<div dir="ltr">I'm sorry  I can not read the script and am not that familiar with the footnote package that you are using, but footnotes should work in longtable. If I join your two tables together as one longtable  so the file ends with<br>
<br><br> نظري أو كشفي\فمب & ٣٩\\<br><br>\footnote{في المتن: "كشفى".}<br><br><br>\hspace{2cm} & \hspace{2cm}\\<br>تنبيه يقع الموافقة بين البيان النظري والبيان العياني الذوقي في العبارة &  ٥٣\\<br>الفصل الخامس فيما أفاده الكمل من ضبط كليات مهمات العلم والعمل & ٥٤\\<br>
<br>\end{longtable}<br><br><div class="gmail_extra">Then the footnote appears as I would expect.<br><br><br></div></div>