<div dir="ltr">I would love to help but I am Persian and I do not know how to read or write Hebrew. When I looked at your example, I can see that \RL is used wrongly. Also if you explain more as which character supposed to be where, then I can understand it and help.<br>
<br><pre>\newcommand{\he}[1]{\RL{\HebFont #1}} this is how \RL should be used.<br></pre><br clear="all"><br>-- <br>Vafa<br>
</div>