<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Here's the LaTex script:<div><br></div><div><div>\documentclass{article}</div><div>\begin{document}</div><div>\SweaveOpts{concordance=TRUE}</div><div><br></div><div>Hello</div><div><br></div><div>\end{document}</div></div><div><br></div><div>The error message from acrobat: 'There was an error opening this document. The file is damaged and could not be repaired.'</div><div><br></div><div>I tried changing the pdf compiler used by Sweave from pfdLaTex to XeLaTex and this does generate pdf files that can be opened with acrobat. </div><div><br></div><div>Best,</div><div>Pieter</div><div><br></div><div><br><div><div>Op 13-nov.-2012, om 22:35 heeft Paul Vojta <<a href="mailto:vojta@math.berkeley.edu">vojta@math.berkeley.edu</a>> het volgende geschreven:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">I don't know much about pdftex, but almost certainly you need to provide the mailing list<br>with:<br><br>1.  The "most basic LaTeX script" that you used (and details on how you used it, as<br>    appropriate)<br><br>and<br><br>2.  What symptoms you get when you can't open the files with acrobat.<br><br>Sincerely,<br><br><br>Paul Vojta<br><br><br>On Tue, Nov 13, 2012 at 05:28:58PM +0100, Pieter Mestdagh wrote:<br><blockquote type="cite">Hi,<br><br>I use Sweave in combination with MacTex to generate pdf's directly from R (using RStudio). I can open these pdf's with preview on Mac but not with Acrobat (tried both on Mac and Windows).<br><br>To rule out issues with figures included in the pdf I tried the most basic LaTex script but had the same problem. Any help would be highly appreciated.<br><br>Thanks,<br>Pieter<br>--<br>dr. ir. Pieter Mestdagh<br>Center for Medical Genetics Ghent (CMGG)<br>Ghent University Hospital<br>Medical Research Building (MRB), 2nd floor, room 120.055<br>De Pintelaan 185, B-9000 Ghent, Belgium<br>+32 9 332 6979 (phone) | +32 9 332 6549 (fax)<br><a href="http://medgen.ugent.be<http://medgen.ugent.be/>">http://medgen.ugent.be<http://medgen.ugent.be/></a><br>http://www.mirnabodymap.org<br>Pieter.Mestdagh@UGent.be<mailto:Pieter.Mestdagh@UGent.be><br><br><br><br><br><br><br></blockquote></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">--</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">dr. ir. Pieter Mestdagh</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Center for Medical Genetics Ghent (CMGG)</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Ghent University Hospital</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Medical Research Building (MRB), 2nd floor, room 120.055</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">De Pintelaan 185, B-9000 Ghent, Belgium</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">+32 9 332 6979 (phone) | +32 9 332 6549 (fax)</span></font><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><o:p></o:p></span></font></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><font class="Apple-style-span" face="Arial"><a href="http://medgen.ugent.be/">http://medgen.ugent.be</a></font></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><font class="Apple-style-span" face="Arial"><u><a href="http://www.mirnabodymap.org">http://www.mirnabodymap.org</a></u></font></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; "><font class="Apple-style-span" face="Arial"><a href="mailto:Pieter.Mestdagh@UGent.be"><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Pieter.Mestdagh@UGent.be</span></font></a></font></div></div><div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>