spécifie plus la distance entre les centres des atomes, notée $\Delta$, mais \emph{la longueur des liaisons}. Dès lors, les liaisons ont des longueurs fixes tandis que la distance entre les centres des atomes devient variable et dépend de leur encombrement. Voici les deux configurations du schéma de la page~\pageref{longueur.liaison} avec les deux valeurs booléennes de \CFkey{fixed length} :
\begin{center}
\begin{tabular}{c@{\kern2cm}c}
- macro \verb|\chemfig|¯o \verb|\chemfig*|\\[2ex]
+ \CFkv{fixed length}{false}&\CFkv{fixed length}{true}\\[2ex]
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
\node[draw]at(4,0)(bb){\huge B};
@@ -549,21 +523,20 @@
\end{tabular}
\end{center}
-Afin que les cycles soient des polygones réguliers, le comportement par défaut est rétabli, même si la macro \verb|\chemfig| est étoilée.
+Afin que les cycles soient des polygones réguliers, le comportement par défaut est rétabli pour les liaisons des cycles, même si \CFkv{fixed length}{true}.
\exemple{Liaisons de longueur fixe}/\chemfig{Cl-Cl}\par
-\chemfig*{Cl-Cl}/
+\setchemfig{fixed length=true}\chemfig{Cl-Cl}/
-Si l'on souhaite que le comportement des macros étoilées devienne celui par défaut, on peut appeler la macro \idx\enablefixedbondlength. La macro \idx\disablefixedbondlength{} redonne aux liaisons des longueurs variables.
-
-Notamment lorsque le comportement par défaut est en vigueur et pour se prémunir de liaisons trop courtes, il est parfois nécessaire de pouvoir augmenter (ou parfois réduire) la distance interatome. Pour cela, l'argument optionnel des liaisons est en réalité constitué de plusieurs champs séparés par des virgules. Comme on l'a vu, le premier champ spécifie l'angle. Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut.\idx*{liaison!longueur}
+Notamment lorsque le comportement par défaut est en vigueur et pour se prémunir de liaisons trop courtes, il est parfois nécessaire de pouvoir augmenter (ou parfois réduire) la distance interatome. Pour cela, l'argument optionnel des liaisons est en réalité constitué de plusieurs champs séparés par des virgules. Comme on l'a vu, le premier champ spécifie l'angle. Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut.
\exemple{Longueur de liaison modifiée}/\chemfig{A^{++}_{2}-[,2]B^{-}_3}\par
\chemfig{A-B-[,2]C=[,0.5]D}\par
\chemfig{-=[,1.5]-[,0.75]=[:-20,2]}/
-On peut modifier la taille des molécules\idx*{taille des molécules at taille des molecules} en jouant sur la taille de la police ou sur \idx\setatomsep, éventuellement sur les deux\footnote{On peut aussi utiliser le deuxième argument optionnel de la commande \texttt{\string\chemfig}, voir page~\pageref{arguments.optionnels}.}, en prenant soin de confiner ces changements à l'intérieur d'un groupe si on veut en limiter la portée :
+On peut modifier la taille des molécules en jouant sur la taille de la police ou sur la \chevrons{clé} \CFkey{atom sep}, éventuellement sur les deux, en prenant soin de confiner ces changements à l'intérieur d'un groupe si on veut en limiter la portée :
\exemple{Modifier la taille des molécules}/\normalsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
-\setatomsep{2.5em}\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
+\setchemfig{atom sep=2.5em}
+\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\small \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\footnotesize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
\scriptsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par
@@ -570,7 +543,7 @@
\tiny \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}/
\section{Atome de départ et d'arrivée}
-\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe «ABCD» au groupe «EFG» avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
+Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe «ABCD» au groupe «EFG» avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
Voici des exemples où les angles sont dans l'intervalle $]-90\;;90[$, et où la liaison se fait donc entre D et E :
\exemple{Atomes liés par défaut}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad
@@ -592,11 +565,11 @@
\chemfig{ABCD-[:75,,3,2]EFG}|
\section{Personnalisation des liaisons}\label{perso-liaisons}
-\idx*{liaison!personnalisation}Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se trouve à droite de la 4\ieme{} virgule :
+Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se trouve à droite de la 4\ieme{} virgule :
\centerverb/[,,,,<code tikz>]/
\smallskip
-\idx*{tikz}Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme «\verb-red-», de pointillés comme «\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-», d'épaisseur comme «\verb-line width=2pt-» ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant «\verb-draw=none-»\idx*{liaison!invisible}. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
+Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme «\verb-red-», de pointillés comme «\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-», d'épaisseur comme «\verb-line width=2pt-» ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant «\verb-draw=none-». Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
\exemple{Passage de code tikz}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par
\chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par
\chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par
@@ -608,7 +581,7 @@
Les liaisons de Cram sont insensibles aux attributs d'épaisseur et de pointillés.
\section{Valeurs par défaut}
-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!valeurs par défaut}Au début de chaque molécule, les valeurs par défaut des arguments optionnels des liaisons sont initialisées. Elles valent :
+Au début de chaque molécule, les valeurs par défaut des arguments optionnels des liaisons sont initialisées. Elles valent :
\begin{itemize}
\item 0\degres{} pour l'angle des liaisons;
\item 1 pour le coefficient multiplication des longueurs;
@@ -624,9 +597,9 @@
\exemple{Écrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}|
Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contraire, toutes les liaisons auront un angle de 45\degres{} avec l'horizontale, les distances interatomes vaudront 1,5 fois la distance par défaut, les liaisons partiront et arriveront sur le deuxième atome de chaque groupe et seront rouges et épaisses :
-\exemple{Valeurs par défaut}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|\idx*{liaison!argument optionnel|)}
+\exemple{Valeurs par défaut}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|
-\section{Ramifications}\idx*{ramification}
+\section{Ramifications}
\subsection{Principe}
Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome.
@@ -662,7 +635,7 @@
\exemple[70]{Rotation de la molécule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
\section{Lier des atomes éloignés}
-\idx*{liaison!atomes éloignés}Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons «liaisons distantes» ces liaisons particulières.
+Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons «liaisons distantes» ces liaisons particulières.
Prenons cette molécule :
\exemple{Structure ramifiée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}|
@@ -697,7 +670,7 @@
Alors, il faut procéder de cette façon :
\exemple{Plusieurs liaisons éloignées}|\chemfig{A?[a]-[:-72]B-C?[a]?[b]-[:72]D-[:144]E?[a]?[b]}|
-\section{Cycles}\idx*{cycle|(}
+\section{Cycles}
L'exemple précédent montre comment tracer un polygone régulier, mais la méthode est fastidieuse puisque les angles dépendent du nombre de côté du polygone.
\subsection{Syntaxe}
@@ -713,12 +686,12 @@
On peut également dessiner un cycle avec un, plusieurs, ou tous les groupes d'atomes vides, comme c'est le cas pour les dessins hors des cycles :
\exemple{5-cycle avec groupes vides}|\chemfig{*5(-=--=)}|
-Un cycle peut être incomplet\idx*{cycle!incomplet} :
+Un cycle peut être incomplet :
\exemple{5-cycle incomplet}|\chemfig{*5(-B=C-D)}|
Si un cycle a un code qui contient trop de liaisons et de groupes d'atomes pour le nombre de sommets spécifiés, toutes les liaisons et les groupes au delà du maximum admissible sont ignorés :
\exemple{5-cycle tronqué}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=F-G=H-I)}|
-Il est possible de dessiner un cercle ou un arc de cercle à l'intérieur d'un cycle\idx*{cycle!cercle intérieur}. Pour cela, on utilise cette syntaxe :
+Il est possible de dessiner un cercle ou un arc de cercle à l'intérieur d'un cycle. Pour cela, on utilise cette syntaxe :
\centerverb/<atome>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/
\smallskip
@@ -734,7 +707,7 @@
\subsection{Position angulaire}
\subsubsection{Au départ}
-\idx*{cycle!position angulaire}Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache «\verb/A/» se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
+Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache «\verb/A/» se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
\exemple{Position angulaire des cycles}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}|
Si cette position angulaire ne convient pas, il est possible de spécifier via l'argument optionnel du début de la molécule un autre angle par défaut. Voici un 6-cycle qui a été pivoté de $+30\degres$, de $-30\degres$ puis de $+60\degres$ :
@@ -753,7 +726,7 @@
\chemfig{A=[:-30]*6(=-=-=-)}|
\subsection{Ramifications partant d'un cycle}
-\idx*{cycle!ramification}Pour faire partir une ramification d'un des sommets du cycle, on emploie la syntaxe déjà vue :
+Pour faire partir une ramification d'un des sommets du cycle, on emploie la syntaxe déjà vue :
\centerverb/<atome>(<code>)/
\smallskip
@@ -774,7 +747,7 @@
\exemple{Cycles liés}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}|
\subsection{Cycles emboîtés}
-\idx*{cycle!imbrication}Pour «coller» 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
+Pour «coller» 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
\exemple{Cycles imbriqués}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}|
On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons «\verb/----/». En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé.
@@ -795,11 +768,11 @@
Il faut prendre des précautions avec les cycles lorsque un ou plusieurs sommets sont constitués de plusieurs atomes :
\exemple{Cycle et groupes d'atomes}|\chemfig{AB*5(-CDE-F-GH-I-)}|
-Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme de \CF qui calcule automatiquement les atomes de départ et d'arrivée des liaisons\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}. Ici, il faut relier \verb/C-F/ et \verb/F-G/ en le spécifiant avec l'argument optionnel de ces liaisons\idx*{liaison!argument optionnel} :
-\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|\idx*{cycle|)}
+Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme de \CF qui calcule automatiquement les atomes de départ et d'arrivée des liaisons. Ici, il faut relier \verb/C-F/ et \verb/F-G/ en le spécifiant avec l'argument optionnel de ces liaisons :
+\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|
-\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}\idx*{mécanismes réactionnels|(}
-Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe «\verb-@{<argument>}-»\idx*{"@}. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option «\texttt{remember picture}» qui est passée à tous les environnements «\idx{tikzpicture}». Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le «\idx{picture remembering}» et que la compilation soit lancée deux fois.
+\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}
+Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe «\verb-@{<argument>}-». Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option «\texttt{remember picture}» qui est passée à tous les environnements «\falseverb{tikzpicture}». Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le «\falseverb{picture remembering}» et que la compilation soit lancée deux fois.
Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser :
\begin{itemize}
@@ -806,11 +779,11 @@
\item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>,<coeff>}-» placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom «\verb-<nom>-» et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise «\verb-@{<nom>}-», le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison;
\item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>}-» immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles.
\end{itemize}
-Une fois que la commande \idx{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement «\idx{tikzpicture}» dans lequel les options sont «\texttt{remember picture,overlay}».} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom «\verb-<nom1>-» au nœud portant le nom «\verb-<nom2>-» :
+Une fois que la commande \falseverb{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement «\falseverb{tikzpicture}» dans lequel les options sont «\texttt{remember picture,overlay}».} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom «\verb-<nom1>-» au nœud portant le nom «\verb-<nom2>-» :
\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}|
\smallskip
-L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ.
+L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \falseverb{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ.
\subsection{Effets mésomères}
Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé «db» (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé «a1» sur l'extrémité de la double liaison.
@@ -831,7 +804,7 @@
\centerverb|\chemmove{\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}|
\medskip
-Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\idx*{points de controle at points de contrôle}\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de «db» pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de «a1» pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud «dnl») vers la liaison simple (nœud «sb»).
+Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de «db» pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de «a1» pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud «dnl») vers la liaison simple (nœud «sb»).
\exemple{Effet mésomère 2}/\schemestart
\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
\arrow{<->}
@@ -842,7 +815,7 @@
\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
\draw(dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
-Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle\idx*{points de controle at points de contrôle} comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de «dnl» et un angle de 45\degres{} à 4~mm de «sb». Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
+Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de «dnl» et un angle de 45\degres{} à 4~mm de «sb». Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
\exemple{Effet mésomère 3}/\schemestart
\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
\arrow{<->}
@@ -884,7 +857,7 @@
\chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
\draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
-Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle\idx*{points de controle at points de contrôle}. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de «x1» et 1,5~cm verticalement :
+Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de «x1» et 1,5~cm verticalement :
\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
@@ -894,8 +867,8 @@
Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de «x1». Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent.
\subsection{Mécanismes réactionnels}
-Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements «tikzpicture» nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}.
-\exemple*{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm}
+Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements «tikzpicture» nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification.
+\exemple*{Estérification: étape 1}/\setchemfig{atom sep=7mm}
\schemestart
\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
\+
@@ -906,8 +879,8 @@
\draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
\draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/
-L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} ne change pas les dimensions de la boîte englobante\idx*{boite englobante at boîte englobante} du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle\idx*{points de controle at points de contrôle} avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
-\exemple{Estérification: étape 2}/\setatomsep{7mm}
+L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas les dimensions de la boîte englobante du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
+\exemple{Estérification: étape 2}/\setchemfig{atom sep=7mm}
\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
\chemmove{
@@ -914,16 +887,16 @@
\draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt]
(dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
-Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\ldots\idx*{mécanismes réactionnels|)}
+Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\ldots
\section{Écrire un nom sous une molécule}\label{chemname}
-Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande\idx*\chemname
+Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande
\centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/
\smallskip
-La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \idx{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul.
+La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \falseverb{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul.
-Voici une réaction avec les noms sous les molécules\idx*{reaction chimique at réaction chimique} :
+Voici une réaction avec les noms sous les molécules :
\exemple*{Affichage du nom des molécules}/\schemestart
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
\+
@@ -947,13 +920,13 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \idx{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. \label{chemnameinit}La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}-\idx*{\chemnameinit} initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc :
+En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \falseverb{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. \label{chemnameinit}La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc :
\begin{itemize}
\item d'écrire \verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule;
\item d'écrire \verb-\chemnameinit{}- après avoir écrit tous les noms d'une réaction chimique afin d'éviter que la plus grande profondeur trouvée dans cette réaction n'interfère dans une réaction future.
\end{itemize}
-Le code correct est donc d'utiliser \idx{\chemnameinit} avant et après la réaction :
+Le code correct est donc d'utiliser \falseverb{\chemnameinit} avant et après la réaction :
\exemple*{Alignement des noms 2}/\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
\schemestart
\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
@@ -966,7 +939,7 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} :% TODO : \\ absente du pdf
+Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} :
\exemple*{Nom sur 2 lignes}/\schemestart
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique}
\+
@@ -983,13 +956,13 @@
\part{Utilisation avancée}\label{utilisation.avancee}
\section{Découpage des atomes}\label{decoupage.atomes}
-Le mécanisme de découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes at découpage en atomes}, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
+Le mécanisme de découpage en atomes, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère «\texttt(» est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée :
\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/
-On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage\idx*{decoupage en atomes at découpage en atomes} de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : «\texttt{\detokenize{C{(}}}», «\texttt{\detokenize{C}}», «\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}». On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boîtes contenant les atomes :
+On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : «\texttt{\detokenize{C{(}}}», «\texttt{\detokenize{C}}», «\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}». On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boîtes contenant les atomes :
\begin{center}
\fboxsep=0pt
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}%
@@ -1000,13 +973,13 @@
\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/
\section{Affichage des atomes}\label{perso.affichage}
-Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \idx{\printatom} est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple «\verb-H_3-»). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique\idx*{mode mathematique at mode mathématique} et affiche son argument avec la police mathématique «rm». Elle est définie par le code suivant :
+Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \falseverb{\printatom} est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple «\verb-H_3-»). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique et affiche son argument avec la police mathématique «rm». Elle est définie par le code suivant :
\begin{itemize}
- \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad en compilant avec \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX}
- \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad en compilant avec $\varepsilon$\TeX{}\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX} ou Con\TeX tX\idx*{ConTeXt at Con\protect\TeX{}t}.
+ \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad en compilant avec \LaTeX{}
+ \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad en compilant avec $\varepsilon$\TeX{} ou Con\TeX tX.
\end{itemize}\medskip
-On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes. Dans l'exemple ci-dessous, on redéfinit \idx{\printatom} de façon à ce que chaque atome soit contenu dans une boîte rectangulaire :
+On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes. Dans l'exemple ci-dessous, on redéfinit \falseverb{\printatom} de façon à ce que chaque atome soit contenu dans une boîte rectangulaire :
\exemple{Redéfinition de \string\printatom}/\fboxsep=1pt
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
@@ -1015,52 +988,47 @@
\exemple{Atomes affichés en police «sf»}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
-\section{Arguments optionnels}\label{arguments.optionnels}
-La commande \idx{\chemfig} admet deux arguments optionnels\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} et sa syntaxe complète est la suivante :
-\centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<code molécule>}|
-\smallskip
+\section{Paramètres passés à tikz}\label{arguments.optionnels}
+La \chevrons{clé} \CFkey{chemfig style} contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement \falseverb{tikzpicture} dans lequel est dessinée la molécule. Par ailleurs, la \chevrons{clé} \CFkey{atom style} contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud; ces instructions sont ajoutées à la fin de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}, c'est-à-dire après les instructions suivantes : «{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}».
-Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : «{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}».}.
-
-Par l'intermédiaire du premier argument optionnel, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes :
+Par l'intermédiaire de \CFkey{chemfig style}, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes :
\exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[red]{A-B-[2]C}/
+\setchemfig{chemfig style={line width=1.5pt}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{chemfig style=red}\chemfig{A-B-[2]C}/
-Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, modifier l'inclinaison du dessin ou changer l'échelle\idx*{taille des molécules at taille des molecules} :
+Avec \CFkey{node style}, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, modifier l'inclinaison du dessin ou changer l'échelle :
\exemple{Choix des styles}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][rotate=20]{A-B-[2]C}\par\medskip
-\chemfig[][scale=0.5]{A-B-[2]C}/
+\setchemfig{atom style=red}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{atom style={rotate=20}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\setchemfig{atom style={scale=0.5}}\chemfig{A-B-[2]C}/
\section{Alignement vertical}\label{alignement.vertical}
-\idx*{alignement vertical}Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect.
+Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect.
-Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la \idx{ligne de base} :
-\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setatomsep{2em}
+Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la \falseverb{ligne de base} :
+\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-G-H}/
Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-».
-Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \idx{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \idx{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent.
+Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \falseverb{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \falseverb{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent.
-On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \idx\vphantom. Pour les atomes «\verb-C-» et «\verb-F-», la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-» est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
+On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \falseverb\vphantom. Pour les atomes «\verb-C-» et «\verb-F-», la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-» est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents :
-\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setatomsep{2em}
+\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}}
\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-G-H}/
-Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \idx{\vphantom} ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants :
-\exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setatomsep{2em}
+Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \falseverb{\vphantom} ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants :
+\exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
-\label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \idx\vphantom. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \idx{\chemskipalign} : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \idx{\chemskipalign} n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne :
+\label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \falseverb\vphantom. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \falseverb{\chemskipalign} : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \falseverb{\chemskipalign} n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne :
\exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large
\chemfig{A-.-B}\quad
@@ -1070,7 +1038,7 @@
\chemfig{A-.-B}\quad
\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/
-Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \idx{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici «\verb-\chemskipalign.-» et «\verb-B-» :
+Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \falseverb{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici «\verb-\chemskipalign.-» et «\verb-B-» :
\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
@@ -1083,7 +1051,7 @@
\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}%
\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}%
\end{center}
-On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \idx{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons «collent» aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère «\verb-#-»\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option «frenchb», il est nécessaire de désactiver le caractère actif «\verb-;-» qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}-\idx*{\shorthandoff} :
+On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \falseverb{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons «collent» aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère «\verb-#-»\, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option «frenchb», il est nécessaire de désactiver le caractère actif «\verb-;-» qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}- :
\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12
\exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/\begingroup
\shorthandoff{;}
@@ -1094,7 +1062,7 @@
\endgroup/\endgroup
\section{Liaisons doubles déportées}
-\idx*{liaison!déportées}Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire «à gauche» ou «à droite» de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
+Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire «à gauche» ou «à droite» de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire «\verb-=^-» et pour la déporter vers la droite «\verb-=_-» :
\exemple{Liaisons doubles déportées}/\chemfig{A-=-B}\par
@@ -1111,7 +1079,7 @@
\chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/
\section{Liaisons doubles délocalisées}
-\idx*{liaison!delocalisee at délocalisée}Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, avec sa librairie «decorations.markings» le rend possible.
+Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, avec sa librairie «decorations.markings» le rend possible.
\exemple*{Liaisons délocalisées}|\catcode`\@=11
\tikzset{
@@ -1137,9 +1105,9 @@
\chemfig{A-[,,,,ddbond={+}]B-[,,,,ddbond={-}]C}|
\section{Sauvegarde d'une sous molécule}\label{definesubmol}
-\idx*{sauvegarde d'une molécule|(}\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois.
+\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois.
-Pour cela, on dispose de la commande\idx*{\definesubmol}
+Pour cela, on dispose de la commande
\centerverb|\definesubmol{<nom>}{<code>}|
\smallskip
@@ -1149,8 +1117,8 @@
\item une séquence de contrôle.
\end{itemize}
-Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \idx{\definesubmol}, d'ailleurs, un «warning» sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
-\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}|\idx*\redefinesubmol
+Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \falseverb{\definesubmol}, d'ailleurs, un «warning» sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
+\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}|
\smallskip
Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias «\verb/xy/» pour le code \verb/CH_2/ :
@@ -1159,66 +1127,73 @@
Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque «\verb/!{xy}/» est aussi long à taper que le code qu'il remplace.
-Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle «\verb/\xx/» pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs\idx*{liaison!angle!relatif}, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
+Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle «\verb/\xx/» pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
\exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
\chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}|
-La commande \idx{\definesubmol} admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante :
+La commande \falseverb{\definesubmol} admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante :
\centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/
\medskip
Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias «\verb-!<nom>-» sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-.
-On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour «méthyl» de telle sorte que l'alias «\verb-!\Me-» soit remplacé par «\verb-H_3C-» lorsque la liaison arrive de droite et par «\verb-CH_3-» lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas)\idx*{\definesubmol} :
+On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour «méthyl» de telle sorte que l'alias «\verb-!\Me-» soit remplacé par «\verb-H_3C-» lorsque la liaison arrive de droite et par «\verb-CH_3-» lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas) :
\exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3}
-\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/\idx*{sauvegarde d'une molécule|)}
+\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/
\section{Décorations}
\subsection{Formule de Lewis}\label{lewis}
-\idx*{Lewis (représentation)}La macro \idx{\lewis} permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe :
+La macro \falseverb{\lewis} permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe :
\centerverb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atome>}|
\smallskip
où les \verb-<n1>-\ldots\verb-<ni>- représentent les positions (en multiples de 45\degres) désirées autour de l'\verb-<atome>-. Ces entiers doivent être compris entre 0 et 7.
-Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig-\idx*{\lewis} :
+Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig- :
\exemple{La macro \string\lewis}|\lewis{0246,A}\par\medskip
\lewis{1357,B}\par\medskip
\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O})
(=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}|
-Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par «\verb-:-». Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un «\verb-.-». Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un «\verb-|-»\idx*{\lewis} :
+Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par «\verb-:-». Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un «\verb-.-». Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un «\verb-|-» :
\exemple{Décorations de Lewis}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip
\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip
\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip
Ion oxonuim : \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}*
-Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \idx{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante\idx*{boite englobante at boîte englobante} de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre «Décorations» où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
+Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \falseverb{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre «Décorations» où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
-\label{Lewis}Il faut noter que la macro \idx{\Lewis} fonctionne de la même façon que la macro \verb-\lewis- mais les décorations seront \emph{prises en compte} dans la boîte englobante.
+\label{Lewis}Il faut noter que la macro \falseverb{\Lewis} fonctionne de la même façon que la macro \verb-\lewis- mais les décorations seront \emph{prises en compte} dans la boîte englobante.
-On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés\idx*{\lewis} :
+On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés :
\exemple{Boîte englobante et macro \string\lewis}*\fboxsep0pt
\fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\quad\fbox{\Lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip
\fbox{\lewis{13,B}}\quad\fbox{\Lewis{13,B}}*
-\label{setlewis}On peut régler plusieurs paramètres à l'aide la macro\idx*\setlewis
-\centerverb|\setlewis[<dim1>]{<dim2>}{<dim3>}{<code tikz>}|
-\smallskip
-
-Si un argument est vide, il prend sa valeur par défaut.
+\label{setlewis}On peut régler plusieurs paramètres à l'aide des \chevrons{clés} suivantes :
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- est la largeur du rectangle représentant une lacune obtenue avec le caractère «|». Elle vaut 0.3ex par défaut;
- \item \verb-<dim2>- est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut 0.4ex par défaut;
- \item \verb-<dim3>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut 1.5ex par défaut;
- \item \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est vide par défaut.
+ \item \CFkv{lewis | width}{dim} : est la largeur du rectangle représentant une lacune obtenue avec «|». Elle vaut \CFval{0.3ex} par défaut;
+ \item \CFkv{lewis sep}{dim}: est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut \CFval{0.4ex} par défaut;
+ \item \CFkv{lewis length}{dim} : est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut \CFval{1.5ex} par défaut;
+ \item \CFkv{lewis style}{code tikz} : est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est \CFval{vide} par défaut;
+ \item \CFkv{lewis dist}{dim} : est la distance entre les deux disques dessinés avec «\string:». Cette distance vaut \CFval{0.3em} par défaut.
+ \item \CFkv{lewis radius}{dim} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis «.» ou «\string:». Il vaut \CFval{0.15ex} par défaut.
\end{itemize}
-\idx*{\lewis}\exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red}
-\chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\par\bigskip
-\setlewis[0.8ex]{}{}{line width=1pt}
-\chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}*
+\exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setchemfig{lewis sep=4pt,lewis length=1.5em,lewis style=red}
+\chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\bigbreak
+\setchemfig{lewis style={line width=0.4pt}}
+\chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak
+
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak
+
+\setchemfig{lewis dist=0.2em}
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak
+
+\setchemfig{lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt}
+\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}*
+
Un problème concernant les décorations de Lewis dans les directions obliques peut parfois survenir. Pour l'atome «O» dans l'exemple ci-dessous, il semble que la décoration en position 1 soit plus éloignée de l'atome que celle en position 4 :
\exemple{Directions obliques}/\huge
\Lewis{1|4|,O}/
@@ -1229,41 +1204,33 @@
\Lewis{1|4|,O}/
\label{opt.lewis}L'impression de plus grand éloignement est dû au fait que les contours de la lettre «O» sont plus éloignés de ceux de la boîte englobante dans les coins, c'est-à-dire dans les directions impaires.
-Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de lewis dans les directions impaires, les commandes \verb-\lewis- et \verb-\Lewis- admettent un argument optionnel qui contient un coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis réglé avec la commande \idx\setlewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient :
+Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de lewis dans les directions impaires, les commandes \verb-\lewis- et \verb-\Lewis- admettent un argument optionnel qui contient un coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis réglé avec la commande \falseverb\setlewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient :
\exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\huge
\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[0.5]{1|4|,O}
\Lewis{0:3:,O}\quad \Lewis[2]{0:5:,O}\quad \Lewis[0]{0:5:,O}\quad \Lewis[0.5]{0:5:,O}/
-\label{setlewisdist}Enfin, la macro \idx{\setlewisdist} règle la distance entre les deux disques représentant une paire d'électrons. L'argument de cette macro doit être une distance valide pour \TeX, ou, s'il est vide spécifie à la valeur par défaut qui est 0.3em :
-\exemple{Espacement des électrons}/\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigskip
-\setlewisdist{0.2em}\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigskip
-
-\setlewisdist{4pt}\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}/
-
\subsection{Empilement de caractères}
-Les macros\label{chemabove}\idx*{\chemabove}
+Les macros\label{chemabove}
\centerverb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<matériel>}|
-et\label{chembelow}\idx*{\chembelow}
+et\label{chembelow}
\centerverb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<matériel>}|
\smallskip
-placent le \verb-<matériel>- respectivement au-dessus et au-dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante\idx*{boite englobante at boîte englobante} du \verb-<code>-. L'argument optionnel permet si on le souhaite, de spécifier cette dimension à chaque appel. Si l'argument optionnel n'est pas utilisé, une dimension par défaut sera prise : elle vaut 1.5pt mais peut être modifiée avec la macro \idx*{\setstacksep} :
+placent le \verb-<matériel>- respectivement au-dessus et au-dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante du \verb-<code>-. L'argument optionnel permet si on le souhaite, de spécifier cette dimension à chaque appel. Si l'argument optionnel n'est pas utilisé, une dimension par défaut sera prise : elle vaut \CFval{1.5pt} mais peut être modifiée avec \chevrons{clé} \CFkv{stack sep}{dim}.
-\centerverb|\setstacksep{<dimension>}|
-
Ces commandes sont indépendantes de la macro \verb-\chemfig- et peuvent aussi bien être appelées à l'intérieur ou à l'extérieur de son argument.
On peut les utiliser notamment dans les cycles en prenant soin de mettre des accolades autour des lettres A, B, C et D pour éviter que \CF ne stoppe la lecture de l'atome sur ces lettres :
\exemple{Superposition dans les cycles}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}|
-Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge\idx*{cycle!charge} qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées :
+Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées :
\exemple{ion oxonium}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}*
-Les commandes \idx{\Chemabove} et \idx{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous.
+Les commandes \falseverb{\Chemabove} et \falseverb{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous.
\section{Utilisation de {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} dans l'environnement \protect\ttfamily tikzpicture}
-Il est possible d'appeler la commande \idx{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\idx{tikzpicture}} :
+Il est possible d'appeler la commande \falseverb{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\falseverb{tikzpicture}} :
\exemple{\textbackslash chemfig dans tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
\draw[help lines] (0,0) grid (4,4);
\draw(0,0) -- (2,1);
@@ -1275,19 +1242,15 @@
\section{Au delà de la chimie}\label{style.noeuds}
Intrinsèquement, \CF est un outil pour tracer des graphes, et cet outil a été programmé pour qu'il soit adapté à la chimie. Dans une certaine mesure, il est possible de détourner \CF de son usage premier pour tracer des organigrammes ou autres schémas se ramenant à des graphes.
-Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un «inner sep» et un «outer sep» égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la macro \idx{\setnodestyle} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes.
+Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un «inner sep» et un «outer sep» égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la \chevrons{clé} \CFkey{node style} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes.
-Dans cet exemple, on spécifie simplement «draw,inner sep=2pt» ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \idx{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces :
-\exemple*{Un organigramme}/\setnodestyle{draw,inner sep=2pt}
-\setbondoffset{0pt}
-\setatomsep{75pt}
+Dans cet exemple, on spécifie simplement «draw,inner sep=2pt» ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \CFkv{bond offset}{0pt} pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \falseverb{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces :
+\exemple*{Un organigramme}/\setchemfig{node style={draw,inner sep=2pt},bond offset=0pt,atom sep=75pt}
\renewcommand\printatom[1]{#1}
\chemfig{Le chef-[6]Moi(-[4]Eux(-[6]Les autres)(-[7,2]Groupe 1))-Toi(-[:-120,0.5]Lui)(-[:-60,0.5]Elle)}/
-Voici un autre organigramme où les nœuds sont circulaires et colorés en bleu cyan\idx*{\printatom} :
-\exemple*{Schéma de famille}/\setnodestyle{draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt}
-\setbondoffset{0pt}
-\setatomsep{80pt}
+Voici un autre organigramme où les nœuds sont circulaires et colorés en bleu cyan :
+\exemple*{Schéma de famille}/\setchemfig{bond offset=0pt,atom sep=80pt,node style={draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt}}
\renewcommand\printatom[1]{\textsf{#1}}
\chemfig{Moi(-[:-50,1.2]Frère)(-[:-10]Frère(-[:15]Nièce)(-[:-35]Nièce))
(-[:-155,0.8]Sœur-[:-80]Neveu)(-[:95,1.25]Père(-[:-25,0.8]Oncle)(-[:-65,0.8]Tante))
@@ -1301,10 +1264,10 @@
\subsection{L'éthanal}
On va ici dessiner la molécule d'éthanal : \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}
-La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre «\verb|H-C-C=O|» par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini «\verb-[1]-». On obtient la «structure» de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications\idx*{liaison!angle!prédéfini} :
+La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre «\verb|H-C-C=O|» par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini «\verb-[1]-». On obtient la «structure» de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications :
\exemple{Structure de l'éthanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}|
-Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification\idx*{liaison!ramification} «\verb/(-[1]H)/», le second à 270\degres{} avec «\verb/(-[6]H)/» et celui de droite à 315\degres{} avec «\verb/(-[7]H)/» :
+Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification «\verb/(-[1]H)/», le second à 270\degres{} avec «\verb/(-[6]H)/» et celui de droite à 315\degres{} avec «\verb/(-[7]H)/» :
\exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}|
\subsection{L'acide 2-amino-4-oxohexanoïque}
@@ -1313,14 +1276,14 @@
Il existe ---~comme c'est le souvent cas pour la plupart des molécules~--- plusieurs méthodes, et pour chacune, plusieurs façons différentes d'arriver au résultat. Ici, nous allons examiner 4 méthodes différentes.
\subsubsection{Angles absolus}
-\idx*{liaison!angle!absolu}On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels}, ainsi seules les liaisons «descendantes» auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
+On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel, ainsi seules les liaisons «descendantes» auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
\exemple{Structure (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}|
-Il reste à ajouter les ramifications\idx*{liaison!ramification} «\verb/(=[6]O)/», «\verb/(-[6]NH_2)/» et «\verb/(=[2]O)/» sur les bons sommets :
+Il reste à ajouter les ramifications «\verb/(=[6]O)/», «\verb/(-[6]NH_2)/» et «\verb/(=[2]O)/» sur les bons sommets :
\exemple{Molécule (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}|
\subsubsection{Angles relatifs}
-\idx*{liaison!angle!relatif}Une approche plus générale aurait été de n'utiliser que des angles relatifs. Il aurait fallu procéder de cette façon :
+Une approche plus générale aurait été de n'utiliser que des angles relatifs. Il aurait fallu procéder de cette façon :
\exemple{Structure (angles relatifs)}|\chemfig{[:30]--[::-60]--[::-60]--[::-60]OH}|
puis
@@ -1328,14 +1291,14 @@
-(=[::60]O)-[::-60]OH}|
\subsubsection{Cycle}
-Les angles entre les liaisons étant de 120\degres{}, on peut penser à utiliser un 6-cycle, quoique cette méthode soit moins naturelle. Il faut ici profiter du fait qu'un cycle peut être incomplet\idx*{cycle!incomplet}. Il est également nécessaire de faire pivoter le cycle de 120\degres{} pour que le premier sommet soit au sud-est du cycle :
+Les angles entre les liaisons étant de 120\degres{}, on peut penser à utiliser un 6-cycle, quoique cette méthode soit moins naturelle. Il faut ici profiter du fait qu'un cycle peut être incomplet. Il est également nécessaire de faire pivoter le cycle de 120\degres{} pour que le premier sommet soit au sud-est du cycle :
\exemple{Structure}|\chemfig{[:120]NH_2*6(---=O)}|
-\idx*{cycle!ramification}Il faut maintenant faire partir les ramifications des sommets adéquats :
+Il faut maintenant faire partir les ramifications des sommets adéquats :
\exemple{Molécule (cycle)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(-(-(=[::60]O)-[::-60]OH)--(--[::60])=O)}|
\subsubsection{Cycles imbriqués}
-\idx*{cycle!imbrication}En approfondissant la méthode avec les cycles, on peut aussi penser à imbriquer des 6-cycles incomplets. On pourrait partir de cette structure :
+En approfondissant la méthode avec les cycles, on peut aussi penser à imbriquer des 6-cycles incomplets. On pourrait partir de cette structure :
\exemple{Structure}|\chemfig{*6(--*6(--=O))}|
Et ensuite ajouter les liaisons qui partent des sommets des ces cycles. Il n'y a pas à se préoccuper des angles puisque les liaisons qui partent des cycles sont les bissectrices des côtés du cycle, ce que justement, on cherche ici :
@@ -1348,7 +1311,7 @@
Le but ici est de représenter selon différentes conventions la molécule de glucose.
\subsubsection{Formule topologique}
-\idx*{formule topologique}Le code ressemble ici à celui de l'acide 2-amino-4-oxohexanoïque. On obtient quasiment la même structure avec des angles absolus sauf qu'ici, l'angle par défaut est de $-30\degres$ :
+Le code ressemble ici à celui de l'acide 2-amino-4-oxohexanoïque. On obtient quasiment la même structure avec des angles absolus sauf qu'ici, l'angle par défaut est de $-30\degres$ :
\exemple[60]{Structure}|\chemfig{[:-30]HO--[:30]--[:30]--[:30]-H}|
Et l'ajout des ramifications ne pose pas de problème particulier. On utilise des angles absolus :
@@ -1356,7 +1319,7 @@
-[:30](<:[2]OH)-(<:[6]OH)-[:30](=[2]O)-H}|
\subsubsection{Projection de Fisher}
-\idx*{projection de Fisher}Le but est d'obtenir la molécule ci dessous :
+Le but est d'obtenir la molécule ci dessous :
\begin{center}
\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
@@ -1365,13 +1328,13 @@
L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle «\verb-[2]-» par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale :
\exemple{Structure}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}|
-Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons «\verb-x-» que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et «\verb-y-» qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire «\verb-!x-» au lieu de «\verb-!{x}-»\idx*{\definesubmol} :
+Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons «\verb-x-» que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et «\verb-y-» qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire «\verb-!x-» au lieu de «\verb-!{x}-» :
\exemple{Glucose (projection de Fisher)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}|
\subsubsection{Représentation "chaise"}
-\idx*{representation chaise at représentation chaise}On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose :
+On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose :
\chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}
Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet «\verb-?-». On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
@@ -1383,19 +1346,19 @@
-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}|
\subsubsection{Projection de Haworth}
-\idx*{projection de Haworth}Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose :
-{\setcrambond{2pt}{}{}
+Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose :
+{\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}}
-Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe «HO» de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe «HO», il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} sera donc «\verb/[2,0.5,2]/».
+Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe «HO» de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe «HO», il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel sera donc «\verb/[2,0.5,2]/».
-Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc «\verb/[0,,,,line width=2pt]/». Voici la structure de la molécule\idx*{\setcrambond} :
-\exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{}
+Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc «\verb/[0,,,,line width=2pt]/». Voici la structure de la molécule :
+\exemple{Structure}|\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,,
line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}|
-Il ne reste plus qu'à rajouter les ramifications, mises au bon endroit, en spécifiant des angles absolus correctement choisis et des longueurs parfois réduites pour mieux donner l'illusion de la perspective\idx*{\setcrambond} :
-\exemple{Projection de Haworth}|\setcrambond{2pt}{}{}
+Il ne reste plus qu'à rajouter les ramifications, mises au bon endroit, en spécifiant des angles absolus correctement choisis et des longueurs parfois réduites pour mieux donner l'illusion de la perspective :
+\exemple{Projection de Haworth}|\setchemfig{cram width=2pt}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,
line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]
O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}|
@@ -1407,7 +1370,7 @@
Nous allons utiliser deux méthodes différentes.
\subsubsection{Utilisation d'un cycle}
-Tout d'abord, on part du 6-cycle et nous dessinons le début des ramifications\idx*{cycle!ramification} qui en partent :
+Tout d'abord, on part du 6-cycle et nous dessinons le début des ramifications qui en partent :
\exemple[60]{Structure de l'adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-)=-(-HO)=)}|
Il faut maintenant compléter la ramification de droite en utilisant, par exemple, des angles relatifs :
@@ -1414,25 +1377,25 @@
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
-Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur «\verb-NH-» le fait sur le second atome «N». Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} de la liaison :
+Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur «\verb-NH-» le fait sur le second atome «N». Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel de la liaison :
\exemple[60]{Adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
\subsubsection{Utilisation de 2 cycles}
-Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rendre une liaison invisible\idx*{liaison!invisible}.
+Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rendre une liaison invisible.
-On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés\idx*{cycle!imbrication} l'un à l'autre :
+On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés l'un à l'autre :
\exemple[60]{Adrénaline, structure 2 cycles}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}|
-Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant «\verb-draw=none-». Ces liaisons ont donc ce code : «\verb/-[,,,,,draw=none]/». Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé «\verb-&-» pour ces liaisons\idx*{\definesubmol} :
+Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant «\verb-draw=none-». Ces liaisons ont donc ce code : «\verb/-[,,,,,draw=none]/». Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé «\verb-&-» pour ces liaisons :
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}|
-Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets\idx*{\definesubmol} :
+Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets :
\exemple[60]{Adrénaline, étape 3}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
-Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de «\verb-HN-» doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur «\verb-HN-»\idx*{\definesubmol} :
+Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de «\verb-HN-» doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur «\verb-HN-» :
\exemple[60]{Adrénaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
@@ -1441,10 +1404,10 @@
Nous allons dessiner la molécule de guanine :
\chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}\medskip
-Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués\idx*{cycle!imbrication} en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets :
+Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets :
\exemple{Guanine, structure}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}|
-Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire «\verb-HN-» au lieu de «\verb-N-» au sommet en haut à gauche de la molécule\idx*{\chembelow} :
+Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire «\verb-HN-» au lieu de «\verb-N-» au sommet en haut à gauche de la molécule :
\exemple{Guanine, étape 2}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}|
On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome «\verb-N-» au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle «\verb-[,,2]-» :
@@ -1458,11 +1421,11 @@
\section{Comment faire\protect\ldots}
\subsection{Écrire un atome en couleur}
-\idx*{couleur (atome)}Comme le package \verb-xcolor- est chargé par \TIKZ, lui même chargé par \CF, on peut donc mettre dans le code d'une molécule des instructions de couleur, principalement \idx{\color} et \idx{\textcolor}. Les atomes étant affichés dans des nœuds de \TIKZ qui se comportent comme des boîtes de \TeX{}, tout se passe comme si ces atomes étaient confinés dans un groupe ce qui fait que le changement de couleur reste local à l'atome.
+Comme le package \verb-xcolor- est chargé par \TIKZ, lui même chargé par \CF, on peut donc mettre dans le code d'une molécule des instructions de couleur, principalement \falseverb{\color} et \falseverb{\textcolor}. Les atomes étant affichés dans des nœuds de \TIKZ qui se comportent comme des boîtes de \TeX{}, tout se passe comme si ces atomes étaient confinés dans un groupe ce qui fait que le changement de couleur reste local à l'atome.
\exemple{Couleurs}/\chemfig{C\color{blue}H_3-C(=[1]O)-[7]O\color{red}H}/
-On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de \idx*{decoupage en atomes at découpage en atomes} qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à «\verb-C-» et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc «\verb-C\color{blue}-» et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après «\verb-C-» avec le caractère «\verb-|-» et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le «\verb-H-» ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome :
+On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à «\verb-C-» et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc «\verb-C\color{blue}-» et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après «\verb-C-» avec le caractère «\verb-|-» et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le «\verb-H-» ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome :
\exemple{Couleurs}/\chemfig{C|{\color{blue}H_3}-C(=[1]O)-[7]O|{\color{red}H}}/
@@ -1473,22 +1436,22 @@
Le principal inconvénient est qu'il faut répéter l'opération pour chaque atome que l'on veut colorer, même si ceux-ci sont contigus.
\subsection{Ajouter un exposant sans influer sur une liaison}
-Ajouter une \idx{charge} sous forme d'exposant mathématique à un atome implique que la boîte (et donc le nœud de \TIKZ) le contenant aura ses dimensions modifiées. Cela n'a guerre d'importance si l'atome est un fin de chaîne mais l'esthétique peut être compromise si une liaison doit en partir. Le premier réflexe est de mettre l'exposant dans une boîte de \TeX{} de dimensions nulles et donc d'utiliser la macro\idx\rlap\footnote{Si l'on doit mettre la charge a gauche de l'atome, il faut employer la commande \texttt{\string\llap}.}, ce qui donne des résultats souvent satisfaisants. On voit ici que grâce à \idx\rlap, l'\idx{alignement horizontal} des atomes est préservé :
+Ajouter une \falseverb{charge} sous forme d'exposant mathématique à un atome implique que la boîte (et donc le nœud de \TIKZ) le contenant aura ses dimensions modifiées. Cela n'a guerre d'importance si l'atome est un fin de chaîne mais l'esthétique peut être compromise si une liaison doit en partir. Le premier réflexe est de mettre l'exposant dans une boîte de \TeX{} de dimensions nulles et donc d'utiliser la macro\falseverb\rlap\footnote{Si l'on doit mettre la charge a gauche de l'atome, il faut employer la commande \texttt{\string\llap}.}, ce qui donne des résultats souvent satisfaisants. On voit ici que grâce à \falseverb\rlap, l'\falseverb{alignement horizontal} des atomes est préservé :
\exemple{Charge et liaison}/\chemfig{A^+-[2]B}
\qquad
\chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/
-Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche «$\oplus$»\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \idx{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge :
+Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche «$\oplus$», on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \falseverb{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge :
\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B}
\qquad
\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/
-On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie «\verb/-0.5pt/» pour l'argument optionnel de \idx{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe «\verb/-/» comme une liaison simple.
+On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie «\verb/-0.5pt/» pour l'argument optionnel de \falseverb{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe «\verb/-/» comme une liaison simple.
-Pour ajouter une charge près du sommet d'un cycle\idx*{charge}, la meilleure méthode est de créer une liaison invisible\idx*{liaison!invisible} qui parte de ce sommet, ce qu'on fait ici avec \idx\definesubmol{} avec une liaison ayant un coefficient de longueur égal à 0.2 :
+Pour ajouter une charge près du sommet d'un cycle, la meilleure méthode est de créer une liaison invisible qui parte de ce sommet, ce qu'on fait ici avec \falseverb\definesubmol{} avec une liaison ayant un coefficient de longueur égal à 0.2 :
\exemple{Charges et cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]}
\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/
\subsection{Dessiner une liaison courbe}
-Nous avons déjà vu qu'avec la librairie «\verb-decorations.pathmorphing-» de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée\idx*{liaison!courbe} :
+Nous avons déjà vu qu'avec la librairie «\verb-decorations.pathmorphing-» de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée :
\exemple{Liaison ondulée}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}
@@ -1495,7 +1458,7 @@
\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration={snake,amplitude=1.5mm,
segment length=2.5mm}]B}|
-Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur «\verb- at -»\idx*{"@} et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \idx{\chemmove} :
+Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur «\verb- at -» et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \falseverb{\chemmove} :
\exemple{Liaisons courbes}/\chemfig{@{a}A-[,,,,draw=none]@{b}B}
\chemmove{\draw[-](a)..controls +(45:7mm) and +(225:7mm)..(b);}
@@ -1508,31 +1471,8 @@
\chemmove{\draw[-](a)..controls +(60:3em) and +(30:1em)..
++(20:2em) ..controls +(210:3em) and +(-120:4em) ..(b);}/
-\subsection{Modifier la taille d'une molécule}
-\idx*{taille des molécules at taille des molecules}Deux paramètres déterminent par défaut la taille d'une molécule : la taille de la police et le paramètre de \idx{\setatomsep} qui est de 3em par défaut. On peut jouer indépendamment sur ces deux paramètres pour modifier la taille d'une molécule :
-
-\exemple{Modification de la taille}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H}
-\chemfig{!\hho}
-
-\setatomsep{2.5em}\chemfig{!\hho}
-
-\scriptsize\chemfig{!\hho}
-
-\tiny\chemfig{!\hho}\setatomsep{5em}\chemfig{!\hho}/
-
-Il est possible d'utiliser le second argument optionnel de \verb-\chemfig-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} pour agrandir ou réduire une molécule, et ceci globalement, c'est-à-dire que le texte et les liaisons seront réduits selon la même proportion :
-
-\exemple{Modification globale de la taille}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H}
-\chemfig{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.75]{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.5]{!\hho}
-
-\chemfig[][scale=0.33]{!\hho}/
-
\subsection{Dessiner un élément de polymère}
-\idx*{polymère}La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère «\verb- at -»\idx*{"@} des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs.
+La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère «\verb- at -» des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs.
Nous allons écrire une macro toute simple \verb-\setpolymerbracket- dont les deux caractères qui suivent définissent le délimiteur ouvrant et le délimiteur fermant.
@@ -1565,7 +1505,7 @@
\makebraces[30pt,5pt]{}{op}{cl}
\bigskip
-Polycaprolactame:\setatomsep{2em}
+Polycaprolactame:\setchemfig{atom sep=2em}
\chemfig{[:-30]-[@{left,.75}]N(-[6]H)-[:30](=[2]O)--[:30]--[:30]--[@{right,0.25}:30]}
\makebraces[5pt,25pt]{\!\!\!n}{left}{right}
\bigskip
@@ -1583,7 +1523,7 @@
\makebraces[38pt,7pt]{n}{downleft}{downright}|
\subsection{Dessiner le symétrique d'une molécule}\label{retournement}
-\idx*{symetrique d'une molecule at symétrique d'une molécule}Il existe deux commandes \idx{\hflipnext} et \idx{\vflipnext} qui permettent de tracer le symétrique de la prochaine molécule par rapport à un axe horizontal ou vertical. Si on souhaite construire le symétrique de plusieurs molécules, il faut écrire les commandes avant chaque molécule concernée.
+Il existe deux commandes \falseverb{\hflipnext} et \falseverb{\vflipnext} qui permettent de tracer le symétrique de la prochaine molécule par rapport à un axe horizontal ou vertical. Si on souhaite construire le symétrique de plusieurs molécules, il faut écrire les commandes avant chaque molécule concernée.
\exemple{Symétriques}/\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}% original
@@ -1595,13 +1535,13 @@
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}/
\subsection{Ajouter du texte au dessus des liaisons et coder les angles}
-\idx*{liaison!avec texte}Une fois que l'on a compris que le caractère «\verb- at -»\idx*{"@} permet de poser un nœud «global» pour \TIKZ, c'est-à-dire accessible après que la molécule ait été dessinée, tout ce qui est possible avec \TIKZ et les nœuds (c'est-à-dire beaucoup de choses) devient envisageable.
+Une fois que l'on a compris que le caractère «\verb- at -» permet de poser un nœud «global» pour \TIKZ, c'est-à-dire accessible après que la molécule ait été dessinée, tout ce qui est possible avec \TIKZ et les nœuds (c'est-à-dire beaucoup de choses) devient envisageable.
-Pour écrire quelque chose au-dessus ou au-dessous d'une liaison, on peut donc poser des nœuds «globaux» sur les atomes situés aux extrémités de cette liaison et écrire à mi-chemin de ces deux nœuds un texte que l'on aura soin d'élever ou d'abaisser pour qu'il se situe juste au dessus ou au dessous de la liaison. C'est ce que fait la commande \verb-\bondname- dans le code ci-dessous\footnote{La commande \texttt{\string\si} est fournie par le package \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx}}}.}.
+Pour écrire quelque chose au-dessus ou au-dessous d'une liaison, on peut donc poser des nœuds «globaux» sur les atomes situés aux extrémités de cette liaison et écrire à mi-chemin de ces deux nœuds un texte que l'on aura soin d'élever ou d'abaisser pour qu'il se situe juste au dessus ou au dessous de la liaison. C'est ce que fait la commande \verb-\bondname- dans le code ci-dessous.
-\idx*{liaison!angle!codage}Pour les angles entre deux liaisons partant d'un atome, 3 atomes sont impliqués et il faudra poser un nœud global sur chacun d'eux. On peut aisément calculer l'angle entre deux lignes issues d'un même nœud, c'est ce que fait la commande \verb-\arcbetweennodes-. Ensuite, la macro \verb-\arclabel- trace un arc de cercle entre deux liaisons et écrit un texte à côté de cet arc : l'argument optionnel de cette macro est le code passé à \TIKZ. L'argument \no2 est le rayon de l'arc tandis que les trois arguments suivants sont les noms des nœuds globaux entre lesquels doit être tracé l'arc, le nom du milieu devant être celui du sommet de l'angle. Enfin, le dernier argument est le texte à écrire.
+Pour les angles entre deux liaisons partant d'un atome, 3 atomes sont impliqués et il faudra poser un nœud global sur chacun d'eux. On peut aisément calculer l'angle entre deux lignes issues d'un même nœud, c'est ce que fait la commande \verb-\arcbetweennodes-. Ensuite, la macro \verb-\arclabel- trace un arc de cercle entre deux liaisons et écrit un texte à côté de cet arc : l'argument optionnel de cette macro est le code passé à \TIKZ. L'argument \no2 est le rayon de l'arc tandis que les trois arguments suivants sont les noms des nœuds globaux entre lesquels doit être tracé l'arc, le nom du milieu devant être celui du sommet de l'angle. Enfin, le dernier argument est le texte à écrire.
-\exemple*{Angles et texte sur les liaisons}|
+\exemple*{Angles et texte sur les liaisons}|\newcommand\angstrom{\mbox{\normalfont\AA}}
\newcommand\namebond[4][5pt]{\chemmove{\path(#2)--(#3)node[midway,sloped,yshift=#1]{#4};}}
\newcommand\arcbetweennodes[3]{%
@@ -1619,18 +1559,18 @@
\chemfig{@{a}A=[:30,1.5]@{b}B-[7,2]@{c}C-@{d}D}
\namebond{a}{b}{\scriptsize My text}
\namebond[-3.5pt]{b}{c}{\small\color{red}$\pi$}
-\namebond{c}{d}{\small1\si\angstrom}
+\namebond{c}{d}{\small1 \angstrom}
\medskip
Molécule d'eau horizontale : \chemfig{@{1}H-[::37.775,2]@{2}O-[::-75.55,2]@{3}H}.
-\namebond{1}{2}{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\namebond{2}{3}{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}
+\namebond{1}{2}{\footnotesize0,9584 \angstrom}
+\namebond{2}{3}{\footnotesize0,9584 \angstrom}
+\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104,45\textdegree}
\qquad
-Molécule d'eau pivotée de +30\si\degree : \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H}
-\namebond12{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\namebond23{\footnotesize0.9584\si\angstrom}
-\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}|
+Molécule d'eau pivotée de +30\textdegree : \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H}
+\namebond12{\footnotesize0,9584 \angstrom}
+\namebond23{\footnotesize0,9584 \angstrom}
+\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104,45\textdegree}|
\subsection{Schéma de Lewis à l'angle près}
Pour quelques cas très particuliers, il est parfois nécessaire de positionner des schémas de Lewis au degrés près et non plus à des multiples de 45 degrés.
@@ -1639,7 +1579,7 @@
L'astuce consiste à créer un n\oe ud invisible circulaire qui contient l'atome et tracer les doublets aux angles désirés de façon à ce qu'ils soient tangents à ce cercle :
-\exemple*{Doublets au degrés prés}|\makeatletter
+\exemple*{Doublets au degrés prés}|\makeatletter\catcode`\_11
\newcommand\mylewis[3][2ex]{% #1=longueur, #2=atome #3=liste des angles
\tikzpicture[baseline,anchor=base]%
\node[inner sep=0pt,outer sep=1pt,circle,overlay](atom@@)at(0,0){\phantom{#2}};%
@@ -1688,12 +1628,12 @@
\chemfig{A-[1,,,,nbond=4]B-[:-30,,,,nbond=5]C-[6,,,,nbond=6]D}|
\part{Schémas réactionnels}\label{schemas}
-\idx*{schéma réactionnel|(}Suite à plusieurs demandes d'utilisateurs et étant devenu évident que \CF présentait une faiblesse quant au tracé de schémas réactionnels, cette lacune est désormais comblée. Par conséquent, \CF passe en version 1.0 puisque je considère que les fonctionnalités principales que je souhaitais implémenter sont désormais disponibles.
+Suite à plusieurs demandes d'utilisateurs et étant devenu évident que \CF présentait une faiblesse quant au tracé de schémas réactionnels, cette lacune est désormais comblée. Par conséquent, \CF passe en version 1.0 puisque je considère que les fonctionnalités principales que je souhaitais implémenter sont désormais disponibles.
Je remercie Clemens \textsc{Niederberger} pour l'aide qu'il m'a apportée et les tests qu'il a effectués sur les nouvelles fonctionnalités présentées dans cette partie.
\section{Généralités}\label{schemestart}
-Un schéma réactionnel doit être contenu entre les commandes «\idx\schemestart» et «\idx\schemestop». Comme on le constate sur cet exemple, des \idx{informations de débogage} ont été masquées puis rendues visibles pour aider à la compréhension avec la commande «\idx\schemedebug» et l'argument «false» ou «true» :
-\exemple[50]{Exemple 1}/\schemedebug{false}
+Un schéma réactionnel doit être contenu entre les commandes «\falseverb\schemestart» et «\falseverb\schemestop». Comme on le constate sur cet exemple, des \falseverb{informations de débogage} ont été masquées puis rendues visibles pour aider à la compréhension avec la \chevrons{clé} \CFkey{scheme debug} et la valeur \CFval{true} ou \CFval{false} :
+\exemple[50]{Exemple 1}/\setchemfig{scheme debug=false}
\schemestart
\chemfig{*6(-=-=-=)}\arrow
\chemfig{X=[1]Y}\arrow
@@ -1701,7 +1641,7 @@
\schemestop
\bigskip
-\schemedebug{true}
+\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{*6(-=-=-=)}\arrow
\chemfig{X=[1]Y}\arrow
@@ -1710,22 +1650,22 @@
Quelques remarques :
\begin{itemize}
- \item les commandes \idx{\arrow} tracent les flèches;
- \item tout ce qui se trouve entre deux commande \idx{\arrow} est considéré comme étant un \idx{composé}. Le parti a été pris que tous les réglages possibles, qu'ils concernent les flèches ou les composés, le seront grâce aux arguments de la commande \idx{\arrow}, dont la syntaxe en devient assez complexe;
+ \item les commandes \falseverb{\arrow} tracent les flèches;
+ \item tout ce qui se trouve entre deux commande \falseverb{\arrow} est considéré comme étant un \falseverb{composé}. Le parti a été pris que tous les réglages possibles, qu'ils concernent les flèches ou les composés, le seront grâce aux arguments de la commande \falseverb{\arrow}, dont la syntaxe en devient assez complexe;
\item les flèches sont tracées horizontalement, ce qui est bien évidemment modifiable;
\item les flèches sont sur la ligne imaginaire reliant les centre des boîtes englobantes les composés (les points rouges et bleus sont les points d'attache des flèches). Ce comportement est également modifiable;
- \item Les informations de débogage, qui sont rendues visibles ou pas avec la commande \idx{\schemedebug} sont :
+ \item Les informations de débogage, qui sont rendues visibles ou pas avec la \chevrons{clé} \CFkey{scheme debug} sont :
\begin{itemize}
\item ce qui se trouve en vert au dessus des boîtes englobantes est le nom attribué par défaut par \CF aux composés et suit la progression "c1", "c2", etc. La numérotation repart à 1 pour un nouveau schéma réactionnel.
\item les boîtes englobantes des composés ont été tracées;
\item les extrémités des flèches sont matérialisés par des points rouge et les ancres par des points bleu;
\end{itemize}
- \item la distance de bord à bord entre deux composés est définie avec la commande \idx*\setcompoundsep\verb-\setcompoundsep{<dim>}-\label{setcompoundsep} où l'argument est une dimension valide au sens de \TeX{}. Par défaut, et si l'argument est vide, cette dimension vaut 5em;
- \item enfin, la distance entre les bords des composés et le début et la fin des flèches est défini avec la commande \idx*\setarrowoffset\verb-\setarrowoffset{<dim>}- où l'argument est une dimension valide au sens de \TeX{}. Par défaut, et si l'argument est vide, cette dimension vaut 4pt.\label{setarrowoffset}
+ \item la distance de bord à bord entre deux composés est définie avec la \chevrons{clé} \CFkv{compound sep}{dim}\label{compound sep}. La valeur par défaut de la \CFval{dim} est 5em;
+ \item enfin, la distance entre les bords des composés et le début et la fin des flèches est défini avec la \chevrons{clé} \CFkv{arrow offset}{dim}. Par défaut, cette \CFval{dim} vaut 4pt.\label{arrow offset}
\end{itemize}
\section{Types de flèches}\label{arrow}
-Lorsque la commande \idx{\arrow} est suivie d'un argument optionnel entre accolades (qui n'est donc pas obligatoire), cet argument contient le type de flèche\idx*{flèche!type} :
+Lorsque la commande \falseverb{\arrow} est suivie d'un argument optionnel entre accolades (qui n'est donc pas obligatoire), cet argument contient le type de flèche :
\exemple[50]{Types de flèches}|\schemestart A\arrow{->}B\schemestop\par % par défaut
\schemestart A\arrow{-/>}B \schemestop\par
\schemestart A\arrow{<-}B \schemestop\par
@@ -1737,30 +1677,37 @@
\schemestart A\arrow{-U>}B \schemestop|
La flèche «\verb/-U>/» n'est pas dessinée de façon complète, un arc de cercle qui lui est tangent en son milieu peut être rajouté avec les arguments optionnels passés à cette flèche, voir page~\pageref{fleche.arg.optionnel}. Voici une flèche «\verb/-U>/» avec son arc de cercle : \schemestart A\arrow{-U>[$\scriptstyle x$][$\scriptstyle y$]}B\schemestop
-Par souci de concision, par la suite, sauf exemple spécial, des lettres majuscules seront mises au lieu de formules chimiques crées via la commande \idx\chemfig. Il est bien évident que les schémas réactionnels fonctionnent de façon identique avec des lettres ou des dessins de molécules. On peut voir dans la galerie plusieurs exemples où les schémas réactionnels entrent en jeu.
+Par souci de concision, par la suite, sauf exemple spécial, des lettres majuscules seront mises au lieu de formules chimiques crées via la commande \falseverb\chemfig. Il est bien évident que les schémas réactionnels fonctionnent de façon identique avec des lettres ou des dessins de molécules. On peut voir dans la galerie plusieurs exemples où les schémas réactionnels entrent en jeu.
\section{Caractéristiques des flèches}
-Chaque \idx{flèche} est caractérisée par :
+Chaque \falseverb{flèche} est caractérisée par :
\begin{itemize}
- \item \idx*{flèche!angle}un angle exprimé en degrés;
- \item \idx*{flèche!coefficient}un coefficient qui spécifie la longueur de la flèche par multiplication de la valeur de l'espacement entre composés\idx*{composé!espacement} défini par \idx\setcompoundsep;
- \item \idx*{flèche!style}un style qui contient des instructions \TIKZ qui vont permettre de personnaliser la couleur, l'épaisseur de la flèche ou un autre attribut graphique.
+ \item un angle exprimé en degrés;
+ \item un coefficient qui spécifie la longueur de la flèche par multiplication de la valeur de l'espacement entre composés défini par \CFkey{compound sep};
+ \item un style qui contient des instructions \TIKZ qui vont permettre de personnaliser la couleur, l'épaisseur de la flèche ou un autre attribut graphique.
\end{itemize}
-On peut définir ces caractéristiques à l'aide de la commande \idx\setarrowdefault\verb-{angle,coeff,style}-\label{setarrowdefault}, et ce, à \emph{l'extérieur} d'un schéma réactionnel. Si l'angle est vide, il prend la valeur 0 et si le coeff est est vide, il vaut 1. Les caractéristiques ainsi définies sont valables pour tout le reste du document, à partir du moment où l'instruction est rencontrée. Pour revenir aux valeurs par défaut, il suffit d'entrer un argument vide.
+On peut définir ces caractéristiques à l'aide des \chevrons{clés}
+\begin{itemize}
+ \item \CFkv{arrow angle}{angle}, dont la valeur est 0 par défaut;
+ \item \CFkv{arrow coeff}{decimal}, dont la valeur est 1 par défaut;
+ \item \CFkv{arrow style}{code tikz}, dont la valeur par défaut est vide.
+\end{itemize}
+
\exemple[50]{Définition de valeurs par défaut}/\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{15,1.5,red,thick}
+\setchemfig{arrow angle=15,arrow coeff=1.5,
+arrow style={red, thick}}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{,2.5,dashed}
+\setchemfig{arrow coeff=2.5,arrow style=dashed}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
-\setarrowdefault{}
+\setchemfig{arrow angle={},arrow coeff={},arrow style={}}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop/
-Pour modifier localement une, ou toutes ces valeurs par défaut, la commande \idx{\schemestart} admet un argument optionnel de la forme \verb-[angle,coeff,style]- qui change les caractéristiques par défaut à l'intérieur du schéma réactionnel concerné :
-\exemple[50]{Argument optionnel}/\setarrowdefault{5,2.5,blue}
+Pour modifier localement une, ou toutes ces valeurs par défaut, la commande \falseverb{\schemestart} admet un argument optionnel de la forme \verb-[angle,coeff,style]- qui change les caractéristiques par défaut à l'intérieur du schéma réactionnel concerné :
+\exemple[50]{Argument optionnel}/\setchemfig{arrow angle=5,arrow coeff=2.5,arrow style=blue}
\schemestart A\arrow B\arrow C\schemestop
\schemestart[0] A\arrow B\arrow C\schemestop
@@ -1770,9 +1717,10 @@
\schemestart[0,1,thick] A\arrow B\arrow C\schemestop
\schemestart[0,1,black] A\arrow B\arrow C\schemestop/
-Pour le style\idx*{flèche!style}, la règle est la suivante : le style spécifié dans l'argument entre crochets s'applique \emph{après} le style par défaut, sans l'écraser ! C'est pour cette raison que seul l'attribut de couleur «black» parvient à écraser celui par défaut qui est «blue».
-Enfin, la commande \idx{\arrow} admet un argument optionnel entre crochets de la forme \verb-[angle,coeff,style]- pour modifier les caractéristiques de la flèche concernée. Pour le style, comme précédemment, celui est-ci est appliqué \emph{après} le style par défaut et l'éventuel style spécifié dans l'argument optionnel de la commande \verb-\schemestart-, le tout sans écrasement.
+Pour le style, la règle est la suivante : le style spécifié dans l'argument entre crochets s'applique \emph{après} le style par défaut, sans l'écraser ! C'est pour cette raison que seul l'attribut de couleur «black» parvient à écraser celui par défaut qui est «blue».
+
+Enfin, la commande \falseverb{\arrow} admet un argument optionnel entre crochets de la forme \verb-[angle,coeff,style]- pour modifier les caractéristiques de la flèche concernée. Pour le style, comme précédemment, celui est-ci est appliqué \emph{après} le style par défaut et l'éventuel style spécifié dans l'argument optionnel de la commande \verb-\schemestart-, le tout sans écrasement.
\exemple[50]{Caractéristiques des flèches}/\schemestart
A\arrow[45]B\arrow[-20,2]C
\schemestop
@@ -1784,11 +1732,11 @@
\schemestop/
\section{Nom des composés}
-\idx*{composé!nom}On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés «c1», «c2», etc. Pour cela, la commande \idx{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme «\verb-n1-» le \idx{composé} se trouvant à l'origine de la flèche et «\verb-n2-» celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un \idx{composé} porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants.
+On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés «c1», «c2», etc. Pour cela, la commande \falseverb{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme «\verb-n1-» le \falseverb{composé} se trouvant à l'origine de la flèche et «\verb-n2-» celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un \falseverb{composé} porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants.
Les noms sont facultatifs et l'argument peut aussi bien être \verb/(n1--)/ que \verb/(--n2)/.
-\exemple[50]{Nom des composés}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Nom des composés}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(aa--bb)B\arrow(--cc)C\arrow(--dd)D\arrow E
\schemestop
@@ -1797,17 +1745,17 @@
\schemestart
A\arrow(aa--)B\arrow(bb--)C\arrow(cc--dd)D\arrow E
\schemestop/
-On le voit, les deux méthodes sont équivalentes et l'on peut donc nommer un \idx{composé} avec la flèche qui le précède ou avec la flèche qui le suit. Par contre lorsqu'un \idx{composé} est entouré de deux flèches spécifiant son nom, le premier nom est ignoré et un warning est émis :
-\exemple[50]{Noms surabondants}/\schemedebug{true}
+On le voit, les deux méthodes sont équivalentes et l'on peut donc nommer un \falseverb{composé} avec la flèche qui le précède ou avec la flèche qui le suit. Par contre lorsqu'un \falseverb{composé} est entouré de deux flèches spécifiant son nom, le premier nom est ignoré et un warning est émis :
+\exemple[50]{Noms surabondants}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(--foo)B\arrow(bar--)C
\schemestop/
-Ici, le \idx{composé} «B» est nommé «foo» par la flèche qui lui arrive dessus et «bar» par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré :
+Ici, le \falseverb{composé} «B» est nommé «foo» par la flèche qui lui arrive dessus et «bar» par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré :
\hfill\verb-Package chemfig Warning: two names for the same node, first name "foo" ignored-\hfill\null
\section{Ancres}
-\idx*{composé!ancre}Comme on l'a vu, les flèches sont sur la ligne reliant les centre de boites englobant les composés. On peut spécifier un ancre autre que celui par défaut (qui, au sens de \idx*{tikz}\TIKZ, s'appelle «center»). On utilise pour cela l'argument entre parenthèses :
+Comme on l'a vu, les flèches sont sur la ligne reliant les centre de boites englobant les composés. On peut spécifier un ancre autre que celui par défaut (qui, au sens de \TIKZ, s'appelle «center»). On utilise pour cela l'argument entre parenthèses :
\hfill\verb/(n1.a1--n2.a2)/\hfill\null
@@ -1824,15 +1772,15 @@
\end{tikzpicture}|
Comme les noms, les ancres de départ et de fin sont indépendants et facultatifs.
-Voici un exemple où l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} par défaut n'est pas bon car les deux «A» ne sont pas alignés verticalement. Les \idx{informations de débogage} ont été rendues visibles pour constater que les ancres «center» par défaut ne conviennent pas :
-\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\schemedebug{true}
+Voici un exemple où l'alignement par défaut n'est pas bon car les deux «A» ne sont pas alignés verticalement. Les \falseverb{informations de débogage} ont été rendues visibles pour constater que les ancres «center» par défaut ne conviennent pas :
+\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
\arrow
\chemfig{A*5(---(-)--)}
\schemestop/
-Pour que l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} soit correct, on va faire partir/arriver la flèche soit des ancres «base east»/«base west», soit des ancres «mid east»/«mid west» :
-\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\schemedebug{true}
+Pour que l'alignement soit correct, on va faire partir/arriver la flèche soit des ancres «base east»/«base west», soit des ancres «mid east»/«mid west» :
+\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
\arrow(.base east--.base west)
@@ -1846,15 +1794,15 @@
\chemfig{A*5(---(-)--)}
\schemestop/
-\idx*{composé!ancre}Un dernier ancre reste à spécifier, c'est celui du premier \idx{composé} par rapport à la \idx{ligne de base} du texte qui le précède, il s'agit du point vert de gauche sur le schéma qui suit :
-\exemple[50]{Ancre initial}/\schemedebug{true}
+Un dernier ancre reste à spécifier, c'est celui du premier \falseverb{composé} par rapport à la \falseverb{ligne de base} du texte qui le précède, il s'agit du point vert de gauche sur le schéma qui suit :
+\exemple[50]{Ancre initial}/\setchemfig{scheme debug=true}
Texte qui précède :
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}\arrow A
\schemestop/
-L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier \idx{composé} vaut par défaut «text». Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \idx{\schemestart} :
-\exemple[50]{Réglage de l'ancre initial}/\schemedebug{true}
+L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier \falseverb{composé} vaut par défaut «text». Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \falseverb{\schemestart} :
+\exemple[50]{Réglage de l'ancre initial}/\setchemfig{scheme debug=true}
Texte qui précède :
\schemestart[][south]
\chemfig{A*5(-----)}\arrow A
@@ -1873,7 +1821,7 @@
\schemestop/
\section{Style des composés}
-\idx*{composé!style}Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \idx{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style «\verb-s-» de la boîte englobante du \idx{composé} de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \idx{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise :
+Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style «\verb-s-» de la boîte englobante du \falseverb{composé} de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \falseverb{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise :
\hfill\verb/\arrow(n1.a1[s1]--n2.a2[s2]){type flèche}[angle,coeff,style flèche]/\hfill\null
@@ -1890,11 +1838,13 @@
\schemestart
A\arrow(--foo[yshift=5mm])B
\schemestop/
-\label{setcompoundstyle}La macro \idx\setcompoundstyle\verb-{<code tikz>}- permet de définir de façon générale le style des composés\idx*{composé!style} affichés par la suite. Il faut bien évidemment entrer un argument vide pour qu'aucun style ne soit appliqué, ce qui est le cas par défaut.
+\label{compound style}La \chevrons{clé} \CFkv{compound style}{code tikz} permet de définir de façon générale le style des composés affichés par la suite. Il faut bien évidemment entrer un argument vide pour qu'aucun style ne soit appliqué, ce qui est le cas par défaut.
+
Ici, nous allons définir un style en forme de boites aux coins arrondis, dont le fond sera semi transparent :
-\exemple[50]{Styles globaux}/\setcompoundstyle{draw,line width=0.8pt,semitransparent,
-text opacity=1,inner sep=8pt,rounded corners=1mm}
+\exemple[50]{Styles globaux}/\setchemfig{compound style={draw,line width=0.8pt,
+semitransparent,text opacity=1,inner sep=8pt,
+rounded corners=1mm}}
\schemestart
A\arrow([fill=red]--[fill=blue])[90]
B\arrow(--[fill=gray])
@@ -1903,7 +1853,7 @@
\schemestop/
\section{Embranchements}
-\idx*{schéma réactionnel!embranchements}Jusqu'à présent, on n'a pu tracer que des schémas réactionnels linéaires. On peut également faire des embranchements et c'est là que le nom des composés va prendre toute son importance. Dans l'argument entre parenthèses de la commande \idx{\arrow}, si un nom est précédé de \og\verb- at -\fg, cela signifie que ce \idx{composé} existe déjà. Plusieurs cas de figure peuvent se présenter :
+Jusqu'à présent, on n'a pu tracer que des schémas réactionnels linéaires. On peut également faire des embranchements et c'est là que le nom des composés va prendre toute son importance. Dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, si un nom est précédé de \og\verb- at -\fg, cela signifie que ce \falseverb{composé} existe déjà. Plusieurs cas de figure peuvent se présenter :
\begin{itemize}
\item \verb/(@n1--n2)/ : la flèche sera tracée depuis le composé existant \og\verb-n1-\fg{} et le schéma continuera à la suite de cette flèche, créant donc un embranchement;
\item \verb/(@n1-- at n2)/ : la flèche est tracée entre deux composés existants, qu'ils soient déjà définis ou qu'ils soient définis plus tard dans le schéma réactionnel : cette syntaxe peut donc se placer \emph{n'importe où} dans le code du schéma réactionnel;
@@ -1929,8 +1879,8 @@
\schemestop/
\section{Sous schéma}\label{subscheme}
-\idx*{schéma réactionnel!sous schéma}On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un \idx{composé}. La commande \idx{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \idx{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un \idx{composé} portant le nom «c<n+1>» :
-\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
+On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un \falseverb{composé}. La commande \falseverb{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \falseverb{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un \falseverb{composé} portant le nom «c<n+1>» :
+\exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
@@ -1937,8 +1887,8 @@
\arrow
D
\schemestop/
-Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom «c2» et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma «c3» pour B, «c4» pour C. Comme le premier \idx{composé} du sous schéma est «B», la ligne de base du sous schéma est celle de «B». On peut le mettre en évidence en précisant les ancres\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!ancre} :
-\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
+Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom «c2» et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma «c3» pour B, «c4» pour C. Comme le premier \falseverb{composé} du sous schéma est «B», la ligne de base du sous schéma est celle de «B». On peut le mettre en évidence en précisant les ancres :
+\exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow(--.mid west)
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
@@ -1945,13 +1895,13 @@
\arrow
D
\schemestop/
-Il faut noter que la commande \idx\subscheme\verb-{<scheme>}- n'étant rien d'autre qu'un raccourci pratique pour
+Il faut noter que la commande \falseverb\subscheme\verb-{<scheme>}- n'étant rien d'autre qu'un raccourci pratique pour
\begin{center}
-\idx\schemestart\verb-<scheme>-\idx\schemestop
+\falseverb\schemestart\verb-<scheme>-\falseverb\schemestop
\end{center}
-Par conséquent, \idx\subscheme{} admet les mêmes arguments optionnels que \idx\schemestart.
+Par conséquent, \falseverb\subscheme{} admet les mêmes arguments optionnels que \falseverb\schemestart.
-\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!délimiteur|(}\label{chemleft}\CF fournit la paire de commandes \idx{\chemleft} et \idx{\chemright} qui permettent de placer des délimiteurs extensibles de part et d'autre d'un matériel. Ces commandes doivent être suivies de délimiteurs, tout comme on en mettrait à la suite des primitives de \TeX{} \verb-\left- et \verb-\right- :
+\label{chemleft}\CF fournit la paire de commandes \falseverb{\chemleft} et \falseverb{\chemright} qui permettent de placer des délimiteurs extensibles de part et d'autre d'un matériel. Ces commandes doivent être suivies de délimiteurs, tout comme on en mettrait à la suite des primitives de \TeX{} \verb-\left- et \verb-\right- :
\centerverb/\chemleft<car1><matériel>\chemright<car2>/
où \verb-<car1>- et \verb-<car2>- sont «(» et «)» ou «[» et «]» ou tout autre délimiteur extensible accepté par les commandes \verb-\left- et \verb-\right-.
\exemple{Les macros \string\chemleft\ et \string\chemright}/\chemleft\lfloor\chemfig{A-[1]B}\chemright)
@@ -1959,7 +1909,7 @@
\chemleft\{\chemfig{A-[1,1.25]B-[6,1.25]C}\chemright|
\chemleft[\chemfig{H-[1]O-[7]H}\chemright]/
-Voici le code du schéma réactionnel vu précédemment où l'on utilise \idx{\chemleft} et \idx{\chemright} :
+Voici le code du schéma réactionnel vu précédemment où l'on utilise \falseverb{\chemleft} et \falseverb{\chemright} :
\exemple{Schéma réactionnel avec \string\chemleft\ et \string\chemright}/\schemestart
A\arrow
\chemleft[\subscheme{B\arrow[-90,2]C}\chemright]
@@ -1966,7 +1916,7 @@
\arrow
D
\schemestop/
-\label{chemup}Dans le même ordre d'idée, les macros \idx{\chemup} et \idx{\chemdown} fonctionnent de la même façon sauf que les délimiteurs extensibles sont positionnés au dessus et au dessous du matériel :
+\label{chemup}Dans le même ordre d'idée, les macros \falseverb{\chemup} et \falseverb{\chemdown} fonctionnent de la même façon sauf que les délimiteurs extensibles sont positionnés au dessus et au dessous du matériel :
\centerverb/\chemup<car1><matériel>\chemdown<car2>/
Voici un exemple :
\exemple{Les macros \string\chemup\ et \string\chemdown}/\schemestart[-90]
@@ -1985,7 +1935,7 @@
\hfill\verb-\usetikzlibrary{matrix}-\hfill\null
-Comme les commandes \idx{\chemleft}, \idx{\chemright}, \idx{\chemup} et \idx{\chemdown} sont disponibles, l'extension \CF ne procède \emph{pas} à ce chargement, il appartient donc à l'utilisateur de le faire s'il souhaite avoir accès à ces délimiteurs.
+Comme les commandes \falseverb{\chemleft}, \falseverb{\chemright}, \falseverb{\chemup} et \falseverb{\chemdown} sont disponibles, l'extension \CF ne procède \emph{pas} à ce chargement, il appartient donc à l'utilisateur de le faire s'il souhaite avoir accès à ces délimiteurs.
Voici le sous schéma précédent délimité par des crochets :
\exemple[50]{les délimiteurs de la librairie «matrix»}/\schemestart
@@ -2001,10 +1951,10 @@
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
\arrow[,,shorten <=6pt]
D
-\schemestop/\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!délimiteur|)}
+\schemestop/
Les sous schémas doivent être utilisés à bon escient et peuvent parfois donner des résultats non désirés. Voici un exemple où l'on se sert d'un sous schéma pour aligner horizontalement 3 composés :
-\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A
\arrow{0}[-90]
@@ -2017,10 +1967,10 @@
\arrow(@c1-- at c5){}
\arrow(@c1-- at c4){}
\schemestop/
-On constate que le centre du sous schéma est sur la même verticale que le centre du composé "A" puisqu'on a tracé une flèche invisible\idx*{flèche!invisible} avec un angle de $-90$. Par contre, la flèche entre deux composés existants \og A\fg{} et \og tsoin\fg{} n'est \emph{pas} verticale car \og tsoin\fg{} ne se trouve pas sous le centre du sous-schéma puisque "tagada" est plus large que "fin". Pour rendre cette flèche verticale, on ne peut pas s'en sortir avec un sous schéma, sauf à spécifier un angle trouvé en tâtonnant pour l'ancre d'arrivée de la flèche invisible.
+On constate que le centre du sous schéma est sur la même verticale que le centre du composé "A" puisqu'on a tracé une flèche invisible avec un angle de $-90$. Par contre, la flèche entre deux composés existants \og A\fg{} et \og tsoin\fg{} n'est \emph{pas} verticale car \og tsoin\fg{} ne se trouve pas sous le centre du sous-schéma puisque "tagada" est plus large que "fin". Pour rendre cette flèche verticale, on ne peut pas s'en sortir avec un sous schéma, sauf à spécifier un angle trouvé en tâtonnant pour l'ancre d'arrivée de la flèche invisible.
Il sera beaucoup plus simple de procéder sans sous-schéma et en utilisant un embranchement : tracer une flèche \emph{visible} entre \og A\fg{} et \og tsoin\fg{}, puis partir de \og tsoin\fg{} pour tracer de part et d'autre des flèches horizontales, en créant un embranchement pour les flèches vers la droite.
-\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A
\arrow(--tsoin){->}[-90]
@@ -2036,13 +1986,13 @@
\schemestop/
\section{Arguments optionnels des flèches}\label{fleche.arg.optionnel}
-\idx*{flèche!argument optionnel}À l'intérieur de l'argument entre accolades de la commande \idx\arrow, le nom des flèches peut être suivi d'arguments optionnels placés entre crochets. Voici ces arguments optionnels et leur signification pour les flèches définies par \CF :
+À l'intérieur de l'argument entre accolades de la commande \falseverb\arrow, le nom des flèches peut être suivi d'arguments optionnels placés entre crochets. Voici ces arguments optionnels et leur signification pour les flèches définies par \CF :
\begin{itemize}
\item les flèches «\verb|->|», «\verb|<-|», «\verb|<->|», «\verb|<=>|», «\verb|<<->|»,«\verb|<->>|», «\verb|-/>|» ont trois arguments optionnels :
\begin{itemize}
- \item le premier contient le «label» qui sera placé au dessus de la flèche\idx*{flèche!label};
- \item le second contient le «label» qui sera placé sous la flèche. Ces deux labels sont orientés selon le même angle que la flèche. On peut régler le décalage perpendiculaire\idx*{flèche!label!décalage} entre la flèche et l'ancre\idx*{flèche!label!ancre} des labels avec la commande \idx*\setarrowlabelsep\verb-\setarrowlabelsep{<dim>}-\label{setarrowlabelsep}, où l'argument est une dimension valide au sens de \TeX{}. Par défaut, ou si l'argument est vide, cette distance vaut 3pt. Les labels contenus dans les deux arguments optionnels ne \emph{sont pas} composés en mode mathématique.
- \item le troisième est une dimension qui correspond au décalage dans la direction perpendiculaire au sens de la flèche\idx*{flèche!décalage} que l'on veut lui faire subir : cette dimension sera positive pour un décalage de la flèche (et ses éventuels labels) vers le haut et négative si l'on souhaite un décalage vers le bas.
+ \item le premier contient le «label» qui sera placé au dessus de la flèche;
+ \item le second contient le «label» qui sera placé sous la flèche. Ces deux labels sont orientés selon le même angle que la flèche. On peut régler le décalage perpendiculaire entre la flèche et l'ancre des labels avec la \chevrons{clé} \CFkv{arrow label sep}{dim}\label{arrow label sep} qui vaut 3pt par défaut. Les labels contenus dans les deux arguments optionnels ne \emph{sont pas} composés en mode mathématique.
+ \item le troisième est une dimension qui correspond au décalage dans la direction perpendiculaire au sens de la flèche que l'on veut lui faire subir : cette dimension sera positive pour un décalage de la flèche (et ses éventuels labels) vers le haut et négative si l'on souhaite un décalage vers le bas.
\end{itemize}
\item la flèche «\verb|-U>|» dispose de 5 arguments optionnels :
\begin{itemize}
@@ -2050,9 +2000,9 @@
\item le quatrième est le coefficient (qui vaut 0.333 par défaut) qui multiplie la longueur de la flèche pour obtenir le rayon de l'arc de cercle;
\item le cinquième est le demi angle partant du centre de l'arc de cercle tracé, il vaut 60 degrés par défaut.
\end{itemize}
- \item la flèche invisible\idx*{flèche!invisible} «\verb-0-» admet 2 arguments optionnels qui sont du même type que les deux premiers vus au dessus;
+ \item la flèche invisible «\verb-0-» admet 2 arguments optionnels qui sont du même type que les deux premiers vus au dessus;
\end{itemize}
-\exemple[50]{Arguments optionnels des flèches}/\schemedebug{false}
+\exemple[50]{Arguments optionnels des flèches}/\setchemfig{scheme debug=false}
\schemestart A\arrow{->[sur][sous]}B \schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{->[sur][sous][4pt]}B \schemestop
@@ -2070,8 +2020,8 @@
\exemple[50]{Flèches verticales}/\schemestart
A\arrow{->[sur][sous]}[-90]B
\schemestop/
-Par souci de lisibilité, il serait souhaitable que les \idx*{flèche!label}labels placés au dessus et au dessous soient horizontaux. On peut choisir l'angle selon lequel les labels sont affichés\idx*{flèche!label!angle}, la valeur par défaut étant l'angle de la flèche. Pour spécifier un autre angle, il suffit de placer au début des arguments optionnels \verb-*{<angle>}- :
-\exemple[55]{Choix des angles}/\schemedebug{true}
+Par souci de lisibilité, il serait souhaitable que les labels placés au dessus et au dessous soient horizontaux. On peut choisir l'angle selon lequel les labels sont affichés, la valeur par défaut étant l'angle de la flèche. Pour spécifier un autre angle, il suffit de placer au début des arguments optionnels \verb-*{<angle>}- :
+\exemple[55]{Choix des angles}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart A\arrow{->[*{0}sur][*{0}sous]}[90]B\schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{->[*{0}sur][*{0}sous]}[45]B\schemestop
@@ -2080,12 +2030,12 @@
\qquad
\schemestart A\arrow{->[*{0}sur][*{0}sous]}[-90]B\schemestop/
L'ancre par défaut où est attaché chaque label provoque parfois des affichages indésirables :
-\exemple[50]{Ancres}/\schemedebug{true}
+\exemple[50]{Ancres}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{->[*{0}au-dessus][*{0}au-dessous]}[45,2]B
\schemestop/
-On peut spécifier également l'ancre d'attache\idx*{flèche!label!ancre} pour écraser celui choisi par \CF par défaut. Il suffit d'utiliser la syntaxe suivante : \verb-*{<angle>.<ancre>}-.
-\exemple[50]{Ancres}/\schemedebug{true}
+On peut spécifier également l'ancre d'attache pour écraser celui choisi par \CF par défaut. Il suffit d'utiliser la syntaxe suivante : \verb-*{<angle>.<ancre>}-.
+\exemple[50]{Ancres}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{->[*{0.0}au-dessus][*{0.180}au-dessous]}[45,2]B
\schemestop
@@ -2124,19 +2074,19 @@
\section{Créer ses propres flèches}\label{definearrow}
Cette section, assez technique et demandant des connaissances sur \TIKZ, n'intéressera que les utilisateurs confirmés ayant besoin de définir leur propres flèches.
-La commande \idx{\definearrow} permet de construire des flèches personnalisées. La syntaxe de cette commande est la suivante :
+La commande \falseverb{\definearrow} permet de construire des flèches personnalisées. La syntaxe de cette commande est la suivante :
\hfill\verb-\definearrow{<nombre>}{<nom flèche>}{<code>}-\hfill\null
où \verb-<nombre>- est le nombre d'arguments optionnels auxquels on fera référence dans le \verb-<code>- avec la syntaxe habituelle \verb-#1-, \verb-#2-, etc. On ne peut pas définir de valeur par défaut pour ces arguments optionnels, et s'ils sont absents lorsque l'utilisateur utilise la macro \verb-\arrow-, ils seront vides.
-Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tracé des flèches. Comme ces macros ont le caractère \verb- at - dans leur nom, on ne peut y accéder qu'entre les commandes \idx{\makeatletter} et \idx{\makeatother}.
+Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tracé des flèches. Comme ces macros ont le caractère \verb- at - dans leur nom, on ne peut y accéder qu'entre les commandes \falseverb{\makeatletter} et \falseverb{\makeatother}.
\begin{itemize}
- \item \idx{\CF at arrow@start at name} et \idx{\CF at arrow@end at name} contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche;
- \item \idx{\CF at arrow@start at node} et \idx{\CF at arrow@end at node} contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches. À la suite de ces noms viennent s'ajouter, s'ils ne sont pas vides, les ancres spécifiés par l'utilisateur dans l'argument entre parenthèses de la commande \idx\arrow;
- \item \idx{\CF at arrow@current at style} et \idx{\CF at arrow@current at angle} contiennent le style et l'angle de la flèche devant être tracée\idx*{flèche!angle}\idx*{flèche!style};
- \item \idx{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{<dim>}- décale les nœuds «\idx{\CF at arrow@start at node}» et «\idx{\CF at arrow@end at node}» de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche\idx*{flèche!décalage};
- \item \idx{\CF at arrow@display at label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ est la plus complexe et se charge de placer les labels\idx*{flèche!label} avec les arguments suivants :
+ \item \falseverb{\CF at arrow@start at name} et \falseverb{\CF at arrow@end at name} contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@start at node} et \falseverb{\CF at arrow@end at node} contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches. À la suite de ces noms viennent s'ajouter, s'ils ne sont pas vides, les ancres spécifiés par l'utilisateur dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb\arrow;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@current at style} et \falseverb{\CF at arrow@current at angle} contiennent le style et l'angle de la flèche devant être tracée;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{<dim>}- décale les nœuds «\falseverb{\CF at arrow@start at node}» et «\falseverb{\CF at arrow@end at node}» de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche;
+ \item \falseverb{\CF at arrow@display at label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ est la plus complexe et se charge de placer les labels avec les arguments suivants :
\begin{itemize}
\item \verb-#1- et \verb-#5- sont les labels a écrire;
\item \verb-#2- et \verb-#6- sont des réels compris entre 0 et 1 spécifiant à quel endroit de la flèche ces labels doivent être écrits, 0 étant le début et 1 étant la fin,, le tout étant supposé que la flèche est \emph{rectiligne};
@@ -2143,13 +2093,13 @@
\item \verb-#3- et \verb-#7- sont les caractères «+» ou «-», «+» affichant le label au dessus et «-» l'affichant au dessous
\item \verb-#4- et \verb-#8- sont les nom des nœuds correspondant au début et à la fin de la flèche.
\end{itemize}
- \item les extrémités de flèches\idx*{flèche!extrémité} employées sont basées sur le modèle «\verb-CF-» pour une flèche complète et avec l'option «harpoon» pour la demi flèche supérieure.
+ \item les extrémités de flèches employées sont basées sur le modèle «\verb-CF-» pour une flèche complète et avec l'option «harpoon» pour la demi flèche supérieure.
\end{itemize}
\subsection{Une première flèche}
Pour créer un exemple, mettons que l'on veuille construire une flèche avec un disque en son milieu que l'on va appeler «\verb/-.>/». Décidons qu'elle admettra 4 arguments optionnels. Comme pour les flèches déjà définies, le premier et le second seront les labels à mettre au dessus et au dessous et le troisième sera le décalage de la flèche dans le sens perpendiculaire à sa direction. Enfin, le 4\ieme{} argument sera la taille du point que l'on prendra égale à 2pt si le 4\ieme{} argument est absent.
-Nous allons d'abord écrire \idx*\definearrow\verb/\definearrow{4}{-.>}/ pour déclarer que la flèche aura 4 arguments optionnels et s'appellera \verb/-.>/. Tout d'abord, il faut modifier les positions des nœuds entre lesquels doit être tracée la flèche pour tenir compte du décalage contenu dans le 3\ieme{} argument. Ceci est réalisé par la macro \idx{\CF at arrow@shift at nodes}, et il suffit donc de commencer le code de la flèche par : \idx{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{#3}%-. Ensuite, il faut tracer la flèche elle même et en profiter pour poser un nœud au milieu du segment que nous appelons "\verb-mid at point-", puis tracer un cercle dont le centre est ce dernier nœud. Tout ceci est fait par le code \idx*{tikz}\TIKZ suivant :
+Nous allons d'abord écrire \verb/\definearrow{4}{-.>}/ pour déclarer que la flèche aura 4 arguments optionnels et s'appellera \verb/-.>/. Tout d'abord, il faut modifier les positions des nœuds entre lesquels doit être tracée la flèche pour tenir compte du décalage contenu dans le 3\ieme{} argument. Ceci est réalisé par la macro \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}, et il suffit donc de commencer le code de la flèche par : \falseverb{\CF at arrow@shift at nodes}\verb-{#3}%-. Ensuite, il faut tracer la flèche elle même et en profiter pour poser un nœud au milieu du segment que nous appelons "\verb-mid at point-", puis tracer un cercle dont le centre est ce dernier nœud. Tout ceci est fait par le code \TIKZ suivant :
{\hskip2em\verb-\edef\pt at radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point-\par\parskip0pt
\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style,-CF]/\par
@@ -2156,7 +2106,7 @@
\hskip4em\verb/(\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)coordinate[midway](mid at point);/\par
\hskip2em\verb-\filldraw(mid at point)circle(\pt at radius);%-}
-Il ne nous reste plus qu'à placer les labels\idx*{flèche!label} s'ils existent avec la ligne suivante :
+Il ne nous reste plus qu'à placer les labels s'ils existent avec la ligne suivante :
\hskip2em\verb/\CF at arrow@display at label{#1}{0.5}{+}{\CF at arrow@start at node}{#2}{0.5}{-}{\CF at arrow@end at node}/
@@ -2178,12 +2128,12 @@
\subsection{Une flèche courbe}
Pourquoi ne pas maintenant créer une flèche courbe ? Pour rendre les choses simples, mettons qu'elle n'aura qu'un seul argument optionnel contenant le code \TIKZ qui définira le (ou les) point de contrôle, et si cet argument est vide, une flèche du type «\verb/-CF/» sera tracée.
-Si l'argument \verb-#1- n'est pas vide, ce qui nous intéresse ne sont pas \idx{\CF at arrow@start at node} et \idx{\CF at arrow@end at node} qui contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches parce que l'emplacement des ces nœuds est déjà déterminés par les ancres\idx*{flèche!ancre} qui sont calculés pour des flèches \emph{rectilignes} ! Nous allons plutôt prendre \idx{\CF at arrow@start at name} et \idx{\CF at arrow@end at name} qui contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche. Voici le code \TIKZ qui va tracer la ligne courbe entre ces deux composés :
+Si l'argument \verb-#1- n'est pas vide, ce qui nous intéresse ne sont pas \falseverb{\CF at arrow@start at node} et \falseverb{\CF at arrow@end at node} qui contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches parce que l'emplacement des ces nœuds est déjà déterminés par les ancres qui sont calculés pour des flèches \emph{rectilignes} ! Nous allons plutôt prendre \falseverb{\CF at arrow@start at name} et \falseverb{\CF at arrow@end at name} qui contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche. Voici le code \TIKZ qui va tracer la ligne courbe entre ces deux composés :
{\verb/\draw[shorten <=\CF at arrow@offset,shorten >=\CF at arrow@offset,\CF at arrow@current at style,-CF,/\par\parskip0pt
\verb/(\CF at arrow@start at name).. controls #1 ..(\CF at arrow@end at name);%/}
-On doit rajouter le code \TIKZ qui permet de raccourcir la flèche tracée de la valeur \idx{\CF at arrow@offset} définie par \idx{\setarrowoffset} puisqu'on ne part pas des nœuds correspondant aux flèches rectilignes \idx{\CF at arrow@start at node} et \idx{\CF at arrow@end at node}. Il faudra donc rajouter au début de \idx{\CF at arrow@current at style} le code suivant\idx*{\CF at arrow@offset}\idx*{\CF at arrow@offset} :
+On doit rajouter le code \TIKZ qui permet de raccourcir la flèche tracée de la valeur \falseverb{\CF at arrow@offset} définie par \falseverb{\setarrowoffset} puisqu'on ne part pas des nœuds correspondant aux flèches rectilignes \falseverb{\CF at arrow@start at node} et \falseverb{\CF at arrow@end at node}. Il faudra donc rajouter au début de \falseverb{\CF at arrow@current at style} le code suivant :
\centerverb/shorten <=\CF at arrow@offset, shorten >=\CF at arrow@offset/
c'est ce que font les deux lignes qui suivent le \verb-\else-.
@@ -2218,15 +2168,15 @@
\schemestop/
\section{La commande \protect\texttt{\textbackslash merge}}
-La commande \idx{\merge} permet de tracer des flèches qui partent de plusieurs composés existants puis qui se rejoignent pour continuer le schéma réactionnel.
+La commande \falseverb{\merge} permet de tracer des flèches qui partent de plusieurs composés existants puis qui se rejoignent pour continuer le schéma réactionnel.
-Immédiatement après la commande \idx{\merge}, il faut spécifier dans quelle direction va se faire la progression. Pour cela, on utilise un des 4 caractères de direction : «\verb->-» (qui est celui par défaut si le caractère est absent), «\verb-<-», «\verb-^-» et «\verb-v-».
+Immédiatement après la commande \falseverb{\merge}, il faut spécifier dans quelle direction va se faire la progression. Pour cela, on utilise un des 4 caractères de direction : «\verb->-» (qui est celui par défaut si le caractère est absent), «\verb-<-», «\verb-^-» et «\verb-v-».
La syntaxe devient ensuite :
\hfill\verb/\merge{dir}(n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])/\hfill\null
-Où les noms «\verb-ni-» avant le double tiret sont ceux que des composés déjà existant que l'on veut joindre. On peut également préciser l'ancre «\verb-ai-» duquel doit partir la flèche si l'ancre par défaut ne convient pas. Comme pour la commande \idx\arrow, «\verb-n.a[s]-» contient le nom, l'ancre et le style du prochain composé.
+Où les noms «\verb-ni-» avant le double tiret sont ceux que des composés déjà existant que l'on veut joindre. On peut également préciser l'ancre «\verb-ai-» duquel doit partir la flèche si l'ancre par défaut ne convient pas. Comme pour la commande \falseverb\arrow, «\verb-n.a[s]-» contient le nom, l'ancre et le style du prochain composé.
\exemple[50]{La commande \string\merge}/\schemestart
ABC\arrow[30]EFGHIJ\arrow[45]KLM\arrow[60]NO
@@ -2241,22 +2191,22 @@
\schemestop
\bigskip
-\schemedebug{true}
+\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
A\arrow{<->}[90]B
\merge<(c1.120)(c2)--(foobar.45[circle,blue])CCC
\schemestop/
-En ce qui concerne la géométrie de la flèche \idx{\merge}, celle-ci se compose de $n$ traits qui partent de chaque composé et vont jusqu'à la ligne de jonction qui leur est perpendiculaire : la longueur par défaut du plus court de ces traits est la moitié de l'espacement entre les composés défini avec \idx\setcompoundsep. La flèche tracée depuis la ligne de jonction jusqu'au composé suivant a également cette longueur par défaut, et elle part du milieu de la ligne de jonction. Ces 3 caractéristiques géométriques peuvent être modifiées au moyen de l'argument optionnel qui vient après le nom de composé suivant :
+En ce qui concerne la géométrie de la flèche \falseverb{\merge}, celle-ci se compose de $n$ traits qui partent de chaque composé et vont jusqu'à la ligne de jonction qui leur est perpendiculaire : la longueur par défaut du plus court de ces traits est la moitié de l'espacement entre les composés défini avec \falseverb\setcompoundsep. La flèche tracée depuis la ligne de jonction jusqu'au composé suivant a également cette longueur par défaut, et elle part du milieu de la ligne de jonction. Ces 3 caractéristiques géométriques peuvent être modifiées au moyen de l'argument optionnel qui vient après le nom de composé suivant :
\hfill\verb/\merge{dir}(n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])[c1,c2,c,style]/\hfill\null
où :
\begin{itemize}
- \item la longueur de trait le plus court entre les composés à joindre et la ligne de jonction s'obtient en multipliant l'espacement entre les composés défini avec \idx{\setcompoundsep} par le coefficient \verb-c1-, qui vaut 0.5 par défaut;
+ \item la longueur de trait le plus court entre les composés à joindre et la ligne de jonction s'obtient en multipliant l'espacement entre les composés défini avec \falseverb{\setcompoundsep} par le coefficient \verb-c1-, qui vaut 0.5 par défaut;
\item la longueur de la flèche entre la ligne de jonction et le composé suivant s'obtient en l'espacement entre les composés par le coefficient \verb-c2-, qui vaut 0.5 par défaut;
\item l'endroit d'où part la flèche depuis la ligne de jonction est déterminée par le coefficient \verb-c-, sachant que s'il vaut 0, la flèche partira de la gauche de la ligne de jonction (ou du haut si la direction est \verb-v- ou \verb-^-);
- \item le style de la flèche tracée avec \idx{\merge} est défini par le dernier argument \verb-style-.
+ \item le style de la flèche tracée avec \falseverb{\merge} est défini par le dernier argument \verb-style-.
\end{itemize}
\exemple*{Paramètres géométriques de \string\merge}/\schemestart A\arrow{<=>}[90]B\merge(c1)(c2)--()C\schemestop\qquad
@@ -2272,7 +2222,7 @@
\schemestart A\arrow{<=>}B\merge^(c1)(c2)--()[,,0.2]C\schemestop\qquad
\schemestart A\arrow{<=>}B\merge^(c1)(c2)--()[,,0.9,red,thick]C\schemestop/
-Enfin, il est possible d'écrire des labels au dessus ou au dessous de la flèche créée par la commande \idx{\merge}. Pour cela, le caractère définissant la direction admet deux arguments optionnels entre crochets, le premier contenant le label mis au dessus et le second celui mis au dessous de la flèche. La syntaxe complète de la commande \idx{\merge} est donc :
+Enfin, il est possible d'écrire des labels au dessus ou au dessous de la flèche créée par la commande \falseverb{\merge}. Pour cela, le caractère définissant la direction admet deux arguments optionnels entre crochets, le premier contenant le label mis au dessus et le second celui mis au dessous de la flèche. La syntaxe complète de la commande \falseverb{\merge} est donc :
\hfill\verb/\merge{dir}[labelup][labeldow](n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])[c1,c2,c,style]/\hfill\null
@@ -2300,27 +2250,28 @@
\schemestop/
\section{Le signe +}\label{signe+}
-Entre les commandes \idx{\schemestart} et \idx{\schemestop}, on dispose de la macro «\idx\+» qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où :
+Entre les commandes \falseverb{\schemestart} et \falseverb{\schemestop}, on dispose de la macro «\falseverb\+» qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où :
\begin{itemize}
\item \verb-<dim1>- et \verb-<dim2>- sont les dimensions qui vont être insérées avant et après le signe ${}+{}$;
\item \verb-<dim3>- est le décalage vertical que l'on veut faire subir au signe.'
\end{itemize}
-Si l'un des arguments est vide ou si l'argument entre accolades n'existe pas, les dimensions prennent leur valeur par défaut que l'on peut spécifier avec la commande \idx\setandsign\verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-\label{setandsign}. Si l'on spécifie un champ vide, \verb-<dim1>- et \verb-<dim2>- valent 0.5em tandisque que \verb-<dim3>- vaut 0pt s'il est vide. Les valeurs par défaut \verb-{0.5em,0.5em,0pt}- sont celles en vigueur si l'utilisateur n'en spécifie pas d'autres.
+On peut également spécifier ces dimensions pour tous les signes ${}+{}$ à l'aide des \chevrons{clés} \CFkv{+ sep left}{dim}, \CFkv{+ sep right}{dim} et \CFkv{+ vshift}{dim}. Ces dimensions ont pour valeur par défaut 0.5em pour les deux premières et 0pt pour la troisième.
+
\exemple[50]{La commande \string\+}/\schemestart
A\+B\+{2em,,5pt}C\+{0pt,0pt,-5pt}D\arrow E\+F
\schemestop
-\setandsign{1em,1em,0pt}
+\setchemfig{+ sep left=1em,+ sep right=1em,+ vshift=0pt}
\schemestart
A\+B\+{2em,,5pt}C\+{0pt,0pt,-5pt}D\arrow E\+F
\schemestop/
-Comme on le voit sur l'exemple ci-dessous, il faut comprendre que le signe ${}+{}$ inséré par la commande \idx{\+} fait partie du composé :
-\exemple[50]{Les composés et \string\+}/\schemedebug{true}
+Comme on le voit sur l'exemple ci-dessous, il faut comprendre que le signe ${}+{}$ inséré par la commande \falseverb{\+} fait partie du composé :
+\exemple[50]{Les composés et \string\+}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart A\+ B\+{,,5pt}C\arrow D\+ E\schemestop/
-Il devient donc difficile de faire partir une flèche exactement sous la lettre«A» puisque cette lettre n'est pas un composé unique aux yeux de \CF. On peut donc utiliser dans ce cas la commande \idx{\subscheme} pour envelopper dans un composé unique la lettre «A», voire même le signe lui même et pouvoir y faire référence par la suite avec le nom qui lui est attribué :
-\exemple[50]{Sous composé et \string\+}/\schemedebug{true}
+Il devient donc difficile de faire partir une flèche exactement sous la lettre«A» puisque cette lettre n'est pas un composé unique aux yeux de \CF. On peut donc utiliser dans ce cas la commande \falseverb{\subscheme} pour envelopper dans un composé unique la lettre «A», voire même le signe lui même et pouvoir y faire référence par la suite avec le nom qui lui est attribué :
+\exemple[50]{Sous composé et \string\+}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\subscheme{A}\+ B\arrow C
\arrow(@c2--)[-90]E
@@ -2331,9 +2282,9 @@
A\subscheme{\+}BCDEF \arrow G
\arrow(@c2--)[-90]H
\schemestop/%
-\idx*{schéma réactionnel|)}
+
Il peut arriver que l'alignement du signe «+» avec les molécules qui précèdent ou qui suivent pose problème. Voici un exemple :
-\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
+\exemple{Alignement du signe +}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\+
@@ -2340,7 +2291,7 @@
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
Ce qui se passe est que le signe «+» est sur la même ligne de base que le composé qui précède, et cette ligne de base est celle de l'atome «C» du haut. On pourrait bien sûr décaler le signe «+» mais cela ne changerait pas la position verticale de «\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em». En fait, le signe «+» ne stoppe pas la lecture d'un composé pour \CF ce que l'on constate dans l'exemple ci-dessus où tout est englobé dans le composé «c1». On va donc être obligé de stopper le composé après la première molécule avec un \verb-\arrow{0}[,0]- qui produira une flèche invisible de longueur nulle. Pour centrer verticalement le tout, on va également préciser que l'ancre du premier composé doit être «west» (ou «180» qui est un synonyme) avec le deuxième argument optionnel de la commande \verb-\schemestart- :
-\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
+\exemple{Alignement du signe +}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\arrow{0}[,0]\+
@@ -2347,7 +2298,7 @@
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
De cette façon, le premier composé «c1» est la première molécule et le second composé est le reste, c'est-à-dire le signe «+» et la seconde molécule. On aurait pû jouer sur les ancres ou les styles via la commande \verb-\arrow- pour placer le second composé à un autre endroit. Ici, par exemple on décale le second composé de 10pt vers le bas dans le premier cas et on fait coïncider l'ancre «south east» du premier composé avec l'ancre «south west» du second dans le deuxième cas :
-\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
+\exemple{Alignement du signe +}/\setchemfig{scheme debug=true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\arrow(--[yshift=-10pt]){0}[,0]\+
@@ -2367,53 +2318,73 @@
\begin{center}
\begin{longtable}{>\footnotesize l>\footnotesize p{9cm}}\\\hline
\hfill\normalsize Commandes\hfill\null &\hfill\normalsize Description\hfill\null\\\hline
-\idx\chemfig\verb-<code>-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\
-\idx\chemfig\verb-*<code>-&comme ci-dessus, mais les liaisons ont des longueurs fixes\\
-\idx\enablefixedbondlength&les molécules ont des liaisons de longueurs égales\\
-\idx\disablefixedbondlength&les molécules ont des espaces interatomes égaux\\
-\idx\enablebondjoin{} et \idx\disablebondjoin& active ou désactive le raccord entre les liaisons simples\\
-\idx\printatom & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir page~\pageref{perso.affichage}\\
-\idx\setnodestyle\verb-{<style tikz>}-& à l'aide de la syntaxe de \TIKZ, cette macro définit le style de nœuds contenant les atomes, voir page~\pageref{style.noeuds}\\
-\idx\setbondestyle\verb-{<style tikz>}-& à l'aide de la syntaxe de \TIKZ, cette macro définit le style des liaisons voir page~\pageref{setbondstyle}\\
-\idx\hflipnext&la prochaine molécule sera inversée horizontalement\\
-\idx\vflipnext&la prochaine molécule sera inversée verticalement\\
-\idx\definesubmol\verb-{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\
-\idx\chemskipalign & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\
-\idx\redefinesubmol\verb-{<nom>}{<code>}-& remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
+\falseverb\chemfig\verb-<code>-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\
+\falseverb\chemfig\verb-*<code>-&comme ci-dessus, mais les liaisons ont des longueurs fixes\\
+\verb|\setchemfig|&règle les paramètres selon la syntaxe \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur}. En voici la liste avec les valeurs par défaut:
+\begin{itemize}
+ \item \CFkv{chemfig style} {{}}: style passé à \TIKZ
+ \item \CFkv{atom style} {{}}: style des nœuds (atomes)
+ \item \CFkv{bond join} {false}: booléen pour raccord de liaisons
+ \item \CFkv{fixed length} {false}: booléen pour liaisons de longueurs constantes
+ \item \CFkv{cram rectangle} {false}: booléen pour tracé des Liaisons de Cram sous forme de rectangle
+ \item \CFkv{cram width} {1.5ex}: dimension de la base des triangles des liaisons de Cram
+ \item \CFkv{cram dash width} {1pt}: largeur des pointillés des liaisons de Cram
+ \item \CFkv{cram dash sep} {2pt}: espacement des pointillés des liaisons de Cram
+ \item \CFkv{atom sep} {3em}: espcement entre atomes
+ \item \CFkv{bond offset} {2pt}: espacement entre l'atome et la liaison
+ \item \CFkv{double bond sep} {2pt}: espacement entre les traits des liaisons multiples
+ \item \CFkv{angle increment} {45}: incrément de l'angle des liaisons
+ \item \CFkv{node style} {{}}: style des atomes
+ \item \CFkv{bond style} {{}}: style des liaisons
+ \item \CFkv{lewis | width} {0.3ex}: largeur du rectangle pour la décoration | de Lewis
+ \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: espacement entre l'atome et les décorations de Lewis
+ \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: longueur des décorations de Lewis
+ \item \CFkv{lewis style} {{}}: style des décorations de Lewis
+ \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: espacement entre les disques pour la décoratikon «\string:»
+ \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: rayon des disques des décorations de Lewis
+ \item \CFkv{cycle radius coeff} {0.75}: coefficient du cercle ou de l'arc de cercle tracé dans les cycles
+ \item \CFkv{stack sep} {1.5pt}: espacement vertical pour les arguments des macros \verb-\chemabove- et \verb-\chembelow-
+ \item \CFkv{compound style} {{}}: style des composés
+ \item \CFkv{compound sep} {5em}: espacement entre 2 composés
+ \item \CFkv{arrow offset} {4pt}: espacement entre un composé et la flèche
+ \item \CFkv{arrow angle} {0}: angle par défaut des flèches de réaction
+ \item \CFkv{arrow coeff} {1}: coefficient de longueur des flèches
+ \item \CFkv{arrow style} {{}}: style des flèches
+ \item \CFkv{arrow double sep} {2pt}: espacement entre les flèches doubles
+ \item \CFkv{arrow double coeff} {0.6}: coefficient de réduction de la petite flèche pour les flèches doubles
+ \item \CFkv{arrow double harpoon}{true}: booléen pour le tracé des doubles flèches sous forme de «harpon»
+ \item \CFkv{arrow label sep} {3pt}: espacement entre la flèche et son texte
+ \item \CFkv{arrow head} {-CF}: style des pointes de flèches
+ \item \CFkv{+ sep left} {0.5em}: espcement avant le signe $+$
+ \item \CFkv{+ sep right} {0.5em}: espacement après le signe $+$
+ \item \CFkv{+ vshift} {0pt}: décalage vertical du signe $+$
+\end{itemize}
+\\
+\falseverb\printatom & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir page~\pageref{perso.affichage}\\
+\falseverb\hflipnext&la prochaine molécule sera inversée horizontalement\\
+\falseverb\vflipnext&la prochaine molécule sera inversée verticalement\\
+\falseverb\definesubmol\verb-{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\
+\falseverb\chemskipalign & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\
+\falseverb\redefinesubmol\verb-{<nom>}{<code>}-& remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\setcrambond\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-& règle les dimensions des triangles représentant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\
-\idx\setatomsep\verb-{<dim>}>-& règle la distance interatome. Voir page~\pageref{setatomsep}\\
-\idx\setangleincrement\verb-<angle>- & spécifie l'angle à multiplier pour les angles de liaisons. Voir page~\pageref{setangleincrement}\\
-\idx\setbondoffset\verb-{<dim>}- & règle l'espacement entre les atomes liés et la liaison. Voir page~\pageref{setbondoffset}\\
-\idx\setdoublesep\verb-{<dim>}- & règle l'espacement entre les deux traits d'une double liaison. Voir page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline
+\falseverb\lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\
+\falseverb\Lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Voir page~\pageref{Lewis}\\
+\falseverb\chemmove\verb-[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb- at -». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\
-\idx\Lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Voir page~\pageref{Lewis}\\
-\idx\setlewis\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & règle les décoration de Lewis; \verb-<dim1>- est la distance entre l'atome et la décoration, \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons et \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Voir page~\pageref{setlewis}\\
-\idx\setlewisdist\verb-{dim}-& règle la distance entre les deux disques représentant une paire d'électron. Voir page~\pageref{setlewisdist}\\[2ex]\hline
+\falseverb\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\Chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chemabove}\\
+\falseverb\Chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chembelow}\\
+\falseverb\chemname\verb-[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-. Voir page~\pageref{chemname}\\
+\falseverb\chemnameinit & initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms. Voir page~\pageref{chemnameinit}\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\chemmove\verb-[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb- at -». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
-&\\
-\idx\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\Chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chemabove}\\
-\idx\Chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chembelow}\\
-\idx\chemname\verb-[<dim>]{<molécule>}{<nom>}-\idx*\chemname & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-. Voir page~\pageref{chemname}\\
-\idx\chemnameinit & initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms. Voir page~\pageref{chemnameinit}\\[2ex]\hline
-&\\
-\idx\schemestart\dots\idx\schemestop& balises entre lesquelles un schéma réactionnel est tracé. Voir page~\pageref{schemestart}.\\
-\idx\arrow& trace une flèche dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{arrow} et suivantes.\\
-\idx\+ & affiche un signe $+$ dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{signe+}.\\
-\idx\subscheme\verb-{<code>}- & trace un sous schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{subscheme}.\\
-\idx\definearrow & définit une flèche. Voir page~\pageref{definearrow}.\\
-\idx\chemleft\verb-<car1><matériel>-\idx\chemright\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- à gauche et à droite du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemleft}.\\
-\idx\chemup\verb-<car1><matériel>-\idx\chemdown\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- au dessus et au dessous du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemup}.\\
-\idx\setcompoundsep\verb-{<dim>}-& définit l'espacement de bord à bord des composés dans un schéma réactionnel. Voir page~\pageref{setcompoundsep}.\\
-\idx\setarrowoffset\verb-{<dim>}-&définit l'espacement entre le bord d'un composé et le début et la fin d'une flèche. Voir page~\pageref{setarrowoffset}.\\
-\idx\setarrowdefault\verb-{angle,coeff,style}-&définit les caractéristiques par défaut d'une flèche. Voir page~\pageref{setarrowdefault}.\\
-\idx\setcompoundstyle\verb-{<code tikz>}-&définit le style par défaut des composés. Voir page~\pageref{setcompoundstyle}.\\
-\idx\setarrowlabelsep\verb-{<dim>}-&définit l'espacement entre la flèche et l'ancre des labels qui sont placés au dessus et au dessous. Voir page~\pageref{setarrowlabelsep}.\\
-\idx\setandsign\verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}-&définit les caractéristiques du signe $+$ où \verb-<dim1>- et \verb-<dim2>- sont les espaces laissés avant et près le signe et \verb-<dim3>- est le décalage vertical. Voir page~\pageref{setandsign}.\\\hline
+\falseverb\schemestart\dots\falseverb\schemestop& balises entre lesquelles un schéma réactionnel est tracé. Voir page~\pageref{schemestart}.\\
+\falseverb\arrow& trace une flèche dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{arrow} et suivantes.\\
+\falseverb\+ & affiche un signe $+$ dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{signe+}.\\
+\falseverb\subscheme\verb-{<code>}- & trace un sous schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{subscheme}.\\
+\falseverb\definearrow & définit une flèche. Voir page~\pageref{definearrow}.\\
+\falseverb\chemleft\verb-<car1><matériel>-\falseverb\chemright\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- à gauche et à droite du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemleft}.\\
+\falseverb\chemup\verb-<car1><matériel>-\falseverb\chemdown\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- au dessus et au dessous du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemup}.\\\hline
\end{longtable}
\end{center}
\newpage
@@ -2439,12 +2410,9 @@
\exemple*{3-éthyl-2-méthylhexane}/\chemfig{H_3C-[7]CH(-[6]CH_3)-[1]CH(-[7]C_3H_7)-[2]CH_2-[3]H_3C}/
-\idx*\definesubmol
-\idx*\phantom
\exemple*{Stéarine, formule semi développée}/\definesubmol{@}{([0,2]-O-[0,1]C(=[2,1]O)-C_{17}H_{33})}
\chemfig{[2,2]CH_2!@-CH_{\phantom 2}!@-CH_2!@}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Stéarine, formule topologique}/\definesubmol{x}{-[:+30,.6]-[:-30,.6]}
\definesubmol{y}{-O-(=[2,.6]O)-!x!x!x!x!x!x!x!x}
\chemfig{[2]([0]!y)-[,1.5]([0]!y)-[,1.5]([0]!y)}/
@@ -2460,22 +2428,18 @@
\exemple*{Anhydride phtalique}/\chemfig{*6(=*5(-(=O)-O-(=O)-)-=-=-)}/
-\idx*\setcrambond
\exemple*{Camphre}/\chemfig{*6(-(<:[::120](-[::-100,0.7])(-[::100,0.7]))--(=O)-(-)(<:[::120])--)}
\quad ou \quad
-\setcrambond{3pt}{}{}
+\setchemfig{cram width=3pt}
\chemfig{<[:10](>[:85,1.8]?(-[:160,0.6])-[:20,0.6])
>[:-10]-[:60](=[:30,0.6]O)-[:170]?(-[:30,0.6])-[:190]-[:240]}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Triphenylméthane}/\chemfig{*6(-=-*6(-(-*6(=-=-=-))-*6(=-=-=-))=-=)}
\quad ou \quad
\definesubmol{@}{*6(=-=-=-)}
\chemfig{(-[:-30]!@)(-[:90]!@)(-[:210]!@)}/
-\idx*\setcrambond
-\idx*\definesubmol
-\exemple*{Amygdaline}/\setcrambond{2pt}{}{}
+\exemple*{Amygdaline}/\setchemfig{cram width=2pt}
\definesubmol{c1}{-[:200]-[:120]O-[:190]}
\definesubmol{c2}{-[:170](-[:200,0.7]HO)<[:300](-[:170,0.6]HO)
-[:10,,,,line width=2pt](-[:-40,0.6]OH)>[:-10]}
@@ -2482,9 +2446,7 @@
\definesubmol{csub}{-[:155,0.65]-[:90,0.65]}
\chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/
-\idx*\setcrambond
-\idx*\definesubmol
-\exemple*{Adénosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{}
+\exemple*{Adénosine triphosphate}/\setchemfig{cram width=3pt}
\definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-}
\chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH)
-[,,,,line width=2pt](-OH)>(-N*5(-=N-*6(-(-NH_2)=N-=N-)=_-))-O-)}/
@@ -2498,7 +2460,6 @@
\exemple*{Porphyrine}/\chemfig{?=[::+72]*5(-N=(-=[::-72]*5(-[,,,2]HN-[,,2](=-[::-36]*5(=N-(=-[::-72]*5(-NH-[,,1]?=-=))
-=-))-=-))-=-)}/
-\idx*\definesubmol
\exemple*{Manganese 5,10,15,20-tétra(N-ethyl-3-carbazolyl) porphyrine}/\definesubmol{A}{*6(=-*5(-*6(-=-=-)--N(--[::-60])-)=-=-)}
\chemfig{([::+180]-!A)=[::+72]*5(-N=(-(-[::+54]!A)=[::-72]*5(-N(-[::-33,1.5,,,draw=none]Mn)
-(=(-[::+72]!A)-[::-36]*5(=N-(=(-[::+54]!A)-[::-72]*5(-N-(-)=-=))-=-))-=-))-=-)}/
@@ -2506,7 +2467,6 @@
\exemple*{Pénicilline}/\chemfig{[:-90]HN(-[::-45](-[::-45]R)=[::+45]O)>[::+45]*4(-(=O)-N*5(-(<:(=[::-60]O)
-[::+60]OH)-(<[::+0])(<:[::-108])-S>)--)}/
-\idx*\chembelow
\exemple*{LSD}/\chemfig{[:150]?*6(=*6(--*6(-N(-CH_3)--(<(=[::+60]O)-[::-60]N(-[::+60]-[::-60])
-[::-60]-[::+60])-=)([::-120]<H)---)-*6(-=-=-(-[::-30,1.155]\chembelow{N}{H}?)=))}/
@@ -2516,16 +2476,11 @@
\exemple*{Codéïne}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?)
-(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/
-\idx*\lewis
\exemple*{Colorant(rouge)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/
-\idx*\lewis
\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O})
-[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/
-\idx*\chembelow
-\idx*\+
-\idx*\schemestart
\exemple*{Synthèse de Fischer de l'indole}/\schemestart
\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
\+
@@ -2534,12 +2489,6 @@
\chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
\schemestop/
-\idx*\chemabove
-\idx*\lewis
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/
\schemestart
\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
@@ -2549,11 +2498,6 @@
\schemestop
\chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
-\idx*\chembelow
-\idx*\lewis
-\idx*\chemabove
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
\exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/\schemestart
\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
\chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
@@ -2565,15 +2509,7 @@
\draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
}/
-\idx*\lewis
-\idx*\chemabove
-\idx*\chemmove
-\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestart\idx*\schemestop
-\idx*{"@}
-\idx*\chembelow
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\setatomsep{2.5em}
-\setcompoundsep{5em}
+\exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\setchemfig{atom sep=2.5em,compound sep=5em}
\schemestart
\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
\+
@@ -2602,9 +2538,7 @@
\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\merge\idx*\schemestop
-\exemple*{Schéma réactionnel}/\setatomsep{2em}
+\exemple*{Schéma réactionnel}/\setchemfig{atom sep=2em}
\schemestart[-90]
\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
\merge(c1)(c2)--()
@@ -2613,10 +2547,7 @@
\chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\subscheme\idx*\schemestop\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\exemple*{Réaction d'addition}/\setatomsep{2.5em}
+\exemple*{Réaction d'addition}/\setchemfig{atom sep=2.5em}
\schemestart
\chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
\arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -2628,11 +2559,7 @@
\arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
\schemestop/
-\idx*\setatomsep
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\subscheme\idx*\schemestop\idx*\chemname\idx*\definesubmol\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
-\exemple*{Substitution aromatique éléctrophile}Z\setatomsep{1.5em}%
+\exemple*{Substitution aromatique éléctrophile}Z\setchemfig{atom sep=1.5em}%
\definesubmol{+}{-[,-0.4,,,draw=none]\oplus}%
\schemestart
\arrow{0}[,0]
@@ -2649,13 +2576,7 @@
\schemestop
\chemnameinit{}Z
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\setatomsep
-\idx*\lewis
-\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestart\idx*\schemestop\idx*\setcompoundsep
-\idx*\chemmove
-\idx*{"@}
-\exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}\setcompoundsep{4em}
+\exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2em,compound sep=4em}
\schemestart
\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
@@ -2676,11 +2597,6 @@
\draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
\draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
-\idx*\chemabove
-\idx*\chembelow
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Cannizzaro}/\schemestart
\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
\arrow(start.mid east--.mid west){->[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]}
@@ -2707,18 +2623,7 @@
\begingroup
\catcode`;=12
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\setatomsep
-\idx*{"@}
-\idx*\chemabove
-\idx*\chemmove
-\idx*\lewis
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\setcompoundsep\idx*\setarrowoffset\idx*\subscheme\idx*\chemleft\idx*\chemright
-\exemple*{Réarrangement de Beckmann}/\setbondoffset{1pt}
-\setatomsep{2.5em}
-\setcompoundsep{5em}
-\setarrowoffset{6pt}
+\exemple*{Réarrangement de Beckmann}/\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2.5em,compound sep=5em,arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
\arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
@@ -2743,11 +2648,7 @@
\schemestop/
\endgroup
-\idx*\setatomsep
-\idx*\setcompoundsep
-\idx*\schemestart\idx*\schemestop\idx*\arrow\idx*\+
-\exemple*{Schéma réactionnel}/\setatomsep{1.5em}
-\setcompoundsep{4em}
+\exemple*{Schéma réactionnel}/\setchemfig{atom sep=1.5em,compound sep=4em}
\schemestart
\chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
\arrow{->[\chemfig{HCl}]}
@@ -2756,12 +2657,10 @@
\chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
\schemestop/
-\idx*\tikzset\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\chemmove\idx*\schemestop
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Estérification de l'acide formique}Z\tikzset{obrace/.style={left delimiter={[},inner sep=3pt},
cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
-\setatomsep{2em}
+\setchemfig{atom sep=2em}
\schemestart
\chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
\arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
@@ -2785,10 +2684,6 @@
\draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
\schemestop Z
-\idx*\schemestart\idx*\subscheme\idx*\arrow\idx*\lewis\idx*\+\idx*\arrow
-\idx*\chemname\idx*\vflipnext\idx*\chemmove\idx*\chemabove\idx*\llap
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Addition électrophile d'halogène sur l'oléfine}/\schemestart
\subscheme{%
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
@@ -2817,15 +2712,9 @@
\schemestop
\chemnameinit{}/
-\idx*\definesubmol
-\idx*\setatomsep
-\idx*\chemname
-\idx*\chemmove
-\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\+\idx*\schemestop
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Sulfonation de la naphtalène}/\definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus}
\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
-\setatomsep{2.5em}
+\setchemfig{atom sep=2.5em}
\schemestart[,1.5]
\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
\arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
@@ -2840,12 +2729,6 @@
\chemnameinit{}/
\begingroup\catcode`;12
-\idx*\chemname
-\idx*\color
-\idx*\lewis
-\idx*{"@}
-\idx*\chemmove
-\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}}
\exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{%
\hspace{10em}
\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par
@@ -2868,15 +2751,9 @@
\chemnameinit{}/
\endgroup
-\idx*\setatomsep
-\idx*\printatom
-\idx*\setbondoffset
-\idx*\definesubmol
-\idx*\redefinesubmol
\exemple*{Cristallographie}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);}
-\setatomsep{20pt}
+\setchemfig{atom sep=20pt,bond offset=2pt}
\renewcommand\printatom[1]{#1}
-\setbondoffset{2pt}
\definesubmol{hat}{-[:40,1.5]\disk-[::-30,2]\disk-[::-30,2]\disk-[::-120,2]\disk-[::-30,2]\disk}
\definesubmol{motif}{-[:40,1.5]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk
(-[2,3])-[::-30,2]\disk(-[2,3])-[::-120,2]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk}
@@ -2900,19 +2777,4 @@
-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])
-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)
-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}/
-
-\idx*{(\kern1cm)|see{ramification}}
-\idx*{?@\protect\texttt{?}|see{liaison/atomes éloignés}}
-\idx*{distance interatome|see{liaison/longueur}}
-\idx*{*|see{cycle}}
-\idx*{**|see{cycle/cercle intérieur}}
-\idx*{\protect\symbol{'0174}@\protect\texttt{\protect\symbol{'0174}}|see{découpage en atomes}}
-\idx*{>, <, >\protect\symbol{'0174}, <\protect\symbol{'0174}, >:, <:@\protect\texttt>, \protect\texttt<, \protect\texttt{>\protect\symbol{'0174}}, \protect\texttt{<\protect\symbol{'0174}}, >\protect\string:, <\protect\string:|see{Cram (représentation)}}
-\idx*{-, =, \protect\string\protect~@\protect\texttt-, \protect\texttt=, \protect\texttt{\protect\string~}|see{liaison/types}}
-\idx*{=\protect\string_, =\protect\string^@\protect\texttt{=\protect\string_}, \protect\texttt{=\protect\string^}|see{liaison/déportées}}
-\idx*{"!|see{sauvegarde d'une molécule}}
-\newpage
-\phantomsection
-\addcontentsline{toc}{part}{Index}
-\printindex
\end{document}
\ No newline at end of file
Modified: trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.sty
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.sty 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.sty 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,42 +1,7 @@
-% __________________________________________________________________
-% | |
-% | chemfig v1.2e |
-% |__________________________________________________________________|
-%
-% This is chemfig.sty, the package file for LaTeX.
-%
-% Maintainer : Christian Tellechea
-% E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
-% Comments, bug reports and suggestions are welcome.
-% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c
-% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
-% Package URL: http://ctan.org/pkg/chemfig
-% Copyright : Christian Tellechea 2010-2015
-%
-% The "chemfig" package consists of the 8 following files:
-% - chemfig.tex (this file)
-% - chemfig.sty (the package file for LaTeX)
-% - t-chemfig.tex (the package file for conTeXt)
-% - README
-% - chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
-% - chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french)
-%
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work may be distributed and/or modified under the
-% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
-% of this license or (at your option) any later version.
-% The latest version of this license is in
-%
-% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
-%
-% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
-% version 2005/12/01 or later.
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
-%
-% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
-% --------------------------------------------------------------------
\RequirePackage{tikz}
\input chemfig.tex
-\ProvidesPackage\CF at package@name[\CF at date\space v\CF at ver\space Draw molecule with an easy syntax]
-\endinput
+\ProvidesPackage\CFname[\CFdate\space v\CFver\space Draw molecule with an easy syntax (CT)]
+\def\printatom#1{\ensuremath{\mathrm{#1}}}% \printatom pour LaTeX.
+\def\CF at begin@tikzpicture{\begin{tikzpicture}}%
+\def\CF at end@tikzpicture{\end{tikzpicture}}%
+\endinput
\ No newline at end of file
Modified: trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,137 +1,85 @@
-% __________________________________________________________________
-% | |
-% | chemfig v1.2e |
-% |__________________________________________________________________|
+% !TeX encoding = ISO-8859-1
+% Ce fichier contient le code de l'extension "chemfig"
%
-% This is chemfig.tex, the code of the "chemfig" package.
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% %
+\def\CFname {chemfig} %
+\def\CFver {1.3} %
+% %
+\def\CFdate {2018/03/08} %
+% %
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%
-% Maintainer : Christian Tellechea
-% E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
-% Comments, bug reports and suggestions are welcome.
-% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c
-% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
-% Package URL: http://ctan.org/pkg/chemfig
-% Copyright : Christian Tellechea 2010-2015
-%
-% The "chemfig" package consists of the 8 following files:
-% - chemfig.tex (this file)
-% - chemfig.sty (the package file for LaTeX)
-% - t-chemfig.tex (the package file for conTeXt)
-% - README
-% - chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
-% - chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french)
-%
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work may be distributed and/or modified under the
-% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
-% of this license or (at your option) any later version.
-% The latest version of this license is in
-%
-% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
-%
-% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
-% version 2005/12/01 or later.
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
-%
-% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
-% --------------------------------------------------------------------
+%____________________________________________________________________
+% Author : Christian Tellechea |
+% Status : Maintained |
+% Email : unbonpetit at netc.fr |
+% Package URL: https://www.ctan.org/pkg/chemfig |
+% Bug tracker: https://framagit.org/unbonpetit/chemfig/issues |
+% Repository : https://framagit.org/unbonpetit/chemfig/tree/master |
+% Copyright : Christian Tellechea 2010-2018 |
+% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c |
+% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt |
+% Files : 1) chemfig.tex |
+% 2) chemfig.sty |
+% 3) t-chemfig.tex |
+% 4) README |
+% 5) chemfig_doc_fr.tex |
+% 6) chemfig_doc_fr.pdf |
+% 7) chemfig_doc_en.tex |
+% 8) chemfig_doc_fr.pdf |
+%--------------------------------------------------------------------
-\def\usechemfigcatcode{%
- \begingroup
- \def\X##1{\catcode\number`##1=\number\catcode`##1\relax}
- \xdef\chemfigrestorecatcode{%
- \X\[\X\]\X\:\X\(\X\)\X\,\X\-\X\=\X\~\X\!\X\?\X\<\X\>\X\;\X\*\X\|\X\@\X\
- \let\noexpand\chemfigrestorecatcode\relax
- }%
- \endgroup
- \catcode`\[12 \catcode`\]12 \catcode`\:12 \catcode`\(12
- \catcode`\)12 \catcode`\,12 \catcode`\-12 \catcode`\=12
- \catcode`\~12 \catcode`\!12 \catcode`\?12 \catcode`\<12
- \catcode`\>12 \catcode`\;12 \catcode`\*12 \catcode`\|12
- \catcode`\@11 \catcode`\#6 \catcode`\ 10
-}
-
-\usechemfigcatcode
-
-\def\CF at def#1{%
- \ifdefined#1%
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: the macro \string#1\space is already defined. Please, email the author.}%
- \fi
- \def#1%
-}
-
-\CF at def\CF at ver {1.2e}
-\CF at def\CF at date {2017/05/20}
-\CF at def\CF at fr@date {20 mai 2017}
-\CF at def\CF at en@date {20 may 2017}
-\CF at def\CF at package@name{chemfig}
-
-\CF at def\CF at error#1{\errmessage{Package \CF at package@name\space Error: #1.}}
-\CF at def\CF at warning#1{\immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: #1^^J}}
-
-% V\'erifie que eTeX est le moteur utilis\'e
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%% P R \xC9 A L A B L E %%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%-------------------------- Annonce package --------------------------
+\ifdefined\ProvidesPackage\else
+ \immediate\write -1 {%
+ Package: \CFname\space\CFdate\space\space v\CFver\space\space
+ Draw molecule with an easy syntax (CT)}%
+\fi
+%------------------------- V\xE9rification etex -------------------------
\begingroup
- \edef\CF at ver{\meaning\eTeXversion}
- \edef\CF at date{\string\eTeXversion}
- \ifx\CF at ver\CF at date
- \endgroup
- \else
- \endgroup
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: you are not using an eTeX engine, chemfig cannot work.}%
- \expandafter\endinput
+ \edef\CFtempa{\meaning\eTeXversion}
+ \edef\CFtempb{\string\eTeXversion}
+ \let\CFtemp\endgroup
+ \unless\ifx\CFtempa\CFtempb
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: you are not using an eTeX engine, chemfig cannot work.}%
+ \def\CFtemp{\endgroup\endinput}%
\fi
+\CFtemp
-\expandafter\ifx\csname @latexerr\endcsname\relax% on n'utilise pas LaTeX ?
- \ifdefined\tikzpicture\else
- \def\CF at next@action{\input tikz.tex}%
- \expandafter\CF at next@action
- \fi
- \immediate\write\m at ne{Package: \CF at package@name\space\CF at date\space\space v\CF at ver\space\space Draw molecule with an easy syntax}%
- \long\def\@firstoftwo#1#2{#1}
- \long\def\@secondoftwo#1#2{#2}
- \long\def\@firstofone#1{#1}
- \long\def\@gobble#1{}
- \long\def\@gobbletwo#1#2{}
- \def\@car#1#2\@nil{#1}
- \def\@makeother#1{\catcode`#1=12\relax}
- \long\def\@ifnextchar#1#2#3{%
- \let\reserved at d=#1%
- \def\reserved at a{#2}%
- \def\reserved at b{#3}%
- \futurelet\@let at arg\@ifnch}
- \def\@ifnch{%
- \ifx\@let at arg\@sptoken
- \let\reserved at c\@xifnch
- \else
- \ifx\@let at arg\reserved at d
- \let\reserved at c\reserved at a
- \else
- \let\reserved at c\reserved at b
- \fi
- \fi
- \reserved at c}
- \def\:{\let\@sptoken= } \:
- \def\:{\@xifnch} \expandafter\def\: {\futurelet\@let at arg\@ifnch}
- \def\@ifstar#1{\@ifnextchar *{\@firstoftwo{#1}}}
- \long\def\@testopt#1#2{\@ifnextchar[{#1}{#1[{#2}]}}
- \def\@empty{}
- \def\space{ }
- \CF at def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}% \printatom pour TeX et ConTeXt
- \def\CF at begin@tikzpicture{\tikzpicture}%
- \def\CF at end@tikzpicture{\endtikzpicture}%
-\else% fin des d\'efinitions LaTeX
- \CF at def\printatom#1{\ensuremath{\mathrm{#1}}}% \printatom pour LaTeX.
- \def\CF at begin@tikzpicture{\begin{tikzpicture}}%
- \def\CF at end@tikzpicture{\end{tikzpicture}}%
+%------------------------ Chargement simplekv ------------------------
+\unless\ifdefined\skvname
+ \begingroup\def\CFtemp{\endgroup\input simplekv.tex\relax}%
+ \expandafter\CFtemp
\fi
+%-------------------------- Chargement tikz --------------------------
+\unless\ifdefined\tikzpicture
+ \begingroup\def\CFtemp{\endgroup\input tikz.tex\relax}%
+ \expandafter\CFtemp
+\fi
\usetikzlibrary{arrows.meta}
+%-------------------------- R\xE9gime catcodes --------------------------
+\begingroup
+ \def\X#1{\catcode\number`#1=\number\catcode`#1\relax}
+ \xdef\CFrestorecatcode{\X\[\X\]\X\:\X\(\X\)\X\,\X\-\X\=\X\~\X\!\X\?\X\<\X\>\X\;\X\*\X\|\X\@\X\ }%
+\endgroup
+\catcode`\[12 \catcode`\]12 \catcode`\:12 \catcode`\(12
+\catcode`\)12 \catcode`\,12 \catcode`\-12 \catcode`\=12
+\catcode`\~12 \catcode`\!12 \catcode`\?12 \catcode`\<12
+\catcode`\>12 \catcode`\;12 \catcode`\*12 \catcode`\|12
+\catcode`\@11 \catcode`\#6 \catcode`\ 10
+
+%--------------------------- Allocations -----------------------------
\newcount\CF at cnt@atomingroup
\newcount\CF at cnt@groupnumber
\newcount\CF at cnt@atomnumber
\newcount\CF at cnt@cycle
+\newcount\CF at compound@cnt
\newif\ifCF at incycle
\newif\ifCF at cyclearc
@@ -138,158 +86,276 @@
\newif\ifCF at definesubmol
\newif\ifCF at name@dp at adjust
\newif\ifCF at macrofixedbondlength
-\newif\ifCF at globalfixedbondlength
+\newif\ifCF at name@start
+\newif\ifCF at name@end
\newdimen\CF at dim
+\newdimen\CF at arrow@size
\newbox\CF at lewis@box
\newbox\CF at box@boxa
-\newbox\CF at box@boxb
\newbox\CF at stuff@box
-\def\enablefixedbondlength{\global\CF at globalfixedbondlengthtrue}
-\def\disablefixedbondlength{\global\CF at globalfixedbondlengthfalse}
-\disablefixedbondlength
-
-\newwrite\CF at unused
-
-\CF at def\CF at sanitize@catcode{%
- \@makeother\[\@makeother\]\@makeother\:\@makeother\(\@makeother\)%
- \@makeother\,\@makeother\-\@makeother\=\@makeother\~\@makeother\!%
- \@makeother\?\@makeother\<\@makeother\>\@makeother\;\@makeother\*%
- \@makeother\|\@makeother\#\@makeother\@%
+%-------------------------- Petites macros ---------------------------
+\def\CF at quark{\CF at quark}
+\long\def\CF at execfirst#1#2{#1}
+\long\def\CF at execsecond#1#2{#2}
+\long\def\CF at id#1{#1}
+\long\def\CF at gobarg#1{}
+\long\def\CF at gobtwoargs#1#2{}
+\def\CF at firsttonil#1#2\@nil{#1}
+\def\CF at sanitize@lastitem#1,\empty#2\@nil{#1}
+\def\CF at gobtikzinstruction#1;{}
+\def\CF at makeother#1{\catcode`#1=12\relax}
+\def\CF at lettoken#1#2{\let#1= #2}\CF at lettoken\CF at sptoken{ }
+\def\CF at ifx#1#2{\ifx#1#2\expandafter\CF at execfirst\else\expandafter\CF at execsecond\fi}
+\def\CF at ifempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF at execfirst\else\expandafter\CF at execsecond\fi}
+\def\CF at doifempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF at id\else\expandafter\CF at gobarg\fi}
+\def\CF at doifnotempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF at gobarg\else\expandafter\CF at id\fi}
+\def\CF at gobtonil#1\@nil{}
+\edef\CF at hash{\string#}
+\edef\CF at arobas{\string @}
+\def\CF at three@ea{\expandafter\expandafter\expandafter}
+\def\CF at exp@macroarg#1#2{\expandafter#1\expandafter{#2}}
+\def\CF at eexp@macroarg#1#2{\expandafter\expandafter\expandafter#1\expandafter\expandafter\expandafter{#2}}
+\def\CF at exp@twomacroargs#1#2#3{\CF at exp@second{\CF at exp@macroarg#1{#2}}{#3}}
+\def\CF at exp@threemacroargs#1#2#3#4{\CF at exp@second{\CF at exp@twomacroargs#1{#2}{#3}}{#4}}
+\def\CF at swap@arg#1#2{#2{#1}}
+\def\CF at exp@second#1#2{\CF at exp@macroarg\CF at swap@arg{#2}{#1}}% \CF at exp@second<{arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>{*<arg2>}"
+\def\CF at eexp@second#1#2{\CF at eexp@macroarg\CF at swap@arg{#2}{#1}}% \CF at eexp@second{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>{**<arg2>}"
+\def\CF at swap@unarg#1#2{#2#1}
+\def\CF at exp@after#1#2{\CF at exp@macroarg\CF at swap@unarg{#2}{#1}}% \CF at exp@after{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>*<arg2>"
+\def\CF at eexp@after#1#2{\CF at eexp@macroarg\CF at swap@unarg{#2}{#1}}% \CF at eexp@after{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>**<arg2>"
+\def\CF at add@tocs#1#2{\CF at exp@second{\def#1}{#1#2}}
+\def\CF at eadd@tocs#1#2{\CF at exp@second{\CF at add@tocs#1}{#2}}\let\CF at expadd@tocs\CF at eadd@tocs
+\def\CF at preadd@tocs#1#2{\CF at exp@second{\CF at preadd@tocs at a#1{#2}}#1}
+\def\CF at preadd@tocs at a#1#2#3{\def#1{#2#3}}
+\def\CF at edefadd@tocs#1#2{%
+ \edef\CF at tmp@str{#2}%
+ \CF at exp@second{\CF at add@tocs#1}{\CF at tmp@str}%
}
-
-\CF at def\CF at if@integer#1{%
+\long\def\CF at ifnextchar#1#2#3{%
+ \let\CF at ifnextchar@tok=#1
+ \def\CF at ifnextchar@codetrue{#2}%
+ \def\CF at ifnextchar@codefalse{#3}%
+ \futurelet\CF at temptok\CF at ifnextchar@i}
+\def\CF at ifnextchar@i{%
+ \CF at ifx\CF at temptok\CF at sptoken
+ \CF at ifnextchar@ii
+ {\CF at ifx\CF at temptok\CF at ifnextchar@tok\CF at ifnextchar@codetrue\CF at ifnextchar@codefalse}%
+}
+\expandafter\def\expandafter\CF at ifnextchar@ii\space{\futurelet\CF at temptok\CF at ifnextchar@i}
+\def\CF at ifstar#1{\CF at ifnextchar*{\CF at execfirst{#1}}}
+\long\def\CF at testopt#1#2{\CF at ifnextchar[{#1}{#1[{#2}]}}
+\def\CF at error#1{\errmessage{Package \CFname\space Error: #1.}}
+\def\CF at warning#1{\immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: #1^^J}}
+\def\CF at if@integer#1{%
\begingroup
\afterassignment\CF at after@integer
\CF at cnt@cycle0#1\relax
}
-
-\CF at def\CF at after@integer#1\relax{%
+\def\CF at after@integer#1\relax{%
\endgroup
\CF at ifempty{#1}%
}
-
-\CF at def\CF at ifx#1#2{\ifx#1#2\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi}
-
-\CF at def\CF at ifempty#1{\ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi}
-
-\CF at def\CF at doifempty#1{\ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@firstofone\else\expandafter\@gobble\fi}
-
-\CF at def\CF at doifnotempty#1{\ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@gobble\else\expandafter\@firstofone\fi}
-
-\CF at def\CF at gobtonil#1\@nil{}
-
-\edef\CF at hash{\string#}
-
-\edef\CF at arobas{\string @}
-
-\CF at def\CF at three@ea{\expandafter\expandafter\expandafter}
-
-\CF at def\CF at exp@macroarg#1#2{\expandafter#1\expandafter{#2}}
-
-\CF at def\CF at twoexp@macroarg#1#2{\expandafter\expandafter\expandafter#1\expandafter\expandafter\expandafter{#2}}
-
-\CF at def\CF at exp@twomacroargs#1#2#3{\CF at exp@second{\CF at exp@macroarg#1{#2}}{#3}}
-
-\CF at def\CF at exp@threemacroargs#1#2#3#4{\CF at exp@second{\CF at exp@twomacroargs#1{#2}{#3}}{#4}}
-
-\CF at def\CF at swap@arg#1#2{#2{#1}}
-
-\CF at def\CF at exp@second#1#2{\CF at exp@macroarg\CF at swap@arg{#2}{#1}}% \CF at exp@second<{arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>{*<arg2>}"
-
-\CF at def\CF at twoexp@second#1#2{\CF at twoexp@macroarg\CF at swap@arg{#2}{#1}}% \CF at twoexp@second{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>{**<arg2>}"
-
-\CF at def\CF at swap@unarg#1#2{#2#1}
-
-\CF at def\CF at exp@after#1#2{\CF at exp@macroarg\CF at swap@unarg{#2}{#1}}% \CF at exp@after{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>*<arg2>"
-
-\CF at def\CF at twoexp@after#1#2{\CF at twoexp@macroarg\CF at swap@unarg{#2}{#1}}% \CF at twoexp@after{<arg1>}{<arg2>} donne "<arg1>**<arg2>"
-
-\CF at def\CF at edef@second#1#2{%
- \edef\CF at tmp@str{#2}%
- \CF at exp@macroarg\CF at swap@unarg{\CF at tmp@str}{#1}%
-}
-
-\CF at def\CF at add@tocs#1#2{\CF at exp@second{\def#1}{#1#2}}
-
-\CF at def\CF at expadd@tocs#1#2{\CF at exp@second{\CF at add@tocs#1}{#2}}
-
-\CF at def\CF at edefadd@tocs#1#2{%
- \edef\CF at tmp@str{#2}%
- \CF at exp@second{\CF at add@tocs#1}{\CF at tmp@str}%
-}
-
-\CF at def\CF at if@firsttokmatch#1#2{% est ce que #1 et #2 commencent par les m\^emes tokens ?
+\def\CF at if@firsttokmatch#1#2{% est ce que #1 et #2 commencent par les m\xEAmes tokens ?
\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\relax\@nil
\futurelet\CF at toks@b\CF at gobtonil#2\relax\@nil
\CF at ifx\CF at toks@a\CF at toks@b
}
-
-\CF at def\CF at if@firsttokin#1{% teste si le token qui commence #1 appartient aux tokens mis dans #2
+\def\CF at if@firsttokin#1{% teste si le token qui commence #1 appartient aux tokens mis dans #2
\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\relax\@nil
\CF at if@firsttokin at a
}
-
-\CF at def\CF at if@firsttokin at a#1{%
+\def\CF at if@firsttokin at a#1{%
\CF at ifempty{#1}
- \@secondoftwo
+ \CF at execsecond
{\futurelet\CF at toks@b\CF at gobtonil#1\relax\@nil
\CF at ifx\CF at toks@a\CF at toks@b
- \@firstoftwo
- {\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokin at a{\@gobble#1}}%
+ \CF at execfirst
+ {\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokin at a{\CF at gobarg#1}}%
}%
}
-
-\CF at def\CF at if@instr#1#2{%
- \def\CF at if@instr at a##1#2##2\@nil{\ifx\@empty##2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}%
+\def\CF at if@instr#1#2{%
+ \def\CF at if@instr at a##1#2##2\@nil{\ifx\empty##2\empty\expandafter\CF at execsecond\else\expandafter\CF at execfirst\fi}%
\CF at if@instr at a#1\@@nil#2\@nil
}
+\def\CF at after@space#1 #2\@nil{#2}
+\def\CF at valuetomacro#1[#2]#3{% #1= macro #2=valeur d\xE9faut #3=cl\xE9
+ \CF at eexp@second{\def#1}{\useKV[chemfig]{#3}}%
+ \ifx#1\empty\def#1{#2}\fi
+}
-\CF at def\CF at after@space#1 #2\@nil{#2}
-
-\CF at def\CF at node@content{\expandafter\printatom\expandafter{\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\CF at node@strut}}
-
-\CF at def\chemskipalign{%
- \CF at doifempty\CF at bond@outcontentsaved% sauf si un \chemskipalign a \'et\'e fait \`a l'atome pr\'ec\'edent
- {\global\let\CF at bond@outcontentsaved\CF at bond@outcontent}% sauvegarder l'atome d'o\`u vient la liaison
- \let\CF at node@strut\@empty
+%---------------------------- Param\xE8tres -----------------------------
+\def\setchemfig{\setKV[chemfig]}
+\def\resetchemfig{%
+ \setKVdefault[chemfig]{%
+ atom style ={},% code tikz mis \xE0 la fin de every node/.style
+ chemfig style ={},% code tikz mis \xE0 la fin de l'arugment optionnel de \tikzpicture
+ bond join =false,
+ fixed length =false,
+ cram rectangle =false,
+ cram width =1.5ex,
+ cram dash width =1pt,
+ cram dash sep =2pt,
+ atom sep =3em,
+ bond offset =2pt,
+ double bond sep =2pt,
+ angle increment =45,
+ node style ={},
+ bond style ={},
+ lewis | width =0.3ex,
+ lewis sep =0.4ex,
+ lewis length =1.5ex,
+ lewis style ={},
+ lewis dist =0.3em,
+ lewis radius =0.15ex,% [nouveau] rayon des disques
+ cycle radius coeff =0.75,% [nouveau] coeff du rayon du cercle dans les cycles
+ stack sep =1.5pt,
+ scheme debug =false,
+ compound style ={},
+ compound sep =5em,
+ arrow offset =4pt,
+ arrow angle =0,
+ arrow coeff =1,
+ arrow style ={},
+ arrow double sep =2pt,% [nouveau] espacement entre les doubles fleches
+ arrow double coeff =0.6,% [nouveau] coefficient de la petite fleche par rapport \xE0 la grande
+ arrow double harpoon=true,% [nouveau] fleche double forme harpon ou pas
+ arrow label sep =3pt,
+ arrow head =-CF,% [nouveau] style de bout de fleche
+ + sep left =0.5em,
+ + sep right =0.5em,
+ + vshift =0pt,
+ }%
}
+\resetchemfig
-\CF at def\CF at empty@node{{}}
-
-\CF at def\CF at cycle@inraduiscoeff{0.75}% coeff multiplicateur du rayon des arcs dans les cycles
-
-\CF at def\CF at donoclip#1;{}
-\CF at def\setcrambond{%
- \@ifstar
- {\let\CF at clipcramornot\CF at donoclip\CF at setcrambond}
- {\def\CF at clipcramornot{\clip}\CF at setcrambond}%
+\def\CF at warningdeprecated#1{\CF at warning{The macro \string#1 is deprecated. Please, use \string\setchemfig}}
+\def\setcrambond{%
+ \CF at warningdeprecated\setcrambond
+ \CF at ifstar
+ {\setchemfig{cram rectangle=true }\CF at setcrambond}
+ {\setchemfig{cram rectangle=false}\CF at setcrambond}%
}
-\CF at def\CF at setcrambond#1#2#3{%
- \CF at ifempty{#1}{\def\CF at cram@basewidth{1.5ex}}{\def\CF at cram@basewidth{#1}}%
- \CF at ifempty{#2}{\def\CF at cram@dashlength{1pt}}{\def\CF at cram@dashlength{#2}}%
- \CF at ifempty{#3}{\def\CF at cram@dashsep{2pt}}{\def\CF at cram@dashsep{#3}}%
+\def\CF at setcrambond#1#2#3{\setchemfig{cram width=#1,cram dash width=#2,cram dash sep=#3}}
+\def\setatomsep#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setatomsep
+ \setchemfig{atom sep=#1}%
}
-\setcrambond{}{}{}
+\def\setbondoffset#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setbondoffset
+ \setchemfig{bond offset=#1}%
+}
+\def\setdoublesep#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setdoublesep
+ \setchemfig{double bond sep=#1}%
+}
+\def\setangleincrement#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setangleincrement
+ \setchemfig{angle increment=#1}%
+}
+\def\enablefixedbondlength{%
+ \CF at warningdeprecated\enablefixedbondlength
+ \setchemfig{fixed length=true}%
+}
+\def\disablefixedbondlength{%
+ \CF at warningdeprecated\disablefixedbondlength
+ \setchemfig{fixed length=false}%
+}
+\def\setnodestyle#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setnodestyle
+ \setchemfig{node style={#1}}%
+}
+\def\setbondstyle#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setbondstyle
+ \setchemfig{bond style={#1}}%
+}
+\def\setlewis{%
+ \CF at warningdeprecated\setlewis
+ \CF at testopt\CF at setlewis{0.3ex}%
+}
+\def\CF at setlewis[#1]#2#3#4{\setchemfig{lewis | width=#1,lewis sep=#2,lewis length=#3,lewis style={#4}}}
+\def\setlewisdist#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setlewisdist
+ \setchemfig{lewis dist=#1}%
+}
+\def\setstacksep#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setstacksep
+ \setchemfig{stack sep=#1}%
+}
+\def\setcompoundstyle#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setcompoundstyle
+ \setnodestyle\setchemfig{compound style={#1}}%
+}
+\def\CF at setdefault@a#1,#2,#3\@nil#4#5#6{%
+ \setchemfig{#4=#1}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#2\relax}
+ {\setchemfig{#5={},#6={}}}%
+ {\setchemfig{#5={#2}}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#3\relax}
+ {\setchemfig{#6={}}}%
+ {\CF at setdefault@b#3\@nil{#6}}%
+ }%
+}
+\def\CF at setdefault@b#1,\CF at quark#2\@nil#3{\setchemfig{#3={#1}}}
+\def\setarrowdefault#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setarrowdefault
+ \CF at setdefault@a#1,\CF at quark,\CF at quark\@nil{arrow angle}{arrow coeff}{arrow style}%
+}
+\def\setandsign#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setandsign
+ \CF at setdefault@a#1,\CF at quark,\CF at quark\@nil{+ sep left}{+ sep right}{+ vshift}%
+}
+\def\setarrowoffset#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setarrowoffset
+ \setchemfig{arrow offset=#1}%
+}
+\def\setcompoundsep#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setcompoundsep
+ \setchemfig{compound sep=#1}%
+}
+\def\setarrowlabelsep#1{%
+ \CF at warningdeprecated\setarrowlabelsep
+ \setchemfig{arrow label sep=#1}%
+}
+\def\enablebondjoin{%
+ \CF at warningdeprecated\enablebondjoin
+ \setchemfig{bond join=true}%
+}
+\def\disablebondjoin{%
+ \CF at warningdeprecated\disablebondjoin
+ \setchemfig{bond join=false}%
+}
+\def\schemedebug#1{%
+ \CF at warningdeprecated\schemedebug
+ \setchemfig{scheme debug=#1}%
+}
-\CF at def\setatomsep{\def\CF at atom@sep}% espacement des atomes li\'es
-\setatomsep{}
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%% D E S S I N M O L \xC9 C U L E S %%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\def\CF at sanitize@catcode{%
+ \CF at makeother\[\CF at makeother\]\CF at makeother\:\CF at makeother\(\CF at makeother\)%
+ \CF at makeother\,\CF at makeother\-\CF at makeother\=\CF at makeother\~\CF at makeother\!%
+ \CF at makeother\?\CF at makeother\<\CF at makeother\>\CF at makeother\;\CF at makeother\*%
+ \CF at makeother\|\CF at makeother\#\CF at makeother\@%
+}
-\CF at def\setbondoffset{\def\CF at bond@offset}% offset des liaisons
-\setbondoffset{2pt}
+\def\CF at node@content{\expandafter\printatom\expandafter{\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\CF at node@strut}}
-\CF at def\setdoublesep{\def\CF at double@sep}
-\setdoublesep{2pt}
+\def\chemskipalign{%
+ \CF at doifempty\CF at bond@outcontentsaved% sauf si un \chemskipalign a \xE9t\xE9 fait \xE0 l'atome pr\xE9c\xE9dent
+ {\global\let\CF at bond@outcontentsaved\CF at bond@outcontent}% sauvegarder l'atome d'o\xF9 vient la liaison
+ \let\CF at node@strut\empty
+}
-\CF at def\setangleincrement{\def\CF at angle@increment}
-\setangleincrement{45}% valeur par d\'efaut
+\def\CF at empty@node{{}}
-\CF at def\definesubmol{\CF at definesubmoltrue\CF at def@submol}
-\CF at def\redefinesubmol{\CF at definesubmolfalse\CF at def@submol}
+\def\definesubmol{\CF at definesubmoltrue\def at submol}
+\def\redefinesubmol{\CF at definesubmolfalse\def at submol}
-\CF at def\CF at def@submol#1{%
+\def\def at submol#1{%
\begingroup
\def\CF at tmp@str{#1}%
\catcode`[\@ne\catcode`]\tw@
@@ -296,50 +362,50 @@
\futurelet\CF at toks@a\CF at test@nxttok
}
-\CF at def\CF at test@nxttok{%
- \if[\noexpand\CF at toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+\def\CF at test@nxttok{%
+ \if[\noexpand\CF at toks@a\expandafter\CF at execfirst\else\expandafter\CF at execsecond\fi
{\CF at exp@macroarg\CF at grab@optalias{\CF at tmp@str}}%
{\CF at exp@second{%
\endgroup
\begingroup
\CF at sanitize@catcode
- \CF at def@submol at a
+ \def at submol@a
}\CF at tmp@str{}%
}%
}
-\CF at def\CF at grab@optalias#1#2{%
+\def\CF at grab@optalias#1#2{%
\endgroup
\begingroup
- \everyeof{\@nil}\endlinechar\m at ne
+ \everyeof{\@nil}\endlinechar-1
\CF at sanitize@catcode
\expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at tmp@str\scantokens{#2}%
\CF at exp@second{%
\CF at sanitize@catcode
- \CF at def@submol at a{#1}%
+ \def at submol@a{#1}%
}\CF at tmp@str
}
-\CF at def\CF at def@submol at a#1#2#3{% #1 nom, #2 = code si liaison arrive de droite , #3 = code si liaison arrive de gauche
+\def\def at submol@a#1#2#3{% #1 nom, #2 = code si liaison arrive de droite , #3 = code si liaison arrive de gauche
\endgroup
- \ifcat\relax\expandafter\noexpand\@car#1\@nil% si #1 est une s\'equence de contr\^ole
- \expandafter\ifdefined\@car#1\@nil
+ \ifcat\relax\expandafter\noexpand\CF at firsttonil#1\@nil% si #1 est une s\xE9quence de contr\xF4le
+ \expandafter\ifdefined\CF at firsttonil#1\@nil
\ifCF at definesubmol
- \immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: the macro \expandafter\string\@car#1\@nil\space is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}%
+ \immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: the macro \expandafter\string\CF at firsttonil#1\@nil\space is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}%
\fi
\fi
\CF at ifempty{#2}%
- {\CF at exp@second{\expandafter\def\@car#1\@nil}{\expandafter\@empty\romannumeral-`\.\noexpand#3}}
- {\expandafter\def\@car#1\@nil{%
+ {\CF at exp@second{\expandafter\def\CF at firsttonil#1\@nil}{\expandafter\empty\romannumeral-`\.\noexpand#3}}
+ {\expandafter\def\CF at firsttonil#1\@nil{%
\romannumeral-`\.%
\ifdim\CF at current@angle pt>90pt
\ifdim\CF at current@angle pt<270pt
- \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF at execfirst
\else
- \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF at execsecond
\fi
\else
- \expandafter\@secondoftwo
+ \expandafter\CF at execsecond
\fi
{\noexpand#2}{\noexpand#3}}%
}%
@@ -346,21 +412,21 @@
\else
\ifcsname CF@@#1\endcsname
\ifCF at definesubmol
- \immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning:the submol "#1" is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}%
+ \immediate\write-1{Package \CFname\space Warning:the submol "#1" is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}%
\fi
\fi
\CF at ifempty{#2}%
- {\CF at exp@second{\expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname}{\expandafter\@empty\romannumeral-`\.\noexpand#3}}
+ {\CF at exp@second{\expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname}{\expandafter\empty\romannumeral-`\.\noexpand#3}}
{\expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{%
\romannumeral-`\.%
\ifdim\CF at current@angle pt>90pt
\ifdim\CF at current@angle pt<270pt
- \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF at execfirst
\else
- \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF at execsecond
\fi
\else
- \expandafter\@secondoftwo
+ \expandafter\CF at execsecond
\fi
{\noexpand#2}{\noexpand#3}}%
}%
@@ -367,17 +433,17 @@
\fi
}
-\CF at def\CF at seek@node#1#2#3{% cherche un noeud au d\'ebut de #1 l'assigne dans la sc #2 et met le reste dans #3
- \let#2\@empty
+\def\CF at seek@node#1#2#3{% cherche un noeud au d\xE9but de #1 l'assigne dans la sc #2 et met le reste dans #3
+ \let#2\empty
\def#3{#1}%
\CF at if@firsttokmatch{#1}{ }%
- {\CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\romannumeral-`\.\noexpand#1}#2#3}% ignore les espaces au d\'ebut du groupe d'atome
+ {\CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\romannumeral-`\.\noexpand#1}#2#3}% ignore les espaces au d\xE9but du groupe d'atome
{\CF at seek@node at a{#1}#2#3}%
}
-\CF at def\CF at seek@node at a#1#2#3{%
+\def\CF at seek@node at a#1#2#3{%
\CF at ifempty{#1}%
- {\let#3\@empty}
+ {\let#3\empty}
{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\relax\@nil
\CF at ifx\CF at toks@a\@sptoken
{\CF at add@tocs#2{ }%
@@ -384,13 +450,13 @@
\CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\CF at after@space#1\@nil}#2#3%
}%
{\CF at ifx\CF at toks@a\bgroup
- {\CF at expadd@tocs#2{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\@gobble#1}#2#3%
+ {\CF at eadd@tocs#2{\expandafter{\CF at firsttonil#1\@nil}}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\CF at gobarg#1}#2#3%
}%
{\CF at if@firsttokin at a{-=(*<>!~}%
{\def#3{#1}}%
- {\CF at expadd@tocs#2{\@car#1\@nil}%
- \CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\@gobble#1}#2#3%
+ {\CF at eadd@tocs#2{\CF at firsttonil#1\@nil}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at seek@node at a{\CF at gobarg#1}#2#3%
}%
}%
}%
@@ -398,8 +464,8 @@
}
% on sait que #1 commence par -,=,~,<,>. On analyse cette liaison
-% #2 reçoit le type de liaisons (1 pour -, 2 pour =, 3 pour ~)
-\CF at def\CF at bond@findcode#1#2{%
+% #2 re\xE7oit le type de liaisons (1 pour -, 2 pour =, 3 pour ~)
+\def\CF at bond@findcode#1#2{%
\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\@nil
\edef#2{%
\ifx-\CF at toks@a1\else
@@ -406,24 +472,21 @@
\ifx=\CF at toks@a2\else
\ifx~\CF at toks@a3\else
\ifx>\CF at toks@a4\else
- \ifx<\CF at toks@a5\else0% si 0 --> il y a une erreur non due \`a l'utilisateur
+ \ifx<\CF at toks@a5\else0% si 0 --> il y a une erreur non due \xE0 l'utilisateur
\fi\fi\fi\fi\fi}%
\ifnum#2>\thr@@% si c'est une liaison de Cram
- \CF at exp@after{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil}{\@gobble#1\@nil}% chope le caract\`ere suivant
+ \CF at exp@after{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil}{\CF at gobarg#1\@nil}% chope le caract\xE8re suivant
\CF at ifx:\CF at toks@a
- {\edef#2{\number\numexpr#2+2}}% si c 'est un ":", signe du pointill\'e, ajoute 2
- {\ifx|\CF at toks@a
- \edef#2{\number\numexpr#2+4}% si c 'est un "|", signe du triangle \'evid\'e, ajouter 4
- \fi
- }%
+ {\edef#2{\number\numexpr#2+2}}% si c 'est un ":", signe du pointill\xE9, ajoute 2
+ {\CF at ifx|\CF at toks@a{\edef#2{\number\numexpr#2+4}}{}}% si c 'est un "|", signe du triangle \xE9vid\xE9, ajouter 4
\fi
}
-\CF at def\CF at analyse@bondoffset#1,#2\@nil{%
+\def\CF at analyse@bondoffset#1,#2\@nil{%
\def\CF at start@offset{#1}\def\CF at end@offset{#2}%
}
-\CF at def\CF at grab@bondoffset#1(#2)#3\@nil{%
+\def\CF at grab@bondoffset#1(#2)#3\@nil{%
\CF at doifnotempty{#2}%
{\CF at if@instr{#2},%
{\CF at analyse@bondoffset#2\@nil}%
@@ -432,24 +495,24 @@
\def\CF at remain@afterbond{#3}%
}
-\CF at def\CF at analyse@bond#1#2{%
+\def\CF at analyse@bond#1#2{%
\CF at bond@findcode{#1}#2%
- \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\@gobble#1}%mange le premier signe de la liaison
+ \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\CF at gobarg#1}%mange le premier signe de la liaison
\let\CF at doublebond@type\z@
- \ifnum#2=\tw@% si c'est une double liaison, regarde s'il y a un + ou - derri\`ere
- \CF at exp@after{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil}{\@gobble#1\@nil}%
+ \ifnum#2=\tw@% si c'est une double liaison, regarde s'il y a un + ou - derri\xE8re
+ \CF at exp@after{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil}{\CF at gobarg#1\@nil}%
\CF at ifx^\CF at toks@a
{\let\CF at doublebond@type\@ne
- \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\@gobbletwo#1}% mange le "^"
+ \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\CF at gobtwoargs#1}% mange le "^"
}
{\ifx_\CF at toks@a
\let\CF at doublebond@type\tw@
- \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\@gobbletwo#1}% mange le "_"
+ \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\CF at gobtwoargs#1}% mange le "_"
\fi
}%
\else
- \ifnum#2>5 % si c'est une laision de Cram pointill\'ee ou triangle \'evid\'e
- \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\@gobbletwo#1}% mange un caract\`ere de plus
+ \ifnum#2>5 % si c'est une laision de Cram pointill\xE9e ou triangle \xE9vid\xE9
+ \CF at exp@second{\def\CF at remain@afterbond}{\CF at gobtwoargs#1}% mange un caract\xE8re de plus
\fi
\fi
\CF at exp@twomacroargs\CF at if@firsttokmatch\CF at remain@afterbond\CF at hash%
@@ -460,30 +523,30 @@
{}%
\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\CF at remain@afterbond}[%
{\expandafter\CF at analyse@optarg\CF at remain@afterbond\@nil\CF at remain@afterbond}%
- {\let\CF at current@stringangle\CF at default@stringangle
- \let\CF at current@length\CF at default@length
- \let\CF at current@fromatom\CF at default@fromatom
- \let\CF at current@toatom\CF at default@toatom
- \let\CF at current@tikz\CF at default@tikz
- \let\CF at movebond@name\@empty
+ {\let\CF at current@stringangle\default at stringangle
+ \let\CF at current@length\default at length
+ \let\CF at current@fromatom\default at fromatom
+ \let\CF at current@toatom\default at toatom
+ \let\CF at current@tikz\default at tikz
+ \let\CF at movebond@name\empty
}%
\ifCF at incycle
\pgfmathsetmacro\CF at cycle@increment at angle{360/\CF at cycle@num+\CF at initcycle@angle}%
\edef\CF at current@stringangle{::+\CF at cycle@increment at angle}%
\def\CF at initcycle@angle{0}%
- \let\CF at current@length\CF at default@length% et on ignore la longueur de liaison sp\'ecifi\'ee
+ \let\CF at current@length\default at length% et on ignore la longueur de liaison sp\xE9cifi\xE9e
\fi
\CF at exp@macroarg\CF at set@bondangle{\CF at current@stringangle}\CF at current@angle
}
-\CF at def\CF at set@bondangle#1#2{% le code de la direction est contenu dans #1, en sortie, #2 contient l'angle
+\def\CF at set@bondangle#1#2{% le code de la direction est contenu dans #1, en sortie, #2 contient l'angle
\CF at ifempty{#1}%
- {\let#2\CF at default@angle}
- {\if:\expandafter\noexpand\@car#1\@nil
- \if:\CF at three@ea\noexpand\expandafter\@car\@gobble#1\@nil
- \pgfmathsetmacro#2{\CF at previous@angle+\expandafter\@gobble\@gobble#1}%
+ {\let#2\default at angle}
+ {\if:\expandafter\noexpand\CF at firsttonil#1\@nil
+ \if:\CF at three@ea\noexpand\expandafter\CF at firsttonil\CF at gobarg#1\@nil
+ \pgfmathsetmacro#2{\CF at previous@angle+\expandafter\CF at gobarg\CF at gobarg#1}%
\else
- \pgfmathsetmacro#2{\@gobble#1}%
+ \pgfmathsetmacro#2{\CF at gobarg#1}%
\fi
\else
\pgfmathsetmacro#2{#1*\CF at angle@increment}%
@@ -493,15 +556,15 @@
}%
}
-\CF at def\CF at int@part#1.#2\@nil{#1 }
+\def\CF at int@part#1.#2\@nil{#1 }
-\CF at def\CF at analyse@movearg#1,#2\@nil#3{%
+\def\CF at analyse@movearg#1,#2\@nil#3{%
\def#3{#1}\def\CF at movebond@coeff{#2}%
}
-% Argument limit\'es l\'egitimes ici car #2 (qui est ce qui suit "@{<nom>}" dans l'argument optionnel) ne DOIT
+% Argument limit\xE9s l\xE9gitimes ici car #2 (qui est ce qui suit "@{<nom>}" dans l'argument optionnel) ne DOIT
% pas commencer par une accolade.
-\expandafter\CF at def\expandafter\CF at grab@movearg\CF at arobas#1#2\@nil{%
+\expandafter\def\expandafter\CF at grab@movearg\CF at arobas#1#2\@nil{%
\CF at if@instr{#1},%
{\CF at analyse@movearg#1\@nil\CF at movebond@name}%
{\def\CF at movebond@name{#1}\def\CF at movebond@coeff{0.5}}%
@@ -508,84 +571,109 @@
\def\CF at remain@optarg{#2}%
}
-\CF at def\CF at testempty@andassign#1#2#3{\CF at ifempty{#2}{\let#1#3}{\def#1{#2}}}
+\def\CF at testempty@andassign#1#2#3{\CF at ifempty{#2}{\let#1#3}{\def#1{#2}}}
-\CF at def\CF at sanitize@lastitem#1,\@empty#2\@nil{#1}
-
-\CF at def\CF at parse@optlist#1,#2,#3,#4,#5\@nil{%
- \CF at testempty@andassign\CF at current@stringangle{#1}\CF at default@stringangle
- \CF at testempty@andassign\CF at current@length{#2}\CF at default@length
- \CF at testempty@andassign\CF at current@fromatom{#3}\CF at default@fromatom
- \CF at testempty@andassign\CF at current@toatom{#4}\CF at default@toatom
- \expandafter\CF at testempty@andassign\expandafter\CF at current@tikz\expandafter{\CF at sanitize@lastitem#5,\@empty\@nil}\CF at default@tikz
+\def\CF at parse@optlist#1,#2,#3,#4,#5\@nil{%
+ \CF at testempty@andassign\CF at current@stringangle{#1}\default at stringangle
+ \CF at testempty@andassign\CF at current@length{#2}\default at length
+ \CF at testempty@andassign\CF at current@fromatom{#3}\default at fromatom
+ \CF at testempty@andassign\CF at current@toatom{#4}\default at toatom
+ \expandafter\CF at testempty@andassign\expandafter\CF at current@tikz\expandafter{\CF at sanitize@lastitem#5,\empty\@nil}\default at tikz
}%
-\CF at def\CF at analyse@optarg[#1]#2\@nil#3{%
+\def\CF at analyse@optarg[#1]#2\@nil#3{%
\CF at doifnotempty{#1}%
{\CF at exp@after{\CF at if@firsttokmatch{#1}}{\CF at arobas}%
{\CF at grab@movearg#1\@nil}%
- {\let\CF at movebond@name\@empty
+ {\let\CF at movebond@name\empty
\def\CF at remain@optarg{#1}%
}%
- \expandafter\CF at parse@optlist\CF at remain@optarg,\@empty,\@empty,\@empty,\@empty\@nil
+ \expandafter\CF at parse@optlist\CF at remain@optarg,\empty,\empty,\empty,\empty\@nil
\def#3{#2}%
}%
}
-\CF at def\CF at seek@submol{%
+\def\CF at seek@submol{%
\CF at exp@second{\def\CF at remain@molecule}{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF at remain@molecule}%
\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\CF at remain@molecule}!%
- {\CF at twoexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\expandafter\@gobble\CF at remain@molecule}% enl\`eve le "!"
- \ifx\empty\CF at remain@molecule\errmessage{Package \CF at package@name\space Error: no submol name found after "!"}\fi
- \ifcat\relax\CF at three@ea\noexpand\expandafter\@car\CF at remain@molecule*\@nil
- \CF at twoexp@second{\CF at twoexp@second{\def\CF at insert@submol}}{\expandafter\@car\CF at remain@molecule\@nil}%
+ {\CF at eexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\expandafter\CF at gobarg\CF at remain@molecule}% enl\xE8ve le "!"
+ \CF at ifx\empty\CF at remain@molecule{\errmessage{Package \CFname\space Error: no submol name found after "!"}}{}%
+ \ifcat\relax\CF at three@ea\noexpand\expandafter\CF at firsttonil\CF at remain@molecule*\@nil
+ \CF at eexp@second{\CF at eexp@second{\def\CF at insert@submol}}{\expandafter\CF at firsttonil\CF at remain@molecule\@nil}%
\else
- \CF at exp@second{\CF at twoexp@second{\def\CF at insert@submol}}{\csname CF@@\expandafter\@car\CF at remain@molecule\@nil\endcsname}%
+ \CF at exp@second{\CF at eexp@second{\def\CF at insert@submol}}{\csname CF@@\expandafter\CF at firsttonil\CF at remain@molecule\@nil\endcsname}%
\fi
- \CF at twoexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\csname CF at insert@submol\CF at three@ea\endcsname\csname @gobble\expandafter\endcsname\CF at remain@molecule}%
+ \CF at eexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\csname CF at insert@submol\CF at three@ea\endcsname\csname @gobble\expandafter\endcsname\CF at remain@molecule}%
\CF at seek@submol
}%
{}%
}
-\CF at def\CF at insert@emptygroup#1{% ins\`ere {} au d\'ebut de la sc #1
+\def\CF at insert@emptygroup#1{% ins\xE8re {} au d\xE9but de la sc #1
\CF at exp@second{\def#1}{\expandafter{\expandafter}#1}%
}
-\CF at def\chemfig{\@ifstar{\CF at macrofixedbondlengthtrue\CF at chemfig@a}{\CF at macrofixedbondlengthfalse\CF at chemfig@a}}
+\def\chemfig{%
+ \CF at ifstar
+ {\CF at warning{Do not use star \string\chemfig\space but set the key "fixed lengths"}%
+ \CF at macrofixedbondlengthtrue\CF at chemfig@a
+ }
+ {\ifboolKV[chemfig]{fixed length}
+ \CF at macrofixedbondlengthtrue
+ \CF at macrofixedbondlengthfalse
+ \CF at chemfig@a}%
+}
-\CF at def\CF at chemfig@a{\ifCF at globalfixedbondlength\CF at macrofixedbondlengthtrue\fi\@testopt\CF at chemfig@b{}}
+\def\CF at chemfig@a{\CF at testopt\CF at chemfig@b{}}
-\CF at def\CF at chemfig@b[#1]{\@testopt{\CF at chemfig@c[#1]}{}}
+\def\CF at chemfig@b[#1]{\CF at testopt{\CF at chemfig@c[#1]}{}}
-\CF at def\CF at chemfig@c[#1][#2]{%
- \edef\CF at tmp@str{[remember picture,every node/.style={anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@\ifx\@empty#2\@empty\else,#2\fi},baseline\ifx\@empty#1\@empty\else,#1\fi]}%
+\def\CF at chemfig@c[#1][#2]{%
+ \if\relax\detokenize{#1#2}\relax\else
+ \CF at warning{Do not use optional arguments but set the keys "tikz node style" and "tikz code"}%
+ \fi
+ \edef\CF at tmp@str{[remember picture,every node/.style={anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@,\ifx\empty#2\empty\useKV[chemfig]{atom style}\else#2\fi},baseline,\ifx\empty#1\empty\useKV[chemfig]{chemfig style}\else#1\fi]}%
\CF at exp@threemacroargs\CF at chemfig@d\CF at begin@tikzpicture\CF at tmp@str\CF at end@tikzpicture
}
-\CF at def\CF at chemfig@d#1#2#3#4{%
+\def\CF at chemfig@d#1#2#3#4{%
#1#2%
\begingroup
- \let\CF at hook@list\@empty
- \CF at doifempty\CF at atom@sep{\def\CF at atom@sep{3em}}%
- \CF at doifempty\CF at cram@basewidth{\def\CF at cram@basewidth{1.5ex}}%
+ \let\CF at hook@list\empty
+ \ifboolKV[chemfig]{bond join}
+ {\let\CF at draw@axisbond\CF at draw@axisbond at join}
+ {\let\CF at draw@axisbond\CF at draw@axisbond at nojoin}%
+ \ifboolKV[chemfig]{cram rectangle}
+ {\let\CF at clipcramornot\CF at gobtikzinstruction}
+ {\let\CF at clipcramornot\clip}%
+ \CF at valuetomacro\CF at cram@basewidth[1.5ex]{cram width}%
+ \CF at valuetomacro\CF at cram@dashlength[1pt]{cram dash width}%
+ \CF at valuetomacro\CF at cram@dashsep[2pt]{cram dash sep}%
+ \CF at valuetomacro\CF at atom@sep[3em]{atom sep}% espacement des atomes li\xE9s
+ \CF at valuetomacro\CF at bond@offset[2pt]{bond offset}%
+ \CF at valuetomacro\CF at double@sep[2pt]{double bond sep}%
+ \CF at valuetomacro\CF at angle@increment[45]{angle increment}%
+ \CF at valuetomacro\CF at node@style[]{node style}%
+ \CF at valuetomacro\CF at bond@style[]{bond style}%
+ \CF at valuetomacro\CF at stacksep[1.5pt]{stack sep}%
+ \CF at valuetomacro\CF at cycle@inraduiscoeff[0.75]{cycle radius coeff}% coeff multiplicateur du rayon des arcs dans les cycles
\CF at incyclefalse
\CF at cnt@groupnumber\z@
- \let\CF at last@action\z@% 0=d\'ebut du dessin 1=trac\'e d'un noeud 2=trac\'e d'une liaison
- \let\CF at start@offset\@empty
- \let\CF at end@offset\@empty
- \let\CF at bond@outcontentsaved\@empty
+ \let\CF at last@action\z@% 0=d\xE9but du dessin 1=trac\xE9 d'un noeud 2=trac\xE9 d'une liaison
+ \let\CF at start@offset\empty
+ \let\CF at end@offset\empty
+ \let\CF at bond@outcontentsaved\empty
\def\CF at cycle@anglecorrection{180/\CF at cycle@num}%
- \def\CF at default@angle{0}%
- \def\CF at default@stringangle{:0}% angle pris par d\'efaut si le champ est vide
- \def\CF at default@length{1}%
- \let\CF at default@fromatom\@empty% numero de l'atome d'o\`u partent les liaisons par d\'efaut
- \let\CF at default@toatom\@empty% num\'ero de l'atome o\`u arrivent les laisons par d\'efaut
- \let\CF at default@tikz\@empty
+ \def\default at angle{0}%
+ \def\default at stringangle{:0}% angle pris par d\xE9faut si le champ est vide
+ \def\default at length{1}%
+ \let\default at fromatom\empty% numero de l'atome d'o\xF9 partent les liaisons par d\xE9faut
+ \let\default at toatom\empty% num\xE9ro de l'atome o\xF9 arrivent les laisons par d\xE9faut
+ \let\default at tikz\empty
\let\CF at previous@bondangle\empty
\let\CF at joinbond\z@
\let\CF at previous@tikz\empty
- \everyeof{\@nil}\endlinechar\m at ne
+ \everyeof{\@nil}\endlinechar-1
\CF at sanitize@catcode
\expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at remain@molecule\scantokens{#4}%
\CF at exp@macroarg\CF at chemfig@e{\CF at remain@molecule}%
@@ -593,39 +681,39 @@
\let\CF at split@state\z@
}
-\CF at def\CF at chemfig@e#1{% #1 est le code de la mol\'ecule
+\def\CF at chemfig@e#1{% #1 est le code de la mol\xE9cule
\ifnum\CF at last@action=\thr@@
\ifCF at incycle
- \def\CF at default@angle{0}%
+ \def\default at angle{0}%
\else
- \ifnum\CF at cnt@cycle=\z@% si c'est le d\'ebut d'un cycle
- \pgfmathsetmacro\CF at default@angle{\CF at previous@angle+180+\CF at cycle@anglecorrection}% on met la liaison \`a +180° + correction
+ \ifnum\CF at cnt@cycle=\z@% si c'est le d\xE9but d'un cycle
+ \pgfmathsetmacro\default at angle{\CF at previous@angle+180+\CF at cycle@anglecorrection}% on met la liaison \xE0 +180\xB0 + correction
\else
- \pgfmathsetmacro\CF at default@angle{\CF at previous@angle-90+180/\CF at cycle@num}% sinon \`a la bissectrice du sommet du cycle
+ \pgfmathsetmacro\default at angle{\CF at previous@angle-90+180/\CF at cycle@num}% sinon \xE0 la bissectrice du sommet du cycle
\fi
\fi
- \let\CF at default@stringangle\@empty
+ \let\default at stringangle\empty
\fi
- \let\CF at current@angle\CF at default@angle
+ \let\CF at current@angle\default at angle
\def\CF at remain@molecule{#1}%
\CF at seek@submol% alias en premier ?
- \if[\CF at three@ea\noexpand\expandafter\@car\CF at remain@molecule\@nil
+ \if[\CF at three@ea\noexpand\expandafter\CF at firsttonil\CF at remain@molecule\@nil
\expandafter\CF at analyse@optarg\CF at remain@molecule\@nil\CF at remain@molecule
\CF at exp@macroarg\CF at set@bondangle{\CF at current@stringangle}\CF at current@angle
- \let\CF at default@angle\CF at current@angle
+ \let\default at angle\CF at current@angle
\let\CF at previous@angle\CF at current@angle
- \CF at doifnotempty\CF at current@stringangle{\let\CF at default@angle\CF at current@angle}%
- \CF at doifnotempty\CF at current@length{\let\CF at default@length\CF at current@length}%
- \CF at doifnotempty\CF at current@fromatom{\let\CF at default@fromatom\CF at current@fromatom}%
- \CF at doifnotempty\CF at current@toatom{\let\CF at default@toatom\CF at current@toatom}%
- \CF at doifnotempty\CF at current@tikz{\let\CF at default@tikz\CF at current@tikz}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@stringangle{\let\default at angle\CF at current@angle}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@length{\let\default at length\CF at current@length}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@fromatom{\let\default at fromatom\CF at current@fromatom}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@toatom{\let\default at toatom\CF at current@toatom}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@tikz{\let\default at tikz\CF at current@tikz}%
\CF at seek@submol
\fi
- \edef\CF at default@stringangle{:\CF at default@angle}%
- \let\CF at current@length\CF at default@length
- \let\CF at current@fromatom\CF at default@fromatom
- \let\CF at current@toatom\CF at default@toatom
- \let\CF at current@tikz\CF at default@tikz
+ \edef\default at stringangle{:\default at angle}%
+ \let\CF at current@length\default at length
+ \let\CF at current@fromatom\default at fromatom
+ \let\CF at current@toatom\default at toatom
+ \let\CF at current@tikz\default at tikz
\ifCF at incycle% si on commence un cycle
\let\CF at current@angle\CF at previous@angle
\ifCF at cyclearc% on doit tracer l'arc de cercle dans le cycle ?
@@ -633,14 +721,14 @@
\pgfmathsetmacro\CF at cyclearc@initangle{\CF at current@angle+\CF at initcycle@angle+180/\CF at cycle@num+90}
\pgfmathparse{\CF at current@length*\CF at atom@sep/(2*sin(180/\CF at cycle@num))}%
\node[at=(\CF at bond@outnode),shift=(\CF at cyclearc@initangle:\pgfmathresult pt)](arccenter){};% le centre de l'arc
- \node[at=(arccenter),shift=(\CF at cyclearc@startangle:\CF at cyclearc@radius pt)](initarc){};% le d\'ebut de l'arc
+ \node[at=(arccenter),shift=(\CF at cyclearc@startangle:\CF at cyclearc@radius pt)](initarc){};% le d\xE9but de l'arc
\expandafter\draw\expandafter[\CF at cyclearc@directtikz](initarc) arc (\CF at cyclearc@startangle:\CF at cyclearc@endangle:\CF at cyclearc@radius pt);
\fi
\else
- \let\CF at current@angle\CF at default@angle
+ \let\CF at current@angle\default at angle
\fi
\ifnum\CF at last@action=\z@
- \let\CF at previous@angle\CF at default@angle
+ \let\CF at previous@angle\default at angle
\node(CF at node){};
\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokin{\CF at remain@molecule}{-=(*~?<>}%
{\CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule}%
@@ -649,26 +737,26 @@
\CF at chemfig@f
}
-\CF at def\CF at chemfig@f{%
- \let\CF at next@action\CF at chemfig@f% \`a priori, on reboucle
- \CF at ifx\CF at remain@molecule\@empty
+\def\CF at chemfig@f{%
+ \let\CF at next@action\CF at chemfig@f% \xE0 priori, on reboucle
+ \CF at ifx\CF at remain@molecule\empty
{\let\CF at next@action\endgroup}
{\CF at seek@submol
\CF at exp@macroarg\CF at seek@node{\CF at remain@molecule}\CF at current@atomgroup\CF at remain@molecule
- \CF at ifx\@empty\CF at current@atomgroup% pas de noeud pour commencer ?
+ \CF at ifx\empty\CF at current@atomgroup% pas de noeud pour commencer ?
{\def\CF at bond@outnode{%
n\CF at last@groupnumber-%
- \ifx\CF at current@fromatom\@empty
+ \ifx\CF at current@fromatom\empty
\ifdim\CF at current@angle pt<90pt \number\CF at cnt@atomingroup
\else\ifdim\CF at current@angle pt>270pt \number\CF at cnt@atomingroup\else1\fi
\fi
- \else
+ \else
\CF at current@fromatom
- \fi}%
+ \fi}%
\CF at exp@after{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil}{\CF at remain@molecule\relax\@nil}%
\CF at if@firsttokin at a{-=<>~}% la suite est une liaison
- {\ifnum\CF at last@action=\tw@% c'est la deuxi\`eme liaison cons\'ecutive ?
- \CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule% ins\`ere un groupe vide
+ {\ifnum\CF at last@action=\tw@% c'est la deuxi\xE8me liaison cons\xE9cutive ?
+ \CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule% ins\xE8re un groupe vide
\edef\CF at bond@outnode{\CF at bond@outnode}%
\else
\ifCF at incycle\advance\CF at cnt@cycle\@ne\fi
@@ -677,16 +765,16 @@
\let\CF at remain@molecule\CF at remain@afterbond
\ifCF at incycle
\ifnum\CF at cnt@cycle=\CF at cycle@num\relax
- \CF at three@ea\@firstoftwo
+ \CF at three@ea\CF at execfirst
\else
\ifnum\CF at cnt@cycle=\@ne
\let\CF at cycle@firsttikz\CF at current@tikz
\CF at doifnotempty\CF at start@offset{\let\CF at cycle@joinlast\z@}%
\fi
- \CF at three@ea\@secondoftwo
+ \CF at three@ea\CF at execsecond
\fi
\else
- \expandafter\@secondoftwo
+ \expandafter\CF at execsecond
\fi
{\let\CF at next@action\endgroup
\CF at draw@bond\CF at bond@type{\CF at bond@outnode}{\CF at hook@cycle}\CF at previous@atomgroup\CF at hook@atomgroup
@@ -697,39 +785,39 @@
}%
\fi
\ifcat\relax\detokenize\expandafter{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF at remain@molecule}\relax
- % s'il ne reste plus rien apr\`es la liaison (sans tenir compte de l'espace devant)-> ins\`ere un groupe vide
+ % s'il ne reste plus rien apr\xE8s la liaison (sans tenir compte de l'espace devant)-> ins\xE8re un groupe vide
\CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule
\fi
}%
- {\edef\CF at bond@outnode{\CF at bond@outnode}% \'evalue le l'atome de d\'epart de liaison
- \CF at ifx(\CF at toks@a% une parenth\`ese pour commencer ?
+ {\edef\CF at bond@outnode{\CF at bond@outnode}% \xE9value le l'atome de d\xE9part de liaison
+ \CF at ifx(\CF at toks@a% une parenth\xE8se pour commencer ?
{\ifnum\CF at last@action=\tw@% il y avait une liaison juste avant ?
\CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule
\else
\CF at exp@macroarg\CF at grab@submol{\CF at remain@molecule}%
\begingroup
- \ifCF at incycle\let\CF at last@action\thr@@\fi% on \'etait dans un cycle
+ \ifCF at incycle\let\CF at last@action\thr@@\fi% on \xE9tait dans un cycle
\CF at incyclefalse
\aftergroup\CF at chemfig@f
\def\CF at next@action{\CF at exp@macroarg\CF at chemfig@e{\CF at sub@mol}}%
\fi
}%
- {\CF at ifx\CF at remain@molecule\@empty
+ {\CF at ifx\CF at remain@molecule\empty
{\let\CF at next@action\endgroup}
- {% ce qui reste apr\`es le noeud courant n'est pas vide, ne commence pas par "-=~", ni par une parenth\`ese
+ {% ce qui reste apr\xE8s le noeud courant n'est pas vide, ne commence pas par "-=~", ni par une parenth\xE8se
\CF at ifx*\CF at toks@a% un cycle ?
{\ifnum\CF at last@action=\tw@
- \CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule% ins\`ere un groupe vide
+ \CF at insert@emptygroup\CF at remain@molecule% ins\xE8re un groupe vide
\else
- \ifCF at incycle\let\CF at last@action\thr@@\fi% on \'etait dans un cycle
+ \ifCF at incycle\let\CF at last@action\thr@@\fi% on \xE9tait dans un cycle
\ifnum\CF at last@action=\thr@@\let\CF at lastcycle@num\CF at cycle@num\fi
- \CF at twoexp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF at remain@molecule}*%
- {\CF at twoexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\expandafter\@gobble\CF at remain@molecule}% enl\`eve la 1er \'etoile
- \CF at twoexp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF at remain@molecule}[% un crochet ensuite ?
+ \CF at eexp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\expandafter\CF at gobarg\CF at remain@molecule}*%
+ {\CF at eexp@second{\def\CF at remain@molecule}{\expandafter\CF at gobarg\CF at remain@molecule}% enl\xE8ve la 1er \xE9toile
+ \CF at eexp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\expandafter\CF at gobarg\CF at remain@molecule}[% un crochet ensuite ?
{\expandafter\CF at cycle@parsepreamblewithoptarg\CF at remain@molecule\@nil% \begingroup inclus
}%
{\def\CF at cyclearc@startangle{0}\def\CF at cyclearc@endangle{360}%
- \let\CF at cyclearc@directtikz\@empty
+ \let\CF at cyclearc@directtikz\empty
\expandafter\CF at cycle@parsepreamble\CF at remain@molecule\@nil% \begingroup inclus
}%
\CF at cyclearctrue
@@ -753,7 +841,7 @@
\def\CF at next@action{\CF at exp@macroarg\CF at chemfig@e{\CF at sub@mol}}%
\fi
}%
- {\errmessage{Package \CF at package@name\space Error: something went wrong here: \detokenize\expandafter{\CF at remain@molecule}^^JIf you think it's a bug, please, send a Minimal Example to the author.}%
+ {\errmessage{Package \CFname\space Error: something went wrong here: \detokenize\expandafter{\CF at remain@molecule}^^JIf you think it's a bug, please, send a Minimal Example to the author.}%
}%
}%
}%
@@ -765,9 +853,9 @@
\CF at next@action
}
-\CF at def\CF at cycle@parsepreamble*#1#2\@nil{%
+\def\CF at cycle@parsepreamble*#1#2\@nil{%
\ifnum#1<\thr@@
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: A cycle must be at least a triangle.^^JThe number following "*" must be 3 or more}%
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: A cycle must be at least a triangle.^^JThe number following "*" must be 3 or more}%
\fi
\def\CF at remain@molecule{#2}%
\CF at exp@macroarg\CF at grab@submol{\CF at remain@molecule}%
@@ -775,18 +863,18 @@
\def\CF at cycle@num{#1}%
}
-\CF at def\CF at cycle@parsepreamblewithoptarg*[#1]#2#3\@nil{%
- \CF at cycle@parseoptarg#1,\@empty,\@empty,\@empty\@nil
+\def\CF at cycle@parsepreamblewithoptarg*[#1]#2#3\@nil{%
+ \CF at cycle@parseoptarg#1,\empty,\empty,\empty\@nil
\CF at cycle@parsepreamble*#2#3\@nil
}
-\CF at def\CF at cycle@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
+\def\CF at cycle@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
\CF at ifempty{#1}{\def\CF at cyclearc@startangle{0}}{\def\CF at cyclearc@startangle{#1}}%
\CF at ifempty{#2}{\def\CF at cyclearc@endangle{360}}{\def\CF at cyclearc@endangle{#2}}%
- \CF at exp@second{\def\CF at cyclearc@directtikz}{\CF at sanitize@lastitem#3,\@empty\@nil}%
+ \CF at exp@second{\def\CF at cyclearc@directtikz}{\CF at sanitize@lastitem#3,\empty\@nil}%
}
-\CF at def\CF at grab@submol#1{%
+\def\CF at grab@submol#1{%
\begingroup
\catcode`(\@ne\catcode`)\tw@
\CF at three@ea
@@ -794,24 +882,24 @@
\expandafter\CF at grab@submol at a\scantokens{\relax#1}%
}
-\CF at def\CF at grab@submol at a#1\@nil{%
- \expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at remain@molecule\scantokens\CF at three@ea{\expandafter\@gobble\@gobble#1}%
- \expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at sub@mol\scantokens\CF at three@ea{\expandafter\@car\@gobble#1\@nil}%
+\def\CF at grab@submol at a#1\@nil{%
+ \expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at remain@molecule\scantokens\CF at three@ea{\expandafter\CF at gobarg\CF at gobarg#1}%
+ \expandafter\assign at tonil\expandafter\CF at sub@mol\scantokens\CF at three@ea{\expandafter\CF at firsttonil\CF at gobarg#1\@nil}%
}
-\CF at def\assign at tonil#1#2\@nil{\def#1{#2}}
+\def\assign at tonil#1#2\@nil{\def#1{#2}}
-\CF at def\CF at ifcar@isupperletter#1{%
+\def\CF at ifcar@isupperletter#1{%
\ifcat\relax\noexpand#1%
- \let\CF at next\@secondoftwo% faux si c'est une sc
+ \let\CF at next\CF at execsecond% faux si c'est une sc
\else
\ifnum`#1<`A
- \let\CF at next\@secondoftwo
+ \let\CF at next\CF at execsecond
\else
\ifnum`#1>`Z
- \let\CF at next\@secondoftwo
+ \let\CF at next\CF at execsecond
\else
- \let\CF at next\@firstoftwo
+ \let\CF at next\CF at execfirst
\fi
\fi
\fi
@@ -818,9 +906,9 @@
\CF at next
}
-% Cr\'e\'e 4 noeuds au dessus et au dessous des noeuds #1 et #2
-% \`a une distance de #3 du noeud #1 et #4 du noeud #2
-\CF at def\CF at create@normnodes#1#2#3#4{%
+% Cr\xE9\xE9 4 noeuds au dessus et au dessous des noeuds #1 et #2
+% \xE0 une distance de #3 du noeud #1 et #4 du noeud #2
+\def\CF at create@normnodes#1#2#3#4{%
\CF at doifnotempty{#3}
{\node[shape=coordinate,at=(#1),xshift=#3*\CF at norm@x,yshift=#3*\CF at norm@y](#11){};
\node[shape=coordinate,at=(#1),xshift=-#3*\CF at norm@x,yshift=-#3*\CF at norm@y](#12){};
@@ -831,7 +919,7 @@
}%
}
-\CF at def\CF at compute@nodevect#1#2{%
+\def\CF at compute@nodevect#1#2{%
\pgfextractx\CF at dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF at dimax{\the\CF at dim}%
\pgfextracty\CF at dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF at dimay{\the\CF at dim}%
\pgfextractx\CF at dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF at dimbx{\the\CF at dim}%
@@ -841,16 +929,16 @@
\pgfmathsetmacro\CF at norm@y{(\CF at dimbx-\CF at dimax)/\CF at len@vector}%
}
-\CF at def\CF at set@offset#1#2{%
+\def\CF at set@offset#1#2{%
\CF at doifempty#1%
- {\edef#1{\ifx#2\CF at empty@node0pt\else\ifx#2\@empty0pt\else\CF at bond@offset\fi\fi}}%
+ {\edef#1{\ifx#2\CF at empty@node0pt\else\ifx#2\empty0pt\else\CF at bond@offset\fi\fi}}%
}
-\CF at def\CF at draw@bond#1#2#3#4#5{% #1=type de liaison #2 et #3:nom de noeuds de d\'ebut et fin #4 et #5: contenu des atomes de d\'ebut et fin
+\def\CF at draw@bond#1#2#3#4#5{% #1=type de liaison #2 et #3:nom de noeuds de d\xE9but et fin #4 et #5: contenu des atomes de d\xE9but et fin
\CF at set@offset\CF at start@offset#4%
\CF at set@offset\CF at end@offset#5%
\let\CF at current@bondstyle\CF at bond@style
- \CF at doifnotempty\CF at current@tikz{\CF at expadd@tocs\CF at current@bondstyle{\expandafter,\CF at current@tikz}}%
+ \CF at doifnotempty\CF at current@tikz{\CF at eadd@tocs\CF at current@bondstyle{\expandafter,\CF at current@tikz}}%
\path(#2)--(#3)coordinate[pos=0](#2@)coordinate[pos=1](#3@);%
\CF at compute@nodevect{#2@}{#3@}%
\pgfmathsetmacro\CF at start@coeff{\CF at start@offset/\CF at len@vector}%
@@ -858,10 +946,10 @@
\path(#2@)--(#3@)coordinate[pos=\CF at start@coeff](#2@@)coordinate[pos=\CF at end@coeff](#3@@);%
\CF at doifnotempty\CF at movebond@name% on doit poser un noeud sur la liaison
{\path(#2@@)--(#3@@)coordinate[overlay,pos=\CF at movebond@coeff](\CF at movebond@name);
- \let\CF at movebond@name\@empty
+ \let\CF at movebond@name\empty
}%
\ifcase#1\relax
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}%
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}%
\or% 1 = liaison simple
\CF at draw@axisbond{#2}{#3}% trace la liaison simple dans l'axe
\or% 2 = liaison double
@@ -882,7 +970,7 @@
\or
\CF at create@normnodes{#2@@}{#3@@}\CF at double@sep\CF at double@sep
\CF at draw@axisbond{#2}{#3}% trace la liaison simple dans l'axe\CF at draw@bond at a(#2@@)--(#3@@);
- \begingroup% ajuste \'eventuellement les longueurs des l(0,0iaisons doubles
+ \begingroup% ajuste \xE9ventuellement les longueurs des l(0,0iaisons doubles
\ifCF at incycle
\ifdim\CF at start@offset=\z@
\CF at edefadd@tocs\CF at current@bondstyle{,shorten <=\CF at doublebond@lengthcorrection pt}%
@@ -896,7 +984,7 @@
\or
\CF at create@normnodes{#2@@}{#3@@}\CF at double@sep\CF at double@sep
\CF at draw@axisbond{#2}{#3}% trace la liaison simple dans l'axe\CF at draw@bond at a(#2@@)--(#3@@);
- \begingroup% ajuste \'eventuellement les longueurs des liaisons doubles
+ \begingroup% ajuste \xE9ventuellement les longueurs des liaisons doubles
\ifCF at incycle
\ifdim\CF at start@offset=\z@
\CF at edefadd@tocs\CF at current@bondstyle{,shorten \ifnum\CF at split@state=\z@<=-\else>=\fi\CF at doublebond@lengthcorrection pt}%
@@ -921,7 +1009,7 @@
\CF at create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF at cram@basewidth/2}{}%
\expandafter\filldraw\expandafter[\CF at current@bondstyle,line join=bevel](#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--cycle;
\let\CF at joinbond\z@
- \or% 6 = liaison Cram pointill\'ee de #2 vers #3
+ \or% 6 = liaison Cram pointill\xE9e de #2 vers #3
\scope
\CF at create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF at cram@basewidth/2}{}%
\CF at clipcramornot(#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1);
@@ -928,7 +1016,7 @@
\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle,dash pattern=on \CF at cram@dashlength off \CF at cram@dashsep,line width=\CF at cram@basewidth](#2@@)--(#3@@);
\endscope
\let\CF at joinbond\z@
- \or% 7 = liaison Cram pointill\'ee de #3 vers #2
+ \or% 7 = liaison Cram pointill\xE9e de #3 vers #2
\scope
\CF at create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF at cram@basewidth/2}{}%
\CF at clipcramornot(#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1);
@@ -935,27 +1023,27 @@
\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle,dash pattern=on \CF at cram@dashlength off \CF at cram@dashsep,line width=\CF at cram@basewidth](#3@@)--(#2@@);
\endscope
\let\CF at joinbond\z@
- \or% 8 = liaison Cram triangle \'evid\'e de #2 vers #3
+ \or% 8 = liaison cram rectangle \xE9vid\xE9 de #2 vers #3
\CF at create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF at cram@basewidth/2}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle,line join=bevel](#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--cycle;
\let\CF at joinbond\z@
- \or% 9 = liaison Cram triangle \'evid\'e de #3 vers #1
+ \or% 9 = liaison cram rectangle \xE9vid\xE9 de #3 vers #1
\CF at create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF at cram@basewidth/2}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle,line join=bevel](#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--cycle;
\let\CF at joinbond\z@
\else
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}%
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}%
\fi
- \let\CF at start@offset\@empty
- \let\CF at end@offset\@empty
- \let\CF at previous@tikz\CF at current@tikz
+ \let\CF at start@offset\empty
+ \let\CF at end@offset\empty
+ \let\CF at previous@tikz\CF at current@tikz
\let\CF at previous@bondangle\CF at previous@angle
\def\CF at previous@bond{#1}%
}
-\CF at def\CF at draw@axisbond at nojoin#1#2{\CF at draw@bond at a(#1@@)--(#2@@);}
+\def\CF at draw@axisbond at nojoin#1#2{\CF at draw@bond at a(#1@@)--(#2@@);}
-\CF at def\CF at draw@axisbond at join#1#2{% dessine une liaison simple dans l'axe avec raccord r\'etrograde
+\def\CF at draw@axisbond at join#1#2{% dessine une liaison simple dans l'axe avec raccord r\xE9trograde
\ifCF at incycle\ifnum\CF at cnt@cycle=\CF at cycle@num\relax\let\CF at next@tikz\CF at cycle@firsttikz\fi\fi
\ifnum\CF at joinbond=\z@
\ifCF at incycle
@@ -977,7 +1065,7 @@
\CF at ifx\CF at previous@tikz\CF at current@tikz
{\let\CF at joinbond\@ne
\CF at ifx\CF at previous@atomgroup\CF at empty@node
- {\CF at ifx\CF at previous@bondangle\empty% si d\'ebut mol\'ecule
+ {\CF at ifx\CF at previous@bondangle\empty% si d\xE9but mol\xE9cule
{\CF at draw@bond at a(#1@@)--(#2@@);
}
{\ifdim\CF at start@offset=\z@
@@ -1025,24 +1113,20 @@
\CF at draw@bond at a(#1@@)--(#2@@);
\fi
}%
- \fi
- \ifdim\CF at end@offset=\z@\else\let\CF at joinbond\z@\fi
+ \fi
+ \ifdim\CF at end@offset=\z@\else\let\CF at joinbond\z@\fi
}
-\CF at def\enablebondjoin {\global\let\CF at draw@axisbond\CF at draw@axisbond at join}
-\CF at def\disablebondjoin{\global\let\CF at draw@axisbond\CF at draw@axisbond at nojoin}
-\disablebondjoin% par d\'efaut, d\'esactiver la jointure entre liaisons
+\def\CF at draw@bond at a{\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle]}
-\CF at def\CF at draw@bond at a{\expandafter\draw\expandafter[\CF at current@bondstyle]}
-
-\CF at def\CF at hook@drawall{% dessine tous les crochets contenus dans la sc \CF at hook@draw
+\def\CF at hook@drawall{% dessine tous les crochets contenus dans la sc \CF at hook@draw
\CF at doifnotempty\CF at hook@drawlist
- {\expandafter\CF at hook@drawfirst\CF at hook@drawlist\@nil% trace un lien de crochet \`a crochet
+ {\expandafter\CF at hook@drawfirst\CF at hook@drawlist\@nil% trace un lien de crochet \xE0 crochet
\CF at hook@drawall
}%
}
-\CF at def\CF at hook@drawfirst[#1,#2,#3]#4#5#6#7#8\@nil{%
+\def\CF at hook@drawfirst[#1,#2,#3]#4#5#6#7#8\@nil{%
\def\CF at hook@drawlist{#8}%
\begingroup
\let\CF at joinbond\z@
@@ -1056,29 +1140,23 @@
\endgroup
}
-\CF at def\CF at extract@atom#1-#2\@nil{#2}% transforme le bound at outnode en n° de l'atome
+\def\CF at extract@atom#1-#2\@nil{#2}% transforme le bound at outnode en n\xB0 de l'atome
-\CF at def\setnodestyle{\def\CF at node@style}
-\setnodestyle{}
-
-\CF at def\setbondstyle{\def\CF at bond@style}
-\setbondstyle{}
-
-\expandafter\CF at def\expandafter\CF at gobble@movearg\CF at arobas#1#2\@nil#3{%
+\expandafter\def\expandafter\CF at gobble@movearg\CF at arobas#1#2\@nil#3{%
\expandafter\def\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname{#2}%
\CF at if@instr{#1},%
- {\CF at analyse@movearg#1\@nil#3\let\CF at movebond@coeff\@empty}%
+ {\CF at analyse@movearg#1\@nil#3\let\CF at movebond@coeff\empty}%
{\def#3{#1}}%
- \CF at doifempty{#2}{\let\CF at node@strut\@empty}%
+ \CF at doifempty{#2}{\let\CF at node@strut\empty}%
}%
-\CF at def\hflipnext{\let\CF at split@state\@ne}
+\def\hflipnext{\let\CF at split@state\@ne}
-\CF at def\vflipnext{\let\CF at split@state\tw@}
+\def\vflipnext{\let\CF at split@state\tw@}
\let\CF at split@state\z@
-\CF at def\CF at draw@atomgroup#1#2#3{% #1=angle d'arriv\'ee de la liaison #2=numero atome sur lequel arrive la liaison #3=groupe d'atomes
- \expandafter\let\expandafter\CF at bond@outcontent% assigne le contenu de l'atome d'o\`u part la liaison
+\def\CF at draw@atomgroup#1#2#3{% #1=angle d'arriv\xE9e de la liaison #2=numero atome sur lequel arrive la liaison #3=groupe d'atomes
+ \expandafter\let\expandafter\CF at bond@outcontent% assigne le contenu de l'atome d'o\xF9 part la liaison
\csname
\ifdefined\CF at bond@outnode
atom@\expandafter\CF at extract@atom\CF at bond@outnode\@nil
@@ -1087,12 +1165,12 @@
\fi
\endcsname
\global\advance\CF at cnt@groupnumber\@ne
- \let\CF at current@atom\@empty
- \global\let\CF at hook@drawlist\@empty
+ \let\CF at current@atom\empty
+ \global\let\CF at hook@drawlist\empty
\CF at cnt@atomingroup\z@
\CF at if@firsttokmatch{#3}?{\CF at draw@atomgroup at a{{}#3}}{\CF at draw@atomgroup at a{#3}}%
\def\CF at current@atomgroup{#3}%
- \CF at remove@movearg\CF at current@atomgroup% enl\`eve les "@{<nom>}"
+ \CF at remove@movearg\CF at current@atomgroup% enl\xE8ve les "@{<nom>}"
\CF at if@instr{#3}?%
{\CF at remove@hook\CF at current@atomgroup
\ifcat\relax\detokenize\expandafter{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF at current@atomgroup}\relax
@@ -1102,10 +1180,10 @@
{}%
\CF at doifnotempty{#2}
{\ifnum#2<\@ne
- \immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: no atom found at position #2, pershaps you mispelled the optional argument of the bond.}%
+ \immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: no atom found at position #2, pershaps you mispelled the optional argument of the bond.}%
\else
\ifnum#2>\CF at cnt@atomingroup
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: no atom found at position #2, pershaps you mispelled the optional argument of the bond.}%
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: no atom found at position #2, pershaps you mispelled the optional argument of the bond.}%
\fi
\fi
}%
@@ -1120,45 +1198,45 @@
}%
\CF at cnt@atomnumber\CF at hook@atomnumber
\CF at ifx\CF at current@atomgroup\CF at empty@node
- {\let\CF at node@strut\@empty}
- {\CF at ifx\@empty\CF at bond@outcontentsaved
+ {\let\CF at node@strut\empty}
+ {\CF at ifx\empty\CF at bond@outcontentsaved
{\def\CF at node@strut{\vphantom\CF at bond@outcontent}}%
{\def\CF at node@strut{\vphantom\CF at bond@outcontentsaved}}%
}%
- \edef\CF at opt@string{anchor=\ifnum\CF at last@action=\z@ base\else\ifCF at incycle center\else\ifCF at macrofixedbondlength 180+#1\else center\fi\fi\fi,at=(CF at node),\CF at node@style}% premier atome de la mol\'ecule affich\'e
+ \edef\CF at opt@string{anchor=\ifnum\CF at last@action=\z@ base\else\ifCF at incycle center\else\ifCF at macrofixedbondlength 180+#1\else center\fi\fi\fi,at=(CF at node),\CF at node@style}% premier atome de la mol\xE9cule affich\xE9
\loop
\unless\ifnum\CF at cnt@atomnumber>\CF at cnt@atomingroup
- \CF at twoexp@after
+ \CF at eexp@after
{\futurelet\CF at toks@a}
{\expandafter\expandafter\expandafter\CF at gobtonil\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\@nil}%
\expandafter\CF at ifx\CF at arobas\CF at toks@a% l'atome courant commence par un "@"
{\CF at three@ea\CF at gobble@movearg\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF at moveatom@name
\expandafter\node\expandafter[\CF at opt@string,overlay](\CF at moveatom@name){\phantom{\CF at node@content}};%
- \let\CF at moveatom@name\@empty
+ \let\CF at moveatom@name\empty
}
{}%
\expandafter\node\expandafter[\CF at opt@string](n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\CF at cnt@atomnumber){\CF at node@content};%
- \let\CF at node@strut\@empty
+ \let\CF at node@strut\empty
\advance\CF at cnt@atomnumber\@ne
\edef\CF at opt@string{anchor=base \ifnum\CF at split@state=\@ne east\else west\fi,at=(n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\numexpr\CF at cnt@atomnumber-1.base \ifnum\CF at split@state=\@ne west\else east\fi),\CF at node@style}%
\repeat
\CF at cnt@atomnumber\CF at hook@atomnumber
\ifnum\CF at last@action=\tw@% s'il faut tracer une liaison
- \gdef\CF at cycle@anglecorrection{0}% alors c'est qu'un cycle ne peut pas commencer la mol\'ecule : annulation de la correction d'angle
+ \gdef\CF at cycle@anglecorrection{0}% alors c'est qu'un cycle ne peut pas commencer la mol\xE9cule : annulation de la correction d'angle
\CF at draw@bond\CF at bond@type{\CF at bond@outnode}{n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\CF at cnt@atomnumber}\CF at previous@atomgroup\CF at current@atomgroup
\fi
- \let\CF at last@action\@ne% met la derni\`ere action \`a 1 : affichage d'un noeud
+ \let\CF at last@action\@ne% met la derni\xE8re action \xE0 1 : affichage d'un noeud
\loop
\ifnum\CF at cnt@atomnumber>\@ne
- \advance\CF at cnt@atomnumber\m at ne
+ \advance\CF at cnt@atomnumber-1
\edef\CF at opt@string{anchor=base \ifnum\CF at split@state=\@ne west\else east\fi,at=(n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\numexpr\CF at cnt@atomnumber+1.base \ifnum\CF at split@state=\@ne east\else west\fi),\CF at node@style}%
- \CF at twoexp@after
+ \CF at eexp@after
{\futurelet\CF at toks@a}
{\expandafter\expandafter\expandafter\CF at gobtonil\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\@nil}%
\expandafter\CF at ifx\CF at arobas\CF at toks@a% l'atome courant commence par un "@"
{\CF at three@ea\CF at gobble@movearg\csname atom@\number\CF at cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF at moveatom@name
\expandafter\node\expandafter[\CF at opt@string,overlay](\CF at moveatom@name){\phantom{\CF at node@content}};%
- \let\CF at moveatom@name\@empty
+ \let\CF at moveatom@name\empty
}
{}%
\expandafter\node\expandafter[\CF at opt@string](n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\CF at cnt@atomnumber){\CF at node@content};%
@@ -1168,9 +1246,9 @@
\let\CF at previous@atomgroup\CF at current@atomgroup
}
-\expandafter\CF at def\expandafter\CF at keep@movearg\CF at arobas#1#2\@nil{\CF at exp@second{\def\CF at current@atom}{\CF at arobas{#1}}}
+\expandafter\def\expandafter\CF at keep@movearg\CF at arobas#1#2\@nil{\CF at exp@second{\def\CF at current@atom}{\CF at arobas{#1}}}
-\CF at def\CF at draw@atomgroup at a#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes
+\def\CF at draw@atomgroup at a#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes
\CF at ifempty{#1}
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom}
{\advance\CF at cnt@atomingroup\@ne
@@ -1180,33 +1258,33 @@
\CF at remove@movearg at a#1\@nil\CF at after@movearg
\CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at b{\CF at after@movearg}%
}%
- {\let\CF at current@atom\@empty
+ {\let\CF at current@atom\empty
\CF at draw@atomgroup at b{#1}%
}%
}%
}
-\CF at def\CF at draw@atomgroup at b#1{%
+\def\CF at draw@atomgroup at b#1{%
\CF at ifempty{#1}
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom}
{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\@nil
\CF at ifx\bgroup\CF at toks@a
- {\CF at expadd@tocs\CF at current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\@gobble#1}%
+ {\CF at eadd@tocs\CF at current@atom{\expandafter{\CF at firsttonil#1\@nil}}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at gobarg#1}%
}%
{\CF at ifx\@sptoken\CF at toks@a
{\CF at add@tocs\CF at current@atom{ }%
\CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at after@space#1\@nil}%
}%
- {\CF at expadd@tocs\CF at current@atom{\@car#1\@nil}%
- \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\@gobble#1}%
+ {\CF at eadd@tocs\CF at current@atom{\CF at firsttonil#1\@nil}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at gobarg#1}%
}%
}%
}%
}
-% enl\`eve tous les "@{nom}" de la sc #1
-\CF at def\CF at remove@movearg#1{%
+% enl\xE8ve tous les "@{nom}" de la sc #1
+\def\CF at remove@movearg#1{%
\CF at exp@after{\expandafter\CF at if@instr\expandafter{#1}}{\CF at arobas}%
{\expandafter\CF at remove@movearg at a#1\@nil#1%
\CF at remove@movearg#1%
@@ -1214,65 +1292,65 @@
{}%
}
-% enl\`eve le premier "@{<nom>}" de l'argument et l'assigne \`a #2
-\CF at def\CF at remove@movearg at a#1\@nil#2{%
+% enl\xE8ve le premier "@{<nom>}" de l'argument et l'assigne \xE0 #2
+\def\CF at remove@movearg at a#1\@nil#2{%
\expandafter\def\expandafter\CF at remove@movearg at b\expandafter##\expandafter1\CF at arobas{%
- \CF at exp@second{\def#2}{\@gobble##1}% mange le \relax
+ \CF at exp@second{\def#2}{\CF at gobarg##1}% mange le \relax
\CF at remove@movearg at c\relax
}%
- \def\CF at remove@movearg at c##1\@nil{\CF at expadd@tocs#2{\@gobbletwo##1}}% mange le \relax et le <nom>
+ \def\CF at remove@movearg at c##1\@nil{\CF at eadd@tocs#2{\CF at gobtwoargs##1}}% mange le \relax et le <nom>
\CF at remove@movearg at b\relax#1\@nil
}
-\CF at def\CF at draw@atomgroup at bi#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes
+\def\CF at draw@atomgroup at bi#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes
\CF at ifempty{#1}
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom
- \let\CF at current@atom\@empty
+ \let\CF at current@atom\empty
}
{\futurelet\CF at toks@a\CF at gobtonil#1\@nil
\expandafter\CF at ifx\CF at arobas\CF at toks@a
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom
- \let\CF at current@atom\@empty
+ \let\CF at current@atom\empty
\CF at draw@atomgroup at a{#1}%
}%
{\CF at ifx|\CF at toks@a
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom
- \let\CF at current@atom\@empty
- \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at a{\@gobble#1}%
+ \let\CF at current@atom\empty
+ \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at a{\CF at gobarg#1}%
}%
{\CF at ifx\@sptoken\CF at toks@a
{\CF at add@tocs\CF at current@atom{ }%
\CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at after@space#1\@nil}%
- }%
+ }%
{\CF at ifx\bgroup\CF at toks@a
- {\CF at expadd@tocs\CF at current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\@gobble#1}%
+ {\CF at eadd@tocs\CF at current@atom{\expandafter{\CF at firsttonil#1\@nil}}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at gobarg#1}%
}%
- {\CF at exp@macroarg\CF at ifcar@isupperletter{\@car#1\@nil}%
+ {\CF at exp@macroarg\CF at ifcar@isupperletter{\CF at firsttonil#1\@nil}%
{\expandafter\let\csname atom@\number\CF at cnt@atomingroup\endcsname\CF at current@atom
- \let\CF at current@atom\@empty
+ \let\CF at current@atom\empty
\CF at draw@atomgroup at a{#1}%
}%
{\CF at ifx?\CF at toks@a
- {\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\@gobble#1}[% un crochet apr\`es le "?"
- {\expandafter\CF at grab@optarg\@gobble#1\@nil\CF at after@hook}%
- {\expandafter\CF at grab@optarg\expandafter[\expandafter]\@gobble#1\@nil\CF at after@hook}%
- \CF at exp@twomacroargs\CF at if@instr{\CF at hook@list}{\expandafter(\CF at hook@currentname)}% crochet d\'ej\`a d\'efini ?
- {\CF at exp@macroarg\CF at hook@parselist{\CF at hook@currentname}% chercher les caract\'eristiques du crochet sauvegard\'e
+ {\CF at exp@macroarg\CF at if@firsttokmatch{\CF at gobarg#1}[% un crochet apr\xE8s le "?"
+ {\expandafter\CF at grab@optarg\CF at gobarg#1\@nil\CF at after@hook}%
+ {\expandafter\CF at grab@optarg\expandafter[\expandafter]\CF at gobarg#1\@nil\CF at after@hook}%
+ \CF at exp@twomacroargs\CF at if@instr{\CF at hook@list}{\expandafter(\CF at hook@currentname)}% crochet d\xE9j\xE0 d\xE9fini ?
+ {\CF at exp@macroarg\CF at hook@parselist{\CF at hook@currentname}% chercher les caract\xE9ristiques du crochet sauvegard\xE9
\CF at edefadd@tocs\CF at hook@drawlist{%
[\CF at hook@currentname,\CF at hook@currentlink,\CF at hook@currenttikz]{\CF at hook@savedcoord}{n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\CF at cnt@atomingroup}}%
- \CF at expadd@tocs\CF at hook@drawlist{\expandafter{\CF at hook@savedcontent}}%
- \CF at expadd@tocs\CF at hook@drawlist{\expandafter{\CF at current@atom}}% ajoute les 4 arguments \`a la liste des crochets \`a tracer
+ \CF at eadd@tocs\CF at hook@drawlist{\expandafter{\CF at hook@savedcontent}}%
+ \CF at eadd@tocs\CF at hook@drawlist{\expandafter{\CF at current@atom}}% ajoute les 4 arguments \xE0 la liste des crochets \xE0 tracer
\global\let\CF at hook@drawlist\CF at hook@drawlist
}%
{\CF at edefadd@tocs\CF at hook@list{(\CF at hook@currentname)|n\number\CF at cnt@groupnumber-\number\CF at cnt@atomingroup|}%
- \CF at expadd@tocs\CF at hook@list{\CF at current@atom|}%
+ \CF at eadd@tocs\CF at hook@list{\CF at current@atom|}%
\global\let\CF at hook@list\CF at hook@list
}%
\CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at after@hook}%
}%
- {\CF at expadd@tocs\CF at current@atom{\@car#1\@nil}%
- \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\@gobble#1}%
+ {\CF at eadd@tocs\CF at current@atom{\CF at firsttonil#1\@nil}%
+ \CF at exp@macroarg\CF at draw@atomgroup at bi{\CF at gobarg#1}%
}%
}%
}%
@@ -1282,27 +1360,27 @@
}%
}
-\CF at def\CF at kook@defaultname{a}
-\CF at def\CF at hook@defaultlink{-}
-\CF at def\CF at hook@defaulttikz{}
+\def\CF at kook@defaultname{a}
+\def\CF at hook@defaultlink{-}
+\def\CF at hook@defaulttikz{}
-\CF at def\CF at hook@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
+\def\CF at hook@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
\CF at testempty@andassign\CF at hook@currentname{#1}\CF at kook@defaultname
\CF at testempty@andassign\CF at hook@currentlink{#2}\CF at hook@defaultlink
\CF at testempty@andassign\CF at hook@currenttikz{#3}\CF at hook@defaulttikz
}
-\CF at def\CF at grab@optarg[#1]#2\@nil#3{%
+\def\CF at grab@optarg[#1]#2\@nil#3{%
\CF at hook@parseoptarg#1,,\@nil
\def#3{#2}%
}
-\CF at def\CF at hook@parselist#1{% #1 est le nom du noeud \`a retrouver
+\def\CF at hook@parselist#1{% #1 est le nom du noeud \xE0 retrouver
\def\CF at hook@parselist at a##1(#1)|##2|##3|##4\@nil{\def\CF at hook@savedcoord{##2}\def\CF at hook@savedcontent{##3}}%
\expandafter\CF at hook@parselist at a\CF at hook@list\@nil
}
-\CF at def\CF at remove@hook#1{%
+\def\CF at remove@hook#1{%
\CF at exp@macroarg\CF at if@instr{#1}?%
{\expandafter\CF at remove@hook at a\expandafter\relax#1\@nil#1%
\CF at remove@hook#1%
@@ -1310,51 +1388,42 @@
{}%
}
-\CF at def\CF at remove@hook at a#1?#2\@nil#3{%
+\def\CF at remove@hook at a#1?#2\@nil#3{%
\CF at if@firsttokmatch{#2}[%
{\CF at remove@hook at b#1?#2\@nil#3}
- {\CF at exp@second{\def#3}{\@gobble#1#2}}%
+ {\CF at exp@second{\def#3}{\CF at gobarg#1#2}}%
}
-\CF at def\CF at remove@hook at b#1?[#2]#3\@nil#4{\CF at exp@second{\def#4}{\@gobble#1#3}}
+\def\CF at remove@hook at b#1?[#2]#3\@nil#4{\CF at exp@second{\def#4}{\CF at gobarg#1#3}}
-\CF at def\setlewis{\@testopt\CF at setlewis{0.3ex}}
+\def\Lewis{\CF at testopt{\CF at lewis@a{}}{1}}
-\CF at def\CF at setlewis[#1]#2#3#4{%
- \def\CF at lewis@widthdouble{#1}%
- \CF at ifempty{#2}{\def\CF at lewis@offset{0.4ex}}{\def\CF at lewis@offset{#2}}%
- \CF at ifempty{#3}{\def\CF at lewis@length{1.5ex}}{\def\CF at lewis@length{#3}}%
- \CF at ifempty{#4}{\def\CF at lewis@style{}}{\def\CF at lewis@style{#4}}%
-}
-\setlewis{}{}{}
+\def\lewis{\CF at testopt{\CF at lewis@a{,overlay}}{1}}
-\CF at def\setlewisdist#1{%
- \CF at ifempty{#1}{\def\CF at lewis@dist{0.2em}}{\def\CF at lewis@dist{#1}}%
-}
-\setlewisdist{0.3em}
-
-\CF at def\Lewis{\@testopt{\CF at lewis@a{}}{1}}
-
-\CF at def\lewis{\@testopt{\CF at lewis@a{,overlay}}{1}}
-
-\CF at def\CF at lewis@a#1[#2]{%
+\def\CF at lewis@a#1[#2]{%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@widthdouble[0.3ex]{lewis | width}%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@offset[0.4ex]{lewis sep}%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@length[1.5ex]{lewis length}%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@style[]{lewis style}%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@dist[0.3em]{lewis dist}%
+ \CF at valuetomacro\CF at lewis@radius[0.15ex]{lewis radius}%
\CF at ifempty{#2}{\def\CF at lewis@diagcoeff{1}}{\def\CF at lewis@diagcoeff{#2}}%
\CF at lewis@b{#1}%
}
-\CF at def\CF at lewis@b#1#2{\CF at lewis@c#2\@nil{#1}}
+\def\CF at lewis@b#1#2{\CF at lewis@c#2\@nil{#1}}
-\CF at def\CF at lewis@c#1,#2\@nil#3{%
+\def\CF at lewis@c#1,#2\@nil#3{%
\setbox\CF at lewis@box\hbox{\printatom{#2}}% mettre en dehors de tikzpicture (si \printatom ne passe pas en mode math)
\tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@},baseline]%
- \@makeother;\@makeother:%
+ \CF at makeother;\CF at makeother:%
\node(CF at lewis@anchor){};
\def\CF at lewis@remainpos{#1}%
- \let\CF at lewis@previouspos\@empty
+ \let\CF at lewis@previouspos\empty
\loop
- \unless\ifx\CF at lewis@remainpos\@empty
- \edef\CF at lewis@currentpos{\expandafter\@car\CF at lewis@remainpos\@nil}%
- \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF at lewis@remainpos}%
+ \unless\ifx\CF at lewis@remainpos\empty
+ \edef\CF at lewis@currentpos{\expandafter\CF at firsttonil\CF at lewis@remainpos\@nil}%
+ \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\CF at gobarg\CF at lewis@remainpos}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@x{\wd\CF at lewis@box/2+\ifcase\CF at lewis@currentpos\space1\or1\or0\or-1\or-1\or-1\or0\or1\fi*(\wd\CF at lewis@box/2)}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@y{\ht\CF at lewis@box/2+\ifcase\CF at lewis@currentpos\space0\or1\or1\or1\or0\or-1\or-1\or-1\fi*(\ht\CF at lewis@box/2\ifnum\CF at lewis@currentpos>4 +\dp\CF at lewis@box\fi)}%
\edef\CF at lewis@xoffset{\ifcase\CF at lewis@currentpos\space1\or0.70711\or0\or-0.70711\or-1\or-0.70711\or0\or0.70711\fi}%
@@ -1364,13 +1433,13 @@
\else
\let\CF at lewis@current at offset\CF at lewis@offset
\fi
- \if.\expandafter\@car\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
- \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF at lewis@remainpos}%
+ \if.\expandafter\CF at firsttonil\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
+ \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\CF at gobarg\CF at lewis@remainpos}%
\CF at exp@after{\draw[fill,black,}{\CF at lewis@style#3]}%
- (\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@current at offset,\CF at lewis@y pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@current at offset)circle(0.15ex);%
+ (\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@current at offset,\CF at lewis@y pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@current at offset)circle(\CF at lewis@radius);%
\else
- \if|\expandafter\@car\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
- \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF at lewis@remainpos}%
+ \if|\expandafter\CF at firsttonil\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
+ \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\CF at gobarg\CF at lewis@remainpos}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@x{\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@current at offset}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@y{\CF at lewis@y pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@current at offset}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at lewis@style#3]%
@@ -1379,13 +1448,13 @@
(\CF at lewis@x pt-\CF at lewis@length*\CF at lewis@yoffset/2 pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@widthdouble,\CF at lewis@y+\CF at lewis@length*\CF at lewis@xoffset/2 pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@widthdouble)--
(\CF at lewis@x pt-\CF at lewis@length*\CF at lewis@yoffset/2 pt,\CF at lewis@y+\CF at lewis@length*\CF at lewis@xoffset/2 pt)--cycle;%
\else
- \if:\expandafter\@car\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
- \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF at lewis@remainpos}%
+ \if:\expandafter\CF at firsttonil\CF at lewis@remainpos\relax\@nil
+ \edef\CF at lewis@remainpos{\expandafter\CF at gobarg\CF at lewis@remainpos}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@x{\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@current at offset}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@y{\CF at lewis@y pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@current at offset}%
\CF at exp@after{\draw[fill,black,}{\CF at lewis@style#3]}%
- (\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@dist*\CF at lewis@yoffset/2 pt,\CF at lewis@y-\CF at lewis@dist*\CF at lewis@xoffset/2 pt)circle(0.15ex)%
- (\CF at lewis@x pt-\CF at lewis@dist*\CF at lewis@yoffset/2 pt,\CF at lewis@y+\CF at lewis@dist*\CF at lewis@xoffset/2 pt)circle(0.15ex);%
+ (\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@dist*\CF at lewis@yoffset/2 pt,\CF at lewis@y-\CF at lewis@dist*\CF at lewis@xoffset/2 pt)circle(\CF at lewis@radius)%
+ (\CF at lewis@x pt-\CF at lewis@dist*\CF at lewis@yoffset/2 pt,\CF at lewis@y+\CF at lewis@dist*\CF at lewis@xoffset/2 pt)circle(\CF at lewis@radius);%
\else
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@x{\CF at lewis@x pt+\CF at lewis@xoffset*\CF at lewis@current at offset}%
\pgfmathsetmacro\CF at lewis@y{\CF at lewis@y pt+\CF at lewis@yoffset*\CF at lewis@current at offset}%
@@ -1400,16 +1469,13 @@
\endtikzpicture
}
-\CF at def\setstacksep#1{\edef\CF at stacksep{\CF at ifempty{#1}{1.5pt}{\the\dimexpr#1\relax}}}
-\setstacksep{1.5pt}
+\def\Chembelow{\begingroup\let\CF at tmp@str\CF at gobarg\CF at chembelow@a}
-\CF at def\Chembelow{\begingroup\let\CF at tmp@str\@gobble\CF at chembelow@a}
+\def\chembelow{\begingroup\let\CF at tmp@str\CF at id\CF at chembelow@a}
-\CF at def\chembelow{\begingroup\let\CF at tmp@str\@firstofone\CF at chembelow@a}
+\def\CF at chembelow@a{\CF at testopt\CF at chembelow@b\CF at stacksep}
-\CF at def\CF at chembelow@a{\@testopt\CF at chembelow@b\CF at stacksep}
-
-\CF at def\CF at chembelow@b[#1]#2#3{%
+\def\CF at chembelow@b[#1]#2#3{%
\setbox\CF at box@boxa\hbox{\printatom{#2}}%
\expandafter\vtop\CF at tmp@str{to\ht\CF at box@boxa}{%
\offinterlineskip
@@ -1421,13 +1487,13 @@
\endgroup
}
-\CF at def\Chemabove{\begingroup\let\CF at tmp@str\@gobble\CF at chemabove@a}
+\def\Chemabove{\begingroup\let\CF at tmp@str\CF at gobarg\CF at chemabove@a}
-\CF at def\chemabove{\begingroup\let\CF at tmp@str\@firstofone\CF at chemabove@a}
+\def\chemabove{\begingroup\let\CF at tmp@str\CF at id\CF at chemabove@a}
-\CF at def\CF at chemabove@a{\@testopt\CF at chemabove@b\CF at stacksep}
+\def\CF at chemabove@a{\CF at testopt\CF at chemabove@b\CF at stacksep}
-\CF at def\CF at chemabove@b[#1]#2#3{%
+\def\CF at chemabove@b[#1]#2#3{%
\setbox\CF at box@boxa\hbox{\printatom{#2}}%
\expandafter\vbox\CF at tmp@str{to\ht\CF at box@boxa}{%
\offinterlineskip
@@ -1439,9 +1505,9 @@
\endgroup
}
-\CF at def\chemmove{\@testopt\CF at chemmove{}}
+\def\chemmove{\CF at testopt\CF at chemmove{}}
-\CF at def\CF at chemmove[#1]#2{%
+\def\CF at chemmove[#1]#2{%
\CF at doifnotempty{#2}%
{\expandafter\tikzpicture\romannumeral\CF at ifempty{#1}%
{\z@[overlay,remember picture,-CF]}
@@ -1451,26 +1517,26 @@
}%
}
-\CF at def\chemnameinit#1{%
+\def\chemnameinit#1{%
\setbox\CF at stuff@box\hbox{#1}%
\xdef\CF at dp@max{\the\dp\CF at stuff@box}%
}
\let\CF at dp@max\z@
-\CF at def\CF at parse@molname#1\\#2\@nil{%
+\def\CF at parse@molname#1\\#2\@nil{%
\hbox to\CF at wd@stuffbox{\hss#1\hss}%
\CF at doifnotempty{#2}{\CF at parse@molname#2\@nil}%
}
-\CF at def\chemname{%
- \@ifstar
+\def\chemname{%
+ \CF at ifstar
{\CF at name@dp at adjustfalse\CF at chemname@a}
{\CF at name@dp at adjusttrue \CF at chemname@a}%
}
-\CF at def\CF at chemname@a{\@testopt\CF at chemname@b{1.5ex}}
+\def\CF at chemname@a{\CF at testopt\CF at chemname@b{1.5ex}}
-\CF at def\CF at chemname@b[#1]#2#3{%
+\def\CF at chemname@b[#1]#2#3{%
\setbox\CF at stuff@box\hbox{#2}%
\edef\CF at wd@stuffbox{\the\wd\CF at stuff@box}\edef\CF at dp@stuffbox{\the\dp\CF at stuff@box}%
\leavevmode
@@ -1483,61 +1549,16 @@
}%
}
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-%%% S C H E M A S R E A C T I O N N E L S %%%
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%% S C H \xC9 M A S R \xC9 A C T I O N N E L S %%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\let\CF at scheme@nest\z@
-\newcount\CF at compound@cnt
+\def\CF at subscheme{\CF at testopt\CF at subscheme@a{}}
+\def\CF at subscheme@a[#1]{\CF at testopt{\CF at subscheme@b[#1]}{text}}
+\def\CF at subscheme@b[#1][#2]#3{\schemestart[#1][#2]#3\schemestop}
-\newdimen\CF at arrow@size
-
-\newif\ifCF at name@start
-\newif\ifCF at name@end
-\newif\ifCF at reac@debug
-
-\let\CF at scheme@nest\z@% ne PAS modifier cette ligne !
-
-\CF at def\CF at subscheme{\@testopt\CF at subscheme@a{}}
-\CF at def\CF at subscheme@a[#1]{\@testopt{\CF at subscheme@b[#1]}{text}}
-\CF at def\CF at subscheme@b[#1][#2]#3{\schemestart[#1][#2]#3\schemestop}
-
-\CF at def\schemedebug#1{\ifcsname CF at reac@debug#1\endcsname\csname CF at reac@debug#1\endcsname\else\CF at reac@debugfalse\fi}
-\schemedebug{false}
-
-\CF at def\setcompoundstyle{\def\CF at default@compound at style}
-\setcompoundstyle{}
-
-\CF at def\CF at set@style#1,#2,#3\@nil#4#5#6{%
- \def#4{#1}%
- \CF at exp@second{\def#5}{#2}%
- \CF at expadd@tocs#6{#3}
- \CF at twoexp@second{\def#6}{\expandafter\CF at sanitize@lastitem#6,\@empty\@nil}%
-}
-
-\CF at def\setarrowdefault#1{%
- \def\CF at default@arrow at style{-CF,}% style minimal par d\'efaut
- \CF at set@style#1,\@empty,\@empty\@nil\CF at default@arrow at angle\CF at default@arrow at length\CF at default@arrow at style
- \CF at doifempty\CF at default@arrow at angle{\def\CF at default@arrow at angle{0}}%
- \CF at doifempty\CF at default@arrow at length{\def\CF at default@arrow at length{1}}%
-}
-\setarrowdefault{}% style de fl\`eche
-
-\CF at def\setarrowoffset#1{%
- \CF at ifempty{#1}{\def\CF at arrow@offset{1em}}{\def\CF at arrow@offset{#1}}%
-}%
-\setarrowoffset{}
-
-\CF at def\setcompoundsep#1{%
- \CF at ifempty{#1}{\def\CF at compound@sep{5em}}{\def\CF at compound@sep{#1}}%
-}
-\setcompoundsep{}
-
-\CF at def\setarrowlabelsep#1{%
- \CF at ifempty{#1}{\def\CF at arrow@labelsep{3pt}}{\def\CF at arrow@labelsep{#1}}%
-}
-\setarrowlabelsep{}
-
-\CF at def\chemleft#1#2\chemright#3{%
+\def\chemleft#1#2\chemright#3{%
\leavevmode
\begingroup
\setbox\z@\hbox{$\vcenter{\hbox{}}$}\edef\CF at delim@math at ht{\the\ht\z@}%
@@ -1548,11 +1569,11 @@
\endgroup
}
-\CF at def\chemright#1{%
- \immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: "\string\chemright\string#1"ignored! No \string\chemleft\space previously found.^^J}%
+\def\chemright#1{%
+ \immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: "\string\chemright\string#1"ignored! No \string\chemleft\space previously found.^^J}%
}
-\CF at def\chemup#1#2\chemdown#3{%
+\def\chemup#1#2\chemdown#3{%
\begingroup
\setbox\z@\hbox{\printatom{#2}}\edef\CF at delim@dim{\the\dimexpr\wd\z@/\tw@}%
\tikzpicture[every node/.style={inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@},baseline]%
@@ -1563,88 +1584,98 @@
\endgroup
}
-\CF at def\chemdown#1{%
- \immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: "\string\chemdown\string#1" ignored! No \string\chemup\space previously found.^^J}%
+\def\chemdown#1{%
+ \immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: "\string\chemdown\string#1" ignored! No \string\chemup\space previously found.^^J}%
}
-\CF at def\CF at and{\futurelet\CF at toks@a\CF at and@a}
+\def\CF at set@style#1,#2,#3\@nil#4#5#6{%
+ \def#4{#1}\let#5\empty\let#6\empty
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#2\relax}
+ {}%
+ {\def#5{#2}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#3\relax}
+ {}%
+ {\CF at set@style at a#3\@nil#6}%
+ }%
+}
+\def\CF at set@style at a#1,\CF at quark#2\@nil#3{\def#3{#1}}
-\CF at def\CF at and@a{%
+\def\CF at and{\futurelet\CF at toks@a\CF at and@a}
+
+\def\CF at and@a{%
\CF at ifx\CF at toks@a\bgroup
\CF at and@b
{\CF at and@b{}}%
}
-\CF at def\CF at and@b#1{%
- \let\CF at sign@vshift\@empty
- \CF at set@style#1,\@empty,\@empty\@nil\CF at signspace@ante\CF at signspace@post\CF at sign@vshift
- \CF at doifempty\CF at signspace@ante{\let\CF at signspace@ante\CF at signspace@ante at default}%
- \CF at doifempty\CF at signspace@post{\let\CF at signspace@post\CF at signspace@post at default}%
- \CF at doifempty\CF at sign@vshift{\let\CF at sign@vshift\CF at sign@vshift at default}%
+\def\CF at and@b#1{%
+ \CF at set@style#1,\CF at quark,\CF at quark\@nil\CF at signspace@ante\CF at signspace@post\CF at sign@vshift
+ \CF at doifempty\CF at signspace@ante{\CF at valuetomacro\CF at signspace@ante[0.5em]{+ sep left}}%
+ \CF at doifempty\CF at signspace@post{\CF at valuetomacro\CF at signspace@post[0.5em]{+ sep right}}%
+ \CF at doifempty\CF at sign@vshift{\CF at valuetomacro\CF at sign@vshift[0pt]{+ vshift}}%
\raise\CF at sign@vshift\hbox{\kern\CF at signspace@ante$+$\kern\CF at signspace@post}%
}
-\CF at def\setandsign#1{%
- \let\CF at sign@vshift at default\@empty
- \CF at set@style#1,\@empty,\@empty\@nil\CF at signspace@ante at default\CF at signspace@post at default\CF at sign@vshift at default
- \CF at doifempty\CF at signspace@ante at default{\def\CF at signspace@ante at default{.5em}}%
- \CF at doifempty\CF at signspace@post at default{\def\CF at signspace@post at default{.5em}}%
- \CF at doifempty\CF at sign@vshift at default{\let\CF at sign@vshift at default\z@}%
-}
-\setandsign{}
-
-\CF at def\schemestart{%
+\def\schemestart{%
\xdef\CF at scheme@nest{\number\numexpr\CF at scheme@nest+\@ne}%
- \@testopt\CF at schemestart@a{}%
+ \CF at testopt\CF at schemestart@a{}%
}
-\CF at def\CF at schemestart@a[#1]{%
- \let\CF at arrow@style\@empty
- \CF at set@style#1,\@empty,\@empty\@nil\CF at arrow@angle\CF at arrow@length\CF at arrow@style
- \CF at doifempty\CF at arrow@angle{\let\CF at arrow@angle\CF at default@arrow at angle}%
- \CF at doifempty\CF at arrow@length{\let\CF at arrow@length\CF at default@arrow at length}%
- \CF at ifx\@empty\CF at arrow@style
+\def\CF at schemestart@a[#1]{%
+ \CF at valuetomacro\default at compound@style[]{compound style}%
+ \CF at set@style#1,\CF at quark,\CF at quark\@nil\CF at arrow@angle\CF at arrow@length\CF at arrow@style
+ \CF at doifempty\CF at arrow@angle{\CF at valuetomacro\CF at arrow@angle[0]{arrow angle}}%
+ \CF at doifempty\CF at arrow@length{\CF at valuetomacro\CF at arrow@length[1]{arrow coeff}}%
+ \CF at valuetomacro\CF at default@arrow at style[]{arrow style}%
+ \CF at valuetomacro\CF at arrow@offset[1em]{arrow offset}%
+ \CF at valuetomacro\CF at compound@sep[5em]{compound sep}%
+ \CF at valuetomacro\CF at arrow@labelsep[3pt]{arrow label sep}%
+ \CF at eexp@second{\CF at preadd@tocs\CF at default@arrow at style}{\useKV[chemfig]{arrow head},}%
+ \CF at ifx\empty\CF at arrow@style
{\let\CF at arrow@style\CF at default@arrow at style}
- {\CF at twoexp@second{\def\CF at arrow@style}{\expandafter\CF at default@arrow at style\expandafter,\CF at arrow@style}}% se rajoute apr\`es le style par d\'efaut
- \ifCF at reac@debug
- \tikzpicture[every node/.style={draw,anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=1.5pt},baseline,remember picture]%
- \else
- \tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@},baseline,remember picture]%
- \fi
+ {\CF at exp@second{\CF at preadd@tocs\CF at arrow@style}{\CF at default@arrow at style,}}% se rajoute apr\xE8s le style par d\xE9faut
+ \CF at valuetomacro\CF at arrow@double at sep[2pt]{arrow double sep}%
+ \pgfmathsetmacro\CF at arrow@double at sep{\CF at arrow@double at sep/2}%
+ \CF at valuetomacro\CF at arrow@double at pos@start[0.6]{arrow double coeff}%
+ \pgfmathsetmacro\CF at arrow@double at pos@start{(1-\CF at arrow@double at pos@start)/2}%
+ \pgfmathsetmacro\CF at arrow@double at pos@end{1-\CF at arrow@double at pos@start}%
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}
+ {\tikzpicture[every node/.style={draw,anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=1.5pt},baseline,remember picture]%
+ }
+ {\tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=\z@,outer sep=\z@,minimum size=\z@},baseline,remember picture]%
+ }%
\let\merge\CF at merge
\expandafter\let\csname+\endcsname\CF at and
\let\arrow\CF at arrow
\let\schemestop\CF at schemestop
\let\subscheme\CF at subscheme
- \@testopt{\CF at schemestart@b[#1]}{text}%
+ \CF at testopt{\CF at schemestart@b[#1]}{text}%
}
-\CF at def\CF at schemestart@b[#1][#2]{%
- \ifnum\CF at scheme@nest=\@ne% la commande n'est pas imbriqu\'ee ?
+\def\CF at schemestart@b[#1][#2]{%
+ \ifnum\CF at scheme@nest=\@ne% la commande n'est pas imbriqu\xE9e ?
\CF at compound@cnt\z@
\fi
\edef\CF at current@nodename{c\number\CF at compound@cnt}%
- \let\CF at next@nodename\@empty
- \let\CF at next@nodestyle\@empty
- \let\CF at direct@arrow at list\@empty
- \ifCF at reac@debug
- \node[fill,green](\CF at current@nodename){};%
- \else
- \node(\CF at current@nodename){};%
- \fi
+ \let\CF at next@nodename\empty
+ \let\CF at next@nodestyle\empty
+ \let\CF at direct@arrow at list\empty
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}
+ {\node[fill,green](\CF at current@nodename){};}
+ {\node(\CF at current@nodename){};}%
\def\CF at next@nodeanchor{#2}%
\CF at doifempty\CF at next@nodeanchor{\def\CF at next@nodeanchor{text}}%
- \let\CF at compound\@empty
+ \let\CF at compound\empty
\CF at schemestart@c
}
-\CF at def\CF at schemestart@c{%
+\def\CF at schemestart@c{%
\futurelet\CF at toks@a\CF at schemestart@e
}
-\expandafter\CF at def\expandafter\CF at schemestart@d\space{\futurelet\CF at toks@a\CF at schemestart@e}
+\expandafter\def\expandafter\CF at schemestart@d\space{\futurelet\CF at toks@a\CF at schemestart@e}
-\CF at def\CF at schemestart@e{% ... et l'examine :
+\def\CF at schemestart@e{% ... et l'examine :
\CF at if@firsttokin at a{\arrow\schemestop\merge}%
{}
{\CF at ifx\CF at toks@a\bgroup
@@ -1660,21 +1691,21 @@
}%
}
-\CF at def\CF at add@nextarg#1{\CF at add@tocs\CF at compound{{#1}}\CF at schemestart@c}
+\def\CF at add@nextarg#1{\CF at add@tocs\CF at compound{{#1}}\CF at schemestart@c}
-\CF at def\CF at display@compound#1#2{% #1 = nom et #2 = style
+\def\CF at display@compound#1#2{% #1 = nom et #2 = style
\CF at doifnotempty\CF at compound
{\global\advance\CF at compound@cnt\@ne
- \CF at ifx\CF at default@compound at style\@empty
- {\let\CF at current@nodestyle\@empty}
- {\CF at exp@second{\def\CF at current@nodestyle}{\CF at default@compound at style,}}%
+ \CF at ifx\default at compound@style\empty
+ {\let\CF at current@nodestyle\empty}
+ {\CF at exp@second{\def\CF at current@nodestyle}{\default at compound@style,}}%
\CF at add@tocs\CF at current@nodestyle{anchor=\CF at next@nodeanchor,at=(\CF at current@nodename)}%
\CF at ifempty{#2}%
{\CF at doifnotempty\CF at next@nodestyle
- {\CF at expadd@tocs\CF at current@nodestyle{\expandafter,\CF at next@nodestyle}}%
+ {\CF at eadd@tocs\CF at current@nodestyle{\expandafter,\CF at next@nodestyle}}%
}
{\CF at doifnotempty\CF at next@nodestyle
- {\immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: two styles for the same node, first style "\CF at next@nodestyle" ignored^^J}%
+ {\immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: two styles for the same node, first style "\CF at next@nodestyle" ignored^^J}%
}%
\CF at add@tocs\CF at current@nodestyle{,#2}%
}%
@@ -1682,19 +1713,20 @@
{\edef\CF at tmp@str{\CF at ifempty\CF at next@nodename{c\number\CF at compound@cnt}{\CF at next@nodename}}%
}
{\CF at doifnotempty\CF at next@nodename
- {\immediate\write\CF at unused{Package \CF at package@name\space Warning: two names for the same node, first name "\CF at next@nodename" ignored^^J}%
+ {\immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: two names for the same node, first name "\CF at next@nodename" ignored^^J}%
}%
\edef\CF at tmp@str{#1}%
}%
\expandafter\node\expandafter[\CF at current@nodestyle](\CF at tmp@str){\CF at compound};%
- \ifCF at reac@debug
- \node[draw=none,anchor=270,at=(\CF at tmp@str.90),fill=green!60,overlay,opacity=0.5]{\scriptsize\bfseries\CF at tmp@str};%
- \fi
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}%
+ {\node[draw=none,anchor=270,at=(\CF at tmp@str.90),fill=green!60,overlay,opacity=0.5]{\scriptsize\bfseries\CF at tmp@str};%
+ }
+ {}%
\let\CF at current@nodename\CF at tmp@str
}%
}
-\CF at def\CF at schemestop{%
+\def\CF at schemestop{%
\CF at display@compound{}{}%
\CF at direct@arrow at list
\endtikzpicture
@@ -1701,52 +1733,52 @@
\xdef\CF at scheme@nest{\number\numexpr\CF at scheme@nest-\@ne}%
}
-\CF at def\CF at analyse@arrowarg#1{\CF at analyse@arrowarg at i#1[]\@nil}
+\def\CF at analyse@arrowarg#1{\CF at analyse@arrowarg at i#1[]\@nil}
-\CF at def\CF at analyse@arrowarg at i#1[#2]#3\@nil{%
+\def\CF at analyse@arrowarg at i#1[#2]#3\@nil{%
\CF at if@instr{#1}.{\CF at add@tocs\CF at tmp@str{#1[#2]}}{\CF at add@tocs\CF at tmp@str{#1.[#2]}}%
}
-\CF at def\CF at arrow{%
- \@ifnextchar(%
+\def\CF at arrow{%
+ \CF at ifnextchar(%
\CF at arrow@a
- {\@ifnextchar\bgroup{\CF at arrow@b(.[]--.[])}{\CF at arrow@b(.[]--.[]){}}}%
+ {\CF at ifnextchar\bgroup{\CF at arrow@b(.[]--.[])}{\CF at arrow@b(.[]--.[]){}}}%
}
-\CF at def\CF at arrow@a(#1--#2){%
+\def\CF at arrow@a(#1--#2){%
\def\CF at tmp@str{(}%
\CF at analyse@arrowarg{#1}%
\CF at add@tocs\CF at tmp@str{--}%
\CF at analyse@arrowarg{#2}%
\CF at add@tocs\CF at tmp@str)%
- \@ifnextchar\bgroup{\expandafter\CF at arrow@b\CF at tmp@str}{\expandafter\CF at arrow@b\CF at tmp@str{}}%
+ \CF at ifnextchar\bgroup{\expandafter\CF at arrow@b\CF at tmp@str}{\expandafter\CF at arrow@b\CF at tmp@str{}}%
}
-\CF at def\CF at arrow@b(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])#7{%
- \def\CF at current@arrowtype{#7}% nom de la fl\`eche
+\def\CF at arrow@b(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])#7{%
+ \def\CF at current@arrowtype{#7}% nom de la fl\xE8che
\CF at doifempty\CF at current@arrowtype{\def\CF at current@arrowtype{->}}%
- \@testopt{\CF at arrow@c(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])}{}%
+ \CF at testopt{\CF at arrow@c(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])}{}%
}
-\CF at def\CF at arrow@c(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])[#7]{%
+\def\CF at arrow@c(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])[#7]{%
\def\CF at tmp@str{\CF at arrow@e(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])}%
- \CF at arrow@d#7,\@empty,\@empty\@nil
+ \CF at arrow@d#7,\empty,\empty\@nil
}
-\CF at def\CF at arrow@d#1,#2,#3\@nil{%
+\def\CF at arrow@d#1,#2,#3\@nil{%
\CF at add@tocs\CF at tmp@str{{#1}}%
- \CF at expadd@tocs\CF at tmp@str{\expandafter{#2}}%
- \expandafter\CF at expadd@tocs\expandafter\CF at tmp@str\expandafter{\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF at sanitize@lastitem#3,\@empty\@nil}}%
+ \CF at eadd@tocs\CF at tmp@str{\expandafter{#2}}%
+ \expandafter\CF at eadd@tocs\expandafter\CF at tmp@str\expandafter{\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF at sanitize@lastitem#3,\empty\@nil}}%
\CF at tmp@str
}
% #1, #4 : nom des nodes #2, #5 : ancres des nodes #3, #6 : styles des nodes
-% #7 : angle fl\`eche #8 : longueur fl\`eche #9 : style tikz de la fl\`eche
-\CF at def\CF at arrow@e(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])#7#8#9{%
+% #7 : angle fl\xE8che #8 : longueur fl\xE8che #9 : style tikz de la fl\xE8che
+\def\CF at arrow@e(#1.#2[#3]--#4.#5[#6])#7#8#9{%
\let\CF at arrow@current at style\CF at arrow@style
- \if\CF at arobas\expandafter\@car\detokenize{#1.}\@nil% si #1 commence par @
- \if\CF at arobas\expandafter\@car\detokenize{#4.}\@nil
- \CF at expadd@tocs\CF at direct@arrow at list{\expandafter\CF at direct@arrow\expandafter{\CF at current@arrowtype}{#1}{#2}{#4}{#5}{#9}}%
+ \if\CF at arobas\expandafter\CF at firsttonil\detokenize{#1.}\@nil% si #1 commence par @
+ \if\CF at arobas\expandafter\CF at firsttonil\detokenize{#4.}\@nil
+ \CF at eadd@tocs\CF at direct@arrow at list{\expandafter\CF at direct@arrow\expandafter{\CF at current@arrowtype}{#1}{#2}{#4}{#5}{#9}}%
\let\CF at next@action\CF at schemestart@c
\else
\CF at doifnotempty\CF at arrow@current at style{\CF at add@tocs\CF at arrow@current at style,}%
@@ -1753,7 +1785,7 @@
\CF at doifnotempty{#9}{\CF at add@tocs\CF at arrow@current at style{#9,}}%
\CF at display@compound{}{#3}%
\def\CF at next@nodename{#4}%
- \CF at exp@second{\def\CF at current@nodename}{\@gobble#1}%
+ \CF at exp@second{\def\CF at current@nodename}{\CF at gobarg#1}%
\let\CF at arrow@start at name\CF at current@nodename
\let\CF at arrow@end at name\CF at next@nodename
\CF at arrow@f{#7}{#8}{#2}{#5}%
@@ -1762,8 +1794,8 @@
\else
\CF at doifnotempty\CF at arrow@current at style{\CF at add@tocs\CF at arrow@current at style,}%
\CF at doifnotempty{#9}{\CF at add@tocs\CF at arrow@current at style{#9,}}%
- \if\CF at arobas\expandafter\@car\detokenize{#2.}\@nil
- \errmessage{Package \CF at package@name\space Error: syntax "(<name>--@<name>)" is not allowed}%
+ \if\CF at arobas\expandafter\CF at firsttonil\detokenize{#2.}\@nil
+ \errmessage{Package \CFname\space Error: syntax "(<name>--@<name>)" is not allowed}%
\else
\CF at display@compound{#1}{#3}%
\edef\CF at arrow@start at name{\CF at ifempty{#1}\CF at current@nodename{#1}\CF at doifnotempty{#2}{.#2}}%
@@ -1772,12 +1804,12 @@
\def\CF at next@nodestyle{#6}%
\fi
\fi
- \CF at arrow@gobspaces% mange les espaces puis ex\'ecute \CF at next@action
+ \CF at arrow@gobspaces% mange les espaces puis ex\xE9cute \CF at next@action
}
-\CF at def\CF at arrow@gobspaces{\futurelet\CF at toks@a\CF at arrow@gobspaces at a}
+\def\CF at arrow@gobspaces{\futurelet\CF at toks@a\CF at arrow@gobspaces at a}
-\CF at def\CF at arrow@gobspaces at a{%
+\def\CF at arrow@gobspaces at a{%
\CF at ifx\@sptoken\CF at toks@a
\CF at arrow@gobspaces at b
\CF at next@action
@@ -1785,19 +1817,19 @@
\expandafter\def\expandafter\CF at arrow@gobspaces at b\space{\futurelet\CF at toks@a\CF at arrow@gobspaces at a}
-\CF at def\CF at arrow@f#1#2#3#4{% #1=angle #2=longueur #3=ancre d\'epart #4=ancre arriv\'ee
- \def\CF at next@action{\let\CF at compound\@empty\CF at schemestart@c}%
+\def\CF at arrow@f#1#2#3#4{% #1=angle #2=longueur #3=ancre d\xE9part #4=ancre arriv\xE9e
+ \def\CF at next@action{\let\CF at compound\empty\CF at schemestart@c}%
\def\CF at arrow@current at angle{#1}\CF at doifempty\CF at arrow@current at angle{\let\CF at arrow@current at angle\CF at arrow@angle}%
\def\CF at current@arrow at length{#2}\CF at doifempty\CF at current@arrow at length{\let\CF at current@arrow at length\CF at arrow@length}%
\node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at current@arrow at length*\CF at compound@sep),cyan,fill](end at arrow@i@\number\CF at scheme@nest){};%
\edef\CF at arrow@end at name{end at arrow@i@\number\CF at scheme@nest\CF at doifnotempty{#4}{.#4}}%
- \ifCF at reac@debug
- \node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at arrow@offset),red,fill](start at arrow){};%
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}
+ {\node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at arrow@offset),red,fill](start at arrow){};%
\node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at current@arrow at length*\CF at compound@sep-\CF at arrow@offset),red,fill](end at arrow){};%
- \else
- \node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at arrow@offset)](start at arrow){};%
+ }
+ {\node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at arrow@offset)](start at arrow){};%
\node[at=(\CF at current@nodename.\CF at ifempty{#3}\CF at arrow@current at angle{#3}),shift=(\CF at arrow@current at angle:\CF at current@arrow at length*\CF at compound@sep-\CF at arrow@offset)](end at arrow){};%
- \fi
+ }%
\def\CF at arrow@start at node{start at arrow}\def\CF at arrow@end at node{end at arrow}%
\csname\expandafter\CF at grab@arrow at name\CF at current@arrowtype[\@nil\CF at three@ea\endcsname
\expandafter\CF at grab@arrow at args\CF at current@arrowtype[]\@nil[][][][][][][][]\@nil
@@ -1805,26 +1837,26 @@
\edef\CF at next@nodeanchor{\CF at ifempty{#4}{180+\CF at arrow@current at angle}{#4}}%
}
-% trace un fl\`eche initi\'ee par (@nom-- at nom)
-% #1=type de fl\`eche #2=nom depart #3=ancre d\'epart #4=nom arriv\'ee #5=ancre arriv\'ee #6=style fl\`eche
-\CF at def\CF at direct@arrow#1#2#3#4#5#6{%
- \CF at exp@second{\def\CF at arrow@start at name}{\@gobble#2}%
- \CF at exp@second{\def\CF at arrow@end at name}{\@gobble#4}%
- \path[sloped,allow upside down](\@gobble#2\ifx\@empty#3\@empty\else.#3\fi)--(\@gobble#4\ifx\@empty#5\@empty\else.#5\fi)%
+% trace un fl\xE8che initi\xE9e par (@nom-- at nom)
+% #1=type de fl\xE8che #2=nom depart #3=ancre d\xE9part #4=nom arriv\xE9e #5=ancre arriv\xE9e #6=style fl\xE8che
+\def\CF at direct@arrow#1#2#3#4#5#6{%
+ \CF at exp@second{\def\CF at arrow@start at name}{\CF at gobarg#2}%
+ \CF at exp@second{\def\CF at arrow@end at name}{\CF at gobarg#4}%
+ \path[sloped,allow upside down](\CF at gobarg#2\ifx\empty#3\empty\else.#3\fi)--(\CF at gobarg#4\ifx\empty#5\empty\else.#5\fi)%
coordinate[pos=0,xshift=\CF at arrow@offset](start at direct@arrow)%
coordinate[pos=1,xshift=-\CF at arrow@offset](end at direct@arrow);%
\def\CF at arrow@start at node{start at direct@arrow}%
\def\CF at arrow@end at node{end at direct@arrow}%
\pgfmathanglebetweenpoints
- {\pgfpointanchor{\@gobble#2}{\ifx\@empty#3\@empty center\else#3\fi}}% Ne pas utiliser \CF at ifempty ici !!!
- {\pgfpointanchor{\@gobble#4}{\ifx\@empty#5\@empty center\else#5\fi}}%
+ {\pgfpointanchor{\CF at gobarg#2}{\ifx\empty#3\empty center\else#3\fi}}% Ne pas utiliser \CF at ifempty ici !!!
+ {\pgfpointanchor{\CF at gobarg#4}{\ifx\empty#5\empty center\else#5\fi}}%
\let\CF at arrow@current at angle\pgfmathresult
\CF at doifnotempty{#6}{\CF at add@tocs\CF at arrow@current at style{#6,}}%
\csname\CF at grab@arrow at name#1[]\@nil\expandafter\endcsname\CF at grab@arrow at args#1[]\@nil[][][][][][][][]\@nil
}
-\CF at def\CF at merge@grab at chardir#1[#2][#3]#4\@nil{%
- \expandafter\futurelet\expandafter\CF at toks@a\expandafter\CF at gobtonil\@car#1>\@nil\@nil
+\def\CF at merge@grab at chardir#1[#2][#3]#4\@nil{%
+ \expandafter\futurelet\expandafter\CF at toks@a\expandafter\CF at gobtonil\CF at firsttonil#1>\@nil\@nil
\ifx>\CF at toks@a\def\CF at merge@angle{0}\def\CF at merge@extreme{xmax}\def\CF at merge@sign{+}\else
\ifx<\CF at toks@a\def\CF at merge@angle{180}\def\CF at merge@extreme{xmin}\def\CF at merge@sign{-}\else
\ifx^\CF at toks@a\def\CF at merge@angle{90}\def\CF at merge@extreme{ymax}\def\CF at merge@sign{+}\else
@@ -1833,23 +1865,23 @@
\def\CF at merge@labelup{#2}\def\CF at merge@labeldo{#3}%
}
-\CF at def\CF at merge#1({%
+\def\CF at merge#1({%
\CF at merge@grab at chardir#1[][]\@nil
\CF at merge@a(%
}
-\CF at def\CF at merge@a#1--(#2){\@testopt{\CF at merge@b#1--(#2)}{}}
+\def\CF at merge@a#1--(#2){\CF at testopt{\CF at merge@b#1--(#2)}{}}
-\CF at def\CF at merge@b#1--(#2)[#3]{%
+\def\CF at merge@b#1--(#2)[#3]{%
\CF at display@compound{}{}%
- \CF at parse@mergeopt#3,\@empty,\@empty,\@empty\@nil
+ \CF at parse@mergeopt#3,\CF at quark,\CF at quark,\CF at quark\@nil
\def\CF at merge@xmax{-16383.99999pt}\let\CF at merge@ymax\CF at merge@xmax
\def\CF at merge@xmin{16383.99999pt}\let\CF at merge@ymin\CF at merge@xmin
\CF at merge@parse at nodelist#1(\relax)% calcule les maxi des positions
\pgfmathsetmacro\CF at merge@extreme at result{\csname CF at merge@\CF at merge@extreme\endcsname\CF at merge@sign\CF at merge@fromcoeff*\CF at compound@sep}%
- \CF at merge@c#1(\relax)% trace les lignes entre les noeuds pr\'ec\'edents et la ligne de jonction
+ \CF at merge@c#1(\relax)% trace les lignes entre les noeuds pr\xE9c\xE9dents et la ligne de jonction
\CF at exp@second{\def\CF at tmp@str}{\expandafter[\CF at merge@style,shorten <=0,shorten >=0,-]}%
- \if x\expandafter\@car\CF at merge@extreme\@nil
+ \if x\expandafter\CF at firsttonil\CF at merge@extreme\@nil
\CF at add@tocs\CF at tmp@str{(\CF at merge@extreme at result pt,\CF at merge@ymax)--(\CF at merge@extreme at result pt,\CF at merge@ymin)}%
\else
\CF at add@tocs\CF at tmp@str{(\CF at merge@xmin,\CF at merge@extreme at result pt)--(\CF at merge@xmax,\CF at merge@extreme at result pt)}%
@@ -1861,18 +1893,18 @@
\expandafter\draw\expandafter[\CF at merge@style,shorten <=0](merge at point)--(end at merge)%
\expandafter\CF at arrow@display at label@a\expandafter{\CF at merge@labelup}{.5}+\expandafter\CF at arrow@display at label@a\expandafter{\CF at merge@labeldo}{.5}-;%
\def\CF at current@nodename{end at merge@i}%
- \let\CF at tmp@str\@empty
+ \let\CF at tmp@str\empty
\CF at analyse@arrowarg{#2}%
\expandafter\CF at merge@d\CF at tmp@str\@nil
}
-\CF at def\CF at merge@c(#1){%
- \if\relax\expandafter\noexpand\@car#1\@nil
+\def\CF at merge@c(#1){%
+ \if\relax\expandafter\noexpand\CF at firsttonil#1\@nil
\else
\CF at if@stop{#1}%
{\edef\merge at current@nodename{\CF at before@stop#1\@nil}\edef\merge at current@anchor{\CF at after@stop#1\@nil}}%
{\def\merge at current@nodename{#1}\let\merge at current@anchor\CF at merge@angle}%
- \if x\expandafter\@car\CF at merge@extreme\@nil
+ \if x\expandafter\CF at firsttonil\CF at merge@extreme\@nil
\pgfextracty\CF at dim{\pgfpointanchor\merge at current@nodename\merge at current@anchor}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at merge@style,shorten >=0,-]([shift=(\CF at merge@angle:\CF at arrow@offset)]\merge at current@nodename.\merge at current@anchor)--(\CF at merge@extreme at result pt,\CF at dim);%
\else
@@ -1883,24 +1915,38 @@
\fi
}
-\CF at def\CF at merge@d#1.#2[#3]\@nil{%
+\def\CF at merge@d#1.#2[#3]\@nil{%
\def\CF at next@nodename{#1}%
\edef\CF at next@nodeanchor{\CF at ifempty{#2}{180+\CF at merge@angle}{#2}}%
\def\CF at next@nodestyle{#3}%
- \let\CF at compound\@empty
+ \let\CF at compound\empty
\CF at schemestart@c
}
-\CF at def\CF at parse@mergeopt#1,#2,#3,#4\@nil{%
+\def\CF at parse@mergeopt#1,#2,#3,#4\@nil{%
\CF at ifempty{#1}{\def\CF at merge@fromcoeff{0.5}}{\def\CF at merge@fromcoeff{#1}}%
- \CF at exp@second{\def\CF at merge@tocoeff}{#2}\CF at doifempty\CF at merge@tocoeff{\def\CF at merge@tocoeff{0.5}}%
- \CF at exp@second{\def\CF at merge@splitcoeff}{#3}\CF at doifempty\CF at merge@splitcoeff{\def\CF at merge@splitcoeff{0.5}}%
- \def\CF at merge@style{-CF}\CF at doifnotempty{#4}{\CF at expadd@tocs\CF at merge@style{\expandafter,#4}}%
- \CF at twoexp@second{\def\CF at merge@style}{\expandafter\CF at sanitize@lastitem\CF at merge@style,\@empty\@nil}%
+ \def\CF at merge@tocoeff{0.5}%
+ \def\CF at merge@splitcoeff{0.5}%
+ \CF at eexp@second{\def\CF at merge@style}{\useKV[chemfig]{arrow head}}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#2\relax}
+ {}
+ {\CF at ifempty{#2}{\def\CF at merge@tocoeff{0.5}}{\def\CF at merge@tocoeff{#2}}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#3\relax}
+ {}
+ {\CF at ifempty{#3}{\def\CF at merge@splitcoeff{0.5}}{\def\CF at merge@splitcoeff{#3}}%
+ \CF at if@firsttokmatch\CF at quark{#4\relax}
+ {}
+ {\CF at parse@mergeopt at i#4\@nil}%
+ }%
+ }%
}
-\CF at def\CF at merge@parse at nodelist(#1){%
- \if\relax\expandafter\noexpand\@car#1\@nil
+\def\CF at parse@mergeopt at i#1,\CF at quark#2\@nil{%
+ \CF at ifempty{#1}{}{\CF at add@tocs\CF at merge@style{,#1}}%
+}
+
+\def\CF at merge@parse at nodelist(#1){%
+ \if\relax\expandafter\noexpand\CF at firsttonil#1\@nil
\else
\CF at if@stop{#1}%
{\edef\merge at current@nodename{\CF at before@stop#1\@nil}\edef\merge at current@anchor{\CF at after@stop#1\@nil}}%
@@ -1915,16 +1961,16 @@
\fi
}
-\CF at def\CF at grab@arrow at name#1[#2\@nil{\detokenize{CF at arrow(#1)}}
-\CF at def\CF at grab@arrow at args#1[#2\@nil{[#2}
+\def\CF at grab@arrow at name#1[#2\@nil{\detokenize{CF at arrow(#1)}}
+\def\CF at grab@arrow at args#1[#2\@nil{[#2}
-\CF at def\CF at make@parameter at text#1{%
+\def\CF at make@parameter at text#1{%
\toks\z@{}%
\CF at cnt@groupnumber#1\relax
\CF at make@parameter at text@a1%
}
-\CF at def\CF at make@parameter at text@a#1{%
+\def\CF at make@parameter at text@a#1{%
\unless\ifnum#1>\CF at cnt@groupnumber
\toks\z@\expandafter{\the\toks\z@[###1]}%
\expandafter\CF at make@parameter at text@a\expandafter{\number\numexpr#1+1\expandafter}%
@@ -1932,7 +1978,7 @@
}
% #1 est le nombre d'arguments optionnels, #2 est le nom et #3 le code
-\CF at def\definearrow#1#2#3{%
+\def\definearrow#1#2#3{%
\begingroup
\CF at make@parameter at text{#1}%
\expandafter\endgroup
@@ -1939,44 +1985,44 @@
\expandafter\def\csname\detokenize{CF at arrow(#2)}\expandafter\endcsname\the\toks\z@{#3\CF at gobtonil}%
}
-\CF at def\CF at if@stop#1{\CF at if@stop at a#1.\@nil}
-\CF at def\CF at if@stop at a#1.#2\@nil{\ifx\@empty#2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}
-\CF at def\CF at before@stop#1.#2\@nil{#1}
-\CF at def\CF at after@stop#1.#2\@nil{#2}
+\def\CF at if@stop#1{\CF at if@stop at a#1.\@nil}
+\def\CF at if@stop at a#1.#2\@nil{\ifx\empty#2\empty\expandafter\CF at execsecond\else\expandafter\CF at execfirst\fi}
+\def\CF at before@stop#1.#2\@nil{#1}
+\def\CF at after@stop#1.#2\@nil{#2}
-\CF at def\CF at rotate@node*#1#2\@nil{\CF at if@stop{#1}{\CF at before@stop#1\@nil}{#1}}
-\CF at def\CF at anchor@node*#1#2\@nil#3{\CF at if@stop{#1}{\CF at after@stop#1\@nil}{\CF at arrow@current at angle-#390-#1}}
+\def\CF at rotate@node*#1#2\@nil{\CF at if@stop{#1}{\CF at before@stop#1\@nil}{#1}}
+\def\CF at anchor@node*#1#2\@nil#3{\CF at if@stop{#1}{\CF at after@stop#1\@nil}{\CF at arrow@current at angle-#390-#1}}
-% #1 = label #2 = position #3 = + ou - (au dessus ou au dessous) #4 : nom du noeud de d\'epart
+% #1 = label #2 = position #3 = + ou - (au dessus ou au dessous) #4 : nom du noeud de d\xE9part
% #5 = label #6 = position #7 = + ou - (au dessus ou au dessous) #8 : nom du noeud de fin
-\CF at def\CF at arrow@display at label#1#2#3#4#5#6#7#8{%
+\def\CF at arrow@display at label#1#2#3#4#5#6#7#8{%
\CF at doifnotempty{#1#5}
{\path(#4)--(#8)\CF at arrow@display at label@a{#1}{#2}{#3}\CF at arrow@display at label@a{#5}{#6}{#7};}%
}
-\CF at def\CF at arrow@display at label@a#1#2#3{%
+\def\CF at arrow@display at label@a#1#2#3{%
\CF at doifnotempty{#1}
- {\if*\expandafter\@car\detokenize{#1}\@nil
- \ifCF at reac@debug
- node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep,draw,fill,cyan](shifted at node){}%
- node[draw,rotate=\CF at rotate@node#1\@nil,anchor=\CF at anchor@node#1\@nil#3,at=(shifted at node)]{\expandafter\@gobble\@gobble#1}%
- \else
- node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep](shifted at node){}%
- node[rotate=\CF at rotate@node#1\@nil,anchor=\CF at anchor@node#1\@nil#3,at=(shifted at node)]{\expandafter\@gobble\@gobble#1}%
- \fi
+ {\if*\expandafter\CF at firsttonil\detokenize{#1}\@nil
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}
+ {node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep,draw,fill,cyan](shifted at node){}%
+ node[draw,rotate=\CF at rotate@node#1\@nil,anchor=\CF at anchor@node#1\@nil#3,at=(shifted at node)]{\expandafter\CF at gobarg\CF at gobarg#1}%
+ }
+ {node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep](shifted at node){}%
+ node[rotate=\CF at rotate@node#1\@nil,anchor=\CF at anchor@node#1\@nil#3,at=(shifted at node)]{\expandafter\CF at gobarg\CF at gobarg#1}%
+ }%
\else
- \ifCF at reac@debug
- node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep,draw,fill,cyan](shifted at node){}%
+ \ifboolKV[chemfig]{scheme debug}
+ {node[pos=#2,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep,draw,fill,cyan](shifted at node){}%
node[draw,pos=#2,anchor=-#390,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep]{#1}%
- \else
- node[pos=#2,anchor=-#390,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep]{#1}%
- \fi
+ }
+ {node[pos=#2,anchor=-#390,sloped,yshift=#3\CF at arrow@labelsep]{#1}%
+ }
\fi
}%
}
-% pose des noeuds d\'ecal\'es de la dimension #1 \`a (\CF at arrow@start at node) et (\CF at arrow@end at node)
-\CF at def\CF at arrow@shift at nodes#1{%
+% pose des noeuds d\xE9cal\xE9s de la dimension #1 \xE0 (\CF at arrow@start at node) et (\CF at arrow@end at node)
+\def\CF at arrow@shift at nodes#1{%
\unless\ifdim\CF at ifempty{#1}\z@{#1}=\z@
\edef\CF at tmp@str{%
\noexpand\path(\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)%
@@ -2024,12 +2070,12 @@
\definearrow3{<=>}{%
\CF at arrow@shift at nodes{#3}%
\path[allow upside down](\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)%
- node[pos=0,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u0){}%
- node[pos=0,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d0){}%
- node[pos=1,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u1){}%
- node[pos=1,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d1){};%
+ node[pos=0,sloped,yshift=\CF at arrow@double at sep](\CF at arrow@start at node @u0){}%
+ node[pos=0,sloped,yshift=-\CF at arrow@double at sep](\CF at arrow@start at node @d0){}%
+ node[pos=1,sloped,yshift=\CF at arrow@double at sep](\CF at arrow@start at node @u1){}%
+ node[pos=1,sloped,yshift=-\CF at arrow@double at sep](\CF at arrow@start at node @d1){};%
\begingroup
- \pgfarrowharpoontrue
+ \ifboolKV[chemfig]{arrow double harpoon}{\pgfarrowharpoontrue}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @u0)--(\CF at arrow@start at node @u1);%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @d1)--(\CF at arrow@start at node @d0);%
\endgroup
@@ -2040,11 +2086,11 @@
\CF at arrow@shift at nodes{#3}%
\path[allow upside down](\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)%
node[pos=0,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u0){}%
- node[pos=0.2,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d0){}%
+ node[pos=\CF at arrow@double at pos@start,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d0){}%
node[pos=1,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u1){}%
- node[pos=0.8,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d1){};%
+ node[pos=\CF at arrow@double at pos@end,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d1){};%
\begingroup
- \pgfarrowharpoontrue
+ \ifboolKV[chemfig]{arrow double harpoon}{\pgfarrowharpoontrue}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @u0)--(\CF at arrow@start at node @u1);%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @d1)--(\CF at arrow@start at node @d0);%
\endgroup
@@ -2053,12 +2099,12 @@
\definearrow3{<<->}{%
\path[allow upside down](\CF at arrow@start at node)--(\CF at arrow@end at node)%
- node[pos=0.2,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u0){}%
+ node[pos=\CF at arrow@double at pos@start,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u0){}%
node[pos=0,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d0){}%
- node[pos=0.8,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u1){}%
+ node[pos=\CF at arrow@double at pos@end,sloped,yshift=1pt](\CF at arrow@start at node @u1){}%
node[pos=1,sloped,yshift=-1pt](\CF at arrow@start at node @d1){};%
\begingroup
- \pgfarrowharpoontrue
+ \ifboolKV[chemfig]{arrow double harpoon}{\pgfarrowharpoontrue}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @u0)--(\CF at arrow@start at node @u1);%
\expandafter\draw\expandafter[\CF at arrow@current at style](\CF at arrow@start at node @d1)--(\CF at arrow@start at node @d0);%
\endgroup
@@ -2215,227 +2261,287 @@
}%
}
-\chemfigrestorecatcode
+\def\CF at grab@delim#1#2#3\@nil{\def\CF at left@delim{#1}\def\CF at right@delim{#2}}
+\def\polymerdelim[#1]#2#3{%
+ \setKVdefault[CFdelimiters]
+ {delimiters =(),
+ height =10pt,
+ depth ={},
+ open xshift =0pt,
+ close xshift =0pt,
+ indice =n,
+ }%
+ \setKV[CFdelimiters]{#1}%
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF at grab@delim\useKV[CFdelimiters]{delimiters}()\@nil
+ \edef\CF at delim@height{\the\dimexpr\useKV[CFdelimiters]{height}}%
+ \CF at eexp@macroarg\CF at ifempty{\useKV[CFdelimiters]{depth}}
+ {\let\CF at delim@depth\CF at delim@height}
+ {\edef\CF at delim@depth{\useKV[CFdelimiters]{depth}}}%
+ \edef\CF at delim@halfdim{\the\dimexpr(\CF at delim@height+\CF at delim@depth)/2}%
+ \edef\CF at delim@vshift {\the\dimexpr(\CF at delim@height-\CF at delim@depth)/2}%
+ \edef\CF at leftdelim@xshift {\the\dimexpr\useKV[CFdelimiters]{open xshift}}%
+ \edef\CF at rightdelim@xshift{\the\dimexpr\useKV[CFdelimiters]{close xshift}}%
+ \chemmove{%
+ \nulldelimiterspace0pt
+ \pgfextractx\CF at dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF at leftdelim@x{\the\CF at dim}%
+ \pgfextracty\CF at dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF at leftdelim@y{\the\CF at dim}%
+ \pgfextractx\CF at dim{\pgfpointanchor{#3}{center}}\edef\CF at rightdelim@x{\the\CF at dim}%
+ \node[at={(\CF at leftdelim@x+\CF at leftdelim@xshift,\CF at leftdelim@y+\CF at delim@vshift)}]
+ {$\left\CF at left@delim\vrule height\CF at delim@halfdim depth\CF at delim@halfdim width0pt\right.$};%
+ \node[at={(\CF at rightdelim@x+\CF at rightdelim@xshift,\CF at leftdelim@y+\CF at delim@vshift)}]
+ {$\left.\vrule height\CF at delim@halfdim depth\CF at delim@halfdim width0pt\right\CF at right@delim
+ \CF at eexp@macroarg\CF at doifnotempty{\useKV[CFdelimiters]{indice}}
+ {_{\rlap{$\scriptstyle\useKV[CFdelimiters]{indice}$}}}
+ $};
+ }%
+}
+\CFrestorecatcode
\endinput
-######################################################################
-# Historique #
-######################################################################
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%% H I S T O R I Q U E %%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
v0.1 2010/06/23
- - Premi\`ere version publique sur le CTAN
+ - Premi\xE8re version publique sur le CTAN
----------------------------------------------------------------------
v0.2 2010/08/31
- Ajout de la documentation en anglais.
- Correction de bugs.
- - \printatom est d\'esormais une macro publique.
- - Les espaces sont permis dans les mol\'ecules. Ils seront
- ignor\'es par d\'efaut puisque les atomes sont compos\'es en
+ - \printatom est d\xE9sormais une macro publique.
+ - Les espaces sont permis dans les mol\xE9cules. Ils seront
+ ignor\xE9s par d\xE9faut puisque les atomes sont compos\xE9s en
mode math par \printatom
- - Une paire de Lewis peut \^etre repr\'esent\'ee ":".
+ - Une paire de Lewis peut \xEAtre repr\xE9sent\xE9e ":".
- Dans les cycles, une correction de la longueur du trait
- d\'eport\'e des liaisons doubles est fait de telle sorte que si
- l'on \'ecrit \chemfig{*5(=====)}, on obtient deux polygones
- r\'eguliers concentriques.
- - La s\'equence de contr\^ole \setnodestyle permet de sp\'ecifier
- le style des noeuds dessin\'es par tikz.
+ d\xE9port\xE9 des liaisons doubles est fait de telle sorte que si
+ l'on \xE9crit \chemfig{*5(=====)}, on obtient deux polygones
+ r\xE9guliers concentriques.
+ - La s\xE9quence de contr\xF4le \setnodestyle permet de sp\xE9cifier
+ le style des n?uds dessin\xE9s par tikz.
----------------------------------------------------------------------
v0.3 2010/11/21
- - Am\'elioration de \definesubmol qui accepte les s\'equences de
- contr\^ole. On peut aussi choisir un alias dont la substitution
- est diff\'erente selon l'orientation de la liaison qui lui
+ - Am\xE9lioration de \definesubmol qui accepte les s\xE9quences de
+ contr\xF4le. On peut aussi choisir un alias dont la substitution
+ est diff\xE9rente selon l'orientation de la liaison qui lui
arrive dessus.
- - Le caract\`ere "|" force la fin d'un atome. Si on \'ecrit
+ - Le caract\xE8re "|" force la fin d'un atome. Si on \xE9crit
"D|ef" alors, chemfig verra deux atomes "D" et "ef".
- - Le caract\`ere "#" est reconnu lorsqu'il suit un caract\`ere de
- liaison. Il doit \^etre suivi d'un argument entre parenth\`eses
- qui contient l'offset de d\'ebut et de fin qui s'appliqueront
- \`a cette liaison.
- - La macro \chemfig admet un argument optionnel qui sera pass\'e
- \`a l'environnement tikzpicture dans lequel elle est dessin\'ee
- - Mise en place de la repr\'esentation des m\'ecanismes
- r\'eactionnels avec la synatxe "@{<nom>}" devant un atome o\`u
- "@{<nom>,<coeff>}" au tout d\'ebut de l'argument d'une liaison.
- Cette syntaxe permet de placer un noeud (au sens de tikz) qui
- deviendra l'extr\'emit\'e des fl\`eches des m\'ecanismes.
- Le trac\'e des fl\`eches est faite par la macro \chemmove dont
+ - Le caract\xE8re "#" est reconnu lorsqu'il suit un caract\xE8re de
+ liaison. Il doit \xEAtre suivi d'un argument entre parenth\xE8ses
+ qui contient l'offset de d\xE9but et de fin qui s'appliqueront
+ \xE0 cette liaison.
+ - La macro \chemfig admet un argument optionnel qui sera pass\xE9
+ \xE0 l'environnement tikzpicture dans lequel elle est dessin\xE9e
+ - Mise en place de la repr\xE9sentation des m\xE9canismes
+ r\xE9actionnels avec la syntaxe "@{<nom>}" devant un atome o\xF9
+ "@{<nom>,<coeff>}" au tout d\xE9but de l'argument d'une liaison.
+ Cette syntaxe permet de placer un n?ud (au sens de tikz) qui
+ deviendra l'extr\xE9mit\xE9 des fl\xE8ches des m\xE9canismes.
+ Le trac\xE9 des fl\xE8ches est faite par la macro \chemmove dont
l'argument optionnel devient celui de l'environnement
- tikspicture dans lequel sont faites les fl\`eches.
- - Pour le m\'ecanisme d'alignement vertical via le \vphantom, la
+ tikzpicture dans lequel sont faites les fl\xE8ches.
+ - Pour le m\xE9canisme d'alignement vertical via le \vphantom, la
commande \chemskipalign permet d'ignorer le groupe d'atomes
- dans lequel elle est \'ecrite.
+ dans lequel elle est \xE9crite.
- La commande \chemname permet d'afficher un nom sous une
- mol\'ecule. la commande \chemnameinit initialise la plus grande
- profondeur rencontr\'ee.
- - La commande \lewis a \'et\'e modifi\'ee de telle sorte que les
- dessins des d\'ecorations soient proportionnels \`a la taille
+ mol\xE9cule. la commande \chemnameinit initialise la plus grande
+ profondeur rencontr\xE9e.
+ - La commande \lewis a \xE9t\xE9 modifi\xE9e de telle sorte que les
+ dessins des d\xE9corations soient proportionnels \xE0 la taille
de la police.
----------------------------------------------------------------------
v0.3a 2011/01/08
- Correction d'un bug dans l'argument optionnel de \definesubmol
lorsque celui-ci comporte des crochets.
- - Mise \`a jour du manuel en anglais.
+ - Mise \xE0 jour du manuel en anglais.
- Ajout de \vflipnext et \hflipnext pour retourner
- horizontalement ou verticalement la prochaine mol\'ecule.
+ horizontalement ou verticalement la prochaine mol\xE9cule.
----------------------------------------------------------------------
v0.4 2011/03/07
- - chemfig est d\'esormais \'ecrit en plain-etex et donc
+ - chemfig est d\xE9sormais \xE9crit en plain-etex et donc
utilisable par d'autres formats que LaTeX.
- - Un peu plus de rigueur avec les catcodes des caract\`eres
- sp\'eciaux, notamment lorsque la commande \chemfig se trouve
+ - Un peu plus de rigueur avec les catcodes des caract\xE8res
+ sp\xE9ciaux, notamment lorsque la commande \chemfig se trouve
dans l'argument de \chemmove, \chemabove, \chembelow, \chemrel.
- TODO : faut-il \scantoker l'argument de \chemfig pour \^etre
- d\'efinitivement d\'ebarass\'e de ces histoires de catcode ???
+ TODO : faut-il \scantoker l'argument de \chemfig pour \xEAtre
+ d\xE9finitivement d\xE9barrass\xE9 de ces histoires de catcode ???
- Correction d'un bug dans le calcul de l'angle des liaisons
----------------------------------------------------------------------
v0.4a 2011/04/10
- - Correction d'un bug concernant l'argument optionnel en d\'ebut
- de mol\'ecule.
+ - Correction d'un bug concernant l'argument optionnel en d\xE9but
+ de mol\xE9cule.
----------------------------------------------------------------------
v0.4b 2011/04/24
- - l'argument de \chemfig est tok\'enis\'e avec \scantokens ce qui
- rend caduc tout souci de code de cat\'egorie, \`a part #.
- - la commande \setbondstyle permet de d\'efinir le style des
+ - l'argument de \chemfig est tok\xE9nis\xE9 avec \scantokens ce qui
+ rend caduc tout souci de code de cat\xE9gorie, \xE0 part #.
+ - la commande \setbondstyle permet de d\xE9finir le style des
liaisons.
- correction de l'affichage incorrect des doubles liaisons dans
- les cycles apr\`es les commandes \hflipnext et \vflipnext
- - correction d'un bug lorsqu'un alias commence une mol\'ecule
+ les cycles apr\xE8s les commandes \hflipnext et \vflipnext
+ - correction d'un bug lorsqu'un alias commence une mol\xE9cule
----------------------------------------------------------------------
v1.0 2011/06/15
- - les sch\'emas r\'eactionnels sont d\'esormais disponibles.
+ - les sch\xE9mas r\xE9actionnels sont d\xE9sormais disponibles.
- \Chemabove et \Chembelow modifient la boite englobante.
- \Lewis modifie la boite englobante
- les macros \chemleft, \chemright, \chemup et \chemdown
- affichent des d\'elimiteurs extensibles \`a gauche, \`a droite,
- au dessus et au dessous d'un mat\'eriel.
+ affichent des d\xE9limiteurs extensibles \xE0 gauche, \xE0 droite,
+ au dessus et au dessous d'un mat\xE9riel.
----------------------------------------------------------------------
v1.0a 2011/09/18
- les macros \Lewis et \lewis admettent un argument optionnel
- - la macro \setlewisdist r\`egle la distance entre les 2
- \'electrons
+ - la macro \setlewisdist r\xE8gle la distance entre les 2
+ \xE9lectrons
----------------------------------------------------------------------
v1.0b 2011/11/29
- - la commande \merge est d\'esormais prot\'eg\'ee entre
- \schemestart et \schemestop contre des d\'efinitions par d'autres
+ - la commande \merge est d\xE9sormais prot\xE9g\xE9e entre
+ \schemestart et \schemestop contre des d\xE9finitions par d'autres
packages.
- - \box\z@ est utilis\'e au lieu du maladroit \unhbox\z@
+ - \box\z@ est utilis\xE9 au lieu du maladroit \unhbox\z@
----------------------------------------------------------------------
v1.0c 2011/11/30
- - la macro \+ n'est plus explicitement \'ecrite
- - v\'erifie que eTeX est le moteur utilis\'e
+ - la macro \+ n'est plus explicitement \xE9crite
+ - v\xE9rifie que eTeX est le moteur utilis\xE9
----------------------------------------------------------------------
v1.0d 2011/12/19
- - les cercles des cycles \'etaient trac\'es au mauvais moment. La
- longueur de la liaison qui les pr\'ec\'edait influait sur le
+ - les cercles des cycles \xE9taient trac\xE9s au mauvais moment. La
+ longueur de la liaison qui les pr\xE9c\xE9dait influait sur le
rayon du cercle : \chemfig{-[,0.5]**6(------)} donnait un bug
- \`a l'affichage.
+ \xE0 l'affichage.
----------------------------------------------------------------------
v1.0e 2012/01/13
- la gestion des espaces dans les groupes d'atomes est
- d\'esormais plus rigoureuse. Plusieurs bugs ont \'et\'e
- corrig\'e
+ d\xE9sormais plus rigoureuse. Plusieurs bugs ont \xE9t\xE9
+ corrig\xE9
----------------------------------------------------------------------
v1.0f 2012/02/24
- - correction d'un bug avec \definesubmol, les catcodes n'\'etaient
- pas correctement g\'er\'es.
+ - correction d'un bug avec \definesubmol, les catcodes n'\xE9taient
+ pas correctement g\xE9r\xE9s.
----------------------------------------------------------------------
v1.0g 2012/11/16
- correction d'un bug dans \CF at direct@arrow pour faire prendre en
- compte le style des fl\`eche par d\'efaut
- - correction d'un bug dans \CF at lewis@c : la boite *doit* \^etre
- compos\'ee en dehors de l'environnement tikzpicture pour
- \'eviter nullfont si jamais \printatom ne passe pas en mode
+ compte le style des fl\xE8che par d\xE9faut
+ - correction d'un bug dans \CF at lewis@c : la boite *doit* \xEAtre
+ compos\xE9e en dehors de l'environnement tikzpicture pour
+ \xE9viter nullfont si jamais \printatom ne passe pas en mode
math.
- correction d'un bug dans \CF at chemfig@e : si une longueur par
- d\'efaut est modifi\'ee par [,<l>] au d\'ebut d'une mol\'ecule
- et si des cycles \'etaient emboit\'es, cette longueur n'\'etait
- pas appliqu\'ee aux sous-cycles.
- - r\'e-\'ecriture des macros \chemabove et \chembemow pour
- prendre en compte le bug (d\'esormais corrig\'e) dans luatex.
- - nouvelle macro \setstacksep qui d\'efinit l'espacement par
- d\'efaut dans les macros \chemabove et \chembelow.
+ d\xE9faut est modifi\xE9e par [,<l>] au d\xE9but d'une mol\xE9cule
+ et si des cycles \xE9taient emboit\xE9s, cette longueur n'\xE9tait
+ pas appliqu\xE9e aux sous-cycles.
+ - r\xE9-\xE9criture des macros \chemabove et \chembemow pour
+ prendre en compte le bug (d\xE9sormais corrig\xE9) dans luatex.
+ - nouvelle macro \setstacksep qui d\xE9finit l'espacement par
+ d\xE9faut dans les macros \chemabove et \chembelow.
----------------------------------------------------------------------
v1.0h 2013/11/28
- - \chemname admet maintenant une version \'etoil\'e qui ne tient
- pas compte des profondeurs pr\'ec\'edentes.
- - \CF at dp@max est g\'er\'e globalement.
- - correction d'un bug dans "-U>" : le style de la fl\`eche
- n'\'etait pris en compte pour l'arc.
+ - \chemname admet maintenant une version \xE9toil\xE9 qui ne tient
+ pas compte des profondeurs pr\xE9c\xE9dentes.
+ - \CF at dp@max est g\xE9r\xE9 globalement.
+ - correction d'un bug dans "-U>" : le style de la fl\xE8che
+ n'\xE9tait pris en compte pour l'arc.
- correction d'un bug dans \CF at direct@arrow : l'angle de la
- fl\`eche n'\'etait pas calcul\'e
+ fl\xE8che n'\xE9tait pas calcul\xE9
----------------------------------------------------------------------
v1.1 2015/02/13
- correction d'un bug dans \CF at seek@submol : la macro
- \CF at remain@molecule est d\'epouill\'e de son \'eventuel espace
- en premi\`ere position.
+ \CF at remain@molecule est d\xE9pouill\xE9 de son \xE9ventuel espace
+ en premi\xE8re position.
- correction d'un bug dans \CF at arrow@f : le nom du prochain
- noeud courant "end at arrow@i" \'etait erron\'e dans le cas o\`u une
- fl\`eche contenait un sous sch\'ema. Ce nom doit d\'ependre de
+ n?ud courant "end at arrow@i" \xE9tait erron\xE9 dans le cas o\xF9 une
+ fl\xE8che contenait un sous sch\xE9ma. Ce nom doit d\xE9pendre de
\CF at scheme@nest.
- - la jonction entre deux liaisons cons\'ecutives dans l'axe peut
- \^etre activ\'e avec \enablebondjoin et d\'esactiv\'e avec
- \disablebondjoin (pr\'ef\'erable, \'etat par d\'efaut).
- - \chemfig suivi d'une "*" demande \`a ce que les liaisons aient
+ - la jonction entre deux liaisons cons\xE9cutives dans l'axe peut
+ \xEAtre activ\xE9 avec \enablebondjoin et d\xE9sactiv\xE9 avec
+ \disablebondjoin (pr\xE9f\xE9rable, \xE9tat par d\xE9faut).
+ - \chemfig suivi d'une "*" demande \xE0 ce que les liaisons aient
une longueur invariable : la distance inter-atome devient donc
- variable. Cette fonctionnalit\'e est d\'esavctiv\'e dans les
- cycles afin que les polygones soient r\'eguliers.
- \enablefixedbondlength permet cette fonctionnalit\'e pour
- toutes les macros \chemfig (m\^eme non \'etoil\'ee) tandis que
- \disablefixedbondlength le d\'esactive.
+ variable. Cette fonctionnalit\xE9 est d\xE9sactiv\xE9 dans les
+ cycles afin que les polygones soient r\xE9guliers.
+ \enablefixedbondlength permet cette fonctionnalit\xE9 pour
+ toutes les macros \chemfig (m\xEAme non \xE9toil\xE9e) tandis que
+ \disablefixedbondlength le d\xE9sactive.
----------------------------------------------------------------------
v1.1a 2015/02/23
- correction d'un bug dans \CF at grab@bondoffset. Si \chemfig est
- dans l'argument d'une macro, les # sont doubl\'es par l'action
+ dans l'argument d'une macro, les # sont doubl\xE9s par l'action
de \scantokens de la macro \CF at chemfig@d et il faut un
- argument d\'elimit\'e avant "(" pour absorber tous les #.
+ argument d\xE9limit\xE9 avant "(" pour absorber tous les #.
----------------------------------------------------------------------
v1.2 2015/10/08
- - correction d'un bug dans le trac\'e des liaisons de Cram.
- - cr\'eation de \setangleincrement.
- - chargement de "arrows.meta" et d\'efinition de la fl\`eche "CF"
- bas\'ee sur "Stealth" et d\'efinie avec \pgfdeclarearrow.
- Les anciennes fl\`eches "CF at full" et "CF at half" sont
- abandonn\'ees puisque d\'efinies avec \pgfarrowsdeclare.
- - fl\`eche "-U>" corrige\'e : le placement des labels est
+ - correction d'un bug dans le trac\xE9 des liaisons de Cram.
+ - cr\xE9ation de \setangleincrement.
+ - chargement de "arrows.meta" et d\xE9finition de la fl\xE8che "CF"
+ bas\xE9e sur "Stealth" et d\xE9finie avec \pgfdeclarearrow.
+ Les anciennes fl\xE8ches "CF at full" et "CF at half" sont
+ abandonn\xE9es puisque d\xE9finies avec \pgfarrowsdeclare.
+ - fl\xE8che "-U>" corrig\xE9e : le placement des labels est
maintenant correct dans tous les cas. Ainsi :
-U>[<a>][<b>][<d>][r][a]
- place le label <a> pr\`es du d\'ebut de la fl\`eche, quels que
+ place le label <a> pr\xE8s du d\xE9but de la fl\xE8che, quels que
soient les signes du rayon r et de l'angle a.
- - \chemrel, \setchemrel et \chemsign sont supprim\'ees.
- - compatibilit\'e, avec les limitations d'usage, avec la
+ - \chemrel, \setchemrel et \chemsign sont supprim\xE9es.
+ - compatibilit\xE9, avec les limitations d'usage, avec la
librairie "externalize" : le \begin{tikzpicture} voit
- d\'esormais le \end{tikzpicture} correspondant dans la macro
+ d\xE9sormais le \end{tikzpicture} correspondant dans la macro
\CF at chemfig@d.
----------------------------------------------------------------------
v1.2a 2015/10/21
- - erreur de copier-coller dans le code: une adresse url \'etait
- malencontreusement pr\'esente en plein milieu d'une ligne de
+ - erreur de copier-coller dans le code: une adresse url \xE9tait
+ malencontreusement pr\xE9sente en plein milieu d'une ligne de
code
----------------------------------------------------------------------
v1.2b 2015/11/15
- bug dans \CF at seek@submol qui laissait "*" dans le flux de
- lecture de TeX. Un message d'erreur est \'egalement ajout\'e
+ lecture de TeX. Un message d'erreur est \xE9galement ajout\xE9
en cas de "!" en fin de traitement.
- - correction d'un bug dans \CF at set@bondangle o\`u l'angle [<:a>]
- n'\'etait pas \'evalu\'e par \pgfmathsetmacro.
+ - correction d'un bug dans \CF at set@bondangle o\xF9 l'angle [<:a>]
+ n'\xE9tait pas \xE9valu\xE9 par \pgfmathsetmacro.
----------------------------------------------------------------------
v1.2c 2015/11/20
- - Correction d'un bug dans \CF at set@bondangle : l'angle renvoy\'e
- pouvait \^etre n\'egatif
+ - Correction d'un bug dans \CF at set@bondangle : l'angle renvoy\xE9
+ pouvait \xEAtre n\xE9gatif
- Correction d'un bug dans \CF at direct@arrow : la macro \CF at ifempty
- n'est pas correctement d\'evelopp\'ee dans l'argument de
+ n'est pas correctement d\xE9velopp\xE9e dans l'argument de
\pgfpointanchor
----------------------------------------------------------------------
v1.2d 2015/12/01
- - correction d'un bug dans la fl\`eche "-U"
- - la version \'etoil\'ee de \setcrambond dessine les liaisons de
- Cram en pointill\'es sous forme de trait large et non pas sous
+ - correction d'un bug dans la fl\xE8che "-U"
+ - la version \xE9toil\xE9e de \setcrambond dessine les liaisons de
+ Cram en pointill\xE9s sous forme de trait large et non pas sous
forme de triangle.
----------------------------------------------------------------------
v1.2e 2017/05/20
- - la macro contenant la d\'efinition d'une fl\`eche est
- d\'esormais "\CF at arrow(<nom>)", ainsi la macro \0 n'est plus
- d\'efinie par \definearrow
- - remerciements rajout\'es apr\`es une suppression indue, pour ne
- froisser aucune susceptibilit\'e
\ No newline at end of file
+ - la macro contenant la d\xE9finition d'une fl\xE8che est
+ d\xE9sormais "\CF at arrow(<nom>)", ainsi la macro \0 n'est plus
+ d\xE9finie par \definearrow
+ - remerciements rajout\xE9s apr\xE8s une suppression indue, pour ne
+ froisser aucune susceptibilit\xE9
+----------------------------------------------------------------------
+v1.3 2018/03/08
+ - tous les param\xE8tres sont d\xE9sormais pass\xE9s via \setchemfig qui
+ fait appel \xE0 "simplekv". Par cons\xE9quent, _toutes_ les macros qui
+ r\xE9glaient des param\xE8tres deviennent obsol\xE8tes, \xE0 savoir :
+ \setcrambond, \setatomsep, \setbondoffset, \setdoublesep,
+ \setangleincrement, \enablefixedbondlength,
+ \disablefixedbondlength, \setnodestyle, \setbondstyle,
+ \setlewis, \setlewisdist, \setstacksep, \setcompoundstyle,
+ \setarrowdefault, \setandsign, \setarrowoffset,
+ \setcompoundsep, \setarrowlabelsep, \enablebondjoin,
+ \disablebondjoin et \schemedebug.
+ et ces macros seront *supprim\xE9es* dans une future version.
+ - la version \xE9toil\xE9e "\chemfig*" et les deux arguments optionnels
+ de la macro "\chemfig[][]" sont \xE9galement optionnels et seront
+ *supprim\xE9*s dans une future version afin d'acc\xE9der \xE0 la syntaxe
+ \chemfig[cl\xE9s=valeurs]{code}
+ - 6 nouveaux param\xE8tres : "lewis radius", "arrow double sep",
+ "arrow double coeff", "arrow double harpoon", "cycle radius
+ coeff", "arrow head".
+ - correction d'un bug dans \CF at parse@mergeopt qui dans certains
+ cas, envoyait vers l'affichage des caract\xE8res
+ - petit toilettage du code
+ - macro \polymerdelim (non document\xE9e) exp\xE9rimentale et encore
+ en phase de tests
+ - suppression d'un registre d'\xE9criture de fichier
\ No newline at end of file
Modified: trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/t-chemfig.tex
===================================================================
--- trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/t-chemfig.tex 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/t-chemfig.tex 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,41 +1,3 @@
-% __________________________________________________________________
-% | |
-% | chemfig v1.2e |
-% |__________________________________________________________________|
-%
-% This is t-chemfig.tex, the package file for conTeXt.
-%
-% Maintainer : Christian Tellechea
-% E-mail : unbonpetit at openmailbox.org
-% Comments, bug reports and suggestions are welcome.
-% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c
-% or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt
-% Package URL: http://ctan.org/pkg/chemfig
-% Copyright : Christian Tellechea 2010-2015
-%
-% The "chemfig" package consists of the 8 following files:
-% - chemfig.tex (this file)
-% - chemfig.sty (the package file for LaTeX)
-% - t-chemfig.tex (the package file for conTeXt)
-% - README
-% - chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
-% - chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french)
-%
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work may be distributed and/or modified under the
-% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
-% of this license or (at your option) any later version.
-% The latest version of this license is in
-%
-% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
-%
-% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
-% version 2005/12/01 or later.
-% --------------------------------------------------------------------
-% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
-%
-% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
-% --------------------------------------------------------------------
\usemodule[tikz]%
\input chemfig.tex
\endinput
Modified: trunk/Master/tlpkg/tlpsrc/a2ping.tlpsrc
===================================================================
--- trunk/Master/tlpkg/tlpsrc/a2ping.tlpsrc 2018-03-08 10:45:36 UTC (rev 46889)
+++ trunk/Master/tlpkg/tlpsrc/a2ping.tlpsrc 2018-03-08 22:54:10 UTC (rev 46890)
@@ -1,4 +1,3 @@
category TLCore
-docpattern f texmf-dist/doc/man/man1/${PKGNAME}.*
runpattern f texmf-dist/scripts/${PKGNAME}/${PKGNAME}.pl
binpattern f bin/${ARCH}/${PKGNAME}
More information about the tex-live-commits
mailing list