\documentclass{article}

\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
\setlatintextfont[Scale=1]{Linux Libertine}
\setdigitfont[Script=Persian]{XB Zar}

\begin{document}
سلام%
\footnote{
بند اول

بند دوم
}
\end{document}
