I have found out a bit more about this problem. The Invalid glyph is actually the result of a \=V in one place, but the \=y is being printed as a spiral in the PDF if that is removed.  Here is a minimal example with attendant files. The macronX files are the same from the previous version. Note that everything is printed properly in this PDF.<br>
<br clear="all">Andrew Gollan<br>"bis vincit qui se vincit"<br>Latin - Henry Clay HS<br>
<br><div class="gmail_quote">On 10 August 2011 17:07, Andrew Gollan <span dir="ltr"><<a href="mailto:tharoth@gmail.com">tharoth@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
I am using the Palatino Linotype font which does not have a native ȳ glyph.<br><br>I had been entering my ȳ letters as \=y which was working fine until I upgraded to TeXLive2011 (from 2009/2010 depending on machine). Now I get the error message:<br>

<br> ** ERROR ** Invalid glyph index (gid 1329)<br><br>Output file removed.<br><br>I have attached the .log file. Which contains the following line for each ȳ.<br><br>Missing character: There is no ȳ in font Palatino Linotype/ICU:script=latn;lan<br>

guage=DFLT;!<br><br>Any clues as to why this appears to have gone backwards?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br>Andrew Gollan<br>Latin Teacher<br>
</font></span></blockquote></div><br>