<div dir="ltr">Hi Ross and Jens<br><br>I do not think that this is a bug of bidi and I am going to explain why this is so.<br><br>First Please have a look at attached tex file and its PDF output. The attached PDF shows the contents of all \marginpar commands. And I only had to make the left and right margin the same by using \usepackage[left=5cm,right=5cm]{geometry}. So this tell me that this has to do something with setting margins. Notice that when we are typesetting LTR, we are writing from left to right and the content of \marginpar appears on the right hand side and the content of \reversemarginpar appears on the left hand side. The RTL is absolutely should be opposite of this (which it is). Now in the original tex file that you sent, margins are the same, I mean the left and right margins are the same on , say, even pages independent of RTL typesetting or LTR typesetting. So I think this is natural. If you do not believe me, In the LTR part of your tex file, change all \marginpar  to \reversemarginpar and see that exactly the same thing that happened for \marginpar for RTL typesetting in even pages, happens this time for LTR texts.<br>
<br>So I concluded that this is not a bug of bidi. Another solution would be to use \marginpar for LTR texts but \reversemarginpar for RTL texts.<br><br>If you also remove twoside option from \documentclass, things will be ok.<br>
<br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br>Vafa Khalighi<br>
</div>